Στην πορεία ο πληθυσμός αυξάνεται θεαματικά, καθώς στην πόλη φθάνουν μεγάλες οικογένειες από τα αρκαδικά χωριά, κυρίως από το Αρκουδόρεμα και το Γαρζενίκο και δευτερευόντως από το Ζυγοβίστι και άλλα.
Η πληθυσμιακή εξέλιξη αποτυπώνεται στις απογραφές ως εξής:
Ετος Κάτοικοι
1856 3.692
1861 4.790
1870 5.397
1879 5.853
1889 6.325
1896 6.175
1907 6.039
Ο Βασ. Παναγιωτόπουλος, αναφερόμενος στις αλλαγές του πληθυσμού το 19ο αιώνα, παρατηρεί μια έντονη κινητικότητα του αγροτικού κόσμου και φέρνει ως παράδειγμα την πληθυσμιακή εξέλιξη στα χωριά Αρκουδόρεμα και Γαρζενίκο:
Χωριό 1829 1849 1879
Αρκουδόρεμα 814 499 45
Γαρζενίκο 506 639 104
Ασφαλώς όλοι οι πληθυσμοί δεν μετακινήθηκαν προς το Νησί, ο πίνακας όμως δείχνει την κατά κύματα μετακίνηση του πληθυσμού μετά την απελευθέρωση, μέρος της οποίας κατευθύνθηκε προς την πόλη που περιβαλλόταν από τον κάμπο και εύφορα εδάφη. Εδώ ήδη είχαν φθάσει από τα προεπαναστατικά χρόνια Αρκάδες, σύμφωνα με τη λαϊκή παράδοση, και υπήρχαν οι απαραίτητοι δεσμοί για την υποδοχή, ενώ οι "πανωκατεβάτες" συντηρούσαν κι αυτούς τους δεσμούς.
Το Νησί αρχίζει να οργανώνεται οικιστικά με πολεοδομικό πυρήνα την οικογενειακή εγκατάσταση. Ακόμη και σήμερα στην τοπική παράδοση μένουν τα διάφορα "-έικα", περιοχές δηλαδή με πρόθεμα το όνομα της οικογένειας (για παράδειγμα Ρουτσέικα, Τσαμέικα, Γκουζουνέικα, Πλαταρέικα, Φακωνέικα).
Ο τρόπος διασποράς στην πόλη έχει ως αφετηρία την καταγωγή πολλές φορές, και γίνεται σε σημεία ασφαλή από τις έντονες βροχοπτώσεις. Αυτή η πολεοδομική οργάνωση δημιουργεί ένα μοντέλο το οποίο εκ του ασφαλούς και από πολύ παλαιά επικρίθηκε με διάφορους χαρακτηρισμούς. Αποτελεί όμως ένα σπάνιο ιστορικό μοντέλο, δηλωτικό των χαρακτηριστικών οίκησης στην πόλη, που αξίζει να καταγραφεί.
Τα σπίτια της οικογένειας αναπτύσσονται γύρω από έναν μικρό με τα σημερινά δεδομένα κοινόχρηστο χώρο, συνήθως ελλειπτικής μορφής, το γνωστό "λάι", που στην τοπική διάλεκτο σημαίνει "αλώνι". Πρόκειται για λέξη δωρικής καταγωγής που μεταφράζεται στη νεότερη ελληνική ως "δρεπάνι". Ολα τα στοιχεία αυτά δένουν μεταξύ τους και πράγματι εκεί άπλωναν εκείνα τα χρόνια τη σοδειά των μελών της οικογένειας, προκειμένου να υπάρχει άμεσος έλεγχος και να είναι προφυλαγμένη από κλοπές. Στην πορεία η διαδικασία αυτή ατόνησε και το λάι έμεινε μόνον ως παραδοσιακό πολεοδομικό στοιχείο της αγροτικής οργάνωσης του χώρου: ένας κοινόχρηστος χώρος για το παιχνίδι των παιδιών και τη ρούγα των γυναικών.
Ο τρόπος με τον οποίο αυτοί οι οικισμοί τοποθετούνται στο χώρο έχει να κάνει με τη γεωμορφολογία και τις κλιματολογικές συνθήκες. Οι βροχές από μόνες τους έχουν δημιουργήσει μικρά και μεγάλα ρέματα τα οποία τον χειμώνα πλημμυρίζουν. Οι άνθρωποι το γνωρίζουν και κτίζουν τα σπίτια τους με τρόπο που να μην κινδυνεύουν από τα νερά. Ετσι εξηγείται η εικόνα που μας δίνουν Κορύλλος και Θεοχάρης που φθάνουν στην περιοχή κατά τη δεκαετία 1880-1890: «Αι οικίαι, πλην ολίγων εξαιρέσεων, είναι χθαμαλαί και ακανονίστως ωκοδομημέναι, οι δε οδοί, τα πλείστα και σκολιαί».
Τα νερά της βροχής σχημάτιζαν μεγάλα ρέματα, σχεδόν ποτάμια, τα οποία χώριζαν την πόλη σε μεγάλους τομείς-συνοικίες, που επικοινωνούσαν ακόμη και με γέφυρες όπως σημειώνει ο Θεόδ. Τσερπές. Στους επιμέρους τομείς οι βροχές δημιουργούσαν μικρά ρέματα με "στροφές". Ο ελεύθερος χώρος που άφηναν όλα αυτά τα ρέματα έγινε σταδιακά κοινόχρηστος: Δημιούργησε τους δρόμους ανάμεσα στα σπίτια, οι οποίοι εκ των πραγμάτων πλέον ήταν "σκολιοί", ενώ ταυτοχρόνως εξασφάλισε μια μεγάλη έκταση για κοινόχρηστο χώρο στην πόλη, που ήταν τα αλώνια. Η γεωμορφολογία της περιοχής δείχνει ότι η σημερινή μεγάλη πλατεία κατά βάση ήταν ένα σχετικά επίπεδο σημείο συνάντησης των νερών που κατέβαιναν από τους χαμηλούς λόφους οι οποίοι την περιέβαλλαν από δυτικά, τα οποία από το σημείο εκείνο διακλαδίζονταν προς τους χαμηλότερους λόφους ανατολικά, που "έσβηναν" κοντά στον Πάμισο. Ετσι ο χώρος της σημερινής πλατείας ήταν ακατάλληλος τόσο για κατοικία όσο και για καλλιέργεια, με αποτέλεσμα να καθιερωθεί ως χώρος αλωνιών όπου οι κάτοικοι από ένα σημείο και ύστερα άπλωναν τη σοδειά τους για να "στεγνώσει" και να αποξηρανθεί. Κάτι που οδήγησε στη δημιουργία αυτού του μεγάλου κοινόχρηστου χώρου, τον οποίο βλέπει ο Γ.Π. Παρασκευόπουλος στις αρχές της δεκαετίας 1890-1900 και σημειώνει, σε αντίθεση με τους προηγούμενους επισκέπτες, ότι «έχει το Νησί μιαν πλατείαν ευρυτάτην, ομοίαν της οποίας εις ουδεμίαν άλλην της Ελλάδος πόλιν να ιδής».
Η πληθυσμιακή έκρηξη φέρνει όλο και περισσότερο κοντά τους μικρούς οικογενειακούς οικισμούς και γεννάει την ανάγκη σύνδεσης των διαφορετικών περιοχών, αλλά και της πόλης με την υπόλοιπη Μεσσηνία.
Ετσι φθάνουμε στο 1875, όταν και εγκρίνεται το πρώτο ρυμοτομικό σχέδιο πόλης του Νησιού (που έχει πλέον μετονομασθεί σε Μεσσήνη). Πρόκειται για το σχέδιο που προσδιόρισε και τη σημερινή ρυμοτομία στη Μεσσήνη καθώς βασικά του χαρακτηριστικά παραμένουν αναλλοίωτα και οι περισσότεροι από τους δρόμους ταυτίζονται περίπου με τους σημερινούς. Σύμφωνα με αυτό, η πόλη συνδέεται με την υπόλοιπη περιοχή μέσα από 4 δρόμους από κάθε πλευρά της: Ανατολικά υπάρχει η οδός Καλαμών (σήμερα Στ. Τσούση), βόρεια η οδός Τριπόλεως (σήμερα Καπετάν Κρόμπα), δυτικά η οδός Φιλιατρών (σήμερα Ελευθερίας) και νότια η οδός Παραλίας (το νότιο τμήμα της σημερινής Δ. Κούτσικα, καθώς στη βόρεια πλευρά της υπήρχαν δύο μεγάλα οικοδομικά τετράγωνα μέχρι το πάρκο). Από τους δευτερεύοντες δρόμους, όνομα δίνεται μόνον σε αυτόν που είναι στη νοτιοανατολική πλευρά του σχεδίου, που χαρακτηρίζεται ως "οδός εις κτήματα" και είναι ο δρόμος που οδηγεί προς τον Αγ. Νικόλαο. Από τις εκκλησίες υπάρχει μόνον αυτή του Αγ. Δημητρίου. Μέρος του σημερινού πάρκου στη νοτιοδυτική του πλευρά χαρακτηρίζεται ως οικοδομικό τετράγωνο στο οποίο όμως δεν εμφανίζονται κτίσματα. Ακριβώς απέναντι, εκεί που είναι σήμερα τα κτήρια της Αγροτικής και της Εθνικής Τράπεζας, εμφανίζονται Δημοτικά Καταστήματα και Στρατώνας στη νοτιοανατολική γωνία, και αμέσως μετά προς το βορρά Δημοτική Σχολή. Ανατολικά και προς τη Μουλαβασίλη δείχνει ότι υπάρχει δημοτική αγορά.
Δύο αποτυχημένες προσπάθειες δημιουργίας οικισμών στην Μπούκα έγιναν το 1872 (ανατολικά του δρόμου προς το Νησί) και το 1882 (δυτικά του δρόμου). Η πρόθεση σχετιζόταν με τη λογική της οικιστικής ανάπτυξης γύρω από το λιμάνι, με σκοπό την εξυπηρέτησή του, αλλά το βαλτώδες του εδάφους είναι προφανές ότι δεν επέτρεπε κάτι τέτοιο.
Ολη αυτή η πορεία σημαδεύεται και από τις πολιτικές συνθήκες της εποχής. Δεν είναι καθόλου ομαλή, καθώς εξελίσσεται παράλληλα με τα όσα συμβαίνουν στη χώρα, αλλά έχει τα δικά της ιδιαίτερα χαρακτηριστικά. Η πολιτική αντιδικία των οικογενειών Δαρειώτη - Καλαμαριώτη συνεχίζεται μέχρι και τις αρχές της δεκαετίας 1860-1870, όταν διάφορα πρόσωπα των οικογενειών εναλλάσσονται στις θέσεις δημάρχου, πληρεξούσιου και βουλευτή.
Στο μεταίχμιο αυτής της εποχής με εκείνη που ακολουθεί, εμφανίζονται στην πόλη δύο σπουδαίοι πολιτικοί παράγοντες: Ο για πολλές φορές στη συνέχεια πρωθυπουργός της χώρας Αλέξανδρος Κουμουνδούρος και ο πολλές φορές υπουργός σε αντίπαλες κυβερνήσεις Σπήλιος Αντωνόπουλος. Η πολιτική τους παρουσία στο Νησί είχε ιδιαίτερη σημασία, γιατί, πέραν της αντιπαλότητας σε επίπεδο διακυβέρνησης της χώρας, δημιούργησαν φιλίες και συμμαχίες οι οποίες ακολούθησαν την τοπική ιστορία για πολλά χρόνια - σε μια περίοδο κατά την οποία δεν υπήρχαν ουσιαστικά κόμματα, και ο ρόλος των προσώπων και των τοπικών παραγόντων ήταν εξαιρετικά σημαντικός.
