Η κυβέρνηση του Γ. Κουντουριώτη, με τη σύμφωνη γνώμη και του υπουργού των Εσωτερικών Γρηγόριου Δικαίου-Παπαφλέσσα, συνέλαβε και φυλάκισε τους πολιτικούς της αντιπάλους: Θεόδωρο Κολοκοτρώνη, Δεληγιανναίους, Μητρoπέτροβα, Γιαννάκη Γκρίτζαλη, Μ. Αναστασόπουλο, Δημ. Παπατσώρη, Αθανάσιο Κατσαρό και τον Πρωτοσύγκελο Αμβρόσιο Φραντζή. Ετσι οι δυνάμεις του Ιμπραήμ αφού διέλυσαν κάθε αντίσταση στην απόβασή τους στη Σφακτηρία, στη συνέχεια κατέλαβαν και το Νιόκαστρο. Τότε το περίεργο στρατόπεδο των Ελλήνων στα Φουρτζοκρέμμυδα και το «φροντιστήριο» στη Χώρα, υπό την καθοδήγηση του προέδρου Κουντουριώτη και την αρχηγία του πλοιάρχου Κυριάκου Σκούρτη, μετά την αποχώρηση και των τριών χιλιάδων μισθοφόρων Ρουμελιωτών, διαλύθηκε. Οι εκεί συγκεντρωμένοι δέκα χιλιάδες Ελληνες έμειναν ανενεργοί και απλοί θεατές της συντριβής κάθε αντίστασης στη Σφακτηρία και στο Νιόκαστρο, λόγω κυρίως της διοικητικής ανικανότητας του προέδρου Κουντουριώτη αλλά και της απειρίας στη διοίκηση στρατού ξηράς του πλοίαρχου Κυριάκου Σκούρτη.
Ετσι κάτω από το βάρος της φυλάκισης των «ανταρτών», στις 28 Απριλίου 1825, ο Παπαφλέσσας ξεκίνησε εκστρατεία για τη νοτιοδυτική Πελοπόννησο με στόχο τη συγκρότηση στρατοπέδου, ώστε να ανακόψει την προέλαση του Ιμπραήμ στη Μεσσηνία και να εμποδίσει την είσοδό του στο κέντρο της Πελοποννήσου. Πριν ξεκινήσει μάλιστα από το Ναύπλιο, εισηγήθηκε στην κυβέρνηση την παροχή αμνηστίας στους πολιτικούς κρατουμένους στην Υδρα. Ακόμα όμως κι έτσι, συνάντησε μεγάλη δυσκολία στη στρατολόγηση ικανού αριθμού εθελοντών, καθώς η φυλάκιση του Κολοκοτρώνη και των άλλων είχε αναστατώσει το λαό και είχε διαλύσει κάθε ελπίδα αντίστασης στον Ιμπραήμ. Ηταν δε καθολικό το αίτημα της άμεσης απελευθέρωσης των φυλακισμένων. Την 1η Μαΐου μάλιστα στην Τρίπολη, επισκέφθηκαν τον Παπαφλέσσα όλοι οι τοπικοί παράγοντες και πλήθος κόσμου και του διατύπωσαν το «σωτήριον αίτημα» της παροχής γενικής πολιτικής αμνηστίας, και της αποφυλακίσεως των κρατουμένων στην Υδρα. Μετά την αναγνώριση και αποδοχή αυτού του δικαίου αιτήματος του λαού της Τρίπολης, αυτός έστειλε αναφορά στην Κυβέρνηση που συνηγορούσε στην αποδοχή του:
«Προς το Σεβαστόν Εκτελεστικόν Σώμα.
Σήμερον πρωΐ οι επιστατοδημογέροντες, Αξιωματικοί πολεμικοί και πλήθος λαού της πόλεως ταύτης, ήλθον ομοθυμαδόν και μου ενεχείρισαν την εσώκλειστον αναφοράν παρακαλούντες με θερμώς να την εξαποστείλω εις το Σεβαστόν τούτο Σώμα.
Εξ αυτής πληροφορείται ότι εξαιτούσι την έξοδον των κατά την Υδραν εν φυλακή ευρισκομένων ανταρτών όπως εξελθόντες κ’ εκείνοι συναγωνισθώσι μετά των λοιπών πατριωτών εις τον κατά του εχθρού σημερινόν αγώνα.
Οι άνθρωποι εφάνησαν τω όντι πρόθυμοι πάντοτε εις τάς διαταγάς της Διοικήσεως, και σήμερον το βλέπω και πάλιν οφθαλμοφανώς όπου τρέχουσιν εναντίον των κατά του Νεοκάστρου Αράβων προθύμως και ευχαρίστως. Η αίτησίς των οπωσδήποτε και αν θεωρηθή σήμερον, είναι ορθή και δικαία. Και η αδυναμία αυτή του λαού είναι ανάγκη σήμερον να περιποιηθή, και να μην κατακριθή, διότι αυτός βοά και γογγύζει εναντίον της Διοικήσεως, και τούτου αυτήκοος γέγονα μάρτυς πολλάκις. Ως υπουργός λοιπόν της Διοικήσεως έκρινα χρέος μου να ειδοποιήσω ταύτα πάντα, όπως συσκεφθέν το Σεβαστόν τούτο Σώμα βαθέως και ωρίμως περί του ουσιώδους τούτου αντικειμένου, αποφασίση ταχέως τα δόξαντα.
Ειδοποιείται προς δε η Διοίκησις, ότι πολλοί αξιωματικοί αυτής με διαταγάς εκστρατείας μένουν αργούντες και εντρυφώντες ενταύθα. Εγώ τους διέταξα και χθές και σήμερον ή να υπάγουσιν εις στρατόπεδον, ή άλλως να αναχωρήσουν δι’ αλλού, διότι δεν είναι δεκτοί ενταύθα. Σήμερον ελπίζω να φύγουν όλοι εντεύθεν οι αργοί και κακόμοιροι αυτοί πλέον υποπτεύομαι μήπως έλθουν εις Αργος, και δια τούτο ειδοποιείται η Διοίκησις όπως λάβη τα αυστηρότερα και βιαιότερα δια τούτους μέτρα δια να φύγουν και εκείθεν είς Ηπειρον όπου είναι ανάγκη της πατρίδος, διότι άλλως αφ’ ού δεν χρησιμεύουν εις τας δεινάς ταύτας περιστάσεις βλάπτουν και το ταμείον λαμβάνοντες σιτηρέσια και προσφάγιον και μετά ταύτα και μισθούς! Αι τοιαύται καταχρήσεις κατήντησαν πλέον ανυπόφοροι και ας ληφθώσι μέτρα και μέτρα βίαια και ανάλογα των περιστάσεων.
Σήμερον εκκινούσιν εντεύθεν αρκετοί στρατιώται, και αύριον ελπίζω να κινήσω και εγώ. Νεώτερα δεν έχω άλλα. Ειμή υποσημειούμαι με βαθύτατον σέβας.
Την α΄ Μαΐου 1825 εν Τριπολιτζά
Ο υπουργός των Εσωτερικών
ΓΡΗΓΟΡΙΟΣ ΔΙΚΑΙΟΣ
Υ.Γ.: Την στιγμήν ταύτην έλαβον και την εσώκλειστον του αδελφού μου επιστολήν από την οποίαν παρατηρεί η Διοίκησις τα περί ανταρτών φρονήματα του λαού, και τα οποία ο στρατηγός ούτος δια τας πιστάς εκδουλεύσεις του και πατριωτισμόν του έμελλεν να πάθη από τους καλούς λεγόμενους πατριώτας. Η Διοίκησις σκεφθείσα ας λάβη πρόνοιαν καλήν περί πάντων.
Ο αυτός».
Μέσα σ’ αυτό το κλίμα στις 13 Μαΐου, και οι φυλακισμένοι έστειλαν την παρακάτω αναφορά:
«Υπερτάτη Διοίκησις,
Αναφερόμεθα διά της παρούσης ταπεινής ημών αναφοράς, ότι βλέποντες την περίστασιν της πατρίδος, και από πατριωτικόν ενθουσιασμόν φλογιζόμενοι, επιθυμούμεν να θυσιασθώμεν υπέρ αυτής, και να αγωνισθώμεν εις τον ιερόν πόλεμον της πατρίδος με την χύσιν του αίματός μας. Παρακαλούμεν ουν την Σεβαστήν Διοίκησιν, ευσπλαγνία φερομένη και παραβλέπουσα τα προγεγονότα, ως φιλόστοργος Μήτηρ δίδουσά μας την άδειαν να μας ελευθερώση διά να κάμωμεν το προς την ιεράν πατρίδα μας χρέος μας, ορκιζόμενοι εις Θεόν καί πατρίδα, ότι θέλομεν φέρη σέβας καί ευπείθιαν εις την Σεβαστήν Διοίκησιν, εις τας διαταγάς της και εις τους νόμους της πατρίδος. Ας καμφθή εις τας δεήσεις μας η Σεβαστή Διοίκησις, και διά της αδείας της ας μας ελευθερώση ν’ αγωνισθώμεν υπέρ πατρίδος ως και άλλοτε, και όταν ακολούθως η Σεβαστή Διοίκησις προστάξη είμεθα έτοιμοι ν’ απολογηθώμεν εις τους νόμους της πατρίδος περί των προγεγότων, και θέλει εσμέν ως υποσημειούμεθα.
Ευπειθείς πατριώται καί δούλοι
Θ. Κολοκοτρώνης, Κανέλλος Δηλιγιάννης, Ιωάννης Νοταράς, Μίτρος Αναστασόπουλος, Γιάννης Δ. Κρίτζαλης
τή 13 του Μαΐου 1825
Από Υδραν
Στις 16 Μαΐου οι Μανιάτες οπλαρχηγοί ζήτησαν κι αυτοί την αποφυλάκιση των κρατουμένων στη Υδρα. Ετσι, κάτω από τις πολύπλευρες πιέσεις, οι φυλακισμένοι ελευθερώθηκαν στις 18 Μαΐου.
Δύο μέρες μετά την αποφυλάκιση των «ανταρτών» και την τοποθέτηση των Θεόδωρου Κολοκοτρώνη και Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη αρχηγών του ασύστατου «περί το Νεόκαστρον Ελληνικού στρατοπέδου», στις 20 Μαΐου, ο αποφασισμένος υπουργός των Εσωτερικών Γρηγόριος Δικαίος-Παπαφλέσσας, θυσιάστηκε στα ταμπούρια, στο Μανιάκι, σε μια ύστατη και απέλπιδα προσπάθεια νίκης ή παραδειγματικής θυσίας. Αυτή την απόφασή του αναλύει σε αναφορά του από τη Δράινα προς το Εκτελεστικό Σώμα στο Ναύπλιο, στις 14 Μαΐου:
«Η μόνη αιτία του ενταύθα ερχομού μου είναι μόνον και μόνον, διότι είδον απελπισθέν το παν και επροχώρησα εις τά Κοντοβούνια ταύτα διά να εμψυχώσω και να ενθαρρύνω τους λοιπούς δια νά τρέξωμεν επομένως»...
[Τα κείμενα προέρχονται από την Πελοποννησιακή Πρωτοχρονιά του 1958 και την εργασία του Μίμη Φερέτου από τα Γ.Α.Κ. φακ. 80, 85 & 88].
Ο μεγάλος εθνεγέρτης ουσιαστικά αποφάσισε να θυσιαστεί, και αυτό δείχνει το τεράστιο θάρρος του, τη γενναιότητα, το πείσμα, αλλά και την αυτοεκτίμηση που τον έσπρωξαν στο μαρτυρικό και ηρωικό του τέλος.
«Τούτων δε γινομένων διεδόθη είδησις ότι οι Τούρκοι ετοιμάζονται προς εκστρατείαν. Τότε ο Φλέσας ηρώτησε τους εντοπίους ποίος τόπος, βουνόν ή χωρίον είναι υψηλόν ώστε να βλέπει το Νεόκαστρον, και όλοι του είπον ότι είναι του Πεδεμένου και Μανιάκη (....) Μετά δε ταύτα αμέσως εξεστράτευσε εκείθεν, και δύο ώρας πριν δύση ο ήλιος έφθασεν εις τα ειρημένα χωρία. Ολην δε την νύκτα αυτήν ανεπαύθησαν ήσυχα...».
