Όσο βρισκόταν ακόμα στην Κωνσταντινούπολη, με δόλιο τρόπο και τη συνδρομή του Παναγιώτη Σέκερη, κατόρθωσε να φυγαδεύσουν τους δυο υπόχρεους ομηρείας στο Πατριαρχείο, συγγενείς του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη. Ο ένας ήταν ο γιος του Γεωργάκης. Με αυτό τον τρόπο, ενοχοποιούνταν τόσο ο Πατριάρχης, επειδή δεν μπορούσε να φυλάξει τους ομήρους που για λόγους θρησκείας του είχε εμπιστευθεί η Πύλη αλλά και ο Πετρόμπεης για απείθεια στον σουλτάνο. Ο Παπαφλέσσας πίστευε ότι έτσι και οι δύο θα ήταν υποχρεωμένοι να προσχωρήσουν στο επαναστατικό κίνημα.

Με εντολή του Αλέξανδρου Υψηλάντη, ο Παπαφλέσσας παρέλαβε από την τοπική Εφορεία της Εταιρείας 90.000 γρόσια, κύριο μέλος και χρηματοδότης της οποίας ήταν ο Σέκερης, που έβαλε τα 15.000 από αυτά. Αγόρασε ένα καράβι στο όνομα του φιλικού, συνεργάτη του Αλέξανδρου Υψηλάντη, Μυτιληνιού, Παλαιολόγου Λεμονή. Ο Λεμονής ήταν έμπορος στην Κωνσταντινούπολη και γραμματικός του ήταν ο εκ των ιδρυτών της Φιλικής Εταιρείας, Εμμανουήλ Ξάνθος ο οποίος και τον μύησε στην Εταιρεία. Στις 29 Νοεμβρίου 1820, ο Παπαφλέσσας, με πλοίαρχο τον Μανώλη Ψαριανό κι αφού πήρε κι έναν έμπιστο συνοδό, τον Δημήτριο Δραγώνα από τη Σέλιτσα της Αβίας, αναχώρησε μαζί με τον Λεμονή για την Πελοπόννησο. Πέρασε από τη Μυτιλήνη και τις Κυδωνίες (Αϊβαλί) από όπου παρέλαβε ογδόντα βαρέλια πυρίτιδας και μολύβι για τον σχεδιαζόμενο αγώνα. Φρόντισε ακόμα, ένα φορτίο με πολεμοφόδια με προορισμό τη Μάνη, δωρεά της αδελφότητας Σμυρναίων, να περιμένει την παραλαβή του στις Κυδωνίες.

Από εκεί κατευθύνθηκε στην Ύδρα όπου αποβιβάστηκε και συναντήθηκε με τους φιλικούς Αντώνιο Οικονόμου, Δημήτριο Κυριαζή και Θοδωρή Γκίκα. Προσπάθησε να πείσει και τους προκρίτους να διαθέσουν τα πλοία τους για τον απελευθερωτικό αγώνα αλλά αντιμετωπίστηκε με δυσπιστία από τον Λάζαρο Κουντουριώτη και τους συντηρητικούς καραβοκύρηδες. Του απάντησαν ότι θα συμμετείχαν στην εξέγερση, μόνο μετά την πυρπόληση του τουρκικού στόλου στην Κωνσταντινούπολη, σύμφωνα με το σχέδιο της Φιλικής Εταιρείας που τους είχε παρουσιάσει.

Το πλοίο του Λεμονή συνέχισε το ταξίδι του για την Τεργέστη προκειμένου να φέρει τον Υψηλάντη στη Μάνη, όπως είχε αποφασιστεί στο Ισμαήλι. Αφού ο Υψηλάντης δεν φάνηκε, ο δραστήριος Λεμονής επέστρεψε και μέσω Ρωσίας συνάντησε τον Υψηλάντη στο Δραγατσάνι. Μετά την καταστροφή του Ιερού λόχου ο Λεμονής κατέβηκε στην επαναστατημένη Ελλάδα.

Ο Παπαφλέσσας, απογοητευμένος από τους Υδραίους, πέρασε στις Σπέτσες. Κι εκεί όμως οι καραβοκύρηδες ήταν μοιρασμένοι και παρά τη θερμή υποστήριξη των φιλικών Γεώργιου Πάνου και Γκίκα Μπόταση, υπήρχαν πολλοί που δεν πείθονταν στα πύρινα λόγια του για τον ξεσηκωμό. Παρόλα αυτά, ο καραβοκύρης Χριστόδουλος Μέξης νοίκιασε τη σκούνα «Δήμητρα» της οικογένειας Μάνεση και την έστειλε στις Κυδωνίες για να μεταφέρει στη Μάνη το φορτίο με τα πολεμοφόδια, που περίμεναν εκεί από την δωρεά της αδελφότητας Σμυρναίων μετά το πέρασμα του Παπαφλέσσα.

Ενθουσιώδης, ασυγκράτητος και εφοδιασμένος με τις επιστολές του Υψηλάντη, κυνηγημένος από τους πολέμιους των ιδεών του που έφτασαν να στήνουν ενέδρες από το Άργος μέχρι την Κόρινθο για να τον εξοντώσουν, ο Παπαφλέσσας ήρθε σε επαφή με τους προκρίτους του Μοριά. Την παραμονή των Χριστουγέννων του 1820, με επιστολές του από το Άργος, ως πατριαρχικός έξαρχος, επικαλούμενος και τις συστατικές επιστολές του Πατριάρχη, έστειλε οδηγίες στους προκρίτους για την καλύτερη προετοιμασία του αγώνα. Μετά από αλλεπάλληλες συναντήσεις και συσκέψεις στο Άργος, στον Άγιο Γεώργιο (Νεμέα) και την Κόρινθο οι πρόκριτοι τον κάλεσαν σε μυστική σύσκεψη στη Βοστίτσα (Αίγιο) από τις 26 μέχρι τις 30 Ιανουαρίου 1821. Σ’ αυτήν πήραν μέρος κυρίως πρόκριτοι του βόρειου τμήματος της Πελοποννήσου. Σε τέσσερις ημέρες έγιναν πέντε συσκέψεις. Για να μην κινήσουν υποψίες, κάθε ημέρα συνεδρίαζαν σε διαφορετικό σπίτι και διέδιδαν ότι ο λόγος της συγκέντρωσής τους ήταν η επίλυση κτηματικών διαφορών δυο μοναστηριών.

Στη σύσκεψη της Βοστίτσας, οι πρόκριτοι της Πελοποννήσου που γνώριζαν από το φθινόπωρο, μετά από την επιστροφή από την Οδησσό στην Πάτρα του διπλωμάτη Ιωάννη Παπαρρηγόπουλου, την εκλογή του Αλέξανδρου Υψηλάντη, υποδέχθηκαν τουλάχιστον με δυσπιστία τον Παπαφλέσσα. Αυτός όμως τους έδειξε τις οδηγίες και τα διαπιστευτήριά του, στα οποία ονομαζόταν από τον Υψηλάντη, «άλλος εγώ». Με ψέματα κι αλήθειες, παροτρύνσεις, εκβιασμούς, απειλές, υποσχέσεις και διαβεβαιώσεις προσπάθησε να πείσει τους προκρίτους για την αναγκαιότητα της άμεσης έναρξης του επαναστατικού κινήματος, θέτοντας σαν όριο για την Επανάσταση την 25η Μαρτίου. Με τον άκρατο ενθουσιασμό του και τον εκρηκτικό χαρακτήρα του, παρά την επιστολή του Υψηλάντη που παρουσίασε, χαρακτηρίστηκε «απατεών και εξωλέστατος» από τον Παλαιών Πατρών Γερμανό και σχεδόν προπηλακίστηκε από τους συμμετέχοντες.

Γιατί όμως υπήρχε τόση δυσπιστία και αντίδραση στις εξαγγελίες του Παπαφλέσσα αλλά και του Υψηλάντη; Ποιός ήταν ο λόγος της διαρκούς αναβλητικότητας πολλών προκρίτων για την επερχόμενη Επανάσταση; Φαίνεται ότι σε αυτήν οδηγούσαν οι οδηγίες του «κύκλου της Πίζας», του μητροπολίτη Ουγγροβλαχίας Ιγνάτιου. Συγκεκριμένα ο Ιγνάτιος, μετά την φυγή του από την Ήπειρο, αποτελούσε πόλο έλξης για πολλούς Έλληνες και επηρέαζε σημαντικά τις εξελίξεις. Με σαφώς φιλορωσικές θέσεις αλλά και εθνοκεντρική στόχευση, ήταν σε αγαστή σύμπνοια με τον Κοραή, τον Άνθιμο Γαζή, τον Ιωάννη Καποδίστρια, τον Ανδρέα Λουριώτη, τον Γεώργιο Πραΐδη, τον Κωνσταντίνο Πολυχρονιάδη και άλλους ομογενείς, όπως ο έκπτωτος Φαναριώτης ηγεμόνας της Βλαχίας Ιωάννης Καρατζάς και ο  Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ο οποίος μάλιστα διέμενε στην οικία του Ιγνατίου στην Πίζα από το 1818 μέχρι το 1821. 

Οι πρόκριτοι πριν από τη σύσκεψη της Βοστίτσας ζήτησαν τη γνώμη του Ιγνάτιου σχετικά με την έναρξη της Επανάστασης. Αυτός, όπως και πολλοί άλλοι Έλληνες, έβλεπαν πρόωρη την έναρξη του αγώνα χωρίς την απαραίτητη μορφωτική προετοιμασία των Ελλήνων. Ο Ιγνάτιος και μετά την έναρξη της Επανάστασης συνέχιζε να την χαρακτηρίζει πρόωρη ενώ ταυτόχρονα έριχνε σοβαρές ευθύνες στη Φιλική Εταιρεία και τον Υψηλάντη γι’ αυτό. Αυτές οι θέσεις του υπάρχουν στο υπόμνημά του με τίτλο «Παρατηρήσεις εις την παρούσαν κατάστασιν της Πελοποννήσου» της 20ης Μαΐου 1821. Ενδεχομένως απώτερη φιλοδοξία του να ήταν η εκτόπιση της Φιλικής και του Δημήτριου Υψηλάντη που εκπροσωπούσε τον αδελφό του και η καθοδήγηση του αγώνα από τον ίδιο και τον Καρατζά.

Αν και τα πρακτικά της συνέλευσης έχουν χαθεί, στη σύσκεψη της Βοστίτσας υπήρξε πολυφωνία. Υπήρξαν ακόμα και απόψεις, όπως αυτή του Σωτήρη Χαραλάμπη:

«… πιστεύω πως η Ρωσία, όπου έχει την ίδια θρησκεία μ' εμάς, θα συντροφέψει τον Υψηλάντη με στρατεύματα... Μα εμείς εδώ, αφού ξεκάνουμε τους Τούρκους, σε ποιον θα παραδοθούμε; Ποιον θα 'χουμε ανώτερο; Ο ραγιάς, αφού πάρει τα όπλα δε θα μας ακούει πια και δε θα μας σέβεται και θα πέσουμε στα χέρια εκείνου, που δεν μπορεί να κρατήσει το πιρούνι να φάει! (σ. υπονοεί τον αδελφό του Παπαφλέσσα Νικήτα). Κάλλιο οι Τούρκοι κι ο ραγιάς υπόδουλος, παρά λεύτερο έθνος με το λαό να 'χει δικαιώματα».»

Διατυπώθηκαν πολλές αναβλητικές προτάσεις και αμφισβητήσεις κυρίως από τον Παλαιών Πατρών Γερμανό:

«-Αλλ' εις την εποχήν ταύτην οποία δείγματα θετικότητας έχομεν, διά να πιστεύσωμεν όσα λέει ο Δικαίος και όσα γράφει ο Υψηλάντης;

-Είνε σύμφωνον άπαν το έθνος και συνυπακούεται;

-Ποίαι αι άφευκτοι ανάγκαι του πολέμου, πόσα έχομεν, πόσα λείπουν, και πόθεν θα τα πορισθώμεν;

-Τις η δύναμις του έθνους εις οπλοφόρους και αρκεί διά τον σκοπόν;

-Αν αντισταθή καθ’ ημών δύναμις τις ευρωπαϊκή τι ποιητέον;

-Εάν προ της ενάρξεως του αγώνος ανακαλύψη τας ενεργείας μας η τουρκική εξουσία ποια οικονομία πρέπει να γίνει;»

Τελικά, μετά από πέντε συνεδριάσεις, από τις 26 μέχρι και τις 29 Ιανουαρίου 1821, έγινε αποδεκτό το σχέδιο για τη μετάβαση του Αλέξανδρου Υψηλάντη στη Μάνη και την έναρξη από εκεί της Επανάστασης. Ακόμα μεταξύ των άλλων η συνέλευση αποφάσισε να μην κινηθούν επαναστατικά μέχρι να έλθει ο «προσδοκώμενος πληρεξούσιος» και αφού επαναστατήσουν πρώτα και άλλα μέρη της Ελλάδος. Ακόμα να συγκεντρώσουν τις συνεισφορές για τον μελλοντικό αγώνα στην Πάτρα, να μην στείλουν αντιπροσώπους στην πρόσκληση του καϊμακάμη στην Τριπολιτσά και να ξαναζητήσουν τη γνώμη του Αλέξανδρου Υψηλάντη για τον «μελετώμενον αγώνα» καθώς και για την ενδεχόμενη βοήθεια που θα μπορούσαν να περιμένουν από τη Ρωσία. Αν οι συνθήκες το επέτρεπαν κι υπήρχε ευνοϊκή απάντηση από τη Ρωσία, η έναρξη της Επανάστασης θα γινόταν την 25η Μαρτίου ή την 23η Απριλίου ή την 21η Μαΐου 1821.

Έγινε έρανος μεταξύ των παρόντων για την οικονομική ενίσχυση του αγώνα και διαβάστηκε επιστολή του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη που προέτρεπε στην ταχεία έναρξη της εξέγερσης. Ακόμα η συνέλευση απέστειλε τον Σωτήρη Χαραλάμπη στους Υδραίους φιλικούς για να τους μεταφέρει τις αποφάσεις της συνέλευσης και να προετοιμάσουν και αυτοί τον στόλο τους. Επίσης ο Παπαφλέσσας απέστειλε με τον Χαραλάμπη μια επιστολή του, της 31ης Ιανουαρίου 1821, με την οποία καλεί τον φιλικό, ναύαρχο του υδραίικου στόλου, Ιάκωβο Τομπάζη να εμπιστευτεί και να αποδεχθεί τις εντολές του Χαραλάμπη. Όλοι οι συμμετέχοντες ανέλαβαν να ειδοποιήσουν τους προεστούς των επαρχιών τους για τις αποφάσεις της συνέλευσης. Η σύσκεψη της Βοστίτσας, απέτυχε ολοκληρωτικά αφού ανέδειξε τη διχογνωμία αλλά και τις αμφισβητήσεις στα λεγόμενα του Παπαφλέσσα από πολλούς συμμετέχοντες, δηλαδή φανέρωσε τον άλλο πόλο της Επανάστασης. Ήταν όμως σημαντική αφού ανέδειξε επίσης την αναγκαιότητα για την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης.

Μετά τη Βοστίτσα και παρά την εντολή της συνέλευσης να αποσυρθεί στη Μονή της Σιδηρόπορτας, βορειοανατολικά της Καλαμάτας, ο Παπαφλέσσας κατευθυνόμενος προς τη Μεσσηνία, περιπλανήθηκε στην επαρχία Καλαβρύτων σπέρνοντας τον σπόρο της Επανάστασης στους κατά τόπους προκρίτους. Στη συνέχεια έφτασε στους Δεληγιανναίους στα Λαγκάδια της Καρύταινας. Κι εκεί συνάντησε την ίδια δυσπιστία. Έτσι, κατευθύνθηκε στην ιδιαίτερη πατρίδα του, την Πολιανή. Μετά από λίγο όμως, για αποφύγει τους Τούρκους, κατέφυγε στο Γαρδίκι. Από εκεί, με επιστολή στις 22 Φεβρουαρίου 1821, ενημέρωσε τον Ξάνθο για όλα τα διαδραματισθέντα στη σύσκεψη της Βοστίτσας, εκφράζοντας την απορία του για την καθυστέρηση της καθόδου στην Πελοπόννησο του Υψηλάντη.

Ακολούθως, από το Γαρδίκι κατέβηκε στη Μάνη για να συναντήσει τον Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη και να επιβεβαιώσει τη συμμετοχή του στην Επανάσταση. Παρά τις  διαβεβαιώσεις του Παπαφλέσσα, ο Πετρόμπεης προσπαθούσε να επικοινωνήσει με τον Καποδίστρια και την ηγεσία της Φιλικής Εταιρείας, για να διασταυρώσει τις πληροφορίες. Αμέσως όμως και αφού τα μηνύματα που έφθαναν σ’ αυτόν από πολλούς αγγελιοφόρους τον βεβαίωναν ότι η Επανάσταση θα γίνει με τη βοήθεια της Ρωσίας, συμφώνησε με τον Παπαφλέσσα για τη συμμετοχή του σε αυτήν. Ο Παπαφλέσσας του υποσχέθηκε ακόμα ότι ο ίδιος ο αρχηγός, ο Αλέξανδρος Υψηλάντης θα ηγηθεί της Επανάστασης με στρατιωτική βοήθεια από τη Ρωσία, ενώ ο Πετρόμπεης θα ήταν ο αρχηγός της Μάνης και ο κύριος εκφραστής του αγώνα στο Μοριά.

Ο Γεωργάκης Μαυρομιχάλης, αφού επέστρεψε στη Μάνη, δεν υπάκουσε στις προσταγές του πατέρα του για την άμεση επιστροφή του στο Πατριαρχείο και συνεπαρμένος από τα κηρύγματα της Επανάστασης πήγε στην Ύδρα. Αφού ο Γεωργάκης αρνήθηκε, ο Πετρόμπεης για να πείσει για τις καλές του προθέσεις και για να αποσείσει τις υπόνοιες των Τούρκων για συμμετοχή του σε επαναστατικές κινήσεις, μετά μάλιστα την απροθυμία του να συλλάβει τον Κολοκοτρώνη και τον Παπαφλέσσα όπως του ζητούσαν, έστειλε όμηρο στην Τριπολιτσά τον δεύτερο γιο του Αναστάση και τον ανιψιό του Πικουλάκη.

Την ίδια εποχή, από τις 6 Ιανουαρίου 1821, ο Κολοκοτρώνης, που μόλις είχε επιστρέψει από την Ζάκυνθο, βρισκόταν στην Καρδαμύλη στο σπίτι του Παναγιώτη Τρουπάκη ή Μούρτζινου. Εκεί, μέχρι τον Μάρτιο, συνεχίζοντας το έργο του Χριστόφορου Περραιβού, φρόντιζε για την κατάπαυση των αντιζηλιών και των παθών που υπήρχαν μεταξύ των πολυάριθμων μανιάτικων οικογενειών. Στη Μάνη υπήρχε τότε μεγάλη ένταση και διχογνωμία για τον κατάλληλο χρόνο της έναρξης της Επανάστασης. Από τις αρχές Μαρτίου, στην προσηλιακή Μάνη επικρατούσε πολεμική ατμόσφαιρα και η στρατολόγηση ανδρών και η προμήθεια πολεμοφοδίων γινόταν φανερά. Στην αποσκιαδερή Μάνη υπήρχε φαινομενική ηρεμία, λόγω της άμεσης επιρροής του Πετρόμπεη που φοβόταν τουρκική επέμβαση και ματαίωση της επαναστατικής προσπάθειας.

Παρά τις αμφιβολίες των προεστών, το κλίμα στην Πελοπόννησο ήταν πια έντονα επαναστατικό και ένας σπινθήρας έλειπε για την μεγάλη έκρηξη. Κι αυτό δεν άργησε να γίνει. Μετά και από την παρότρυνση των προκρίτων της Αχαΐας που πρότειναν στον Μαυρομιχάλη «την προκαταρτικήν κίνησιν των Λακωνικών όπλων», οι Μανιάτες οπλαρχηγοί ήταν έτοιμοι για τις πολεμικές επιχειρήσεις.