Μεγάλη όμως ήταν η συνεισφορά των Ελλήνων της Θράκης στην οικονομική και πνευματική ενίσχυση του αγώνα. Σχολεία και βιβλιοθήκες λειτουργούσαν την προεπαναστατική περίοδο στην Αίνο, στην Καλλίπολη, στη Σηλυβρία , στο Διδυμότειχο, στην Αδριανούπολη, στη Φιλιππούπολη, στη Σωζόπολη κ.α. με στόχο την πνευματική αφύπνιση των υποδούλων. Πολλοί Θρακιώτες είχαν μυηθεί στη Φιλική Εταιρεία και συμμετείχαν στον ξεσηκωμό στηρίζοντας την Επανάσταση οικονομικά. Κύριοι εκπρόσωποι των φιλικών της Θράκης ήταν οι έμποροι αδελφοί Κουμπάρη από τη Μεσημβρία της Μαύρης Θάλασσας ενώ, καθοριστικός για την εξέλιξη της Επανάστασης ήταν και ο ρόλος του Γρηγορίου Μαρασλή, μεγαλέμπορου από τη Φιλιππούπολη. Αυτός είχε μυηθεί στη Φιλική Εταιρεία και μετά την καταστροφή του Υψηλάντη στη Μολδοβλαχία, ενίσχυσε την περίθαλψη των προσφύγων. Πολλοί Θρακιώτες αγωνιστές διακρίθηκαν επίσης σε μάχες σε ξηρά και θάλασσα στη νότια Ελλάδα και στο Αιγαίο.
Οι εξεγέρσεις στη Θράκη είχαν μόνο τοπικό χαρακτήρα. Με την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης στη νότια Ελλάδα, οι Τούρκοι για αντίποινα και θέλοντας προληπτικά να εκφοβίσουν τον ελληνικό πληθυσμό στην Αδριανούπολη (σημ. Edirne), όπου υπήρχαν κατά καιρούς προσπάθειες για εξεγέρσεις, προχώρησαν σε ομαδική σφαγή 26 προκρίτων, στις 15 Απριλίου 1821. Τα πτώματά τους ρίχτηκαν στον Έβρο, την Κυριακή του Θωμά, 17 Απριλίου. Στις 18 Απριλίου 1821 απαγχονίστηκε στην Αδριανούπολη και ο προκάτοχος του πατριάρχη Γρηγόριου Ε’, Κύριλλος ΣΤ’.
Στον Εύξεινο Πόντο, στη Σωζόπολη (σημ. Sozopol) στις 17 Απριλίου οι Έλληνες κάτοικοι με επικεφαλής τον Δημήτριο Βάρη και τον αδελφό του μητροπολίτη Σωζοπόλεως Παΐσιο, εξεγέρθηκαν. Όμως, οι ανοργάνωτοι επαναστάτες στη μάχη στο Κιούπκιοϊ διαλύθηκαν από τις τουρκικές δυνάμεις του πασά της Αγχιάλου. Σε αντίποινα, στις 25 Απριλίου, συνελήφθησαν και φυλακίστηκαν στην Κωνσταντινούπολη οι μητροπολίτες Αδριανουπόλεως, Γάνου και Χώρας Αγχιάλου, Μεσημβρίας, Δέρκων Μυριοφύτου, καθώς και αρκετοί πρόκριτοι. Απαγχονίστηκαν και αυτοί, στις 3 Ιουνίου 1821.
Η Αίνος (σημ. Enez), κυρίαρχη ναυτική δύναμη της Θράκης, προεπαναστατικά διέθετε τέσσερα μεγάλα πλοία και εξήντα σακολέβες. Επικεφαλής του στόλου της Αίνου ήταν ο Χατζή Αντώνης Βισβίζης και η γυναίκα του Δόμνα, ο Μαργαρίτης Χατζή Φραντζής Κούταβος, ο γιος του Μαργαρίτης και ο ανιψιός του Κωνσταντίνος. Αυτοί σε πολλές περιστάσεις συνέβαλαν καθοριστικά στην Ελληνική Επανάσταση. Το τέλος Απριλίου 1821 υπήρξε και στην Αίνο προσπάθεια για εξέγερση. Οι Έλληνες κάτοικοι προσπάθησαν, χωρίς αποτέλεσμα όμως, να καταλάβουν το κάστρο της πόλης. Η τουρκική φρουρά όμως, σχεδόν αμέσως, ανακατέλαβε το οχυρό. Μια δεύτερη απόπειρα έγινε στις 6 Μαΐου 1821 από τη θάλασσα. Τότε, μετά την εξέγερση της πόλης, τα καράβια της Αίνου έφταναν τα τριακόσια. Τέσσερα ψαριανά πλοία με επικεφαλής τον Ανδρέα Γιαννίτση και το εξοπλισμένο μπρίκι του Αντώνη Βισβίζη, η «Καλομοίρα», βομβάρδισαν το οχυρό Ίμπριτζε στον κόλπο του Σάρου, πάνω από τη χερσόνησο της Καλλίπολης, έδιωξαν τους Τούρκους και ανακατέλαβαν το κάστρο. Η Αίνος έμεινε ελεύθερη μόνο για λίγες ημέρες, αφού οι Τούρκοι κατάφεραν να την ανακαταλάβουν. Πολλοί από τους εξεγερμένους κατέφυγαν στη νότια Ελλάδα. Τα ψαριανά πλοία όμως, πρόλαβαν και φόρτωσαν 22 κανόνια και πολεμοφόδια και τα μετέφεραν στα Ψαρά για την ενίσχυση της άμυνας του νησιού. Την ίδια περίοδο, περίπου πεντακόσιοι Θρακιώτες, υπό τον μητροπολίτη Μαρώνειας Κωνστάντιο, κατέβηκαν στο Άγιο Όρος για να ενισχύσουν το κίνημα του Εμμανουήλ Παπά.
Στις 19 Απριλίου 1821, με την βοήθεια των Ψαριανών, επαναστάτησαν και οι Έλληνες κάτοικοι της Σαμοθράκης. Αμέσως οι πρόκριτοι Αλέξιος Αινείτης, Γεωργούδης Πεζούλας, Γεώργιος και Σάββας Χατζηγιαννάκης και ο δημογέροντας Χατζηγιώργης δήλωσαν στον Τούρκο διοικητή του νησιού ότι:
…«του λοιπού είναι Έλληνες ελεύθεροι και κατά συνέπειαν, δεν έχουσι πλέον να πληρώσι φόρους εις τον Σουλτάνον»…
Η σφαγή της Σαμοθράκης, έργο του Αυγούστου Βινσόν, Μουσείο του Λούβρου
Ταυτόχρονα, διαβεβαίωσαν τους κατοίκους του νησιού ότι σύντομα θα έφτανε ο ελληνικός στόλος για να τους υπερασπίσει. Η οθωμανική κυβέρνηση δεν ασχολήθηκε τότε με τη Σαμοθράκη. Κι ενώ φαινόταν ότι οι επαναστάτες τα κατάφεραν, ήρθε η 1η Σεπτεμβρίου 1821. Τότε αποβιβάστηκαν στο νησί χίλιοι Οθωμανοί στρατιώτες του Τούρκου ναυάρχου Καρά-Αλή. Μετά από την αγέρωχη απάντηση του δημογέροντα Χατζηγιώργη στην πρόσκληση για παράδοση των εξεγερμένων:
…«Δοσίματα δεν έχουμε παρά μονάχα μολύβι και μπαρούτι. Είμαστε Έλληνες και προτιμούμε να πεθάνουμε παρά να είμαστε σκλάβοι»…
Μόλις τριάντα πέντε ένοπλοι Σαμοθρακίτες προσπάθησαν να αναχαιτίσουν τους Τούρκους που αποβιβάζονταν στο νησί. Η πρώτη συμπλοκή έγινε έξω από τη Χώρα, στη θέση Μύλοι. Όμως η έλλειψη πυρομαχικών αλλά και εμπειρίας έκαμψε την αντίσταση των αμυνομένων που υποχώρησαν και κατέφυγαν στα δάση του νησιού. Όμως πίστεψαν σε ψεύτικες υποσχέσεις και προδομένοι γύρισαν στη Χώρα. Οι Τούρκοι εισβολείς αθέτησαν τις υποσχέσεις τους, διάλεξαν επτακόσιους Σαμοθρακίτες και τους έσφαξαν στο ρέμα του Εφκά.
Ακολούθησε, για περισσότερο από ένα μήνα, ολοκαύτωμα. Η καταστροφή ήταν φοβερή με τη σφαγή σχεδόν όλων των ανδρών και των αγοριών του νησιού. Τα βρέφη κάτω των δύο ετών και οι γυναίκες πάνω από τα σαράντα είχαν την ίδια μοίρα. Οι περίπου τριάντα συλληφθέντες Σαμοθρακίτες πρόκριτοι, παρέμειναν αιχμάλωτοι για να κρεμαστούν αργότερα, ως τρόπαια, στα κατάρτια των πλοίων του Καρά Αλή κατά τη θριαμβευτική είσοδό του στο λιμάνι της Κωνσταντινούπολης. Τα γυναικόπαιδα που ξεδιαλέχτηκαν, πουλήθηκαν στο σκλαβοπάζαρο της Κωνσταντινούπολης. Σχεδόν οι μισοί σκλάβοι εξαγοράστηκαν από τα φιλελληνικά κομιτάτα του Λονδίνου, της Ζυρίχης και του Παρισιού και κάποιοι από αυτούς επέστρεψαν αργότερα στη Σαμοθράκη. Στο νησί γλύτωσαν μόνο τριαντατρείς οικογένειες. Κι ενώ ο πληθυσμός του νησιού προεπαναστατικά έφτανε τις τεσσεράμισι χιλιάδες, το 1822 αναφέρονται μόλις διακόσιοι Σαμοθρακίτες κάτοικοι.
Οι Τούρκοι εισβολείς δεν περιορίστηκαν στη σφαγή αλλά κατέστρεψαν τα πάντα. Στη σφαγή της Σαμοθράκης αναφέρονται πολλές πηγές. Ο Francois Pouqueville στο: “Histoire de la Regeneration de la Grèce («Ιστορία της Αναγέννησης της Ελλάδας») που κυκλοφόρησε το 1824 στο Παρίσι αναφέρει:
«…Μέρα πένθους. Η φρίκη κι ο θάνατος απλώνονται σ’ ολόκληρο το νησί. Τα χωριά διατρέχουν, τις πεδιάδες, ψάχνουν στις κοιλάδες και στα δάση, οι γυναίκες και τα παιδιά αλυσοδένονται. Οι άνδρες αποκεφαλίζονται, εκτός από μερικούς που τους φυλάγουν, για να τους κρεμάσουν στα κατάρτια πλοίων, όταν θα γυρίζουν στην Κωνσταντινούπολη. Αλυσοδεμένους τους φέρνουν μαζί με τις αθώες οικογένειές τους στα πλοία και τους στοιβάζουν μαζί με σωρούς κεφαλιών προορισμένων να κοσμήσουν την πύλη σαραγιού. Φριχτός φόρος, οι γυναίκες που ήταν καταδικασμένες να μπουν στα κακόφημα σπίτια (σύμφωνα με το πολεμικό δίκαιο των Μωαμεθανών) καταφέρνουν να μετριαστεί η ποινή τους, χάρη στην απληστία των δεσποτών τους που τις πούλησαν μαζί με τα παιδιά τους στην αγορά του Σουλτανιέ Καλεσί. Ακόμη οι Τούρκοι δεν ξέχασαν να στοιβάξουν σε σωρούς τα κομμένα κεφάλια κάτω από τα παράθυρα του Γάλλου υποπρόξενου…»
Αυτή η αναφορά του Pouqueville ήταν η πηγή έμπνευσης το 1827, για τον Auguste Vinchon για τον αριστουργηματικό πίνακα “Après le Massacre de Samothrace” («Μετά τη σφαγή της Σαμοθράκης”) που βρίσκεται στο Λούβρο. Επίσης λίγο αργότερα το 1853, ο Louis M. Lacroix στο έργο του “Iles de la Grèce” γράφει:
«οι Τούρκοι κατερήμωσαν ασπλάχνως την νήσον ταύτην εν τω υπέρ ανεξαρτησίας αγώνι...»
Το 1908 στο οδοιπορικό του «Σαμοθράκη» ο Ίωνας Δραγούμης γράφει:
«Στην εκκλησία μπήκαν, τύφλωσαν τους Άγιους, άρπαξαν ό, τι πολύτιμο είχε σύντριψαν την Αγία Τράπεζα κι ένας με τη λόγχη του τρύπησε το Ευαγγέλιο πέρα πέρα».
Ο Ίωνας Δραγούμης μετέφερε το Ευαγγέλιο στο Εθνολογικό Μουσείο Αθηνών.
Αποτέλεσμα της αχαλίνωτης βίας του ολοκαυτώματος ήταν και οι εξισλαμισμοί πολλών Σαμοθρακιτών. Πέντε από αυτούς, οι Γεώργιος Κουρούνης, Μανουήλ Παλογούδας, Μιχαήλ ο Κύπριος, Θεόδωρος Καλάκου, και ο νεαρός Γεώργιος, που εξισλαμίσθηκαν την εποχή του χαλασμού, επέστρεψαν στη Σαμοθράκη και ξανάγιναν Χριστιανοί. Αυτό είχε σαν αποτέλεσμα την εκ νέου σύλληψή τους και την εκτέλεσή τους απέναντι από τη Σαμοθράκη, στο χωριό Μάκρη του Δεδέ-Αγάτς (Dedeağaç) τη σημερινή Αλεξανδρούπολη τη Δευτέρα του Θωμά 6 Απριλίου 1835. Η Εκκλησία τους ανακήρυξε Αγίους και η μνήμη τους τιμάται την Κυριακή του Θωμά. Τα λείψανά τους βρίσκονται στον ναό της Παναγίας στη Χώρα και στις εικόνες των ναών του νησιού εικονίζονται φορώντας φουστανέλες. Το ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης παρέμενε σχεδόν άγνωστο και η αναγνώρισή του στην υπόθεση της παλιγγενεσίας έγινε το 1980 από την Ακαδημία Αθηνών.
