Η Κύπρος είχε μπει στα σχέδια της Φιλικής Εταιρείας κυρίως για την οικονομική στήριξη που θα μπορούσε να προσφέρει στο ταμείο του κοινού αγώνα. Ο αρχιεπίσκοπος Κύπρου Κυπριανός, είχε μυηθεί στη Φιλική Εταιρεία, άγνωστο από ποιον και πότε ακριβώς. Το 1820 φιλοξένησε μυστικά στην Κύπρο τον Φιλικό Δημήτριο Ίπατρο και ο αρχιεπίσκοπος Κυπριανός υποσχέθηκε οικονομική βοήθεια στο ταμείο της Φιλικής για τη σχεδιαζόμενη Ελληνική Επανάσταση.
Στις 8 Οκτωβρίου 1820, στη σύσκεψη των Φιλικών στο Ισμαήλι, αποκλείστηκε η Κύπρος από τα πολεμικά επαναστατικά σχέδια. Ο Αλέξανδρος Υψηλάντης, για να ενισχύσει το ταμείο της Εταιρείας και να εξασφαλίσει πολεμοφόδια για την Πελοπόννησο, έστειλε τον Φιλικό Αντώνιο Πελοπίδα στην Αίγυπτο και την Κύπρο. Εκεί ο Πελοπίδας θα συγκέντρωνε την οικονομική βοήθεια των εύπορων ομογενών της παροικίας της Αιγύπτου και της Κύπρου. Ο Αλέξανδρος Υψηλάντης με επιστολή που απέστειλε στον αρχιεπίσκοπο Κύπρου Κυπριανό με τον Αντώνιο Πελοπίδα, του υπενθύμιζε την υπόσχεση που είχε δώσει στον Δημήτριο Ίπατρο, για οικονομική βοήθεια στον Αγώνα:
Μακαριώτατε και φιλογενέστατε Δέσποτα,
Ο φιλογενέστατος κύριος Δημήτριος Ίπατρος με εβεβαίωσε περί της γενναίας συνεισφοράς, την οποίαν η υμετέρα Μακαριότης υπεσχέθη προς αυτόν διά το Σχολείον της Πελοποννήσου*. Όθεν, ως γενικός έφορος του Σχολείου τούτου, κρίνω χρέος μου απαραίτητον να ευχαριστήσω την Υμετέραν Μακαριότητα και να την ειδοποιήσω ότι η έναρξις του Σχολείου εγγίζει. Διά τούτο λοιπόν στέλλω εξεπίτηδες τον κύριον Αντώνιον Πελοπίδαν, άνδρα ενάρετον, φιλογενή και πάσης πίστεως άξιον διά να την βεβαιώσω και διά ζώσης φωνής την όσον ούπω ανέγερσιν του ιερού τούτου καταστήματος: Άς ταχύνη λοιπόν η υμετέρα Μακαριότης να εμβάση τόσον της υμετέρας Μακαριότητας τας συνεισφοράς, όσον και των λοιπών αυτού ομογενών, είτε χρηματικάς, είτε είναι ζωοτροφίας προς τον εν παλαιά Πάτρα της Πελοποννήσου κύριον Ιωάννην Παππά Διαμαντόπουλον, συντροφεύουσα αυτάς ή με άνθρωπον της επίτηδες ή με τον κομιστήν του παρόντος μου.
Ων δε εύελπις, ότι ή υμετέρα Μακαριότης θέλει φιλοτιμηθή να δείξη την συνεισφοράν αξίαν του μεγάλου ζήλου και πατριωτισμού Αυτής τε και όλου της του ποιμνίου, εξικετεύω τας μακαρίους Αυτής ευχάς και μένω με βαθύ σέβας της υμετέρας Μακαριότητος τέκνον ευπειθές.
Ισμαήλ την 8ην Οκτωβρίου 1820. Αλέξανδρος Υψηλάντης
Προς τον Μακαριώτατον και Θεοπρόβλητον Μητροπολίτην της νήσου Κύπρου Κύριον Κύριον Κυπριανόν προσκυνητώς – Εις Κύπρον.
*Σχολείον της Πελοποννήσου ήταν η επικείμενη Ελληνική Επανάσταση.
Δεν είναι γνωστό αν και πότε έφτασε η επιστολή του Αλέξανδρου Υψηλάντη στον αρχιεπίσκοπο Κύπρου καθώς και ποιά ήταν τελικά η οικονομική στήριξη της Κύπρου στο ταμείο της Φιλικής για την προετοιμασία της Ελληνικής Επανάστασης.
Όταν ξέσπασε η εξέγερση στη Μολδοβλαχία αλλά και στον Μοριά, οι Τούρκοι φοβούμενοι εξεγέρσεις και σε άλλα ελληνικά μέρη πήραν μέτρα. Μετά τις πρώτες επιτυχίες και την κινητικότητα των Ελλήνων στον Μοριά και στα νησιά, τον Απρίλιο του 1821 εκδόθηκε από την οθωμανική διοίκηση διάταγμα που προέβλεπε τον γενικό αφοπλισμό των χριστιανών κατοίκων της αυτοκρατορίας που δεν είχαν επαναστατήσει (Κωνσταντινούπολη, Σμύρνη, Κυδωνίες και Έφεσος). Το ίδιο βέβαια κοινοποιήθηκε και στην Κύπρο με την αναγνώριση ότι οι Κύπριοι δεν είχαν δημιουργήσει ποτέ πρόβλημα στην οθωμανική διακυβέρνηση του νησιού, αλλά αντίθετα:
…«αποστησάντων των Τούρκων κατά περιστάσεις τινάς, ηνώθησαν ούτοι μετά των νικηφόρων στρατευμάτων ημών και συνετέλεσαν προθύμως εις την κατατρόπωσιν και την υποταγήν των αποστατών»…
Αν και το νησί δεν διέθετε πλοία, κάτι που θα ήταν απαραίτητο για τον εφοδιασμό του σε περίπτωση ξεσηκωμού, οι Τούρκοι φοβούμενοι την εξάπλωση της Επανάστασης και στην Κύπρο, στις 22 Απριλίου μετά και από εγκύκλιο του αρχιεπισκόπου, προχώρησαν στον αφοπλισμό των χριστιανών. Με πρόσχημα την έρευνα για όπλα οι Τούρκοι επιδόθηκαν σε διωγμούς. Στις 3 Μαΐου, μετά από απαίτηση του κυβερνήτη της Κύπρου πασά Küçük Mehmet, ο αρχιεπίσκοπος Κυπριανός εξέδωσε νέα εγκύκλιο για τον κατευνασμό του φόβου των χριστιανών. Σε αυτή τη συγκυρία, ο Küçük Mehmet βρήκε την ευκαιρία και ετοίμασε μια λίστα τετρακοσίων ογδόντα έξι δήθεν συνωμοτών αλλά και εύπορων χριστιανών και την υπέβαλε στον σουλτάνο. Απώτερος στόχος του ήταν η υφαρπαγή των περιουσιών των «υπόπτων». Κι αυτό επειδή ο νόμος όριζε ότι «οι καταδικασμένοι για εξέγερση αντιμετώπιζαν την ποινή του θανάτου και οι περιουσίες τους δημεύονταν». Ο πασάς πίστευε ότι με τις προγραφές θα μπορούσε να καρπωθεί προς όφελος του τις περιουσίες των «υπόπτων». Ο αριθμός των προγραφέντων αναφέρεται από τον Ι. Φιλήμονα στο «Δοκίμιον Ιστορικόν περί της Ελληνικής Επαναστάσεως», το 1860. Σε μια πρόσφατη παρουσίαση του οθωμανικού κατάστιχου από τον Ι. Θεοχαρίδη, ο αριθμός των προγραφέντων από τον πασά Küçük Mehmet ήταν ενενήντα έξι. Η απάντηση του σουλτάνου σε πρώτη φάση, ήταν αρνητική στην εκτέλεση των προγραφέντων χριστιανών. Για τη διατήρηση της έννομης τάξης στην Κύπρο, η υψηλή πύλη έστειλε στο νησί, ένα στρατιωτικό σώμα τεσσάρων χιλιάδων στρατιωτών από την κοντινή Καραμανία. Οι φόβοι των Τούρκων για επικείμενο ξεσηκωμό των Κυπρίων χριστιανών ενισχύθηκαν όμως από τις επαναστατικές προκηρύξεις που έριξε απερίσκεπτα στη Λάρνακα ο αρχιμανδρίτης Θεόφιλος Θησέας, συγγενής του αρχιεπισκόπου Κυπριανού. Τότε ο σουλτάνος έδωσε τη συγκατάθεσή του για την εκτέλεση των προγραμμένων χριστιανών στην Κύπρο. Οι συλλήψεις έγιναν κυρίως την Κυριακή 10 Ιουνίου κατά τη διάρκεια της κυριακάτικης λειτουργίας. Από τον κατάλογο του Küçük Mehmet κατάφεραν να διαφύγουν περίπου είκοσι. Ευκαιρία να ξεφύγει είχε και ο αρχιεπίσκοπος Κυπριανός. Αυτός δεν πίστευε όμως, ότι ο Küçük Mehmet θα προχωρούσε σε εκτελέσεις και παρέμεινε στη Λευκωσία.
Στις 2 και 3 Ιουλίου, στασίασαν οι Τούρκοι στρατιώτες που είχαν φθάσει στην Κύπρο από την Καραμανία, λόγω της μη καταβολής των μισθών τους αλλά και της μικρών κερδών τους από τις λαφυραγωγίες και τις λεηλασίες. Ο Küçük Mehmet βρέθηκε σε δεινή θέση αφού στην αντιπαράθεσή του με των αρχηγό των μετακληθέντων κινδύνεψε να χάσει τη ζωή του.
Παρά την αναταραχή που προκλήθηκε στην τουρκική διοίκηση από την στάση των στρατιωτών, οι εκτελέσεις ξεκίνησαν στις 9 Ιουλίου 1821 με πρώτο τον απαγχονισμό του αρχιεπισκόπου Κυπριανού στην πλατεία Σαραγιού στη Λευκωσία. Η πλατεία Σαραγιού βρίσκεται σήμερα στο κατεχόμενο τμήμα της πόλης. Την ίδια ημέρα αποκεφαλίστηκαν οι άλλοι τρεις Κύπριοι μητροπολίτες. Ο Κηρύνειας Λαυρέντιος, ο Πάφου Χρύσανθος και ο Κιτίου Μελέτιος. Επίσης αποκεφαλίστηκαν ο αρχιδιάκονους Μελέτιος και ο Δημήτριος Βοσκός ενώ την επόμενη ημέρα ο ηγούμενος της μονής Κύκκου Ιωσήφ και πολλοί ακόμα κληρικοί. Ακολούθησαν εκτελέσεις πολλών από τους προγραφέντες. Οι σφαγές κράτησαν περίπου ένα μήνα. Λεηλατήθηκαν μονές και ιεροί ναοί και βέβαια δημεύτηκαν οι περιουσίες των εκτελεσθέντων. Οι λεηλασίες και οι δηλώσεις των μοναστηριών δεν είχαν προηγούμενο. Η μονή Κύκκου σχεδόν ερημώθηκε. Η εκκλησία της Κύπρου έμεινε ακέφαλη για περίπου έξι μήνες. Τον Δεκέμβριο του 1821 εκλέχτηκε αρχιεπίσκοπος Κύπρου ο ιερομόναχος Ιωακείμ.
Για να μην γίνει γνωστή η σφαγή των προγραφέντων, κυρίως στη Ρωσία και τη δυτική Ευρώπη, ο πασάς κατέσχεσε και παρεμπόδισε την αλληλογραφία των ξένων διπλωματών. Αναφέρεται ότι για να αποφύγουν την εκτέλεση, περίπου σαράντα Κύπριοι χριστιανοί εξισλαμίστηκαν, ενώ υπήρξε τεράστιο κύμα προσφύγων που κατέφευγαν για να σωθούν στα προξενεία των ξένων χωρών στη Λεμεσό και τη Λάρνακα. Ο χριστιανικός πληθυσμός συρρικνώθηκε. Από τις ογδόντα χιλιάδες χριστιανών της προεπαναστατικής περιόδου, τη δεκαετία του 1820 έφυγαν από την Κύπρο περισσότεροι από είκοσι χιλιάδες. Πολλοί από τους φυγάδες του καλοκαιριού του 1821 έφτασαν στην επαναστατημένη Ελλάδα, αγωνίστηκαν και πολλοί διακρίθηκαν στην Ελληνική Επανάσταση. Σχημάτισαν μάλιστα κυπριακό στρατιωτικό σώμα, τον «λόχο Κυπρίων» που διέθετε και δική του γαλανόλευκη σημαία που σήμερα βρίσκεται στο Εθνικό Ιστορικό Μουσείο και πάνω σ’ αυτή υπάρχει γραμμένη η ένδειξη:
ΣΗΜΕΑ ΕΛΗΝΗΚΙ ΠΑΤΡΗΣ ΚΥΠΡΟΥ
Το όνειρο των Κυπρίων προσφύγων δεν έπαυε όμως να είναι η απελευθέρωση της πατρίδας τους. Τα βάσανα και οι προσδοκίες τους αποτυπώνονται σε μια προκήρυξη των Κυπρίων της Μασσαλίας, τον Δεκέμβριο του 1821:
«Νομίζομεν ενώπιον Θεού και ανθρώπων, ότι έχωμεν κάθε δίκαιον να μη γνωρίζομεν πλέον δια διοίκησιν τους αιμοβόρους τούτους ληστάς, αλλά συμφώνως με τους λοιπούς αδελφούς ημών Έλληνας θέλομεν προσπαθήσει δια την ελευθερίαν της ειρηνικής ημών, πάλαι μεν μακαρίας, ήδη δε τρισαθλίας Νήσου Κύπρου».
Αυτή η προκήρυξη από τότε, ισχύει διαχρονικά για την Κύπρο. Ένα ανάλογο έγγραφο συντάχθηκε στη Ρώμη στις 6 Δεκεμβρίου 1821, από Κυπρίους προκρίτους που κατάφεραν να φτάσουν εκεί. Το έγγραφο καταγγέλλει τις σφαγές στην Κύπρο και εξουσιοδοτεί τον Νικόλαο Θησέα να οργανώσει εκστρατευτικό σώμα για την απελευθέρωση της Κύπρου. Πράγματι λίγο αργότερα, το 1824, οι Νικόλαος και Θεόφιλος Θησέας προσπάθησαν να οργανώσουν την αποστολή εκστρατευτικού σώματος στην Κύπρο. Η οικογένεια Θησέα είχε μεγάλο εμπορικό οίκο στη Μασσαλία και στρατολογούσε εθελοντές για την Ελλάδα. Ταυτόχρονα συγκέντρωναν και έστελναν μεγάλες ποσότητες υλικής βοήθειας στους Έλληνες επαναστάτες. Αυτή η αποστολή του εκστρατευτικού σώματος συνδυάστηκε όμως με ένα δάνειο οκτακοσίων χιλιάδων λιρών από το Λονδίνο, με απαιτούμενες εγγυήσεις όμως από την επαναστατημένη Ελλάδα. Τότε όμως η ελληνική επιτροπή διαπραγματευόταν άλλο ελληνικό δάνειο στο Λονδίνο και δεν μπορούσε να συναινέσει και γι’ αυτό. Το κυπριακό σχέδιο προέβλεπε ένα εκστρατευτικό σώμα δύο χιλιάδων ανδρών υπό τον Μαυροβούνιο στρατηγό de Wintz, το οποίο θα πολεμούσε πρώτα στην Ελλάδα και στη συνέχεια θα κατέβαινε στην Κύπρο.
Ακόμα μια προσπάθεια για μια επαναστατική κίνηση στην Κύπρο έγινε το 1826 από τους Κυπρίους που πολεμούσαν στην Ελλάδα. Μια ομάδα Κυπρίων με τον Κυπριανό Θησέα, τον Νικόλαο Κριεζιώτη, τον Χατζημιχάλη Ταηλάνο κ.ά. πίεζε την ελληνική κυβέρνηση για την απελευθέρωση της Κύπρου. Παρά την αρνητική απάντηση της κυβέρνησης του Ναυπλίου, δεκατέσσερα πλοία και δυο χιλιάδες άνδρες με οπλαρχηγούς τους Βάσσο Μαυροβουνιώτη, Νικόλαο Κριεζιώτη και Χατζημιχάλη Ταηλάνο έφτασε στη μεγαλόνησο. Δυστυχώς όμως, οι «ελευθερωτές» αντί για απελευθερωτικό αγώνα προχώρησαν σε λεηλασίες και ληστείες του κυπριακού πληθυσμού.
Μετά τη δημιουργία του ελληνικού κράτους ο πόθος της απελευθέρωσης της Κύπρου γιγαντώθηκε. Το 1833 ακολούθησαν τρία ανεπιτυχή απελευθερωτικά κινήματα που καταπνίγηκαν στο αίμα.
