Αρχιστράτηγος των ελληνικών δυνάμεων αναδείχθηκε ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης και πρόεδρος της Γερουσίας ο επίσκοπος Βρεσθένης, Θεοδώρητος. Στο πρακτικό της Συνέλευσης ή «αποδεικτικόν και κυρωτικόν γράμμα», ορίζονταν η διάρκεια λειτουργίας της Γερουσίας μέχρι την άλωση της Τριπολιτσάς. Η «Γερουσία της Πελοποννήσου» εκτός του συντονιστικού ρόλου για τη συνέχιση του Αγώνα και την εφαρμογή ενός φορολογικού συστήματος για τη συντήρησή του, ήταν και μια προσπάθεια των προκρίτων να προλάβουν να πάρουν την εξουσία στα χέρια τους, πριν την άφιξη του Δημήτριου Υψηλάντη. Ο Κολοκοτρώνης, πικραμένος από τα αποτελέσματα της πρόωρης συνέλευσης στις Καλτεζές, αναφέρει:
«…Εις τες Καλτεζιές, επαρχία Μυστρά, έγινε συνέλευσις από μέρους προυχόντων Πελοποννήσου και το εύρηκαν εύλογον να φέρωμεν τον Μαυρομιχάλην, όπου ήτον εις την Καλαμάταν, τον επήγαν εις την Στεμνίτσα και τον έκαμαν Πρόεδρον της Γερουσίας......ημείς εκοιτάζαμεν την δουλειά μας. Κάθε ημέρα είχαμε ακροβολισμούς από το πρωί ίσαμε το βράδυ...»
Η αναπλήρωση του Αλέξανδρου Υψηλάντη από τον αδελφό του Δημήτριο αποφασίστηκε από τους Ξάνθο και Αναγνωστόπουλο στα μέσα Μαρτίου 1821. Με την έναρξη της Επανάστασης, ο εικοσιοκτάχρονος Δημήτριος Υψηλάντης ανέλαβε τα καθήκοντα του πληρεξουσίου του «Γενικού Εφόρου της Αρχής της Εταιρείας των Φιλικών» στην Πελοπόννησο. Από τον Οκτώβριο του 1820 μέχρι την έναρξη της Επανάστασης στη Μολδοβλαχία, υπηρετούσε στο Κίεβο ως λοχαγός, υπασπιστής του Ρώσου στρατηγού του ιππικού, Νικολάι Νικολάγεβιτς Ραγέφσκι. Πριν ξεκινήσει το ταξίδι του για την Ελλάδα, προσπάθησε να συγκεντρώσει χρήματα και πολεμοφόδια κυρίως από την ελληνική παροικία στην Οδησσό. Στη συνέχεια κατευθύνθηκε στο Κισνόβι, το σημερινό Κισινάου, την πρωτεύουσα της Μολδαβίας και από εκεί στις 30 Απριλίου, ξεκίνησε το περιπετειώδες ταξίδι του για την Ελλάδα. Διέθετε δύο διαβατήρια, ένα ρωσικό και ένα γερμανικό. Για να φθάσει στην Ελλάδα έπρεπε να διασχίσει αυστριακό έδαφος και να φτάσει στην Τεργέστη, το σημερινό Τριέστε, το μεγαλύτερο λιμάνι της αυστρο-ουγγρικής αυτοκρατορίας. Επειδή η Αυστρία του Μέττερνιχ ήταν φιλική προς την Οθωμανική αυτοκρατορία, ένα τέτοιο ταξίδι ήταν δύσκολο και επικίνδυνο για τον Ρώσο υπήκοο, Δημήτριο Υψηλάντη. Μετά από παρακολουθήσεις, προδοσίες και αλλαγές δρομολογίων κατάφερε να αποπλεύσει από την Τεργέστη, δήθεν για την Οδησσό, στις 7 Ιουνίου 1821, δηλαδή μόλις μια ημέρα μετά τη συντριβή του αδελφού του Αλέξανδρου στο Δραγατσάνι. Φυσικά δεν είχε καμία ενημέρωση για τα διαδραματιζόμενα στις Ηγεμονίες. Οι αυστριακοί του επέτρεψαν να ταξιδέψει επειδή πίστευαν ότι, λόγω της ρωσικής υπηκοότητας του Υψηλάντη, αν χρειαζόταν αργότερα, θα μπορούσαν να κατηγορήσουν τη Ρωσία για εμπλοκή στα εσωτερικά της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Τελικός προορισμός του Υψηλάντη ήταν η Ύδρα, όπου έφτασε στις 8 Ιουνίου και έγινε δεκτός με ενθουσιασμό από πλήθος κόσμου που πίστευε ότι η άφιξή του σηματοδοτούσε την αρχή της ρωσικής βοήθειας στους επαναστατημένους Έλληνες. Εκεί μεταξύ των άλλων συναντήθηκε και με τον δάσκαλο του Γένους, Νεόφυτο Βάμβα ο οποίος εντυπωσιασμένος από την προσωπικότητα του Υψηλάντη αποφάσισε να τον ακολουθήσει ως γραμματέας σε όλη την περαιτέρω πορεία του.
Στις 12 Ιουνίου εξέδωσε την πρώτη του προκήρυξη στοχεύοντας στην στρατολόγηση αλλά και στον εφοδιασμό των στρατευμάτων. Στις 19 Ιουνίου πέρασε από την Ύδρα στο Άστρος. Και εκεί τον υποδέχτηκαν πανηγυρικά, πλήθη αγωνιστών και απλού λαού. Ότι τους είχε τάξει ο Παπαφλέσσας, στεκόταν τότε ολοζώντανο μπροστά τους. Βέβαια το παράστημά του δεν προκαλούσε ενθουσιασμό. Το ότι ήταν όμως, ο απεσταλμένος της Αρχής, σκόρπιζε ρίγη συγκίνησης και χαράς. Το πρώτο πράγμα που αντίκρυσε ο Υψηλάντης σ’ αυτό το πανηγύρι, ήταν δέκα παλουκωμένα κεφάλια που του’ φερε «πεσκέσι» ο Πάνος Κολοκοτρώνης. Οι πρόκριτοι και κάποιοι καπετάνιοι είχαν αρχίσει να δυσαρεστούνται. Γιατί ασπάστηκε μόνο τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη, τον Παπαφλέσσα και τον Αναγνωσταρά; Έτσι ξεκίνησαν οι μουρμούρες και η γκρίνια. Την ίδια ημέρα, μαζί με όλους που είχαν κατέβει για να τον προϋπαντήσουν έφυγε για τον Άι Γιάννη. Μετά από δύο ημέρες έφτασε στα Βέρβενα για συνέλευση με τους προκρίτους. Κι εκεί τον υποδέχθηκαν πανηγυρικά περισσότεροι από δέκα χιλιάδες ένοπλοι και λαός. Μετά τη δοξολογία της υποδοχής, ο Βάμβας διάβασε στα πλήθη το έγγραφο του Αλέξανδρου Υψηλάντη που τον διόριζε πληρεξούσιο του γενικού επιτρόπου της Αρχής:
«… Επί τούτοις στέλνω προς υμάς τον φίλτατόν μου αδελφόν Δημήτριον Υψηλάντην, άνδρα φιλογενέστατον, πατριώτην άριστον και ειδήμονα των διατρεχόντων….
… Δώσατε, λοιπόν, ακρόασιν εις τους λόγους του και θέλετε ιδή εντός ολίγου την τυραννίαν κατακρημνιζομένην, την δε ελευθερίαν ημών ανυψουμένην και στηριζομένην εις την πρώτην αυτής κατοικίαν…».
Αναγνώστης Δεληγιάννης (Παπαγιαννόπουλος)
Οι πρόκριτοι έπρεπε να υποστηρίξουν τον πρώτο Καταστατικό Χάρτη και τον «Γενικό Οργανισμό της Πελοποννήσου» και τον «Οργανισμό της Πελοποννησιακής Γερουσίας» που είχαν συστήσει πριν περίπου ένα μήνα στις Καλτεζές. Ο Υψηλάντης είχε όμως έτοιμη την εισήγησή του με σχέδιο του «Γενικού Οργανισμού της Πελοποννήσου». Η πρότασή του ήταν να δημιουργηθεί συγκεντρωτική κρατική οργάνωση, με ιεραρχία, αρμοδιότητες αλλά και ευθύνες. Αντίθετα, οι πρόκριτοι, με κύριο εκφραστή τους τον Αναγνώστη Δεληγιάννη (Παπαγιαννόπουλο), δεν ήθελαν αυτόν τον επιμερισμό των αρμοδιοτήτων και την κεντρική διοίκηση αλλά προτιμούσαν την συνυπευθυνότητα «εκ συμφώνου». Δηλαδή πρότειναν να συνεχίσουν οι έφοροι να διοικούν τα επαρχίες τους και πολιτικά αλλά και στρατιωτικά. Σύμφωνα με την εισήγηση της Φιλικής, το σχέδιο του Δημητρίου Υψηλάντη μείωνε τη δύναμη των προκρίτων αφού προέβλεπε την έμμεση εκλογή των εφόρων υπό την προεδρία του:
«….Ο λαός εκάστης επαρχίας των τε χωρίων και της πολιτείας αυτής να εκλέξη τα αξιώτερα μέλη του με ψήφους, προς τα οποία να δίδη επιτροπικήν και πληρεξουσιότητα έγγραφον. Αυτά τα εκλεχθέντα παρά του λαού μέλη να εκλέξωσι με ψήφους τους γενικούς Εφόρους της επαρχίας, και να δώσουν προς αυτούς ενυπόγραφον γράμμα πληρεξουσιότητος, δυνάμει του οποίου να ενεργώσιν, ων ο αριθμός θέλει είναι έξ. Οι γενικοί Έφοροι της επαρχίας, με την ψήφον των ως άνωθεν εκλεχθησομένων μελών του λαού, να συνεκλέγουν τους υποεφόρους των χωρίων και αυτοί οι υποέφοροι να υποτάσσωνται εις τους γενικούς εφόρους, αναφέροντες προς αυτούς παν ότι ανήκει και δίδοντες λόγον περί πάντων…
…Οι Γενικοί Έφοροι θέλουν εκλέγει από τα μέλη της Εφορίας των με ψήφους τον αξιώτερον, και να τον στέλλωσι μέλος της Γερουσίας της Πελοποννήσου. Όλα τα άνωθεν ψηφοφόρα υποκείμενα θέλουν είναι ισόψηφα, και οι περισσότεραι ψήφοι θέλουν υπερισχύσει…».
Ανδρέα Ζ. Μάμουκα, τόμος Α΄12-13 – Αθήνα 1839
Ο οργανισμός που εισηγήθηκε ο Δημήτριος Υψηλάντης απορρίφθηκε από τους προκρίτους στην πρώτη φάση και κατατέθηκε νέο σχέδιο Οργανισμού που περιόριζε τις αρμοδιότητες του Υψηλάντη! Φυσικά αυτός αρνήθηκε την αλλαγή και στις 27 Ιουνίου αποχώρησε από τα Βέρβενα συνοδευόμενος από τον Παπαφλέσσα, με κατεύθυνση το Λεοντάρι και τελικό προορισμό την Καλαμάτα. Στα Βέρβενα, ο λαός πιστεύοντας ότι οι πρόκριτοι έδιωξαν τον Υψηλάντη, τους απείλησε με λιντσάρισμα. Τους έσωσε ο Κολοκοτρώνης καθώς και η αποκήρυξη των βιαιοτήτων από τον Υψηλάντη. Αυτή η πρώτη διαφωνία Υψηλάντη και προκρίτων στις 27 Ιουνίου 1821 στα Βέρβενα ήταν η αρχή. Τα πρώτα σύννεφα διχασμού εμφανίστηκαν πάνω από την Επανάσταση. Ουσιαστικά η διαφωνία δεν ήταν προσωπική. Απλά η Φιλική Εταιρεία που προετοίμασε τον Αγώνα, αξίωσε με τον πλέον καθαρό τρόπο δια του Υψηλάντη και τη διεύθυνσή του. Οι πρόκριτοι έβλεπαν ότι χάνουν τον έλεγχο και την εξουσία ενώ ταυτόχρονα οι στρατιωτικοί έβρισκαν στήριγμα στον Υψηλάντη.
Το άσχημο σε αυτή τη διένεξη ήταν όμως, η ατολμία του Υψηλάντη. Σε λίγες ημέρες όλοι υπαναχώρησαν από τις άκαμπτες θέσεις τους και έδειξαν συμφιλιωτικές τάσεις. Η ανοχή των προκρίτων που επιθυμούσαν την επανάληψη των συζητήσεων, απέφερε την 1η Ιουλίου, τον τίτλο του αρχιστράτηγου στον Υψηλάντη ενώ αυτός βρισκόταν στο στρατόπεδο στα Τρίκορφα. Εκεί είκοσι δύο οπλαρχηγοί του ζήτησαν να μπει επικεφαλής της πολιορκίας της Τριπολιτσάς. Θα ήταν όμως αρχιστράτηγος υπό σκληρή επιτροπεία.
Για να αποφευχθούν νέα έκτροπα, η νέα συνέλευση έγινε στη Ζαράκοβα (σημ. Μαίναλο), που διέθετε και οχυρό πύργο για την προστασία των προκρίτων. Εκεί κλήθηκαν όλοι οι πρόκριτοι και πολιτικοί της Πελοποννήσου, κληρικοί, στρατιωτικοί και ο Υψηλάντης. Ο Υψηλάντης προτίμησε να παραμείνει στα Τρίκορφα και να ενημερώνεται εκεί για τις εξελίξεις. Έγιναν προτάσεις και αντιπροτάσεις με μεσολαβητή τον Παλαιών Πατρών Γερμανό. Οι πρόκριτοι σε αντίθεση με το λαϊκό αίσθημα, επέδειξαν αρχικά και πάλι αδιαλλαξία. Οι στρατιωτικοί δεν ήταν μονιασμένοι ενώ κάποιοι δεν στήριζαν τον Υψηλάντη, επειδή αντιπαθούσαν το περιβάλλον του. Ήταν πλέον ξεκάθαρη η πρόθεση των πολιτικών να ελέγξουν μονομερώς την πολιτική ζωή και τις αποφάσεις του τόπου. Ο Υψηλάντης με την ατολμία του άρχισε να χαμηλώνει τις προσδοκίες του λαού. Κατά τη διάρκεια της συνέλευσης στη Ζαράκοβα οργανώθηκε συνωμοσία των στρατιωτικών κατά των προκρίτων που αποσκοπούσε ακόμα και στη δολοφονία τους. Στις πηγές αναφέρεται ότι την δολοφονία των προκρίτων στη Ζαράκοβα απέτρεψε και πάλι ο Κολοκοτρώνης.
Τελικά και αφού οι πρόκριτοι ζητούσαν επίμονα να συνεχίσουν να διοικούν μόνο οι μεγάλες οικογένειες της Πελοποννήσου, ο νέος τροποποιημένος Οργανισμός της Πελοποννησιακής Γερουσίας σε μια παρωδία συνέλευσης στη Ζαράκοβα δεν εγκρίθηκε. Απλά συμφώνησαν να παραμείνουν τα πράγματα ως είχαν, μέχρι την αναμενόμενη κατάληψη της Τριπολιτσάς. Στα Βέρβενα και στη Ζαράκοβα άρχισε να εμφανίζεται ο διχασμός του Αγώνα. Το πολιτικό τοπίο παρέμεινε θολό. Αν και ο Υψηλάντης ήταν επικεφαλής της πολιορκίας της Τριπολιτσάς οι πρόκριτοι δεν τον αναγνώρισαν ως αρχιστράτηγο αλλά συνεργάζονταν μαζί του! Η Πελοποννησιακή Γερουσία δεν διαλύθηκε αλλά δεν είχε ουσιαστικό ρόλο στις εξελίξεις.
Και αυτή η «συμφωνία» προέβλεπε ότι η Πελοποννησιακή Γερουσία θα συνέχιζε τη λειτουργία της τουλάχιστον μέχρι την κατάληψη της Τριπολιτσάς. Μετά τα μέσα Αυγούστου, όταν μαθεύτηκαν τα νέα από την παταγώδη αποτυχία της Επανάστασης στις Ηγεμονίες, η θέση του Δημητρίου Υψηλάντη αποδυναμώθηκε. Μετά τις 31 Ιουλίου είχαν φθάσει στην Πελοπόννησο και οι Φαναριώτες Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, Κωστάκης Καρατζάς και Θεόδωρος Νέγρης. Αυτοί τονίζοντας δημόσια την ουδετερότητά τους και ακολουθώντας δικό τους σχέδιο υπό την καθοδήγηση του Ουγγροβλαχίας Ιγνατίου από την Πίζα, υπονόμευαν κάθε κίνησή του.
Μετά την άλωση της Τριπολιτσάς, που έγινε ενώ ο Υψηλάντης βρισκόταν στον Κορινθιακό και παρά τις διαδιδόμενες συκοφαντίες εναντίον του από τους πολιτικούς που είχαν μαζευτεί στο Άργος, ο Υψηλάντης ξεκίνησε τις διαδικασίες για τη συγκρότηση εθνικής Συνέλευσης.
