Από το φθινόπωρο του 1823 είχαν αρχίσει οι τριγμοί στα θεμέλια του Αγώνα. Έντονες διαμάχες πολιτικών και στρατιωτικών οδήγησαν στον πρώτο εμφύλιο πόλεμο. Το παλιό Εκτελεστικό των «ανταρτών-στρατιωτικών», μετά από προτροπή του Κολοκοτρώνη για μεγαλύτερη ασφάλεια, στις 17 Ιανουαρίου 1824 μετέθεσε την έδρα του στην Τριπολιτσά. Προσπαθώντας όμως να περισωθεί, επέβαλε δυσβάστακτα μέτρα στον λαό της πόλης. Η αντίδραση σε αυτά τα μέτρα, με τη συμβολή και του Παπαφλέσσα που «έπαιξε» διπλό ρόλο και πρωτοβουλία του προεστού και παράτυπα εκλεγέντος παραστάτη της επαρχίας Τριπολιτσάς, υπουργού Δικαίου Γεωργίου Μπάρμπογλου (αργότερα Μπάρμπογλης ή Βάρβογλης), ήταν η σύσταση μιας μυστικής οργάνωσης, της «Αδελφότητας». Η οργάνωση είχε στόχο την εξέγερση του λαού της πόλης εναντίον του παλιού Εκτελεστικού, των στρατιωτικών και ιδιαίτερα του Κολοκοτρώνη. Η «λαϊκή εξέγερση» στην Τριπολιτσά τις πρώτες ημέρες του Φεβρουαρίου του 1824 κράτησε μόλις μία ημέρα και κατεστάλη εύκολα από τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη. Όμως οι βάσεις του διχασμού είχαν τεθεί και η «Αδελφότητα» ήταν ο κύριος εκφραστής του αντικολοκοτρωναίικου κινήματος.
Από την άλλη πλευρά, η κυβέρνηση του Κρανιδίου, του Γεωργίου Κουντουριώτη αφού είχε εδραιώσει τη θέση της, απέκτησε και βήμα με την εφημερίδα «ο φίλος του Νόμου» που εκδόθηκε στην Ύδρα από τον Ιταλό φιλέλληνα Κιάπε (Giuseppe Chiappe) στις 10 Μαρτίου 1824. Η εμφύλια σύρραξη έληξε μετά από πολλές προσπάθειες, στις 22 Μαΐου 1824, όταν ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης αναγνώρισε την κυβέρνηση του Γεωργίου Κουντουριώτη με αντάλλαγμα την αμνηστία των μέχρι τότε, αντιπάλων της. Το χρυσάφι του πρώτου «ληστρικού» δανείου έφτασε από το Λονδίνο στο Ναύπλιο στις 20 Ιουλίου 1824 και η κυβέρνηση Κουντουριώτη ισχυροποιήθηκε περισσότερο αφού η σύναψή του χαρακτηρίστηκε πολιτική επιτυχία και έμμεση αναγνώριση του ελληνικού κράτους.
Το δανεικό χρήμα έφερε όμως και τη διαφθορά. Αντί για την ενίσχυση του ένοπλου απελευθερωτικού Αγώνα η κυβέρνηση προχώρησε σε προαγωγές και διορισμούς «άκαπνων» στρατιωτικών. Τότε, πολλοί στρατιώτες του Πάνου Κολοκοτρώνη και του Γιωργάκη Χελιώτη από το Ναύπλιο και την Κόρινθο αντίστοιχα, προσχώρησαν στο κυβερνητικό στρατόπεδο, λόγω του διαφαινόμενου διορισμού τους σε κρατικές θέσεις. Και δεν ήταν μόνον αυτοί. Σημαντικοί οπλαρχηγοί των στρατιωτικών, όπως ο Νικόλαος Πονηρόπουλος από την Κυπαρισσία, ο εκ των πρωτεργατών της κατάληψης της Τριπολιτσάς, Παναγιώτης Κεφάλας, ο Παπαφλέσσας μετά από μυστικές διαβουλεύσεις, οι οικογένειες των Γιατράκων και των Πετμεζαίων προσχώρησαν και αυτοί στους κυβερνητικούς.
Αυτός ο εκμαυλισμός των αντιπάλων ενίσχυσε τα εμφύλια πάθη. Η μισαλλοδοξία οδήγησε στη δολοφονία του ικανότατου και εξαιρετικά μορφωμένου για την εποχή, Πάνου Κολοκοτρώνη στις 13 Νοεμβρίου 1824, ενώ κορυφώθηκε στις 23 Ιανουαρίου 1825. Τότε η ισχυροποιημένη κυβέρνηση του Γεωργίου Κουντουριώτη, με τη σύμφωνη γνώμη του Παπαφλέσσα που ήταν ο υπουργός Εσωτερικών, συνέλαβε και φυλάκισε με συνοπτικές διαδικασίες, τους αντιπάλους της. Συνέλαβαν και φυλάκισαν στο μοναστήρι του Προφήτη Ηλία της Ύδρας τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη, τον Θεόδωρο Γρίβα, τους Γεώργιο και Χρύσανθο Σισίνη, τον Μητροπέτροβα, τον Γιαννάκη Γκρίτζαλη, τον Δημήτρη Παπατσώρη, τον Μήτρο Αναστασόπουλο, τους Σωτηράκη και Ιωάννη Νοταρά, τους Δεληγιανναίους, τον πρωτοσύγκελο Αμβρόσιο Φραντζή και τον Αναστάσιο Κατσαρό. Ο Ασημάκης Φωτήλας διέφυγε τη σύλληψη ενώ εξαπολύθηκε ανθρωποκυνηγητό για τη σύλληψη και του Οδυσσέα Ανδρούτσου.
Το δεύτερο δάνειο, που είχε ζητήσει το Βουλευτικό τον προηγούμενο Ιούλιο, εγκρίθηκε στο Λονδίνο στις 7 Φεβρουαρίου 1825.
Ενώ κυριαρχούσε ο εμφύλιος διχασμός και οι κύριοι στρατιωτικοί ηγέτες βρίσκονταν φυλακισμένοι στον Προφήτη Ηλία της Ύδρας, η κυβέρνηση Γεωργίου Κουντουριώτη «μοίραζε κατά το δοκούν» το χρυσάφι των αγγλικών λιρών στους ημέτερους οπλαρχηγούς και τα ρουμελιώτικα τμήματα που είχαν κατέβει στην Πελοπόννησο. Ο αριθμός των ενόπλων αλλά και βοηθητικών ανδρών των ελληνικών στρατιωτικών τμημάτων είναι άγνωστος αφού οι οπλαρχηγοί, αποβλέποντας σε μεγαλύτερη οικονομική ωφέλεια, δήλωναν αριθμούς ανδρών σημαντικά μεγαλύτερους από τους πραγματικούς.
Η τυφλωμένη από το μίσος για τους πολιτικούς αντιπάλους της κυβέρνηση Κουντουριώτη αφού επικράτησε ολοκληρωτικά, ήταν πλέον ελεύθερη να κυβερνήσει χωρίς αντιπάλους και να ηγηθεί της Επανάστασης. Δεν υπολόγισε όμως την τουρκο-αιγυπτιακή συμφωνία. Στις αρχές του 1824 ο σουλτάνος είχε ζητήσει τη βοήθεια του Μεχμέτ Αλή της Αιγύπτου για την καταστολή της Ελληνικής Επανάστασης. Οι Αιγύπτιοι θα έπαιρναν ως αντάλλαγμα την Κρήτη και την Πελοπόννησο. Πράγματι, οι Αιγύπτιοι με επικεφαλής τον γιο του Μεχμέτ Αλί, Ιμπραήμ, κατέπνιξαν την επανάσταση στην Κρήτη και στις 29 Μαΐου κατέστρεψαν την Κάσο, ενώ οι Τούρκοι στις 21 και 22 Ιουνίου κατέστρεψαν τα Ψαρά.
Ενώ οι Ρουμελιώτες καταδίωκαν τους Μωραΐτες, ο Ιμπραήμ που ξεχειμώνιαζε στη Σούδα, στις 20 Φεβρουαρίου 1825 αποβιβάστηκε στη Μεθώνη και για να εδραιωθεί στο Μοριά, βάλθηκε να πάρει το Νιόκαστρο και το στρατηγικής σημασίας λιμάνι του Ναβαρίνου αποκτώντας έτσι ισχυρή ναυτική βάση στην περιοχή. Για το σκοπό αυτό, κύριος στόχος του έγινε το νησί της Σφακτηρίας, το κλειδί του κάστρου και του λιμανιού του Ναβαρίνου.
Από το προγεφύρωμα της Μεθώνης ο Ιμπραήμ αναζήτησε τους αντιπάλους του και κατευθύνθηκε στην ενδοχώρα. Μια πρώτη αποτυχία του στις 15 και 16 Μαρτίου 1825 στη Σχινόλακκα, από τις δυνάμεις του γέρο-Καρατάσου, δεν άλλαξε τα σχέδιά του. Οι αψιμαχίες συνεχίζονταν στην περιοχή γύρω από το Νιόκαστρο. Η ελληνική Διοίκηση έπρεπε να αντιδράσει. Για την αντιμετώπιση της εισβολής των Αιγυπτίων αποφασίστηκε εκστρατεία στη Μεσσηνία. Επικεφαλής της εκστρατείας ορίστηκε ο πρόεδρος της κυβέρνησης Γεώργιος Κουντουριώτης. Μετά από δραματικές κωλυσιεργίες του επικεφαλής του, το ελληνικό σώμα κατάφερε να ξεκινήσει από την Τριπολιτσά για το Νιόκαστρο στις 2 Απριλίου. Ο Κουντουριώτης σταμάτησε όμως στη Σκάλα. Οι ελληνικές δυνάμεις με περίπου δέκα χιλιάδες στρατιώτες, υπό την αρχηγία του πλοιάρχου Κυριάκου Σκούρτη εγκαταστάθηκαν στα Κρεμμύδια (Φουρτζοκρέμμυδα). Γενικός τροφοδότης και επιθεωρητής των στρατευμάτων της εκστρατείας στη Μεσσηνία ήταν ο Σταμάτιος Λεβίδης, από τα Ταταύλα.
Στις 7 Απριλίου, στη θέα του στρατού του Ιμπραήμ, ο άπειρος σε μάχες ξηράς πλοίαρχος Σκούρτης παρέταξε τους άντρες του απέναντι στον Ιμπραήμ, στο κέντρο της γραμμής άμυνας του στρατοπέδου, χωρίς ταμπούρια, αφού πίστευε ότι τους αρκούσαν τα σπαθιά τους! Οι υπόλοιποι οπλαρχηγοί, Σουλιώτες, Ρουμελιώτες και Μακεδόνες υπό τους Κώστα Μπότσαρη, Τζαβέλα, Καρατάσο, Καραϊσκάκη, Χατζηχρήστο φρόντισαν να οχυρωθούν σε ταμπούρια ή μέσα στο χωριό. Στα Κρεμμύδια είχε φτάσει μετά από διαταγή του προέδρου Κουντουριώτη και ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος. Η συντριβή του Σκούρτη στα Κρεμμύδια ήταν καθοριστική για τη συνέχεια και οδήγησε στην αποχώρηση τριών χιλιάδων μισθοφόρων Ρουμελιωτών αλλά και τη διάλυση του ελληνικού εκστρατευτικού σώματος. Οι Ρουμελιώτες έφυγαν και στρατοπέδευσαν έξω από την Τριπολιτσά.
Αυτοί που απέμειναν στην περιοχή του πολέμου γύρω από το Νιόκαστρο ενίσχυσαν το «φροντιστήριο» στη Χώρα υπό τη διοίκηση του Παναγιώτη Δαριώτη. Ο ρόλος αυτού του στρατοπέδου «εφοδιασμού και μεταφορών» στο Κεφαλόβρυσο, ήταν σημαντικός, όπως φαίνεται και στα αποσπάσματα του ημερολογίου του μπρικιού «Άρης» του Αναστάση Τσαμαδού:
«…Απριλίου 10, ημέρα Παρασκευή… ώρα 11 της ημέρας εμάθαμεν ότι το εις Φουρτζή στρατόπεδόν μας εσηκώθη και εσκήνωσεν εις Χώραις…»
…Απριλίου 19, ημέρα Κυριακή, ώρα 2 της ημέρας… ότι εγράψαμεν του επιθεωρητού και φροντιστού εις Χώραις να μας στείλωσιν ένα ζώον και έναν άνθρωπόν των διά να παραλάβωσι 3.000 τουφεκόπετραις…
…Ελάβαμεν παρά του επιθεωρητού Σταματίου Λεβίδη γραφήν σημειωμένην εις τας 19, από Χώραις, αποκρινόμενος εις την γραφήν μας των 19 με την οποίαν μας λέγει να εξαποστείλωμεν με τα άλογα όπου μας στέλλει ο υπουργός Κ. Α. Παπαγεωργίου τας 3.000 τουφεκόπετρας διά να τω σταλώσι …
…ώρα 3 της νυκτός απαντώμεν την γραφήν του κ. επιθεωρητού Λεβίδη των 19, ειδοποιούντες των ότι στέλλομεν διά του υπουργού του πολέμου τας 3.000 τουφεκόπετρας…».
(σημ. Η μέτρηση της ώρας της ημέρας ή της νύχτας γινόταν κατά το μουσουλμανικό σύστημα και ξεκινούσε από την ανατολή ή τη δύση του ήλιου αντίστοιχα).
Επόμενος στόχος του Ιμπραήμ ήταν το κλειδί του Νιόκαστρου, η Σφακτηρία. Υπερασπιστές του νησιού ήταν οκτακόσιοι Έλληνες και Φιλέλληνες με επικεφαλής τους τον παλιό κλέφτη και Υπουργό Πολεμικών, Αναγνωσταρά. Μαζί τους ήταν ο γραμματέας του Εκτελεστικού Μαυροκορδάτος, οι Υδραίοι πλοίαρχοι Αναστάσης Τσαμαδός, κυβερνήτης του «Άρη» και ο Σταύρος Σαχίνης καθώς και ο Ιταλός φιλέλληνας, εξόριστος Υπουργός Στρατιωτικών του Πεδεμόντιου, κόμης Σανταρόζα που πολέμησε σαν απλός στρατιώτης στο πλευρό των Ελλήνων. Μαζί τους οι υπερασπιστές της Σφακτηρίας είχαν και οκτώ κανόνια. Στα ανοικτά, μεταξύ Σαπιέντζας και Πρώτης, ο στολίσκος των εννέα σιτοκάραβων και των δυο αργοκίνητων πυρπολικών του Μιαούλη, παρακολουθούσε το δράμα των υπερασπιστών της Σφακτηρίας, ανήμπορος να βοηθήσει. Η μάχη ήταν άνιση αφού μια μοίρα από σαράντα έξι τουρκο-αιγυπτιακά καράβια, τρεις χιλιάδες στρατιώτες και πενήντα βάρκες, κατάφεραν να λυγίσουν τους ηρωϊκούς υπερασπιστές της.
Έπεσαν νεκροί, οι Αναγνωσταράς, Τσαμαδός, Σαχίνης αλλά και ο κόμης Σανταρόζα. Πεντακόσιοι υπερασπιστές πέρασαν κολυμπώντας το στενό της Συκιάς και σώθηκαν απέναντι στο Παλιοναβαρίνο. Τα καράβια των υπερασπιστών έκοψαν «γούμενες και άγκυρες» και έφυγαν με τους ελάχιστους που κατάφεραν να φθάσουν σ’ αυτά. Έτσι και η «Αθηνά» του πλοίαρχου Βότση που πολεμούσε στη στεριά, αλλά και η γολέτα του Νέγκα. Τελικά στον όρμο του Ναβαρίνου έμεινε μόνο ο «Άρης» του Τσαμαδού, περιμένοντας τον καπετάνιο του. Μετά από ώρες αναμονής οι ναύτες του περιμάζεψαν τον Μαυροκορδάτο, τον φρούραρχο του Ναβαρίνου Σαχτούρη, τον επιθεωρητή Λεβίδη, που πρόφτασε να ανέβει στο πλοίο κολυμπώντας και τον πλοίαρχο Βότση, που ανέλαβε κυβερνήτης. Αμέσως «έκοψαν άγκυρες» και απέναντι σε τριάντα εχθρικά καράβια επιχείρησαν το ηρωικότερο ναυτικό κατόρθωμα, τη θρυλική έξοδο από το πέρασμα στις «Κουτσούνες».
Η εκδίκηση του χαμού των υπερασπιστών της Σφακτηρίας δεν άργησε. Στις 29 Απριλίου του 1825, ο στολίσκος του Μιαούλη επιτέθηκε αιφνιδιαστικά σε αραγμένο στη Μεθώνη τμήμα του εχθρικού στόλου. Ήταν αφάνταστη η σύγχυση στα δεμένα αιγυπτιακά καράβια και την «Ασία», μια φρεγάτα με πενήντα τέσσερα κανόνια. Και τα έξι μπουρλότα του Μιαούλη, βρήκαν στόχο. Το σούρουπο με τη βοήθεια του αέρα, όλα τα καράβια είχαν πάρει φωτιά και η νύχτα στη Μεθώνη, έγινε μέρα. Οι φλόγες από τα εικοσιπέντε αιγυπτιακά καράβια που καίγονταν, σχημάτιζαν ένα πελώριο πύρινο τόξο, που έπαιρνε εκδίκηση για το αίμα των παλικαριών που θυσιάστηκαν στη Σφακτηρία. Παρά το χτύπημα του Μιαούλη, η λεία των Αιγυπτίων, το χρυσάφι των αγγλικών λιρών που κουβαλούσαν πάνω τους οι αιχμάλωτοι και οι νεκροί Έλληνες της Σφακτηρίας κυκλοφόρησε στην αγορά της Μεθώνης.
Αμέσως ήρθε η σειρά του Νιόκαστρου. Επί δύο μήνες, από τις 9 Μαρτίου μέχρι τις 11 Μαΐου 1825, όταν αποχώρησε η φρουρά και παραδόθηκε το φρούριο, οι προσπάθειες των Αιγυπτίων απέβλεπαν στην εκπόρθηση του κάστρου, ενώ των Ελλήνων υπερασπιστών του στην επιτυχή άμυνα, τόσο στο οχυρό όσο και στη γύρω περιοχή (Σχινόλακκα, Πετροχώρι, Σφακτηρία). Σ’ αυτή την αμυντική προσπάθεια μαζί με τον φρούραρχο Δημήτριο Σαχτούρη, συναντάμε αρκετούς φιλέλληνες αλλά και ήρωες του ξεσηκωμού του ’21. Δεσπόζουσα και χαρακτηριστική ήταν η παρουσία του Μακρυγιάννη, που διαπραγματεύτηκε και την παράδοση του κάστρου στον Ιμπραήμ, αλλά και του Γιωργάκη Μαυρομιχάλη, του Γιατράκου, του Επισκόπου Μεθώνης Γρηγορίου Παπαθεοδώρου, του Καρατάσου και τόσων άλλων.
Ο Ιμπραήμ με το καλά οργανωμένο εκστρατευτικό του σώμα με ευρωπαϊκή εκπαίδευση κυρίως από Γάλλους στρατιωτικούς που υπηρετούσαν ως διοικητές μονάδων, κατάφερε με αλλεπάλληλες επιχειρήσεις από το προγεφύρωμα της Μεθώνης, να διασκορπίσει τα ελληνικά σώματα στα Κρεμμύδια, να καταλάβει τη Σφακτηρία και το Παλιοναβαρίνο και τελικά να «στραγγαλίσει» και το Νιόκαστρο. Η φρουρά του κάστρου, αφού εξάντλησε κάθε όριο αντοχής, αναγκάστηκε μετά και από την εγκατάλειψή της από την κυβέρνηση Κουντουριώτη να συμφωνήσει για την εκκένωση και την παράδοση του οχυρού, στις 11 Μαΐου 1825. Οι υπερχίλιοι πολιορκημένοι με την εγγύηση και προστασία του Ιμπραήμ, επιβιβάστηκαν σε πλοία και μεταφέρθηκαν στην Καλαμάτα. Ο Ιμπραήμ αθετώντας τη συμφωνία κράτησε δυο αιχμάλωτους. Τον τριτότοκο γιο του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη, Μπεϊζαντέ Γιωργάκη Μαυρομιχάλη και τον Παναγιώτη Γιατράκο, βγάζοντας αργότερα και «μπουγιουρντί» (αναγνώριση υποταγής) από τη Μεθώνη για τον Μαυρομιχάλη. Σκοπός του ήταν να ανταλλάξει τους δύο αιχμάλωτους με δυο Τούρκους πασάδες που είχαν αιχμαλωτιστεί στο Ναύπλιο.
Παράλληλα, ο Οδυσσέας Ανδρούτσος πιστεύοντας σε υπόσχεση αμνηστίας, παραδόθηκε τον Απρίλιο του 1825 στους κυβερνητικούς της Αθήνας, όπου φρούραρχος ήταν το πρώην πρωτοπαλίκαρό του, ο Γιάννης Γκούρας. Ο Ανδρούτσος φυλακίστηκε στην Ακρόπολη της Αθήνας κατηγορούμενος για συνεργασία με τους Τούρκους και βασανίστηκε απάνθρωπα. Στις 5 Ιουνίου 1825, πριν καν δικαστεί, μετά από διαταγή του Γκούρα, δολοφονήθηκε στο κελί του και κατόπιν γκρέμισαν το πτώμα του από τον Γουλά στο λιθόστρωτο του ναού της Απτέρου Νίκης. Διαδόθηκε όμως, ότι τάχα ο φυλακισμένος είχε επιχειρήσει να δραπετεύσει, αλλά το σχοινί που χρησιμοποίησε κόπηκε και έτσι σκοτώθηκε στην προσπάθειά του να δραπετεύσει. Με αυτή τη δολοφονία «έκλεισε» ο κύκλος της εμφύλιας διαμάχης.
