Πριν ξεκινήσει μάλιστα από το Ναύπλιο, εισηγήθηκε στην κυβέρνηση την παροχή αμνηστίας στους πολιτικούς κρατουμένους στην Ύδρα. Ακόμα όμως κι έτσι, συνάντησε μεγάλη δυσκολία στη στρατολόγηση ικανού αριθμού εθελοντών, καθώς η φυλάκιση του Κολοκοτρώνη και των άλλων είχε αναστατώσει το λαό και είχε διαλύσει κάθε ελπίδα αντίστασης στον Ιμπραήμ. Ήταν δε καθολικό το αίτημα της άμεσης απελευθέρωσης των φυλακισμένων. Την 1η Μαΐου μάλιστα στην Τριπολιτσά, επισκέφθηκαν τον Παπαφλέσσα όλοι οι τοπικοί παράγοντες και πλήθος κόσμου και του διατύπωσαν το «σωτήριον αίτημα» της παροχής γενικής πολιτικής αμνηστίας, και της αποφυλακίσεως των κρατουμένων στην Ύδρα. Μετά την αναγνώριση και αποδοχή αυτού του δικαίου αιτήματος του λαού της Τριπολιτσάς, αυτός έστειλε αναφορά στην κυβέρνηση που συνηγορούσε στην αποδοχή του:
… « Προς το Σεβαστόν Εκτελεστικόν Σώμα.
Σήμερον πρωΐ οι επιστατοδημογέροντες, Αξιωματικοί πολεμικοί και πλήθος λαού της πόλεως ταύτης, ήλθον ομοθυμαδόν και μου ενεχείρισαν την εσώκλειστον αναφοράν παρακαλούντες με θερμώς να την εξαποστείλω εις το Σεβαστόν τούτο Σώμα.
Εξ αυτής πληροφορείται ότι εξαιτούσι την έξοδον των κατά την Ύδραν εν φυλακή ευρισκομένων ανταρτών όπως εξελθόντες κ’ εκείνοι συναγωνισθώσι μετά των λοιπών πατριωτών εις τον κατά του εχθρού σημερινόν αγώνα.
Οι άνθρωποι εφάνησαν τω όντι πρόθυμοι πάντοτε εις τάς διαταγάς της Διοικήσεως, και σήμερον το βλέπω και πάλιν οφθαλμοφανώς όπου τρέχουσιν εναντίον των κατά του Νεοκάστρου Αράβων προθύμως και ευχαρίστως. Η αίτησίς των οπωσδήποτε και αν θεωρηθή σήμερον, είναι ορθή και δικαία. Και η αδυναμία αυτή του λαού είναι ανάγκη σήμερον να περιποιηθή, και να μην κατακριθή, διότι αυτός βοά και γογγύζει εναντίον της Διοικήσεως, και τούτου αυτήκοος γέγονα μάρτυς πολλάκις. Ως υπουργός λοιπόν της Διοικήσεως έκρινα χρέος μου να ειδοποιήσω ταύτα πάντα, όπως συσκεφθέν το Σεβαστόν τούτο Σώμα βαθέως και ωρίμως περί του ουσιώδους τούτου αντικειμένου, αποφασίση ταχέως τα δόξαντα.
Ειδοποιείται προς δε η Διοίκησις, ότι πολλοί αξιωματικοί αυτής με διαταγάς εκστρατείας μένουν αργούντες και εντρυφώντες ενταύθα. Εγώ τους διέταξα και χθές και σήμερον ή να υπάγουσιν εις στρατόπεδον, ή άλλως να αναχωρήσουν δι’ αλλού, διότι δεν είναι δεκτοί ενταύθα. Σήμερον ελπίζω να φύγουν όλοι εντεύθεν οι αργοί και κακόμοιροι αυτοί πλέον υποπτεύομαι μήπως έλθουν εις Άργος, και δια τούτο ειδοποιείται η Διοίκησις όπως λάβη τα αυστηρότερα και βιαιότερα δια τούτους μέτρα δια να φύγουν και εκείθεν είς Ήπειρον όπου είναι ανάγκη της πατρίδος, διότι άλλως αφ’ ού δεν χρησιμεύουν εις τας δεινάς ταύτας περιστάσεις βλάπτουν και το ταμείον λαμβάνοντες σιτηρέσια και προσφάγιον και μετά ταύτα και μισθούς! Αι τοιαύται καταχρήσεις κατήνητησαν πλέον ανυπόφοροι και ας ληφθώσι μέτρα και μέτρα βίαια και ανάλογα των περιστάσεων.
Σήμερον εκκινούσιν εντεύθεν αρκετοί στρατιώται, και αύριον ελπίζω να κινήσω και εγώ. Νεώτερα δεν έχω άλλα. Ειμή υποσημειούμαι με βαθύτατον σέβας.
Την α΄ Μαΐου 1825 εν Τριπολιτζά
Ο υπουργός των Εσωτερικών
ΓΡΗΓΟΡΙΟΣ ΔΙΚΑΙΟΣ
Υ.Γ.: «Την στιγμήν ταύτην έλαβον και την εσώκλειστον του αδελφού μου επιστολήν από την οποίαν παρατηρεί η Διοίκησις τα περί ανταρτών φρονήματα του λαού, και τα οποία ο στρατηγός ούτος δια τας πιστάς εκδουλεύσεις του και πατριωτισμόν του έμελλεν να πάθη από τους καλούς λεγόμενους πατριώτας. Η Διοίκησις σκεφθείσα ας λάβη πρόνοιαν καλήν περί πάντων.
Ο αυτός ».
Μέσα σ’ αυτό το κλίμα στις 13 Μαΐου 1825 και οι φυλακισμένοι έστειλαν την παρακάτω αναφορά:
«Υπερτάτη Διοίκησις,
Αναφερόμεθα διά τής παρούσης ταπεινής ημών αναφοράς, ότι βλέποντες τήν περίστασιν τής πατρίδος, καί από πατριωτικόν ενθουσιασμόν φλογιζόμενοι, επιθυμούμεν νά θυσιασθώμεν υπέρ αυτής, καί νά αγωνισθώμεν εις τόν ιερόν πόλεμον τής πατρίδος μέ τήν χύσιν τού αίματός μας. Παρακαλούμεν ούν τήν Σεβαστήν Διοίκησιν, ευσπλαγνία φερομένη καί παραβλέπουσα τά προγεγονότα, ως φιλόστοργος Μήτηρ δίδουσά μας τήν άδειαν νά μάς ελευθερώση διά νά κάμωμεν τό πρός τήν ιεράν πατρίδα μας χρέος μας, ορκιζόμενοι εις Θεόν καί πατρίδα, ότι θέλομεν φέρη σέβας καί ευπείθιαν εις τήν Σεβαστήν Διοίκησιν, εις τάς διαταγάς της καί εις τούς νόμους τής πατρίδος. Άς καμφθή εις τάς δεήσεις μας ή Σεβαστή Διοίκησις, καί διά τής αδείας της ας μάς ελευθερώση ν’ αγωνισθώμεν υπέρ πατρίδος ως καί άλλοτε, καί όταν ακολούθως η Σεβαστή Διοίκησις προστάξη είμεθα έτοιμοι ν’ απολογηθώμεν εις τούς νόμους τής πατρίδος περί τών προγεγότων, καί θέλει εσμέν ως υποσημειούμεθα.
Ευπειθείς πατριώται καί δούλοι
Θ. Κολοκοτρώνης, κανέλλος δηλιγιάννης,
Ιωάννης Νοταράς, μίτρος αναστασόπυλος,
Γιάννης Δ. κρίτζαλης
τή 13 τού Μαΐου 1825 Από Ύδραν
Στις 16 Μαΐου οι Μανιάτες οπλαρχηγοί ζήτησαν κι αυτοί την αποφυλάκιση των κρατουμένων στη Ύδρα. Έτσι, κάτω από τις πολύπλευρες πιέσεις, οι φυλακισμένοι ελευθερώθηκαν στις 18 Μαΐου. Δύο ημέρες μετά την αποφυλάκιση των «ανταρτών» και την τοποθέτηση των Θεόδωρου Κολοκοτρώνη και Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη αρχηγών του ασύστατου «περί το Νεόκαστρον Ελληνικού στρατοπέδου», στις 20 Μαΐου, ο αποφασισμένος Υπουργός των Εσωτερικών Γρηγόριος Δικαίος-Παπαφλέσσας, θυσιάστηκε στα ταμπούρια, στο Μανιάκι σε μια ύστατη και απέλπιδα προσπάθεια νίκης ή παραδειγματικής θυσίας. Αυτή την απόφασή του, αναλύει σε αναφορά του από τη Δράινα προς το Εκτελεστικό Σώμα στο Ναύπλιο, στις 14 Μαΐου:
… « Η μόνη αιτία τού ενταύθα ερχομού μου είναι μόνον καί μόνον, διότι είδον απελπισθέν τό πάν καί επροχώρησα εις τά Κοντοβούνια ταύτα διά νά εμψυχώσω καί νά ενθαρρύνω τούς λοιπούς διά νά τρέξωμεν επομένως» …
(Τα κείμενα προέρχονται από την Πελοποννησιακή Πρωτοχρονιά του 1958 και την εργασία του Μίμη Φερέτου από τα Γ.Α.Κ. φακ. 80, 85 & 88).
Ο Παπαφλέσσας, ουσιαστικά αποφάσισε να θυσιαστεί και αυτό δείχνει το τεράστιο θάρρος του, τη γενναιότητα, το πείσμα αλλά και την αυτοεκτίμηση που τον έσπρωξαν στο μαρτυρικό και ηρωικό του τέλος.
…« Τούτων δε γινομένων διεδόθη είδησις ότι οι Τούρκοι ετοιμάζονται προς εκστρατείαν. Τότε ο Φλέσας ηρώτησε τους εντοπίους ποίος τόπος, βουνόν ή χωρίον είναι υψηλόν ώστε να βλέπει το Νεόκαστρον, και όλοι του είπον ότι είναι του Πεδεμένου και Μανιάκη…
…Μετά δε ταύτα αμέσως εξεστράτευσε εκείθεν, και δύω ώρας πριν δύση ο ήλιος έφθασεν εις τα ειρημένα χωρία. Όλην δε την νύκτα αυτήν ανεπαύθησαν ήσυχα »…
Το πρωί της επομένης ημέρας (19 Μαΐου 1825), ο Παπαφλέσσας, οι καπετάνιοι που τον ακολούθησαν και πολλοί στρατιώτες πήγαν στις θέσεις που έπρεπε να οχυρωθούν για την πολεμική αναμέτρηση με τις ορδές του Ιμπραήμ. Αφού εγκρίθηκε η θέση αποφάσισαν όλοι μαζί να γίνουν τρία οχυρώματα (ταμπούρια) με τέτοιο τρόπο ώστε να μπορεί να υπερασπίζεται το ένα το άλλο. Από τα τρία ταμπούρια ο Φλέσας κατέλαβε το πρώτο στα βόρεια της θέσης. Στο δεύτερο, το μεσαίο, πήγαν ο Δημήτριος Φλέσας μαζί με άλλους στο δε τρίτο ταμπούρι πήγαν ο Πιέρος Βοϊδής και οι Μανιάτες καπετάνιοι. Ανάμεσα σ’ αυτούς ήταν και ο γαμπρός του Πετρόμπεη, Αθανασούλης Καπετανάκης ή Αθανάσιος Μιχάλης καθώς και ο φημισμένος Μανιάτης πειρατής καπετάν Παναγιώτης Κεφάλας. Τα οχυρώματα είχαν διεύθυνση από βορά προς νότο. Η θέση που έγιναν τα ταμπούρια έκρυβε μεγάλο κίνδυνο επειδή αυτά ήταν στην πλαγιά και όχι στην κορυφή ή στη ράχη κάποιου υψώματος. Έτσι δεν υπήρχε ικανή απόσταση μεταξύ των επιτιθέμενων Αιγυπτίων και των οχυρωμένων πολεμιστών αφού η ορατότητα μεταξύ τους ήταν περιορισμένη.
Θύματα και της έλλειψης «υπηρεσίας πληροφοριών» δεν κατάφεραν να προσδιορίσουν το μέγεθος του εχθρικού στρατεύματος αλλά κυρίως την ώρα της επίθεσης. Ο Ιμπραήμ με οργανωμένο δίκτυο παραπληροφόρησης διέσπειρε αντικρουόμενες φήμες για τον αριθμό του στρατού του αλλά και την ημέρα της εκστρατείας του. Έτσι κατάφερε να αιφνιδιάσει και να τρομοκρατήσει αυτό το γενναίο σώμα των ανδρών του Παπαφλέσσα που ουσιαστικά δεν πρόλαβε να ολοκληρώσει την κατασκευή των οχυρωμάτων. Ο Παπαφλέσσας ήθελε κλειστά ταμπούρια για μεγαλύτερη ασφάλεια αλλά η εμφάνιση του πολυπληθούς στρατεύματος των Αιγυπτίων το επόμενο πρωί (20 Μαΐου) τους έκοψε την ανάσα. Δύο εχθρικά τμήματα φάνηκαν, το πρώτο πάνω από το βουνό και το χωριό Σκάρμιγκα και το δεύτερο στη Χώρα, πάνω από το Κεφαλόβρυσο, μεταξύ των οχυρωμάτων και του βουνού Αγιά στα δυτικά. Η απόσταση των επερχόμενων εχθρών ήταν λίγο περισσότερη από μια ώρα.
Αφού οι Έλληνες είδαν το πολυπληθές στράτευμα που «σκέπασε όλον τον τόπον, όσον βλέπει το μάτι του ανθρώπου» φοβήθηκαν και άρχισαν να μουρμουρίζουν. Η φυγή έγινε η πρώτη σκέψη των περισσοτέρων. Ο Παπαφλέσσας κάλεσε κοντά του τον μυστικοσύμβουλο και γραμματέα του Γεώργιο Καραγιαννόπουλο, που αργότερα μετονομάστηκε Τισαμενός και τον διέταξε να πάρει τα άλογά του και όλους τους υπηρέτες του, εκτός από τον Μιχαήλ Στάικο και να πάει να εγκατασταθεί στην απέναντι ράχη. Επειδή ο Τισαμενός δεν ήθελε να τον εγκαταλείψει, ο Παπαφλέσσας τον υποχρέωσε να πάει εκεί για να περιγράψει την επερχόμενη μάχη αλλά και για να παρακινεί και να οδηγεί τους τυχόν ερχόμενους για βοήθεια να παίρνουν γρήγορα μέρος στη μάχη και να χτυπούν στα νώτα τον εχθρό. Παρά όμως τη σχετική αισιοδοξία του αρχηγού πολλοί στρατιώτες αλλά και καπετάνιοι αποφάσισαν να φύγουν. Όσοι έμειναν, κι’ αυτοί δεν ήταν περισσότεροι από επτακόσιοι, άκουσαν τον θερμό λόγο της ψυχής του Παπαφλέσσα:
…«Πιστεύω αδιστάκτως ότι θα είμεθα νικηταί αλλ’, ο μη γένοιτο, και νικηθώμεν, θα αδυνατίσωμεν την δύναμιν του εχθρού, πολλούς Τούρκους θα χάση, και την μάχην μας θα την ονομάσουν ιστορικώς, Λεωνίδειον μάχην, Παππαγεώργη!»…
Τότε ο Μανιάτης καπετάνιος Πιέρος Βοϊδής είπε αυτά τα αξιομνημόνευτα λόγια:
…« Πάμε εις τα ταμπούρια μας, και όποιος θα μείνη γιαμά, ας ακούη των γυναικών τα μυρολόγια »…
Έτσι και έγινε. Όσοι έμειναν πολέμησαν γενναία. Ελάχιστοι διασώθηκαν. Τα ηρωικά κορμιά έπεσαν σαν τα φύλλα στα οχυρώματά τους. Μετά το τέλος της άνισης μάχης ο Ιμπραήμ πασάς πήγε στο οχύρωμα του Παπαφλέσσα και οι στρατιώτες του βρήκαν το αποκεφαλισμένο σώμα του ανάμεσα σε πλήθος εχθρικών πτωμάτων. Κοντά στο σώμα του Παπαφλέσσα βρέθηκε και το σώμα του Γάλλου στρατιώτη που είχε δώσει σαν υπασπιστή του, ο Γάλλος τυχοδιώκτης ‘φιλέλληνας’ στρατηγός Henri Roche, απεσταλμένος της ‘Φιλελληνικής εταιρείας των Παρισίων’ προς την ελληνική Διοίκηση. Πολλοί νεκροί Τούρκοι γύρω από το Γάλλο φάνηκε ότι έπεσαν από το σπαθί του.
Μετά από διαταγή του πασά βρήκαν και το κεφάλι του Παπαφλέσσα. Η επιβεβαίωση της ταυτότητας του νεκρού έγινε από τον ψυχογιό του Μιχαήλ Σταϊκόπουλο. Τότε σήκωσαν το άψυχο σώμα και αφού έπλυναν το ματωμένο κεφάλι και τα γένια , το έδεσαν και το στήριξαν σ’ ένα ξύλο έτσι που ο Παπαφλέσσας φαινόταν να στέκεται σαν να ήταν ζωντανός. Ο Ιμπραήμ στάθηκε τότε μπροστά του και αφού τον παρατήρησε για λίγο, γύρισε στους αξιωματικούς του και τους είπε:
…« τω όντι αυτός ήτον ικανός και γενναίος άνθρωπος και καλύτερον ήτον να επαθαίναμεν άλλην τόσην ζημίαν, αλλά να τον επιάναμεν ζωντανόν, διότι πολύ ήθελε μας χρησιμεύσει»…
-Αποσπάσματα από το «ΒΙΟ ΤΟΥ ΠΑΠΑΦΛΕΣΑ» του Φωτάκου έκδ. 1868
Όμως η θυσία του Παπαφλέσσα και των άλλων αγωνιστών στο Μανιάκι πέρασε σχεδόν απαρατήρητη από την κυβέρνηση Κουντουριώτη. Η κυβερνητική εφημερίδα ‘ο φίλος του νόμου’ την 1η Ιουνίου αρκέστηκε σε μια απλή αναφορά:
«Μεταξύ των ηρωικώς πεσόντων ελλήνων είς την κατά το Μανιάκι της Αρκαδίας μάχην μανθάνομεν ότι είναι ο υπουργός των Εσωτερικών κύριος Γρηγόριος Δικαίος και ο στρατηγός Κεφάλας. Και οι δυο άνδρες των οποίων η αξιότης και γενναιότης απεδείχθησαν είς διαφόρους καιρίας περιστάσεις της πατρίδος. Αιωνία των η μνήμη»
Τα άταφα σώματα των ηρώων της μάχης έγιναν βορά ορνέων και ανάλωμα καταιγίδων. Τα οστά των θυσιασθέντων, ανακατεμένα, έμεναν στα ταμπούρια έκθετα, και κανείς δεν μπορούσε να αναγνωρίσει ποια ήταν του Παπαφλέσσα ή του Πιέρου Βοϊδή, ποια ήταν του Αθανασούλη Καπετανάκη, του Αναστάση Γυφτάκη, του Μπουχανά, του Παναγιώτη Κεφάλα και τόσων άλλων. Τριάντα χρόνια μετά, έμεναν άταφα στα ταμπούρια στο Μανιάκι. Τα οστά συγκεντρώθηκαν και τοποθετήθηκαν σε μικρό τύμβο που βρίσκεται στο ιερό του μικρού ναού που χτίστηκε εκεί το 1911 και ονομάσθηκε ‘αναμνηστικό’ ναΐδριο της Αναστάσεως. Το 1939, για τον ίδιο λόγο, χτίστηκε εκεί και μια οξύτατη πυραμίδα, ένας αναμνηστικός, χτιστός οβελίσκος.
Αφού ο Ιμπραήμ κατατρόπωσε τον Παπαφλέσσα στο Μανιάκι, άνοιξε τον δρόμο για την Τριπολιτσά, την οποία κατέλαβε και κατέστρεψε στις 11 Ιουνίου 1825. Την επομένη ημέρα βάδισε κατά του Άργους και του Ναυπλίου, αλλά ο Δημήτριος Υψηλάντης τον σταμάτησε στους βάλτους των Μύλων στις 12 Ιουνίου 1825. Έκτοτε δεν επεχείρησε άλλη εκστρατεία στην περιοχή.