Τα αίτια που οδήγησαν στη δολοφονία του Κυβερνήτη θα πρέπει να αναζητηθούν στις δραματικές εξελίξεις που την ακολούθησαν. Η άθλια κατάσταση της οικονομίας, με άδεια τα ταμεία του Κράτους κι ένα χρέος δύο εκατομμυρίων τετρακοσίων χιλιάδων λιρών, αλλά και η ανυπαρξία ενός σταθερού οικονομικού προγράμματος διακυβέρνησης, οδήγησαν τον Καποδίστρια κυρίως σε μια αυταρχική και συγκεντρωτική διοίκηση. Τα κεφάλαια του τόπου ή είχαν κατασπαταληθεί ή είχαν φυγαδευτεί στο εξωτερικό. Παρόλα αυτά ο Κυβερνήτης με την διαχείρισή του είχε καταφέρει να αυξήσει τις προσόδους που έφτασαν, σε τρία χρόνια, στα δεκατέσσερα εκατομμύρια φράγκα.
Αναμφισβήτητα, μετά τον αρχικό λαϊκό ενθουσιασμό για την έλευση του ´Έλληνα Κυβερνήτη και την υποδοχή του ως μεσσία, η πολιτική του είχε διχάσει τους Έλληνες. Το νεοσύστατο Ελληνικό Κράτος χωρίστηκε σε δυο στρατόπεδα. Στους κυβερνητικούς που ακολουθούσαν πιστά την πολιτική του Ιωάννη Καποδίστρια και τους συνταγματικούς που ήταν αντικυβερνητικοί και ζητούσαν επιτακτικά την εφαρμογή του Συντάγματος που είχε ψηφιστεί στην Γ΄ Εθνοσυνέλευση. Οι χωρικοί και οι αγρότες, δηλαδή η πλειονότητα του λαού, ήταν στο επίκεντρο της προσοχής του Κυβερνήτη που πίστευε ότι η άνοδος του βιοτικού επιπέδου τους θα μπορούσε να γίνει με την εκπαίδευσή τους. Τον τελευταίο χρόνο της διακυβέρνησής του ο Καποδίστριας έγινε περισσότερο αυταρχικός και εσωστρεφής. Σε καίριες θέσεις τοποθέτησε τα αδέλφια του, τον Βιάρο και τον μικρότερο Αυγουστίνο, και γι’ αυτό κατηγορήθηκε για νεποτισμό από τους αντιπολιτευόμενους συνταγματικούς αντιπάλους του. Ο Αυγουστίνος διορίστηκε Αρχιστράτηγος και πολιτικός διοικητής της Δυτικής Ελλάδας. Οι έμποροι και οι αστοί δεν έτυχαν της ίδιας στοργής, όπως αυτή που έδειξε σχεδόν «πατρικά» ο Καποδίστριας για τους αγρότες και ήταν σαφώς δυσαρεστημένοι. Οι πρόκριτοι που έβλεπαν ότι με τη φορολόγηση και τα κρατικά τελωνεία θα έχαναν έσοδα, οι πλοιοκτήτες που με την πάταξη της πειρατείας έβλεπαν να περιορίζεται ο κύκλος των εργασιών τους, οι Φαναριώτες αλλά και οι λόγιοι που ομφαλοσκοπούσαν αναζητώντας ρόλο στο νέο Κράτος, βρέθηκαν απέναντί του.
Την ίδια στιγμή, με το πέμπτο Πρωτόκολλο του Λονδίνου (Σεπτέμβριος 1831) αποφασίστηκε η «βελτίωση των ορίων της Ελλάδας διά διαπραγματεύσεων με την Οθωμανικήν Πύλην». Η παγίωση των συνόρων ήταν πια θέμα διπλωματικών διαπραγματεύσεων.
Σε αυτό το διπλωματικό περιβάλλον, βρήκαν χώρο για να δράσουν οι Μεγάλες Δυνάμεις. Οι Γάλλοι με πρόσχημα την εκδίωξη των Αιγυπτίων του Ιμπραήμ, με το εκστρατευτικό σώμα του στρατηγού και κατοπινού στρατάρχη της Γαλλίας Nicolas Maison, κατέλαβαν την Πελοπόννησο. Ο σκοπός τους ήταν σαφής. Να αποτρέψουν την κάθοδο των Ρώσων στο νεοσύστατο Ελληνικό Κράτος και τη Μεσόγειο. Οι Άγγλοι έλεγχαν και τις ελληνικές θάλασσες από τη βάση τους στη Μάλτα και τον μόνιμα περιπολούντα στην Ανατολική Μεσόγειο, στόλο τους. Ο Stratford Canning πηγαίνοντας στην Κωνσταντινούπολη για να αναλάβει και πάλι τα καθήκοντα του πρεσβευτή στην Πύλη, διαδεχόμενος τον εκεί έκτακτο απεσταλμένο sir Robert Gordon, δεν παρέλειψε να περάσει από το Ναύπλιο για να «νουθετήσει» τους Έλληνες. Ο Γάλλος βαρώνος Achille Rouen, αντιπρέσβης και γενικός πρόξενος της Γαλλίας στην Ελλάδα από τον Ιούνιο του 1829, είχε σοβαρή εμπλοκή στη δολοφονία του Έλληνα Κυβερνήτη.
Άγγλοι και Γάλλοι υποστήριζαν φανερά τους αντικυβερνητικούς ή συνταγματικούς Έλληνες. Κοντά σ’ αυτούς, λογής-λογής απεσταλμένοι ξένων κυβερνήσεων, πολιτικοί παρατηρητές και πράκτορες έσπερναν το διχασμό όπου μπορούσαν. Από την άλλη πλευρά οι Ρώσοι με επικεφαλής τον ναύαρχο Πιότρ Ιβάνοβιτς Ρίκορντ υποστήριζαν τον Ιωάννη Α. Καποδίστρια και μετά τη δολοφονία του τους κυβερνητικούς. Ευθείες επεμβάσεις των τριών Μεγάλων Δυνάμεων στα ελληνικά πράγματα με κύριο στόχο, μόνο το συμφέρον τους.
Αμέσως μετά τη δολοφονία του Κυβερνήτη Ιωάννη Α. Καποδίστρια και μέσα στην έκρυθμη κατάσταση και τη γενική αμηχανία που επικρατούσε, την ίδια ημέρα συνεδρίασε η Γερουσία και εξέλεξε την τριμελή «Διοικητική Επιτροπή της Ελλάδος» για να αναλάβει την ηγεσία του νεοσύστατου Κράτους, στη θέση του νεκρού Κυβερνήτη. Πρόεδρος της επιτροπής ορίστηκε ο Αυγουστίνος Καποδίστριας και μέλη ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης από την πλευρά των κυβερνητικών κι ο Ιωάννης Κωλέττης, εκπρόσωπος των συνταγματικών και αρχηγός του γαλλικού κόμματος. Κύριο μέλημα της επιτροπής ήταν η διαφύλαξη της ασφάλειας της χώρας και η άμεση σύγκληση Εθνικής Συνέλευσης.
Ήταν πια γνωστό σε όλους ότι ηθικοί αυτουργοί της δολοφονίας του κυβερνήτη ήταν δυο από τις Μεγάλες Δυνάμεις, η Γαλλία και η Αγγλία. Ο πρόεδρος της Διοικητικής Επιτροπής, Αυγουστίνος Καποδίστριας, δεν δίστασε να διατυπώσει αυτή την άποψη δημόσια, συνομιλώντας με τον Γερμανό φιλέλληνα Friedrich Thiersch (γνωστό στη βιβλιογραφία ως Ειρηναίος Θείρσιος) που υποστήριζε τους συνταγματικούς:
«Μάλιστα Κύριε! Η Γαλλία και η Αγγλία δολοφόνησαν τον αδελφό μου».
Οι αντιπολιτευόμενοι, πιεζόμενοι από το βάρος της πολιτικής δολοφονίας, έπρεπε να δείξουν διαλλακτική στάση. Τέσσερις ήμερες μετά το θάνατο του Ιωάννη Καποδίστρια, έστειλαν στη Γερουσία τριμελή επιτροπή υπό τον Ανδρέα Ζαΐμη με την φανερή υποστήριξη των αντιπρέσβεων της Γαλλίας και της Αγγλίας, για να ζητήσει την άμεση σύγκλιση Εθνικής Συνέλευσης για να ορίσει καινούργια κυβερνητική αρχή. Επίσης η επιτροπή ζήτησε γενική αμνηστία (εκτός βέβαια των δολοφόνων του Κυβερνήτη) και αύξηση των μελών της Διοικητικής Επιτροπής από τρία σε πέντε, με την προσθήκη δύο μελών από την πλευρά των συνταγματικών. Η Γερουσία όπως ήταν αναμενόμενο δεν συζήτησε τους όρους και τις προτάσεις τους αλλά δεν αναγνώρισε και ως νόμιμη την εκλογή των Υδραίων πληρεξουσίων ενώ ταυτόχρονα απέκλεισε στο Άστρος τους βουλευτές της Μάνης.
Στις 5 Οκτωβρίου ο Ζαΐμης με επιστολή στον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη του ζήτησε να επέμβει για να προλάβει τον εμφύλιο που φαινόταν έτοιμος να ξεσπάσει. Ταυτόχρονα οι Υδραίοι πλοιοκτήτες, με την παρότρυνση και πάλι των αντιπρέσβεων της Γαλλίας και της Αγγλίας, έστειλαν και πάλι την αντιπροσωπεία, αυτή τη φορά στη Διοικητική Επιτροπή. Με σαφώς μετριοπαθέστερα αιτήματα ζήτησαν την εκπροσώπηση στην Επιτροπή και της αντιπολίτευσης με τη διεύρυνσή της σε πενταμελή, την άμεση γενική αμνηστία και την άμεση σύγκληση Εθνοσυνέλευσης. Όμως γι’ αυτά τα αιτήματα δεν ήταν αρμόδια η Διοικητική Επιτροπή αλλά η Γερουσία. Ο διχασμός των Ελλήνων εδραιωνόταν με τη συμβολή των αντιπροσώπων και των τριών Μεγάλων Δυνάμεων. Διαίρει και βασίλευε. Στη Δυτική Ελλάδα η κατάσταση έγινε ανεξέλεγκτη αφού ο Κώστας Μπότσαρης και ο Στάθης Κατσικογιάννης είχαν κηρύξει ανταρσία και δεν έστελνε τα εισπραχθέντα από τις προσόδους των χωριών.
Ο Ιωάννης Κωλέττης, εγκατέλειψε την ουδέτερη στάση του και με τις παρασκηνιακές ενέργειες του Γάλλου αντιπρέσβη «πέρασε» με το κόμμα του στους συνταγματικούς, αναλαμβάνοντας επικεφαλής της αντιπολίτευσης. Ο Κωλέττης ως μέλος της τριμελούς Διοικητικής Επιτροπής υποστήριζε ότι οι πληρεξούσιοι της Ύδρας θα έπρεπε να γίνουν δεκτοί στην Εθνοσυνέλευση και επίσης την ανάγκη να κληθεί αμέσως ξένος ηγεμόνας που θα αναλάμβανε τις τύχες του νεοσύστατου Ελληνικού Κράτους. Μετά την απόρριψη του αιτήματός του και αφού στο κόμμα του μπήκαν και οι Ρουμελιώτες στρατιωτικοί, απηύθυνε διάγγελμα στον λαό με το οποίο κατηγορούσε τους κυβερνητικούς για αδιαλλαξία, απαιτούσε την άμεση διανομή των εθνικών γαιών, την ίδρυση Βουλής που θα νομοθετούσε μαζί με τη Γερουσία και απειλούσε με παρεμπόδιση των εργασιών της Εθνοσυνέλευσης, αν δεν γίνονταν δεκτά τα αιτήματά του.
Η Ε΄ Εθνοσυνέλευση, παρά τις αντιδράσεις των συνταγματικών αλλά και των δυο αντιπρέσβεων της Γαλλίας και της Αγγλίας, ορίστηκε για τις 5 Δεκεμβρίου 1831 στον ναό της Παναγίας στο Άργος. Σε αυτήν, αφού είχαν αποκλειστεί σχεδόν όλοι οι αντιπολιτευόμενοι βουλευτές και συμμετείχαν ακόμα και ενενήντα βουλευτές από τα υπόδουλα μέρη, παραιτήθηκαν τα δύο εναπομείναντα μέλη της Διοικητικής Επιτροπής, ο Αυγουστίνος κι ο Κολοκοτρώνης και καθαιρέθηκε ο Κωλέττης. Η Συνέλευση εξέλεξε Πρόεδρο της Ελληνικής Κυβερνήσεως και Κυβερνήτη τον Αυγουστίνο Καποδίστρια. Αφού η αντιπολίτευση δεν παρέστη στις συνεδριάσεις ξεκίνησε δική της Συνέλευση αλλά μετά την καθαίρεση του Κωλέττη, στις 9 Δεκεμβρίου ξέσπασαν ταραχές και συγκρούσεις ανάμεσα στα δύο στρατόπεδα στο Άργος. Στις 12 Δεκεμβρίου μετά από εκεχειρία οι αντιπολιτευόμενοι αποχώρησαν από το Άργος και έφτασαν στην Κόρινθο. Εκεί, ασφαλείς πια, συγκρότησαν νέα Συνέλευση. Έτσι προέκυψαν δυο Κυβερνήσεις. Μία στο Ναύπλιο με επικεφαλής τον Αυγουστίνο και η άλλη στην Περαχώρα με τον Κωλέττη. Διχασμός και χάος ξανά.
Παρά τη χορήγηση γενικής αμνηστίας η αντιπολιτευόμενη «Κυβέρνηση» της Περαχώρας επέδειξε αδιάλλακτη άρνηση. Τότε ο Κωλέττης και οι ακόλουθοί του κρίθηκαν «ένοχοι εσχάτης προδοσίας» από την κυβέρνηση στο Ναύπλιο. Παρά την καταδίκη και εν αναμονή της εκλογής από τις τρεις Μεγάλες Δυνάμεις του ξένου ηγεμόνα που θα κυβερνούσε τη χώρα, ο Κωλέττης προσηλυτίζοντας τον τακτικό στρατό, ήθελε να κινηθεί στρατιωτικά στην Πελοπόννησο.
Η εκλογή του ανήλικου Βαυαρού Όθωνα, ως ηγεμόνα της Ελλάδας, έγινε από τη Διάσκεψη του Λονδίνου, με το Πρωτόκολλο της 13ης Φεβρουαρίου 1832. Η αναγγελία της στην Ελλάδα έγινε στα τέλη Φεβρουαρίου 1832 και φάνηκε ότι θα κατέπαυε τα πάθη. Ο επίσης Βαυαρός, φιλέλληνας Friedrich Thiersch προσπάθησε μάταια, λόγω της φανερής υποστήριξής του στους αντιπολιτευόμενους του Κωλέττη, να φέρει την ομόνοια. Η Εθνοσυνέλευση συνέχισε τις εργασίες της μέχρι τις 15 Μαρτίου και την ψήφιση του «Πολιτικού Συντάγματος της Ελλάδος» που καθόριζε το πολίτευμα της χώρας ως βασιλευόμενη δημοκρατία. Το Σύνταγμα αυτό ουσιαστικά δεν εφαρμόστηκε ποτέ αφού ο νέος ηγεμόνας δεν παραχώρησε συνταγματικά δικαιώματα στον λαό. Οι αντιπολιτεύομενοι αντιμετώπισαν με καχυποψία την ψήφιση όμως του Συντάγματος και ακολούθησαν συγκρούσεις Ρουμελιωτών ενόπλων και κυβερνητικού στρατού.
Και οι τρεις αντιπρέσβεις σύστησαν στον Αυγουστίνο Καποδίστρια να σχηματίσει κυβέρνηση από όλα τα κόμματα. Ο Αυγουστίνος παραιτήθηκε και πρότεινε ως μέλη της νέας πενταμελούς κυβερνητικής επιτροπής τους Κολοκοτρώνη, Ζαΐμη, Κωλέττη, Μπουντούρη και Μεταξά. Ο ίδιος μετέφερε μυστικά το φέρετρο με το ταριχευμένο λείψανο του δολοφονημένου αδελφού του σε ένα ρωσικό πλοίο και απέπλευσε μυστικά από το Ναύπλιο για την Κέρκυρα. Παρά τις αντιπαλότητες και με την παρέμβαση των ξένων ο διαφαινόμενος εμφύλιος αποφεύχθηκε. Όμως οι ξένοι αντιπρέσβεις ήταν απροκάλυπτα οι ρυθμιστές των πολιτικών εξελίξεων στο νέο Ελληνικό Κράτος. Τη θέση του Κολοκοτρώνη στην κυβερνητική επιτροπή κατέλαβε ο Πλαπούτας και αυτή του Μπουντούρη ο Γεώργιος Κουντουριώτης, ενώ θέση στην κυβέρνηση πήρε και ο Δημήτριος Υψηλάντης:
«...η συσταθείσα διοικητική επιτροπή καθίσταται επταμελής συγκειμένη εκ των κυρίων Γ. Κουντουριώτου, Δ. Υψηλάντου, Α. Ζαιμη, Α. Μεταξά, Ιω. Κωλέττη, Δ. Πλαπούτα και Σ. Τρικούπη (τον Τρικούπη τελικά, αντικατέστησε ο Κώστας Μπότσαρης) και αύτη θέλει αναλάβη τα χρέη της νομοτελεστικής εξουσίας υπό το όνομα διοικητική επιτροπή της Ελλάδος και θέλει κυβερνήσει μέχρι της ελεύσεως του ηγεμόνος της Ελλάδος,ή του τοποτηρητού αυτού, και κατά τα υπ' αριθμ. 277 καθήκοντα της παυσάσης τριμελούς διοικητικής επιτροπής ...»
Ψήφισμα αριθμός 330 της Γερουσίας, 2 Απριλίου 1832
Ως προίκα των Μεγάλων Δυνάμεων στον νεαρό Βαυαρό μονάρχη ήρθε στις 7 Μαΐου το Πρωτόκολλο (Συνθήκη) του Λονδίνου με τη χάραξη των συνόρων του νέου κράτους.
Όμως, οι διενέξεις μεταξύ Ζαΐμη και Κωλέττη έφεραν στην Πελοπόννησο οκτώ χιλιάδες άτακτους που για να επιβιώσουν επιδόθηκαν σε «πλιάτσικο» ενώ ταυτόχρονα διαλύθηκαν και τα ελαφρά τάγματα του τακτικού στρατού. Οι κάτοικοι των χωριών έντρομοι κατέφευγαν στα βουνά. Οι μεγάλες αντιπαραθέσεις οδήγησαν σε νέα Εθνοσυνέλευση στις 11 Ιουνίου και πάλι στο Άργος που όμως με την άμεση και ωμή παρέμβαση των αντιπρέσβεων διαλύθηκε, περιμένοντας την αντιβασιλεία.
Στο τέλος του 1832, η άφιξη του Όθωνα που η εκλογή του είχε επικυρωθεί στις 27 Ιουλίου, φάνταζε ως η μόνη λύση.
