Η «Διοικητική Επιτροπή της Ελλάδος», δηλαδή η κυβέρνηση Ανδρέα Ζαΐμη παρέλαβε σχεδόν άδειο ταμείο με περιεχόμενο μόλις 16 γρόσια. Από το καλοκαίρι του 1826 εκτός των άλλων, είχε να αντιμετωπίσει και την άφιξη στο Ναύπλιο των διασωθέντων πολεμιστών του Μεσολογγίου. Αυτοί, αφού ενώθηκαν με τα ρουμελιώτικα στρατεύματα που είχαν παραμείνει εκεί, εξαθλιωμένοι ζητούσαν τους μισθούς τους. Η κατάσταση στην πόλη είχε πια ξεφύγει, λόγω των διαρκών αναταραχών και διαμαρτυριών και έγινε χειρότερη όταν οι Σουλιώτες κατέλαβαν την Ακροναυπλία (Ιτς Καλέ) και οι Ρουμελιώτες το Παλαμήδι, ανταλλάσσοντας κανονιοβολισμούς πάνω από το Ναύπλιο.
Η κυβέρνηση, για λόγους ασφαλείας, αναγκάστηκε να συνεδριάζει, εκτός του βεληνεκούς των πυροβόλων των αντιμαχόμενων φατριών, στο Μπούρτζι. Κάτω από αυτές τις συνθήκες αναρχίας, στα μέσα Νοεμβρίου, μετέφερε την έδρα της και το τυπογραφείο της «Γενικής εφημερίδος της Ελλάδος» (εφημερίδα της κυβερνήσεως) από το Ναύπλιο στην Αίγινα. Η «Επιτροπή της Συνελεύσεως» της Επιδαύρου στην προσπάθειά της για τη συνέχιση της διακοπείσας, λόγω των πολεμικών γεγονότων, Εθνοσυνέλευσης, έκανε επανειλημμένες διακηρύξεις γι’ αυτόν τον σκοπό. Στις 2 Αυγούστου 1826 κάλεσε τους πληρεξουσίους και τους αντιπροσώπους των επαρχιών να συγκεντρωθούν στον Πόρο, στα τέλη Αυγούστου.
Αυτή η πρόσκληση δεν είχε όμως αποτέλεσμα. Ακολούθησε στις 21 Σεπτεμβρίου, νέα διακήρυξη της «Επιτροπής» και πάλι για τον Πόρο. Και αυτή η πρόσκληση ήταν ανεπιτυχής. Μια νέα διακήρυξη εκδόθηκε την 1η Νοεμβρίου με ορισμό του τόπου της Εθνοσυνέλευσης την Αίγινα. Η «Επιτροπή της Συνελεύσεως» και η «Διοικητική Επιτροπή της Ελλάδος» μετέβησαν στην Αίγινα. Αυτές οι προσπάθειες όμως δεν μπορούσαν να ευοδωθούν αφού ο Γενικός Αρχηγός της Πελοποννήσου, Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, αδιαφορώντας για τις διακηρύξεις της «Επιτροπής της Συνελεύσεως», καλούσε τους φιλικά προσκείμενους σε αυτόν πληρεξούσιους των επαρχιών, να συγκεντρωθούν στην Ερμιόνη (Καστρί). Ο Κολοκοτρώνης είχε αλλάξει τη στάση του απέναντι στον Ανδρέα Ζαΐμη μετά την προσχώρηση του τελευταίου στο αγγλικό κόμμα. Παρά τις διώξεις που υπέστη από την κυβέρνηση Κουντουριώτη στη διάρκεια του εμφυλίου πολέμου, ο Κολοκοτρώνης συμμάχησε με τον Κουντουριώτη εναντίον του Ζαΐμη. Ενδεχομένως τα βαθύτερα αίτια αυτής της στάσης του Κολοκοτρώνη να βρίσκονται στα ψηφίσματα της Γ’ Εθνοσυνέλευσης της Επιδαύρου ή και στη φιλοδοξία του να ηγηθεί στον Μοριά. Στην Ερμιόνη είχαν συγκεντρωθεί περίπου 147 πληρεξούσιοι (τα δύο τρίτα του συνόλου των πληρεξουσίων της Επιδαύρου) καθώς και πολυάριθμοι ένοπλοι.
Η τελευταία διακήρυξη της «Επιτροπής της Συνελεύσεως» εκδόθηκε στις 2 Ιανουαρίου 1827 και καλούσε τους πληρεξούσιους να συγκεντρωθούν στην Αίγινα και χαρακτήριζε τους συγκεντρωμένους στην Ερμιόνη γύρω από τον Κολοκοτρώνη, ιδιοτελείς και αντιπατριώτες. Οι συγκεντρωμένοι πληρεξούσιοι στην Ερμιόνη, αφού δεν αναγνώριζαν τις διακηρύξεις της «Επιτροπής της Συνελεύσεως» για συνέλευση στην Αίγινα, συγκροτήθηκαν σε σώμα στις 18 Ιανουαρίου 1827 και άρχισαν «προκαταρκτικές συνεδριάσεις». Στις 11 Φεβρουαρίου ορκίστηκαν και υπό την προεδρία του Γεωργίου Σισίνη, ξεκίνησαν τακτικές συνεδριάσεις της Εθνοσυνέλευσης. Ο αγγλικός παράγοντας έδειξε ακόμα μία φορά τη δύναμή του. Ο πρεσβευτής της Μεγάλης Βρετανίας στην Κωνσταντινούπολη, Stratford Canning, απείλησε τις αντίπαλες ομάδες πληρεξουσίων στην Ερμιόνη και στην Αίγινα, ότι αν δεν μονιάσουν θα πάψει κάθε προσπάθεια για τον συμβιβασμό μεταξύ των Ελλήνων και της Υψηλής Πύλης που ήταν επιφορτισμένος να επιτύχει. Γι’ αυτό έστειλε και επιστολή στον Κολοκοτρώνη. Όταν έφτασε στο Πόρτο Χέλι ο Richard Church, υποψήφιος Αρχιστράτηγος και παλιός γνώριμος του Κολοκοτρώνη από την κοινή υπηρεσία τους στη Ζάκυνθο, έγινε δεκτός με ενθουσιασμό από τον Κολοκοτρώνη και τους οπαδούς του, που τον οδήγησαν στην Ερμιόνη. Όταν έμαθε όμως ότι η Ελλάδα ήταν και πάλι χωρισμένη σε δύο στρατόπεδα, απείλησε κι αυτός αρνήθηκε να αναλάβει τα καθήκοντά του αν δεν επικρατούσε αμέσως ομόνοια.
Στην Ερμιόνη βρισκόταν και ο Άγγλος αρχηγός του βρετανικού στόλου του Αιγαίου captain Hamilton, που προσπαθούσε παρασκηνιακά να συμβιβάσει τις δυο αντιμαχόμενες παρατάξεις. Στις 5 Μαρτίου έφτασε στον Πόρο και ο προοριζόμενος για Αρχιναύαρχος του ελληνικού στόλου Thomas Cochrane. Πήγε στην Αίγινα όπου παρέδωσε στην κυβέρνηση εκατό χιλιάδες δίστηλα. Αυτά ήταν τα τελευταία χρήματα του δεύτερου αγγλικού δανείου καθώς και οι προσφορές των φιλελλήνων της Ευρώπης. Αφού είδε την διχαστική κατάσταση και αυτός ζήτησε ομόνοια και έστειλε επιστολή στον Κολοκοτρώνη και τους οπαδούς του, απειλώντας ότι θα φύγει αν δεν συμφιλιωθούν με τους κυβερνητικούς. Οι ενέργειες των Άγγλων αλλά και άλλων παραγόντων, έφεραν αποτέλεσμα. Οι δυο αντίπαλες ομάδες πληρεξουσίων συμφώνησαν να μεταβούν για κοινή Συνέλευση στην Τροιζήνα (Δαμαλά). Η Συνέλευση στην Ερμιόνη, στις 16 Μαρτίου 1827 εξέδωσε την παρακάτω διακήρυξη:
«Ο ΠΡΟΕΔΡΟΣ ΤΗΣ ΕΘΝΙΚΗΣ Γ’ ΣΥΝΕΛΕΥΣΕΩΣ ΤΩΝ ΕΛΛΗΝΩΝ
Διακηρύττει: Ένεκα των περιστάσεων και των γενικών της πατρίδος συμφερόντων, απεφασίσθη να μεταβή εις Τροιζήνα (Δαμαλά) η Συνέλευσις, δια να εξακολουθήσει την σειράν των εργασιών της και να δώση τέλος εις αυτάς. Σήμερον μεταβαίνει εκεί και ειδοποιεί το πανελλήνιον. Εν Ερμιόνει τη 16 Μαρτίου 1827» Την ίδια ημέρα οι δυο κυβερνητικές Επιτροπές στην Αίγινα, με ανάλογες διακηρύξεις, αποφάσισαν να μεταφερθούν κι αυτές, η μεν «Επιτροπή της Συνελεύσεως» στην Τροιζήνα, η δε «Διοικητική Επιτροπή της Ελλάδος» την επόμενη ημέρα, στον Πόρο. Τελικά η Γ´ Εθνοσυνέλευση συνεχίστηκε στην Τροιζήνα από τις 19 Μαρτίου μέχρι τις 5 Μαΐου 1827. Η Συνέλευση στην Ερμιόνη αναγνωρίστηκε ως συνέχεια της διακοπείσης Εθνοσυνέλευσης της Επιδαύρου. Για τη φύλαξη για δύο μήνες (από 18 Ιανουαρίου μέχρι 13 Μαρτίου 1827) της Συνέλευσης στην Ερμιόνη, αναγνωρίστηκε χρέος στον Γενικό Αρχηγό των όπλων Θ. Κολοκοτρώνη. 21.020 γρόσια. Η συνέχιση της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης στην Ερμιόνη και την Τροιζήνα ήταν κρίσιμη και ιδιαίτερα παραγωγική αφού εξέδωσε είκοσι τέσσερα ψηφίσματα: Ερμιόνη: Στις 22 Φεβρουαρίου, (Αριθ. Α΄). Η ελληνική επικράτεια αποτελείται από τις περιοχές που πήραν τα όπλα κατά της τυραννίας, όλοι οι κάτοικοί τους έχουν κοινά δικαιώματα και οι παθόντες θα αποζημιωθούν. Στις 4 Μαρτίου, (Αριθ. Β΄). Ακυρώνεται το ψήφισμα Δ΄ της Εθνοσυνέλευσης της Επιδαύρου που αφορούσε στην εκλογή πληρεξουσίων. «…ο κύριος Δ. Υψηλάντης αποκαθίσταται εις τα δίκαια του πολίτου και απολαύσει αυτών ανεξαιρέτως». Στις 16 Μαρτίου, I. (Αριθ. Γ΄).
Ακυρώνεται το ψήφισμα Γ΄ της Εθνοσυνέλευσης της Επιδαύρου που αφορούσε τον αποκλεισμό του Δημητρίου Υψηλάντη. II. (Αριθ. Δ΄). Μεταφορά της Εθνοσυνέλευσης στην Τροιζήνα (Δαμαλά). Τροιζήνα: Στις 27 Μαρτίου, (Αριθ. Ε΄). Έγκριση του διπλώματος της στολαρχίας του λόρδου Cochrane Στις 2 Απριλίου, I. (Αριθ. ς΄). Εκλογή του κόμη Ιωάννη Καποδίστρια ως Κυβερνήτη της Ελλάδος για επτά χρόνια. Διορίστηκε τριμελής Αντικυβερνητική Επιτροπή για να κυβερνήσει την Ελλάδα μέχρι την άφιξη του Κυβερνήτη. II. (Αριθ. Ζ΄). Διορισμός του Ριχάρδου Τσουρτς (Church) ως Αρχιστράτηγου και Διευθυντή των χερσαίων δυνάμεων της Ελλάδος. Στις 5 Απριλίου, I. (Αριθ. Η΄). Η πληρωμή ανά μήνα, η φροντίδα των ορφανών των αξιωματικών και των ναυτών της θαλάσσιας υπηρεσίας και η περίθαλψη των τραυματιών είναι φροντίδα της Διοίκησης. II. (Αριθ. Θ΄). Ορισμός της διάρκειας και των μελών της «Αντικυβερνητικής Επιτροπής»: Γεώργιος Μαυρομιχάλης, Ιωάννης Νάκος και Ιωάννης Μακρής-Μιλαήτης. III. (Αριθ. Ι΄). Σύσταση εθνικού στόλου. Μετά τη θέσπιση της Αντικυβερνητικής Επιτροπής και τον ορισμό των μελών της, παραιτήθηκε αμέσως η «Διοικητική Επιτροπή της Ελλάδος». Η Αντικυβερνητική Επιτροπή ορκίσθηκε την επόμενη ημέρα. Στις 8 Απριλίου, I. (Αριθ. ΙΑ΄). Ανταμοιβή γης από τον ελαιώνα της Αθήνας σε ίση αναλογία, για τη φρουρά της Ακρόπολης της Αθήνας, τους πολιορκούμενους, τις οικογένειές των θυμάτων και τους αγγελιοφόρους. II. (Αριθ. ΙΒ΄). Άνοιγμα δανείου για πέντε εκατομμύρια δίστηλων ταλλήρων με υποθήκη εθνικής γης. Πληρεξουσιότητα στον Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια για αυτό το τρίτο εθνικό δάνειο, το οποίο θα πληρώσει τους τόκους των δύο πρώτων δανείων. Στις 26 Απριλίου, III. (Αριθ. ΙΓ΄).
Ο Στόλαρχος και ο Αρχιστράτηγος να υποβάλουν τα σχέδιά τους για τη φύλαξη των παραλιακών φρουρίων στην Αντικυβερνητική Επιτροπή. Η κυβέρνηση θα λάβει τα αναγκαία μέτρα για τα χερσαία οχυρά σύμφωνα με τις οδηγίες του Στόλαρχου και του Αρχιστράτηγου. IV. (Αριθ. ΙΔ΄). Η Αντικυβερνητική Επιτροπή να δώσει πληρεξουσιότητα στον Αρχιστράτηγο για την οργάνωση και τον εφοδιασμό του στρατού. Στην 1 Μαΐου, I. (Αριθ. ΙΕ΄). Δεύτερη αναθεώρηση του «Πολιτεύματος της Επιδαύρου». Το αναθεωρημένο κείμενο ονομάζεται «Πολιτικόν Σύνταγμα της Ελλάδος» και απαρτίστηκε από 150 άρθρα. Καθιέρωσε τον κοινοβουλευτισμό, την φορολογική ισότητα και τη διάκριση των εξουσιών, αφού στηριζόταν στη Βουλή, τον Κυβερνήτη και το Δικανικό. II. (Αριθ. Ις΄). Λειτουργία της Αντικυβερνητικής Επιτροπής και ρόλος του Στόλαρχου και του Αρχιστράτηγου, διορισμοί κλπ. Καθορίστηκαν τα δικαιώματα και οι υποχρεώσεις της Αντικυβερνητικής Επιτροπής. Τα μέλη της επιτροπής και οι Γραμματείς είναι υπεύθυνοι για τις δημόσιες πράξεις τους και κρίνονται με το «Πολιτικό Σύνταγμα» από τα δύο τρίτα των παρόντων μελών της Βουλής. Η Αντικυβερνητική Επιτροπή αποφασίζει με πλειοψηφία. Συγκροτείται Συμβούλιο, που αποτελείται από τον πρόεδρο της Βουλής, πέντε βουλευτές και τον Γραμματέα των Εξωτερικών και έχει αποστολή την παρακολούθηση των ενεργειών του συμβιβασμού. III. (Αριθ. ΙΖ΄). Ακύρωση του ψηφίσματος ΙΕ΄ της Επιδαύρου για το διορισμό προσωρινού πενταμελούς εγκληματικού δικαστηρίου, κατάργηση του Εγκληματικού Δικαστηρίου του Ναυπλίου και παραχώρηση στους πολίτες του δικαιώματος έφεσης. Στις 4 Μαΐου, I. (Αριθ. ΙΗ΄).
Ορισμός του Ναυπλίου ως έδρας της Κυβέρνησης και της Βουλής και άμεση μετάβαση των δύο σωμάτων εκεί. II. (Αριθ. ΙΘ΄). Ομόφωνη εκλογή ως προέδρου της Βουλής του Νικολάου Ρενιέρη, ο οποίος πρέπει να ενεργήσει για την άμεση έναρξη των εργασιών της. Στις 5 Μαΐου, I. (Αριθ. Κ΄). Επιβράβευση όσων κατατάσσονται εφεξής στον στρατό με εθνική γη μετά τη λήξη του πολέμου II. (Αριθ. ΚΑ΄). Οργάνωση του στρατού. Ο Αρχιστράτηγος πρέπει να υποβάλει σχέδιο νόμου προσαρμοσμένο στα γαλλικά πρότυπα, σύμφωνα με τις επιταγές του ψηφίσματος της Εθνοσυνέλευσης του Άστρους III. (Αριθ. ΚΒ΄). Ρύθμιση των δικαιωμάτων και των υποχρεώσεων των αλλοεθνών που εγκαθίστανται στην Ελλάδα. IV. (Αριθ. ΚΓ΄). Άδεια στους Σμυρναίους να ανεγείρουν πόλη στην περιοχή του ισθμού της Κορίνθου. Η πόλη θα έπαιρνε το όνομα Νέα Σμύρνη. V. (Αριθ. ΚΔ΄). Ακύρωση των εκποιήσεων των εθνικών κτημάτων. Όσοι είχαν αγοράσει παράνομα εθνικά κτήματα, θα αποζημιωθούν με ότι πλήρωσαν κατά την απόκτησή τους. Τα κέρδη που πιθανόν είχαν από την απόκτηση των κτημάτων θα πρέπει να αποδοθούν στο Εθνικό Ταμείο, εκτός των εξόδων που είχαν καταβάλει.
Το πρόσημο αυτής της κρίσιμης Εθνοσυνέλευσης ήταν σαφώς θετικό αφού συνέταξε και επικύρωσε τον πρώτο οριστικό καταστατικό χάρτη της Ελλάδας, το «Πολιτικόν Σύνταγμα της Ελλάδος» αλλά ταυτόχρονα εξέλεξε, παρά τις σκληρές αντιδράσεις των Κουντουριώτηδων και του Κωλέττη, ως πρώτο Κυβερνήτη της χώρας τον Ιωάννη Καποδίστρια. Ο κόμης Ιωάννης Καποδίστριας ήταν επιλογή, μεταξύ των άλλων και του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη. Αυτός, έχοντας συγκεντρώσει μεγάλη δύναμη, πίστευε ότι μια ισχυρή διεθνής προσωπικότητα όπως ο Καποδίστριας, ήταν απαραίτητη για την ευόδωση των σκοπών της Επανάστασης.
Αυτή ήταν και η κύρια αιτία της διάστασης μεταξύ Κολοκοτρώνη και της κυβέρνησης του Ανδρέα Ζαΐμη του 1826. Παρά τον αγγλόφιλο προσανατολισμό της και η Επιτροπή της Ζακύνθου (Ρώμας, Δραγώνας και Στεφάνου) υποστήριξε τον ορισμό του Καποδίστρια. Το «Πολιτικόν Σύνταγμα» που αποτελείται από 150 άρθρα χαρακτηρίζεται ως υπερδημοκρατικό.
Αυτές οι δύο αποφάσεις της Εθνοσυνέλευσης της Τροιζήνας εξασφάλιζαν τη δημιουργία μιας ισχυρής κυβέρνησης. Οι επιρροές των ξένων και ιδιαίτερα της Αγγλίας, έπαιξαν σημαντικό ρόλο αυτή την περίοδο. Οι διορισμοί των Church και Cochrane στην αρχηγία του στρατού και του στόλου αντίστοιχα, στόχευε και στη διεθνή αποδοχή της μικρής υπό σύσταση χώρας που όμως με αυτές τις κινήσεις έδειξε την αδυναμία της στην ολοκλήρωση του Αγώνα με τις δικές της δυνάμεις. Αρχικά στην Εθνοσυνέλευση της Ερμιόνης επικρατούσε το αγγλικό κόμμα. Όμως αφού ο George Canning δεν υλοποιούσε τις υποσχέσεις που είχε δώσει μυστικά, στον Μαυροκορδάτο, τους Κουντουριώτηδες και τον Κολοκοτρώνη η στροφή πολλών και προς το ρωσικό κόμμα ή κόμμα των Ναπαίων του Ανδρέα Μεταξά ήταν αναμενόμενη.
