Εδώ σώζεται και η τουρκική δεξαμενή-υδραγωγείο του κάστρου. Από τον περίβολο, με δυο πέτρινες σκάλες μέσα στους χοντρούς τοίχους της κατασκευής, οι φρουροί ανέβαιναν στις επάλξεις. Η κύρια είσοδος για τις επάλξεις ήταν βέβαια το κεκλιμένο λιθόστρωτο που αρχίζει στα αριστερά της εισόδου της ακρόπολης και οδηγεί περιμετρικά στους προμαχώνες της. Στον μεγάλο περίβολο του κάτω κάστρου, υπάρχει το παλιό τουρκικό τζαμί, με σταυροειδή διαμόρφωση και πέντε τρούλους, που σήμερα έχει μετατραπεί σε χριστιανικό ναό της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος. Πρόκειται για το τζαμί του Murat ΙΙΙ, που σύμφωνα με τον Τούρκο περιηγητή του 1668-71, Evliya Çelebî, ήταν πέτρινο και οι τρούλοι του μολυβοσκέπαστοι. Αυτό χτίστηκε αμέσως μετά την ολοκλήρωση των οχυρώσεων, επί βασιλείας του Murat III, το 1578.

Στα νοτιοδυτικά του κτίσματος υψωνόταν ο μιναρές που διακρίνεται και σε γκραβούρα της εποχής της Β΄ βενετοκρατίας, του Coronelli. Ενα σημαντικό τμήμα του και η αρχή της εσωτερικής σκάλας σώζονται και σήμερα.

Στην ίδια γκραβούρα αλλά και στα σχέδια που συνοδεύουν το ημερολόγιο της Αρμάδας 1684-87 διακρίνεται σαφώς και δεύτερο τζαμί στα αριστερά της τότε κύριας εισόδου του κάστρου, εκεί περίπου που σήμερα βρίσκεται το κτήριο των στρατώνων του Maison. Αυτό βρισκόταν στην αγορά και ήταν το τζαμί του Ferhad. Η χρήση του μεγάλου τζαμιού του Murat III, ήταν ανάλογη με τους κατά καιρούς κυρίους του κάστρου. Ο Francesco Morosini στις 21 Ιουνίου 1686, μετά τη θριαμβευτική του είσοδο, το μετέτρεψε σε χριστιανικό ναό του Σωτήρος Χριστού. Στη δεύτερη τουρκοκρατία φυσικά έγινε και πάλι τζαμί, χριστιανικός ναός στην πρόσκαιρη κατάληψη του κάστρου από τους Ρώσους του Ορλώφ, και πάλι τζαμί μέχρι την εποχή των Γάλλων του N.J. Maison. Τότε έγινε αποθήκη για το στάρι και το αλεύρι του εκστρατευτικού σώματος. Μετά την απελευθέρωση και την παράδοση του κάστρου στους Ελληνες, μετατράπηκε σε ορθόδοξο ναό της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος ή Αγια-Σωτήρα, που με το χρώμα της κόκκινης ώχρας δέσποζε στο χώρο του Ναβαρίνου.

Στο μεγάλο κύριο περίβολο του κάτω κάστρου υπήρχε ο βασικός, πυκνοκατοικημένος οικισμός, η αγορά στα δεξιά της σημερινής εισόδου, οι χώροι στρατωνισμού και μια μπαρουταποθήκη με κωνική στέγη που σωζόταν μέχρι τη σχετικά πρόσφατη ιταλογερμανική κατοχή. Αργότερα, στη δεκαετία του 1950, το εσωτερικό της μετατράπηκε σε γυμναστήριο για τις μαθήτριες του Γυμνασίου της Πύλου.

Εξω από το οχυρό, στα «Καλύβια», υπήρχαν καταλύματα βοσκών ενώ οι κατοικίες των Ελλήνων ήταν λίγο πιο πάνω, στο συνοικισμό Βαρούσι, στα υψώματα νότια και ανατολικά του κάστρου. Στον μεγάλο περίβολο υπήρχαν ακόμα δύο στέρνες και δύο πέτρινες κρήνες, κοντά στα τζαμιά, που με την υδροστατική διαφορά έπαιρναν νερό από τη δεξαμενή της ακρόπολης. Εκεί το νερό ερχόταν με υδραγωγείο από την πηγή Κουμπέ, κοντά στου Χανδρινού. Το υδραγωγείο κατασκευάστηκε επί βασιλείας του Murat IV, μεταξύ των ετών 1623-40. Τα εκατό χιλιάδες γρόσια που απαιτήθηκαν για αυτό το σημαντικό έργο των έξι χιλιομέτρων δόθηκαν από τον αρχιναύαρχο του σουλτάνου Murat IV και τον Çelebî-Hasan Pasa.

Αργότερα την εποχή των Βενετών του Francisco Morosini, ένα άλλο υδραγωγείο (σούγελο) σε μήκος τεσσάρων χιλιομέτρων έφερε νερό από την πηγή του Παλιονερού. Ενα τμήμα αυτού του υδραγωγείου σώζεται σήμερα και είναι οι γνωστές «καμάρες» στα δεξιά του δρόμου για τη Μεθώνη.

Το υδραγωγείο του Νιόκαστρου αλλά και του μικρού συνοικισμού των Ελλήνων, καταστράφηκε από τους βομβαρδισμούς των Αράβων του Ιμπραήμ, στην πολιορκία του Νιόκαστρου το τρίμηνο Μαρτίου-Μαΐου του 1825. Η καταστροφή του έγινε για να αναγκαστούν, από την ανυδρία και τη δίψα, σε παράδοση οι κλεισμένοι στο κάστρο Ελληνες. Η επισκευή του υδραγωγείου έγινε τον Αύγουστο του 1832 από το διοικητή των μεσσηνιακών φρουρίων Ε. Σκούφο, μετά από επίμονη απαίτηση «του στρατηγού και των λοιπών Γαλλικών αρχών» λόγω της μεγάλης λειψυδρίας. Η επισκευή του υδραγωγείου κόστισε στο ελληνικό δημόσιο 110 πεντάφραγκα. Το πεντάφραγκο ήταν γαλλικό νόμισμα που κυκλοφορούσε στις κατεχόμενες από τους Γάλλους περιοχές της Μεσσηνίας, εκείνη τη μεταβατική περίοδο.

Αυτή την εποχή και συγκεκριμένα το 1830, το Νεόκαστρο, με 65 οικογένειες, ήταν έδρα της ομώνυμης επαρχίας. Στην επαρχία Νεοκάστρου ανήκαν και τα χωριά: Σουμάναγα (=Οσμάναγα, δηλαδή το σημερινό Κορυφάσιο), Πετροχώρι, Χασάναγα, Ρουστάμαγα, Πισάσκι, Πύλα, Ζαΐμογλι, Λέζαγα, Γιάλοβα, Σχινόλακκα, Γουβαλαγορά, Αγορέλιτσα, Μουζούστα, Βρυσόμυλος, Σκάρμιγκα, Στυλιανού, Μανιάκι, Ικλαινα, Πλάτανος, Πισπίσα, Νάσσα, Χανδρινού, Παπούλια, Κρεμμύδια, Κουκουνάρα. Συνολικά τότε η επαρχία Νεοκάστρου είχε 365 οικογένειες (Γ.Α.Κ., Υπουργείο Δικαιοσύνης, 25-10-1830).

Μια σημαντική στιγμή στην ιστορία του Νιόκαστρου είναι η πολιορκία του από τους Αιγυπτίους του Ιμπραήμ. Επί δύο μήνες, από τις 9 Μαρτίου μέχρι και τις 11 Μαΐου 1825, όταν αποχώρησε η φρουρά και παραδόθηκε το φρούριο, οι προσπάθειες των Αιγυπτίων απέβλεπαν στην εκπόρθηση του κάστρου, ενώ των Ελλήνων υπερασπιστών του στην επιτυχή άμυνα, τόσο στο οχυρό όσο και στη γύρω περιοχή (Σχινόλακκα, Πετροχώρι, Σφακτηρία). Σ’ αυτή την πολιορκία μαζί με το φρούραρχο Δημήτριο Σαχτούρη, συναντάμε αρκετούς φιλέλληνες αλλά και ήρωες του ξεσηκωμού του ’21. Δεσπόζουσα και χαρακτηριστική είναι η παρουσία του Μακρυγιάννη, που διαπραγματεύτηκε και την παράδοση του κάστρου στον Ιμπραήμ, αλλά και του Γιωργάκη Μαυρομιχάλη, του Γιατράκου, του Επίσκοπου Μεθώνης Γρηγορίου Παπαθεοδώρου, του Καρατάσου, του Αναγνωσταρά, του Μιαούλη, του Αναστάση Τσαμαδού, του κόμη Santarosa και τόσων άλλων.

Ο Ιμπραήμ με το καλά οργανωμένο εκστρατευτικό του σώμα, με ευρωπαϊκή εκπαίδευση από Γάλλους κυρίως στρατιωτικούς που υπηρετούσαν σαν διοικητές μονάδων, κατάφερε με αλλεπάλληλες επιχειρήσεις από το προγεφύρωμα της Μεθώνης να διασκορπίσει τα ελληνικά σώματα στο Κρεμμύδι, να καταλάβει τη Σφακτηρία και το Παλιοναβαρίνο και τελικά να «στραγγαλίσει» και το Νιόκαστρο. Η φρουρά του κάστρου, αφού εξάντλησε κάθε όριο αντοχής, αναγκάστηκε μετά και από την εγκατάλειψή της από τη Διοίκηση του Κουντουριώτη να συμφωνήσει για την εκκένωση και την παράδοση του οχυρού, στις 11 Μαΐου 1825. Οι υπερχίλιοι πολιορκημένοι με την εγγύηση και προστασία του Ιμπραήμ, επιβιβάστηκαν σε πλοία και μεταφέρθηκαν στην Καλαμάτα. Ο Ιμπραήμ αθετώντας τη συμφωνία κράτησε δυο αιχμαλώτους: τον δευτερότοκο γιο του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη, Γιωργάκη (Μπεϊζαδέ), και τον Παναγιώτη Γιατράκο, για να τους ανταλλάξει με δυο Τούρκους πασάδες που είχαν αιχμαλωτιστεί στο Ναύπλιο.

Μέσα στα χρόνια αρκετές παρεμβάσεις αλλά και φυσικές καταστροφές διαμόρφωσαν τη σημερινή μορφή του φρουρίου. Εκτός από την καταστροφή του έκτου προμαχώνα της Ακρόπολης το 1686, στην κατάληψη του κάστρου από τις δυνάμεις του Morosini, ακόμα μια επισκευή στις μπαρουταποθήκες και στον έβδομο έγινε το 1770 μετά την αποχώρηση Ρώσων στα Ορλωφικά. Οι Ρώσοι φεύγοντας ανατίναξαν τις μπαρουταποθήκες και κατέστρεψαν σε μεγάλη έκταση το οχυρό. Πρόσφατα, το 1944, καταστράφηκε σχεδόν ολοκληρωτικά και ο νότιος στρογγυλός προμαχώνας της βέργας. Εκεί, στη διάρκεια της γερμανικής κατοχής, ήταν αποθηκευμένα πυρομαχικά που μετά από βομβαρδισμό από συμμαχικά αεροπλάνα προκάλεσαν την ανατίναξη του λιθόκτιστου προμαχώνα.