Το κάστρο είναι το σπουδαιότερο και το μεγαλύτερο σε έκταση βενετικό οχυρό στη Μεσόγειο. Τα περίπου 100 στρέμματά του προκαλούν τους σύγχρονους ερευνητές της βενετικής ιστορίας, αφού οι καλυμμένοι από πυκνή βλάστηση σωροί των ερειπίων του μεσαιωνικού οικισμού της Μεθώνης φαίνεται ότι έχουν να δώσουν ακόμα πολλά στοιχεία για τη μελέτη της ιστορίας του.
Στη θέση του κάστρου, όπως αναφέρει ο περιηγητής του 2ου μ.Χ. αιώνα Παυσανίας, υπήρχαν από την αρχαιότητα ιερά της Αρτέμιδος και της ανεμώτιδος Αθηνάς. Η πρώτη οχύρωση έγινε αμέσως μετά τον Γ΄ Μεσσηνιακό πόλεμο, την επανάσταση ή πόλεμο του Αριστομένη, περίπου το 490 π.Χ. Τότε οι σύμμαχοι των Μεσσηνίων κάτοικοι της Πηδάσου, όπως ήταν τότε το όνομα της πόλης, μαζί με τους Πύλιους και τους ηττημένους συντρόφους του Αριστομένη, εγκατέλειψαν την πόλη και όλοι μαζί κατέφυγαν σαν πρόσφυγες στη Σικελία. Εκεί, επί τυραννίας Αναξίλα, κατέκτησαν την αρχαία Ζάγκλη και τη μετονόμασαν σε Μεσσήνη. Αυτή είναι η σημερινή Messina της Σικελίας.
Οι νικητές Σπαρτιάτες παραχώρησαν την εγκαταλελειμμένη και έρημη Πήδασο στους φιλολάκωνες Ναυπλιείς, που είχαν διωχθεί από τις εστίες τους από τους εχθρούς τους Αργείους. Τότε λοιπόν φαίνεται ότι έγινε και η πρώτη οχύρωση στη Μεθώνη. Τότε άλλαξε και το όνομα της πόλης, και από Πήδασος όπως αναφέρεται στην Ιλιάδα (Ι,150) έγινε Μοθώνη. Ονομα που πήρε από τον “Μόθωνα λίθο”, δηλαδή τον μισοβυθισμένο βράχο που σήμερα πάνω στη μια άκρη του “στέκεται” το μπούρτζι. Αυτός ο βράχος είναι η αρχή ενός υφάλου που διατρέχει υποβρύχια το πλάτος του στενού της Μεθώνης σε σταθερό βάθος 7-8 μέτρων και έτσι “συνδέει” το μπούρτζι με το απέναντι ακρωτήριο Καρσί της Σαπιέντζας. Αυτός ο μακρύς ύφαλος προστατεύει φυσικά το στενό της Μεθώνης και βέβαια το λιμάνι της από θαλασσοταραχές. Το όνομα Μοθώνη διατηρήθηκε και μετά την απελευθέρωση της Μεσσηνίας από τον Επαμεινώνδα, το 369 π.Χ.
Η αρχαία οχύρωση, με μικροεπισκευές ή προσθήκες, συνέχισε να προστατεύει το λιμάνι και την πόλη στα ρωμαϊκά αλλά και στα βυζαντινά χρόνια. Την εποχή της Pax Romana η πόλη της Μεθώνης ανακηρύχθηκε αυτόνομη από το Ρωμαίο αυτοκράτορα Τραϊανό (98-117μ.Χ.) και έτσι αναφέρεται και από τον Μικρασιάτη περιηγητή Παυσανία στο πέρασμά του από τη Μεσσηνία γύρω στο 160 μ.Χ.:
«Μοθώνη δε, πριν ή την στρατιάν ες Τροίαν αθροισθήναι και επί του προς Ιλίω πολέμου καλουμένη Πήδασος…».
[Παυσανίου, Ελλάδος περιηγήσεως, Μεσσηνιακά ΙV, 35,1]
Η βυζαντινή Μοθώνη πρωτοεμφανίζεται στα κείμενα του Προκοπίου (“Ιστορία των πολέμων”) το 533 μ.Χ., δηλαδή ένα χρόνο μετά τη στάση του “Νίκα” και την “Αιώνια ειρήνη” με τους Πέρσες, όταν ο βυζαντινός στόλος έδεσε για λίγο στο λιμάνι της. Τότε ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός, έχοντας εδραιώσει τον θρόνο του και έχοντας εξασφαλίσει την ειρήνη με τους Πέρσες, με ασφαλή και ήσυχα τα ανατολικά του σύνορα, αποφάσισε να θέσει σε εφαρμογή το σημαντικότερο σχέδιό του, την ανακατάληψη δηλαδή του δυτικού τμήματος της αυτοκρατορίας και την αποκατάσταση της ενότητας του ρωμαϊκού κράτους. Ο πρώτος στόχος του Ιουστινιανού ήταν το βασίλειο των Βανδάλων στη βόρεια Αφρική, επειδή αυτοί, σαν οπαδοί του Αρείου, ήταν διώκτες των Ορθοδόξων. Ετσι ο Ιουστινιανός άρχισε πολέμους στη βόρεια Αφρική εναντίον των Βανδάλων. Εστειλε λοιπόν το στρατηγό Βελισάριο επικεφαλής του βυζαντινού στόλου για να τους επιτεθεί. Πηγαίνοντας για τη Σικελία και τη βόρεια Αφρική, λίγο έξω από τη Μοθώνη έπεσε ο αέρας και έτσι ο στόλος αναγκάστηκε να αράξει στο λιμάνι της. Ακολούθησε αποβίβαση των ανδρών στην ακτή και επιθεώρηση από τους βυζαντινούς αξιωματικούς μετά την τακτοποίηση του στόλου.
Μια ακόμα γραπτή αναφορά για τη Μοθώνη υπάρχει στο έργο του Αραβα γεωγράφου Edrisi (Geographie d’ Edrisi) έξι αιώνες αργότερα: «…μια πόλη οχυρωμένη με ένα κάστρο που εποπτεύει και ελέγχει τη θάλασσα».
Στη διαδρομή των αιώνων οι επιδημίες, η γενικότερη παρακμή και κυρίως η πειρατεία κατάντησαν το λιμάνι της Μοθώνης αλλά και το Porto Longo της Σαπιέντζας, άντρο κουρσάρων. Ομως η πειρατεία, που λέγεται ότι ενθαρρυνόταν από τον βυζαντινό αυτοκράτορα Ιωάννη Β΄ Κομνηνό σε μια παρασκηνιακή προσπάθειά του να αποδυναμώσει τα εμπορικά προνόμια που είχε παραχωρήσει στους Βενετούς με αυτοκρατορικό χρυσόβουλο ο πατέρας του Αλέξιος Α’, ήταν εξαιρετικά ενοχλητική για τα παραπλέοντα εμπορικά πλοία. Ετσι, ο κυρίως θιγόμενος βενετσιάνικος στόλος το 1125, με επικεφαλής τον τρόμο των πειρατών αλλά και των Ελλήνων κατοίκων των δυτικών παραλίων (terror Graecorum), δόγη Domenico Michieli, και με κύρια αιτία την αμφισβήτηση των δικαιωμάτων της Βενετίας από τους Βυζαντινούς, αποβιβάστηκε στη Μοθώνη. Τότε ο δόγης διέλυσε σχεδόν συθέμελα το αρχαίο οχυρό, σκορπίζοντας έτσι το άντρο της πειρατείας.
Η πόλη πέρασε στην αφάνεια. Μια επίθεση των Νορμανδών στο νότιο Ιόνιο το 1148 έφερε τον όλεθρο και της έδωσε τη χαριστική βολή. Λίγο αργότερα, μεταξύ των ετών 1157 και 1166, επίσκοπος στη Μεθώνη ήταν ο Νικόλαος. Στο θεολογικό έργο του “Ανάπτυξις της Θεολογικής Στοιχειώσεως Πρόκλου Πλατωνικού Φιλοσόφου”, ο Νικόλαος γράφει για τη Μεθώνη του καιρού του:
« Μεθώνη πόλις, αλλ’ αποκόπτει μοι το συμπλήρωμα της προτάσεως η παντελής του ψεύδους παραίτησις, ην γαρ ότε πόλις ην, νυν δε εστιν ερημόπολις, έρημη πολιτών, έρημη τειχών και της από τειχών ασφαλείας… Ταύτης άκρον έσχατον η Μεθώνη, ην εγώ δυστυχώς οικείν»…
[Από τα Μεσσηνιακά Χρονικά, τόμος πρώτος 1999, και την εργασία του διδάκτορα Αρχαίας Ελληνικής Φιλοσοφίας κ. Ηλία Τεμπέλη (σελ.50)].
Μέσα σε αυτό το κλίμα της παρακμής, η συνεργασία του βυζαντινού στόλου με τον πανίσχυρο βενετικό στο Ιόνιο ήταν πια επιβεβλημένη. Σαν ανταμοιβή της Βενετίας για την κατά καιρούς ναυτική βοήθεια και για να προλάβει την όποια δυσαρέσκεια των Βενετών, ο αυτοκράτορας Αλέξιος Γ’ προχώρησε το 1198 στην παραχώρηση εμπορικών προνομίων με αυτοκρατορικό χρυσόβουλο, που τους επέτρεπε να δημιουργήσουν και στη Μεθώνη εμπορικό σταθμό. Αλλά ούτε και το νέο χρυσόβουλο με τα “συμμαχικά” προνόμια στους Βενετούς αλλά και στους Πισάτες και τους Γενουάτες, δεν στάθηκε αρκετό για να αποτρέψει τον όλεθρο της Δ’ Σταυροφορίας.
Μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Λατίνους σταυροφόρους “προσκυνητές” το 1204, την επόμενη άνοιξη του 1205, οι Φράγκοι με 100 σιδερόφρακτους ιππότες και λίγους πεζούς, ξεκίνησαν για την κατάληψη της νοτιοδυτικής Πελοποννήσου. Παρά τη συμφωνία για τη διανομή των κτήσεων (partitio), οι Φράγκοι έβαλαν στόχο τους να κάνουν ολόκληρο το Μοριά ένα σχετικά αυτόνομο κράτος, το Πριγκιπάτο της Αχαΐας.
Ομως, το 1206 μετά την κατάληψη της Μεθώνης και της Κορώνης από τους Φράγκους των Guillaume de Champlitte και Geoffroy I de Villehardouin, έφθασε στη Μεθώνη ο στόλος της Βενετίας με τους απεσταλμένους της Ruggerio Premarin και Renier Dandolo για να διασφαλίσουν τα εδάφη που η Βενετία είχε αποκτήσει μετά τη διανομή των κτήσεων της Δ’ Σταυροφορίας. Αυτοί κατέλαβαν τη Μεθώνη και έδιωξαν τη φρουρά των Φράγκων. Ετσι άρχισε να εδραιώνεται η βενετική κυριαρχία στη Μεθώνη και την Κορώνη.
Τον Ιούνιο του 1209 και αφού και ο Guillaume de Champlitte είχε πεθάνει στη Γαλλία, υπογράφτηκε στη Φραγκοκλησιά της Σαπιέντζας η ομώνυμη συμφωνία, που παραχωρούσε στους Φράγκους και στον Geoffroy I de Villehardouin ολόκληρη την Πελοπόννησο εκτός από την περιοχή της Μεθώνης και της Κορώνης. Ο Villehardouin απλά έγινε υποτελής στη Σύγκλητο της Βενετίας και το δόγη της, Pietro Ziani. Η συμφωνία υπογράφτηκε μεταξύ του Villehardouin και του μετέπειτα πρώτου castellano της Μεθώνης Rafaelo Zeno. Τα βόρεια όρια της βενετικής κτήσης ήταν δυτικά ένα ποτάμι που εκβάλλει στον όρμο του Ναβαρίνου, ο σημερινός Ξεριάς, και ανατολικά το Portus Sinati, βόρεια της Κορώνης.
Βέβαια τα όρια των κτήσεων ήταν χαλαρά για τους κατοίκους. Αλλωστε υπήρχαν και εκκλησιαστικές περιουσίες καθώς και δωρεές γης στα ιεροπολεμικά τάγματα των Οσπιταλίων, των Τευτόνων και των Ναϊτών ιπποτών. Ομως, τουλάχιστον στην αρχική φάση της Φραγκοκρατίας, η επίσημη επικοινωνία Μεθώνης και Κορώνης γινόταν μόνο από τη θάλασσα, αφού οι φράγκικες κτήσεις μέχρι και το νοτιότερο άκρο της χερσονήσου στο οχυρό χωριό Γρίζι απαγόρευαν τη χερσαία μετάβαση των castellani και των Βενετών αξιωματούχων από τη μια πόλη στην άλλη.
Τα ερείπια της Φραγκοκκλησιάς ή Φραγκόβιλας υπάρχουν και σήμερα στη Σαπιέντζα, ακριβώς απέναντι από τη Μεθώνη, κοντά στη θάλασσα, στα βόρεια του Αμμου, ανάμεσα σε πυκνά σχίνα. Τα λιγοστά ερείπια του ναού και τα ίχνη της θεμελίωσής του παραπέμπουν στη βυζαντινή εποχή.
Σύμφωνα με τη συνήθεια της βενετικής πολιτικής για τις νέες κτήσεις, αυτές αρχικά δίνονταν σαν φέουδα σε κάποιον ευγενή, και αργότερα, μετά από μια περίοδο εκμίσθωσης, η Γαληνοτάτη έπαιρνε την κτήση, αν αυτή ήταν συμφέρουσα και ασφαλής, υπό την κυριαρχία της. Ετσι έγινε και για τη Μεθώνη και την Κορώνη. Οι μεσσηνιακές κτήσεις της Βενετίας αρχικά δόθηκαν σαν φέουδο στον Renier Dandolo. Μετά το 1220 νοικιάστηκαν σε τέσσερις ενοικιαστές, ενώ αργότερα αυτές πέρασαν στον άμεσο έλεγχο της Δημοκρατίας.
