Η Διάσκεψη του Λονδίνου που συνήλθε στις 15 Ιουνίου 1828 ετοίμασε ένα σχέδιο απαντήσεως των πρεσβευτών των τριών Μεγάλων Δυνάμεων προς την Πύλη. Σε αυτές τις οδηγίες, στις 2 Ιουλίου 1828, αναφερόταν:

«… τα σύνορα του ελληνικού κράτους θα έδει να περιλάβουν το μεγαλύτερον τμήμα του επαναστατήσαντος πληθυσμού, να καθορίζωνται σαφώς και να προστατεύονται ευκόλως· ότι κατά καιρούς προετάθησαν διάφορα σύνορα δια την Ελλάδα: η γραμμή Παγασητικού – Αχελώου, η γραμμή Θερμοπυλών – Κορινθιακού κόλπου, περιλαμβανομένου και του Παρνασσού, η γραμμή Αττικής – Ισθμού, περιλαμβανομένων της Πάρνηθος και του Κιθαιρώνος, και η γραμμή των βορείως του Ισθμού ορεινών διαβάσεων· ότι εις το νέον κράτος δέον να περιληφθούν αι νήσοι αι κείμεναι μεταξύ 36ο – 39ο Β. πλ. Και 26ο μήκος, πλην ίσως της Ευβοίας….»

Σε αυτή τη συγκυρία φάνηκε η μεγάλη αποφασιστικότητα και τόλμη του Καποδίστρια. Στη διάσκεψη των πρεσβευτών στον Πόρο, στις 23 Σεπτεμβρίου 1828 υποβάλει εμπιστευτικό υπόμνημα για μια πρόσφορη εκτέλεση της Συνθήκης του Λονδίνου της 6ης Ιουλίου 1827:

«… τα μάλιστα συνεσταλμένα όρια της Ελλάδος ήθελεν είσθαι τα από του κόλπου του Βώλου αρχόμενα, και αφίνοντα μεν εις τους Τούρκους την Θεσσαλίαν και πολύ της Ηπείρου μέρος, δια δε των ισχυροτάτων όσον ένεστι ορεινών όγκων φθάνοντα εις Σαγιάδαις…

….Η φυσικότατη οροθεσία, εξ ης μόνης ήθελεν απολάβει η νέα Επικράτεια τον προσήκοντα σχηματισμόν προς τε το φυλάττεσθαι κατά των Τούρκων και προς το συστήσαι την υγειονομίαν, ήθελεν είσθαι κατά γην μεν γραμμή προϊούσα από των βάσεων του όρους Ολύμπου κατά τον Θερμαϊκόν κόλπον, δια του όρους Χάσια και Μετσόβου και Χορμόβου και Σαμαρίνας και Γαρδικίου, εις το Παλέρμον και την Αδριατικήν θάλασσαν. Των δε νήσων, η μεν Εύβοια, εικότως εντός των ελληνικών ορίων περιλαμβανομένη, θέλει σκεπάζει τα της Αττικής παράλια, παρ΄ ά και μηκύνεται, η δε Κρήτη έσται το έσχατον προς Μεσημβρίαν μεθόριον, σκέπασμα των άλλων του Αιγαίου νήσων…

…Όσον σε περί των Νήσων, και η ιστορία και τα μνημεία της αρχαιότητος, όλα εν ενί λόγω επιμαρτυρούσιν, ότι η Ρόδος, Κύπρος, και τόσαι άλλαι ακόμη είναι της Ελλάδος διαμελίσματα…». 

Με ιδιαίτερη προσοχή και ενώ προσδιορίζει τα όρια του νέου κράτους δικαιολογεί και την συμπερίληψη της Κρήτης, λόγω του ενδεχόμενου κινδύνου, αν μείνει εκτός της ελληνικής επικράτειας, να αποτελέσει βάση πειρατών και πάλι στο Αιγαίο. Ο Καποδίστριας στο υπόμνημά του προς τους τρεις πρεσβευτές, αποφεύγει να αναφερθεί στην ρητά προβλεπόμενη από τη Συνθήκη του Λονδίνου της 6ης Ιουλίου 1827, επικυριαρχία του σουλτάνου στο σχεδιαζόμενο Ελληνικό Κράτος.

Το Πρωτόκολλο του Λονδίνου εκδόθηκε στις 16 Νοεμβρίου 1828 κι ενώ η εξακολουθούσε η σύνοδος των πρεσβευτών στον Πόρο. Σε αυτό διατυπώνονταν οι αποφάσεις των τριών Μεγάλων Δυνάμεων και κυρίως η αγγλική εμμονή για το Ελληνικό ζήτημα, με κύριο όρο:

«Η Πελοπόννησος, αι παρακείμεναι νήσοι και αι κοινώς καλούμεναι Κυκλάδες, να τεθώσιν υπό την προσωρινήν εγγύησιν των τριών Αυλών, έως ότου να αποφασισθή οριστικώς η τύχη της Ελλάδος με την συγκατάθεσιν της Πύλης, χωρίς να εννοούν με τούτο να προαποφασίσουν εις το παραμικρόν το περί των οριστικών ορίων της Ελλάδος ζήτημα, το οποίον θέλει αποφασισθεί εις τας μετά της Τουρκίας νέας διαπραγματεύσεις».

Τα αποσπάσματα προέρχονται από την «Ιστορία του Ελληνικού Έθνους» της Εκδοτικής Αθηνών, τόμ. 12, σελ.498 – 513.

Μετά από αυτή τη διατύπωση που περιόριζε την Ελλάδα στην Πελοπόννησο και τις Κυκλάδες, ο Καποδίστριας έστειλε μυστικά υπομνήματα στη Γαλλία και τη Ρωσία ζητώντας, κυρίως από τη Ρωσία, να υποστηρίξουν τη συνοριακή γραμμή Παγασητικού – Αμβρακικού αλλά και να επανεξετάσουν τις σχέσεις του νέου κράτους με την Πύλη. Ουσιαστικά τότε διατυπώθηκε η διεκδίκηση για την ανεξαρτησία του Ελληνικού Κράτους.

Οι παρασκηνιακές κινήσεις του Καποδίστρια έφεραν αποτέλεσμα. Στις 18 Μαΐου 1829 ο Άγγλος αντιπρεσβευτής στην ελληνική Κυβέρνηση Edward Dawkins, απέστειλε στον Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια αντίγραφο του Πρωτοκόλλου του Λονδίνου της 22 Μαρτίου 1829. Εκεί επεξηγούσε τους όρους που αφορούσαν το Ελληνικό ζήτημα. Η Ελλάδα θα είχε σύνορα τη γραμμή Αμβρακικού – Παγασητικού. Τα ελληνο-οθωμανικά σύνορα περιελάμβαναν τη Στερεά Ελλάδα, την Έύβοια και τις Κυκλάδες. Το νέο κράτος θα τελούσε υπό την επικυριαρχία του σουλτάνου με ετήσιο φόρο ενάμισι εκατομμύριο γρόσια. Αυτό που ήταν καινούργιο στις διαθέσεις των Μεγάλων για την Ελλάδα ήταν η πρόβλεψη για την τοποθέτηση σε αυτήν χριστιανού κληρονομικού ηγεμόνα.

Στις 29 Οκτωβρίου 1829 ο Ρώσος αντιπρεσβευτής στην ελληνική Κυβέρνηση κόμης V. N. Panin διαβίβασε στον Έλληνα Κυβερνήτη τη Συνθήκη που είχε υπογραφεί στις 14 Σεπτεμβρίου στην Αδριανούπολη, μεταξύ της Ρωσίας και της Πύλης. Στο άρθρο 10 αυτής της συνθήκης ο σουλτάνος αποδέχθηκε τόσο τη Συνθήκη του Λονδίνου τις 6 Ιουλίου 1827 όσο και το Πρωτόκολλο της 22 Μαρτίου 1829. Με τη Συνθήκη της Αδριανούπολης η Πύλη αποδέχθηκε τη συνοριακή γραμμή Αμβρακικού – Παγασητικού μεταξύ των δύο κρατών.

Η παρασκηνιακή δράση και οι επίπονες διπλωματικές πιέσεις του Καποδίστρια συνεχιζόταν. Στις 8 Απριλίου 1830 από τους πρεσβευτές των Μεγάλων Δυνάμεων επιδόθηκε στην Πύλη αντίγραφο του τέταρτου Πρωτοκόλλου του Λονδίνου που είχε υπογραφτεί στις 3 Φεβρουαρίου 1830. Αυτό ήταν το Πρωτόκολλο της Ελληνικής Ανεξαρτησίας, ουσιαστικά η πρώτη επίσημη διεθνής πράξη της αναγνώρισης της Ελλάδας ως πλήρως ανεξάρτητου Κράτους.

Με το τέταρτο Πρωτόκολλο του Λονδίνου, το Ελληνικό Κράτος ήταν πλήρως ελεύθερο και ανεξάρτητο από κάθε είδους υποτέλεια. Η Ανεξαρτησία παραχωρήθηκε αλλά με εδαφικό κόστος. Τα σύνορα του νέου κράτους περιορίζονταν σε σχέση με το τρίτο Πρωτόκολλο του 1829 και καθορίζονταν από τις εκβολές των ποταμών Σπερχειού στα ανατολικά και Αχελώου (Ασπροποτάμου) στα δυτικά. Στην ελληνική επικράτεια συμπεριλαμβάνονταν ολόκληρη η Εύβοια και οι Σποράδες (Δαιμονόνησοι), η Σκύρος και «αι νήσοι αι εγνωσμέναι το αρχαίον υπό το όνομα Κυκλάδες, συμπεριλαμβανομένης και της νήσου Αμοργού». Το τέταρτο Πρωτόκολλο εξαιρούσε την Κρήτη και τη Σάμο από την ελληνική επικράτεια ενώ παραχωρούσε την Ακαρνανία και μέρος της Αιτωλίας στην Υψηλή Πύλη.

Σε ξεχωριστό Πρωτόκολλο της ίδιας ημέρας προβλεπόταν ως κληρονομικός ηγεμόνας, βασιλιάς του νέου κράτους ο Βέλγος πρίγκιπας του Sachsen-Goburg Gotha Λεοπόλδος Α', γιος του δούκα του Saxe-Coburg-Saalfeld. Ο Λεοπόλδος, μετά από αγγλικές πιέσεις, αποδέχθηκε τη βασιλεία στις 11 Φεβρουαρίου 1930  αλλά μετά από λίγους μήνες διαφώνησε για την εξαίρεση της Κρήτης και στις 21 Μαΐου του ίδιο χρόνου παραιτήθηκε από τη θέση του βασιλιά του Ελληνικού Κράτους. Σημαντικό ρόλο σε αυτή την απόφαση του Λεοπόλδου έπαιξε η έντονη παρασκηνιακή δράση του Καποδίστρια που δεν επιθυμούσε την τοποθέτηση του Λεοπόλδου ως ηγεμόνα της Ελλάδας, αν και αποδεχόταν το τέταρτο Πρωτόκολλο χωρίς τη σύγκληση Εθνοσυνέλευσης.

Η κύρια επιδίωξη του Καποδίστρια ήταν να καταπαύσει τις εμφύλιες διαμάχες και να δημιουργήσει το πρώτο Ελληνικό Κράτος από το μηδέν. Έπρεπε όμως να «περάσει» τα μέτρα που είχε πάρει, όπως είχε άλλωστε υποσχεθεί, από Εθνοσυνέλευση. Η Δ' Εθνοσυνέλευση έγινε στο Άργος από τις 11 Ιουλίου έως τις 6 Αυγούστου 1829. Σε αυτήν συμμετείχαν διακόσιοι τριάντα έξι πληρεξούσιοι από όλη την Ελλάδα, εκλεγμένοι για πρώτη φορά από άμεση ψηφοφορία στις εκλογές του 1829. Στην Εθνοσυνέλευση εγκρίθηκε η πολιτική του Ιωάννη Καποδίστρια, νομιμοποιήθηκε το «Πανελλήνιο» αφού συστάθηκε Γερουσία με 27 γερουσιαστές που το αντικατέστησε και σε δεκατρία ψηφίσματα εγκρίθηκαν όλες οι σημαντικές αποφάσεις σχετικά με τη λειτουργία του νεοσύστατου Ελληνικού Κράτους σύμφωνα με τις αποφάσεις του Κυβερνήτη. Εκτός από την ίδρυση, με τη βοήθεια του φίλου του Γαλλο-ελβετού τραπεζίτη Jean-Gabriel Eynard, της Εθνικής Χρηματιστικής Τράπεζας (σημ. Εθνική), την ίδρυση του Εθνικού Νομισματοκοπείου και την καθιέρωση του φοίνικα στις 28 Ιουλίου 1828, ως εθνικής νομισματικής μονάδας, στις 24 Σεπτεμβρίου του ίδιου χρόνου ίδρυσε και την ταχυδρομική υπηρεσία. Η Εθνοσυνέλευση ψήφισε ειδικό νόμο για την απαγόρευση εξαγωγής αρχαιοτήτων από την Ελλάδα.

Εκτός από αυτά όμως, έπρεπε να οργανώσει και τη δικαστική εξουσία. Επιμελήθηκε προσωπικά τη δημιουργία αλλά και τη στελέχωση με το κατάλληλο προσωπικό των δικαστηρίων της χώρας. Οργάνωσε τη διοίκηση του νεοσύστατου Κράτους και ίδρυσε Στατιστική Υπηρεσία η οποία προχώρησε στην πρώτη απογραφή του πληθυσμού. Παράλληλα δημιούργησε σύστημα παιδείας με ένα δίκτυο αλληλοδιδακτικών σχολείων. Ίδρυσε το Ορφανοτροφείο της Αίγινας όπου τα ορφανά εκπαιδεύονταν κυρίως στις τέχνες αλλά και στα γράμματα, και δημιούργησε.

Μεγάλο πρόβλημα για τη λειτουργία του κράτους ήταν η ασφάλεια της ναυσιπλοΐας. Για την πάταξη της πειρατείας που μάστιζε την ανατολική Μεσόγειο, ο Καποδίστριας ζήτησε τη βοήθεια του ναυάρχου Μιαούλη. Αυτός γνωρίζοντας τους τρόπους πάταξης της πειρατείας αφού και ο ίδιος ήταν πειρατής στα νιάτα του, κατάφερε να εξοντώσει τις πειρατικές επιδρομές στα ελληνικά νερά.

Μετά τη λήξη της Δ΄ Εθνοσυνέλευσης στο Άργος και αφού είχε εγκατασταθεί το γαλλικό εκστρατευτικό σώμα στην Πελοπόννησο που είχε διώξει τους Αιγυπτίους του Ιμπραήμ από αυτήν,  οι πολεμικές επιχειρήσεις συνεχίζονταν από τον τακτικό πλέον ελληνικό στρατό στη Ρούμελη (Στερεά Ελλάδα). Η διαταγή του σουλτάνου για την απόσυρση των τουρκικών δυνάμεων από τη Ρούμελη, έμελλε να δώσει και την τελευταία μάχη του Αγώνα για την ελληνική ανεξαρτησία.

Η αναδιοργάνωση του στρατού υπό ενιαία διοίκηση, με τη δημιουργία και του Λόχου των Ευελπίδων, κατάφερε να καταπολεμήσει το κατεστημένο των τοπικών οπλαρχηγών αλλά και να ανακόψει την προέλαση των Τούρκων. Τον Αύγουστο του 1829, αφού ο Οθωμανός πολέμαρχος Aslan bey mühürdar (σφραγιδοφύλακας) προέλασε με τέσσερις χιλιάδες άνδρες του από τη Λάρισα και τη Λαμία, έφτασε στην Αθήνα με σκοπό να ανεφοδιάσει την φρουρά της Ακρόπολης. Στη συνέχεια διατάχτηκε να συνοδεύσει τους Τούρκους της Αττικής και της Βοιωτίας έξω από τα ελληνικά σύνορα και να οδηγήσει τις δυνάμεις του στη Θράκη για την ενίσχυση του μετώπου του Ρωσο-τουρκικού πολέμου. Επιστρέφοντας όμως από την Αθήνα το τουρκικό σώμα που είχε ήδη φτάσει τη δύναμή σε τις επτά χιλιάδες άνδρες με πυροβολικό και ιππικό, έπρεπε να περάσει από το στενό πέρασμα της Πέτρας, μεταξύ Λειβαδιάς και Θήβας. Εκεί, από τις 28 Αυγούστου, τους περίμενε τακτικό ελληνικό στράτευμα δυόμισι χιλιάδων ανδρών, υπό τον Δημήτριο Υψηλάντη. Το ελληνικό στρατιωτικό σώμα κατάφερε να νικήσει τον Aslan bey mühürdar και να τον αναγκάσει σε συνθηκολόγηση. Με αυτήν οι Τούρκοι δέχτηκαν να αποχωρήσουν από την Ανατολική Ελλάδα, εκτός από την Ακρόπολη της Αθήνας και το φρούριο Καράμπαμπα στην ηπειρωτική πλευρά της Χαλκίδας.   

Ως γιατρός ο Κυβερνήτης προσπάθησε να περιορίσει τις επιδημίες τύφου, ελονοσίας και άλλων λοιμωδών νόσων με την απομόνωση περιοχών και τη δημιουργία λαζαρέτων (λοιμοκαθαρτηρίων). Η διάδοση της καλλιέργειας της πατάτας είναι επίσης δικό του έργο, αφού κατάφερε να πείσει τους δύσπιστους αγρότες για την καλλιέργειά της, «επιτρέποντάς» τους να την κλέψουν από το λιμάνι του Ναυπλίου.

Όμως, οι πολιτικές κινήσεις του Καποδίστρια προκάλεσαν δυσαρέσκεια κυρίως των προκρίτων και των πλοιοκτητών. Οι αντίπαλοι του Κυβερνήτη, επικαλούμενοι τη συνταγματική νομιμότητα άρχισαν να τον κατηγορούν για αυταρχισμό. Και όπως ήταν φυσικό ο Καποδίστριας δεν μπορούσε να ικανοποιήσει όλες τις απαιτήσεις. Η καθυστέρηση των εκλογών ενίσχυε τη δυσαρέσκεια.

Δεν άργησαν να ξεσπάσουν δυναμικές, αντιπολιτευτικές κινητοποιήσεις. Οι Υδραίοι πλοιοκτήτες ζήτησαν από τον Ανδρέα Μιαούλη να στασιάσει και να καταλάβει τον ναύσταθμο στον Πόρο, όπου διοικητής είχε τοποθετηθεί ο Κωνσταντίνος Κανάρης. Ο Μιαούλης στις 16 Ιουλίου 1831 κατέλαβε τον ναύσταθμο και ανέλαβε τη διοίκησή του. Ένα μεγάλο λάθος του Καποδίστρια ήταν η ανάθεση στον Ρώσο ναύαρχο Πιοτρ Ιβάνοβιτς Ρίκορντ να επιτεθεί κατά των στασιαστών. Ο Ρίκορντ απέκλεισε τον ναύσταθμο αλλά ο Μιαούλης, την 1η Αυγούστου 1831, ανατίναξε τα δύο καλύτερα πλοία του ελληνικού στόλου. Την φρεγάτα «Ελλάς» και την κορβέτα «Ύδρα». Μέσα στο χάος των ανατινάξεων ο Μιαούλης διέφυγε στην Ύδρα.

Η υπόκωφη αντιπολίτευση εκδηλώθηκε μετά την Δ´ Εθνοσυνέλευση. Η Μάνη δεν πλήρωνε φόρους, ενώ η Ύδρα ανακηρύχτηκε ανεξάρτητη πολιτεία που την διοικούσαν οι τοπικοί άρχοντες.  Η αντιπαλότητα της ισχυρής οικογένειας των Μαυρομιχαλαίων της Μάνης με τον Καποδίστρια είχε ξεκινήσει από το 1830, όταν ο Κυβερνήτης επιχείρησε να τους αφαιρέσει τα προνόμια από τους δασμούς και τη φορολογία. Βέβαια ο Καποδίστριας δεν είχε κρύψει τη γνώμη του για τους προκρίτους. Κάποια στιγμή μιλώντας με τον Πετρόμπεη του είπε: «Εικοσιπέντε είστε οι φθορείς του Έθνους». Τον Δεκέμβριο του 1830 οι Μανιάτες στασίασαν στο Λιμένι και στις 23 Ιανουαρίου 1831, ο Κυβερνήτης έκανε ένα λάθος. Διέταξε τη σύλληψη και τη φυλάκιση του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη στο Ίτς Καλέ (Ακροναυπλία) στο Ναύπλιο, όπου είχε μεταφέρει την πρωτεύουσα του Κράτους. Εκεί κρατούσε σε κατ’ οίκον περιορισμό και ακόμα δύο μέλη της οικογένειας. Τον Μπεηζαντέ Γεώργιο Μαυρομιχάλη και τον αδελφό του Πετρόμπεη, Κωνσταντίνο. Η μανιάτικη εκδίκηση δεν άργησε.

Την Κυριακή 27 Σεπτεμβρίου 1831 στις έξι και μισή το πρωί, έξω από την πόρτα του Ιερού Ναού του Αγίου Σπυρίδωνα, όπου ο Καποδίστριας πήγαινε για να εκκλησιαστεί, δέχθηκε δολοφονική επίθεση. Σύμφωνα με το κατηγορητήριο, ο Κωνσταντίνος τον πυροβόλησε εξ επαφής στην ινιακή χώρα και ο Γεωργάκης τον μαχαιρώνει στη βουβωνική χώρα. Στην επίθεση συμμετείχε πυροβολώντας και ένας ακόμα από τους σωματοφύλακες των Μαυρομιχαλαίων, ο Ι. Καραγιάννης.

Ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης λιντσαρίστηκε και εξοντώθηκε επί τόπου από τους προστρέξαντες ενώ ο Γεωργάκης Μαυρομιχάλης κατέφυγε στην οικία του Γάλλου αντιπρεσβευτή.  Μετά από σφοδρές επιθέσεις και απειλές από το αγανακτισμένο πλήθος στη γαλλική πρεσβεία, ο Γάλλος αντιπρεσβευτής, βαρόνος Achille Rouen, αναγκάστηκε να τον παραδώσει στις αρχές. Ο Γεωργάκης Μαυρομιχάλης καταδικάστηκε σε θάνατο από στρατοδικείο και εκτελέστηκε με τυφεκισμό  στις 10 Οκτωβρίου 1831.

Στη διαθήκη του δεν αναφέρεται στον Καποδίστρια, αλλά σε παραίνεσή του στις Μεγάλες δυνάμεις, γράφει:

«…Δέομαι… των τριών φιλανθρώπων δυνάμεων, αίτινες έχυσαν τόσον αίμα, και τόσας άλλας πολυειδείς θυσίας υπέρ της Ελλάδος έκαμαν να μη ανεχθούν επομένως και ακολούθως να δουλωθή από κανένα άνθρωπον, αλλά να στηρίξουν την ελευθερίαν της και τους καλούς της Νόμους και να την υπερασπίζωνται….»

Σ. Β. ΚΟΥΓΕΑ: Η Διαθήκη του Γεωργίου Μαυρομιχάλη- Ε.Π.Σ. – Αθήναι 1956