Στη Μεσσηνία, το όνομα Φαρές εμφανίζεται για τελευταία φορά την εποχή του Ιουστινιανού, το 532 μ.Χ. στον «Συνέκδημο» του Ιεροκλή, ένα γεωγραφικό κείμενο το οποίο περιέχει και έναν πίνακα διοικητικών διαιρέσεων της βυζαντινής αυτοκρατορίας με καταλόγους πόλεων. Στη βυζαντινή εποχή, άγνωστο ακριβώς πότε, σίγουρα όμως πριν τον 8ο αιώνα, αφού την εποχή του Σταυράκιου υπήρχε οχύρωση, στη θέση της ακρόπολης των Φαρών χτίστηκε κάστρο που χρησίμευε για την άμυνα της πόλης αλλά ήταν και ορμητήριο των Βυζαντινών στην προσπάθειά τους να καθυποτάξουν τους Σλάβους του Ταϋγέτου. Είναι πιθανό μάλιστα, την ίδια εποχή να ενισχύθηκε ο πληθυσμός της πόλης από μετακινηθέντες ελληνικούς πληθυσμούς που έφθασαν εκεί από την Αλαγονία, την Τριφυλία αλλά και την περιοχή του Ζυγού. Αυτοί τότε εγκατέλειψαν τις εστίες τους πιεζόμενοι από τους νεοφερμένους Σλάβους και Ιλλυριούς.
Κατάλοιπα αυτής της εποχής είναι το ναΰδριο της Παναγίας της Καλομάτας που πιθανώς έδωσε και το όνομα στην πόλη. Μια δεξαμενή (γιστέρνα) καθώς και τμήματα του τείχους του κάστρου χτισμένα με «πλακάρες» ενδεικτικέςτης βυζαντινής τοιχοποιίας, σηματοδοτούν αυτή τη χρονολόγηση. Για μεταφυσικούς κυρίως λόγους αλλά και για την ψυχολογική υποστήριξη της φρουράς οι βυζαντινοί συνήθιζαν να ενσωματώνουν στις επιφάνειες των οχυρών και στους ογκώδεις πύργους ιερά σύμβολα, εικονοστάσια ή και μικρούς ναούς. Αυτά καθαγίαζαν τα ευαίσθητα σημεία του οχυρού και ενίσχυαν την πίστη των φρουρών αφού έτσι είχαν συμμάχους τον Σταυρό, την Παναγία και τους Αγίους. Ένα τέτοιο ναΐδριο υπήρχε στη βάση του ογκώδους καστρόπυργου, που τα ερείπιά του σώζονται πίσω από τον σημερινό μικρό Ναό του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου. Και η παρουσία εκεί του ναϋδρίου παραπέμπει στη βυζαντινή κατασκευή του πύργου που μεταγενέστερα επισκευάστηκε και χρησιμοποιήθηκε και από τους Φράγκους ως κατοικία των βαρόνων της Καλαμάτας. Το 1142, πρωτοεμφανίστηκε η νέα ονομασία της πόλης, Καλαμάτα, στο Βίο του Οσίου Νίκωνα του «Μετανοείτε».
Η τελευταία εμφάνιση της πανώλης τα μεσοβυζαντινά χρόνια, ήταν το 745/746 όταν ξέσπασε νέα επιδημία, που έφτασε στη Μονεμβασιά από την Καλαβρία και τη Σικελία και μεταδόθηκε σε όλη την αυτοκρατορία σκοτώνοντας μεγάλο μέρος του πληθυσμού της:
«…Τῷ δ' αὐτῷἔτει λοιμώδης θάνατος ἀπὸ Σικελίας καὶ Καλαβρίας ἀρξάμενοςοἷόν τι πῦρἐπινεμόμενονἐπὶ τὴν Μονοβασίαν καὶἙλλάδα καὶτὰςπαρακειμένας νήσους ἦλθε δι' ὅλης τῆς ιδʹἰνδικτιῶνοςπρομαστίζων τὸν ἀσεβῆΚωνσταντῖνον καὶἀναστέλλων τῆς κατὰ τῶν ἁγίωνἐκκλησιῶν καὶ τῶν σεπτῶνεἰκόνων μανίας, εἰ καὶἀδιόρθωτοςἔμεινεν, ὡς Φαραὼ τὸ πάλαι. ἡ δὲαὐτὴλοιμικὴ νόσος τοῦβουβῶνοςἀνέδραμε τῇεʹἐπινεμήσειἐν τῇβασιλίδι πόλει.……..τῷ δὲἐαρινῷκαιρῷ τῆς αʹἰνδικτιῶνοςἐπέτεινεμειζόνως, καὶ τῷθερινῷἐξεκαύθη εἰς ἅπαξ, ὥστε καὶὁλοκλήρουςοἴκουςκλεισθῆναιπαντελῶς, καὶμὴ εἶναι τοὺς ὀφείλονταςθάπτειν τοὺς νεκρούς...».
(Το ίδιο έτος, ένας λοιμός που είχαν ενσκήψει στη Σικελία και την Καλαβρία εξαπλώθηκε σαν πυρκαγιά καθ’ όλη τη διάρκεια της 14ης ινδικτίωνας στη Μονεμβασία, την Ελλάδα και τα παρακείμενα νησιά, τιμωρώντας έτσι εκ των προτέρων τον ασεβή Κωνσταντίνο και αναχαιτίζοντας τη μανία του εναντίον της αγίας Εκκλησίας και των σεπτών εικόνων, παρότι έμειναν αμετανόητος, όπως παλαιότερα ο Φαραώ. Αυτή η ασθένεια της βουβωνικής πανώλης εξαπλώθηκε στη Βασιλεύουσα την 5η ινδικτιώνα…. ….την άνοιξη της 1ης ινδικτιώνας, η επιδημία της πανούκλας εντάθηκεν ακόμη περισσότεροκαι το καλοκαίρι ήταν στο απόγειό της κλείνοντας ολόκληρα νοικοκυριά σε σημείο που να μην υπάρχει κανείς για να θάψει τους νεκρούς….»).
(Θεοφάνης, Χρονογραφία, έτος 6046, μετάφραση Ανανία Κουστένη)
Εδώ ο εικονόφιλος Θεοφάνης βρίσκει την ευκαιρία να καταφερθεί έμμεσα εναντίον του αυτοκράτορα ΚωνσταντῖνουΕ΄του Κοπρώνυμου, του Εἰκονομάχου (718 - 775).
Η Ινδικτιών ή ίνδικτος ή επινέμησις ήταν μια αστρονομική χρονική περίοδος, που καθιερώθηκε από τους Ρωμαίους, ενδεχομένως από τον Διοκλητιανό ή τονΚωνσταντίνο Α΄και αφορούσε την καταβολή του έγγειου φόρου κάθε δεκαπέντε χρόνια. Διατηρήθηκε στη βυζαντινή αυτοκρατορία καθώς και την καθολική εκκλησία.
Μετά την αραίωση του πληθυσμού από την πανδημία, με εντολή του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου του Κοπρωνύμου μεταφέρθηκαν πληθυσμοί από την περιφέρεια και κυρίως την Πελοπόννησο, στην αραιωμένη από τον λοιμό πρωτεύουσα της αυτοκρατορίας. Ταυτόχρονα μεγάλες νομαδικές ομάδες από την κεντρική και ανατολική Ευρώπη, κυρίως Σλάβοι, άρχισαν να κατεβαίνουν και να εγκαθίστανται σταδιακά στην ελληνική χερσόνησο, δημιουργώντας αυτόνομες, ομοιογενείς ομάδες εποίκων. Η σλαβική κάθοδος στην Πελοπόννησο γινόταν ανενόχλητα και οι νομάδες μετακινούνταν συνεχώς μέχρι να βρουν τόπο για εγκατάσταση. Ο κατάλληλος τόπος βέβαια έπρεπε να ήταν ασφαλής, κατά προτίμηση ορεινός και δυσπρόσιτος, αλλά και να ευνοούσε τις σλαβικές καλλιέργειες που απαιτούσαν πολλά νερά. Η κάθοδος αυτή των Σλάβων είχε αρχίσει σταδιακά από τον έκτο αιώνα και προκάλεσε κι άλλες εσωτερικές μεταναστεύσεις γηγενών πληθυσμών που αναγκάστηκαν να βρουν αλλού ασφαλή μέρη για να κατοικήσουν. Η πρώτη σλαβική κάθοδος τοποθετείται γύρω στο 600, όταν, μετά από τους λιμούς και τις επιδρομές των Ούννων του Αττίλα, χαλάρωσαν τα μέτρα στα βόρεια σύνορα της αυτοκρατορίας κι έτσι έγινε σιωπηλά αποδεκτή. Αυτή η αποδοχή τεκμηριώνεται από το ότι οι νεοφερμένοι Σλάβοι μετανάστες, ως «αναπόγραφοι» δεν πλήρωναν φόρους αλλά ούτε ασπάζονταν τη χριστιανική θρησκεία. Ένας τόπος που συγκέντρωνε τις προϋποθέσεις για την εγκατάστασή τους ήταν κι ο Ταΰγετος, που μετά και από τους λιμούς και τις επιδημίες έμεινε αραιοκατοικημένος.
Ένα τμήμα των Σλάβων, οι Εζερίτες, εγκαταστάθηκε στις ανατολικές πλαγιές του Ταϋγέτου κι ένα άλλο, οι Μελιγγοί (ή Μηλιγγοί), στις δυτικές. Όπως στο Πεταλίδι, έτσι και στο Γύθειο αλλά και στα μικρά χωριά της Αλαγονίας, οι Σλάβοι εγκαταστάθηκαν εκτοπίζοντας τους λίγους αυτόχθονες που αναγκάστηκαν να κατευθυνθούν σε άλλες πόλεις. Οι νεοφερμένοι, κυρίως γεωργοί και κτηνοτρόφοι, είχαν κλειστή κοινωνική δομή αλλά και δημοκρατική οργάνωση. Οι ομάδες τους, οι Ζουπανίες όπως ονομάζονταν, είχαν έναν αρχηγό, τον Ζουπάνο (τσοπάνο) ή έξαρχο ή ρήγα. Στα σοβαρά ζητήματα συνεδρίαζαν όλοι μαζί σε μια τοπική βουλή τη λεγόμενη βέτσε (vece). Ως κλειστές και αυτοδύναμες κοινωνικές ομάδες οι Σλάβοι διατήρησαν τις αντιλήψειςτους αδιαφορώντας για τους νόμους τόσο των Βυζαντινών όσο και αργότερα των Φράγκων. Ετσι δεν άργησαν να έρθουν οι προστριβές.
Στο «Χρονικό της Μονεμβασίας», ο άγνωστος συντάκτης του αναφέρεται στους Σλάβους:
«ότι Ζυγός του Μελιγού ενι γαρ δρόγος μέγας κι έχει κλεισούρες δυνατές και χώρες γαρ μεγάλες, ανθρώπους αλαζονικούς, ου σέβονται αφέντην...»
Η πρώτη σλαβική εξέγερση καταγράφηκε το 783, επί αυτοκράτειρας Ειρήνης της Αθηναίας. Τα πρώτα δέκα χρόνια της βασιλείας του Κωνσταντίνου ΣΤ΄, μέχρι αυτός να ενηλικιωθεί, αφού ανέλαβε την αρχή σε ηλικία δέκα ετών, την επιτροπεία ασκούσε με βασιλική ισχύ η φιλόδοξη μητέρα του Ειρήνη. Βέβαια λόγω και του αδύναμου χαρακτήρα του ΚωνσταντίνουΣΤ΄ και μετά την ενηλικίωσή του η Ειρήνη συνέχισε να συμβασιλεύει και ουσιαστικά να ασκεί την εξουσία ως Αυγούστα. Τις φιλοδοξίες της Ειρήνης εκμεταλλεύθηκε ένας ευέλικτος ευνούχος της αυλής της, ο Σταυράκιος, που κατάφερε να γίνει «πατρίκιος και λογοθέτης του οξέως δρόμου»,δηλαδή ο πρώτος αξιωματούχος της αυτοκρατορίας, ένα αξίωμα ανάλογο του σημερινού πρωθυπουργού. Ο Σταυράκιος ήταν γιος του αυτοκράτορα Νικηφόρου Α΄και συμβασιλέας του από το 803 μέχρι το 811 όταν και ανατράπηκε από το Μιχαήλ Α΄Ραγκαβέ. Μετά την κάθοδο του Σταυράκιου στην Ελλάδα και την Πελοπόννησο το 783, η σλαβική εξέγερση, καταπνίγηκε στο αίμα. Ο Θεοφάνης αναφέρει:
«Τούτῳ τῷἔτει,εἰρηνεύσασαΕἰρήνη μετὰ τῶν Ἀράβων καὶἄδειανεὑροῦσα, ἀποστέλλειΣταυράκιον τὸν Πατρίκιον καὶΛογοθέτην τοῦὀξέου δρόμου μετὰ δυνάμεως πολλῆς κατὰ τῶν Σκλαβίνωνἐθνῶν· καὶκατελθὼνἐπὶΘεσσαλονίκην καὶἙλλάδαὑπέταξεπάντας καὶὑποφόρουςἐποίησε τῇβασιλείᾳ. Εἰσῆλθε δὲ καὶἐν Πελοποννήσῳ καὶπολλὴναἰχμαλωσίαν καὶ λάφυρα ἤγαγε τῇ τῶν Ῥωμαίωνβασιλείᾳ.».
Από το 867 μέχρι 886, επί βασιλείας του αυτοκράτορα Βασίλειου Α΄του Μακεδόνα, αρχιναύαρχοςτου βυζαντινού στόλου ήτανο Νάσαρ. Σε μια μεγάλη αντεπίθεσή του εναντίον των Αράβων, που με πειρατικές επιδρομές στον ελλαδικό χώρο λεηλατούσαν τα παράλια της Πελοποννήσου, αλλά και τη Ζάκυνθο και την Κεφαλλονιά, στα νερά της Ζακύνθου, ο βυζαντινός στόλοςαντιμετώπισε τον πειρατικό στόλο των Αράβων. Μετά τη νίκη του, ο Νάσαρ κατέπλευσε στη Μεθώνη και δώρισε τα συλληφθέντα πλοία του εμίρη στην επισκοπή της Μεθώνης.
Αργότερα, το 869, κι άλλος ένας ιδιαίτερα ισχυρός σεισμός έπληξε την Κωνσταντινούπολη και οι μετασεισμοί συνέχισαν τις επόμενες 40 ημέρες. Το μέγεθος του σεισμού υπολογίζεται σήμερα σε 6,6 βαθμούς της κλίμακας Ρίχτερ. Ο βυζαντινός συγγραφέας Νικήτας Παφλαγών ανέφερε ότι πολλοί ναοί, φρούρια και κατοικίες είχαν καταρρεύσει και ο αριθμός των θυμάτων του «φρικοδέστατου» σεισμού ήταν μεγάλος.
Οι επιβουλές εναντίον της ανατολικής αυτοκρατορίας συνεχίστηκαν τον όγδοο και τον ένατο αιώνα. Η Μακεδονική δυναστεία [από τον Βασίλειο Α΄τον Μακεδόνα (867-886) μέχρι τον Μιχαήλ ΣΤ΄(1056-1057)] κατάφερε να επεκτείνει τα όρια της αυτοκρατορίας, τόσο στην Ανατολή όσο και στη Δύση. Στη Μεσσηνία η Κυπαρισσία που είχε μετονομαστεί σε Αρκαδιά, ήταν μια ακμάζουσα πολιτεία, μια από τις δώδεκα πιο εμπορικές της Πελοποννήσου, που αναφέρεται στο έργο του Άραβα γεωγράφου Edrisi (Geographie d’ Edrisi) ως:
«πόλις μεγάλη, πολυάνθρωπος με πολύφοιτον(πολυσύχναστο)λιμένα».
Στην αναφορά του για τη Μεθώνη ο Edrisi αναφέρει:
«…μια πόλη οχυρωμένη με ένα κάστρο που εποπτεύει και ελέγχει τη θάλασσα».
Ο γεωγράφος και χαρτογράφος Αμπντούλ Αμπντάλα Μοχάμεντ Ιντρίς αλ-Σαρίφ αλ-Ιντρίσι, πιο γνωστός ως αλ-Σαρίφ αλ-Ιντρίσι (Edrisi), γεννήθηκε το έτος 1100 στη Σάμπτα,τη σημερινή Θέουτα (Ceuta), απέναντι από το Γιβραλτάρ.
Οι Σλάβοι που είχαν εγκατασταθεί σε αυτόνομες ομάδες σε απομονωμένες περιοχές της Μεσσηνίας και νότιας Πελοποννήσου, αναγνώριζαν ως μόνο Θεό τους τον δημιουργό της αστραπής στον οποίο και θυσίαζαν! Εκχριστιανίστηκαν όμως περίπου το 980, από τοναπεσταλμένο του αυτοκράτορα Βασίλειου Α΄, Νίκωνα, τον γνωστό ως «Μετανοείτε».
Οι κατακτήσεις της Μακεδονικής δυναστείας διατηρήθηκανγια αρκετά χρόνια, αλλά τον 11ο αιώνα ξεκίνησε η συρρίκνωση. Το 1071 η ήττα από τους Σελτζούκους Τούρκους στο Ματζικέρτ ήταν καθοριστική για το Βυζάντιο. Ακολούθησε η απώλεια του μεγαλύτερου τμήματος της Μικράς Ασίας και μαζί της χάθηκαν η Αρμενία και η Καππαδοκία. Παρά τον περιορισμό των ορίων της, η οικονομική ευρωστία αλλά και η στρατιωτική δύναμή της επέτρεψαν στην αυτοκρατορία μια τελευταία αναλαμπή, υπό τη δυναστεία των Κομνηνών.
Στη διαδρομή των αιώνων οι επιδημίες, η γενικότερη παρακμή και κυρίως η πειρατεία κατάντησαν το λιμάνι της Μεθώνης αλλά και το Porto Longo της Σαπιέντζας, άντρο κουρσάρων. Ομως η πειρατεία, που φαίνεται ότι ενθαρρυνόταν από τον βυζαντινό αυτοκράτορα Ιωάννη Β΄Κομνηνό, σε μια παρασκηνιακή προσπάθειά του να αποδυναμώσει τα εμπορικά προνόμια που είχε παραχωρήσει στους Βενετούς με αυτοκρατορικό χρυσόβουλο ο πατέρας του Αλέξιος Α΄, ήταν εξαιρετικά ενοχλητική για τα παραπλέοντα εμπορικά πλοία.Ο βενετικός στόλος είχε ξεκινήσει το 1122 με εκατό πολεμικά και εμπορικά πλοία, με δέκα πέντεχιλιάδες άνδρες και επικεφαλής τον τρόμο των πειρατών αλλά και των Ελλήνων κατοίκων των δυτικών παραλίων (terror Graecorum... et Laus Venetorum) δόγη Domenico Michiel, για να ενισχύσει τον βασιλιά Baldwin που βρισκόταν σε σταυροφορία στους Αγίους Τόπους. Μετά από θεαματικές επιτυχίες εναντίον του αιγυπτιακού στόλου στηνAcre το 1123 και τον επόμενο χρόνο αφού κινήθηκε με επιτυχία στη Μέση Ανατολή, λεηλάτησε τη Ρόδο, επιτέθηκε στη Χίο, τη Σάμο, τη Λέσβο και την Άνδρο και την άνοιξη του 1125 προσορμίστηκε στη Μεθώνη.Ο δόγης Domenico Michiel, με κύρια αιτία την αμφισβήτηση των δικαιωμάτων της Βενετίας από τους Βυζαντινούς, επιτέθηκε στη Μεθώνη και ζητώντας εκδίκηση από τους βυζαντινούς,διέλυσε σχεδόν συθέμελα το αρχαίο οχυρό, σκορπίζοντας ταυτόχρονα και το άντρο της πειρατείας.
Η πόλη πέρασε στην αφάνεια. Μια επίθεση των Νορμανδών στο νότιο Ιόνιο το 1147-48 έφερε τον όλεθρο και της έδωσε τη χαριστική βολή.
Λίγο αργότερα, μεταξύ των ετών 1157 και 1166, επίσκοπος στη Μεθώνη ήταν ο Νικόλαος. Αυτός ήταν Έλληνας κληρικός και λόγιος του 12ου αιώνα. Άκμασε στην Πελοπόννησο επί βασιλείας Μανουήλ Κομνηνού περί το έτος 1155. Ήταν ένας από τους πολυμαθέστερους και ευφυέστερους φιλόσοφους και θεολόγους της εποχής του.
Στο έργο του«Ἀνάπτυξις τῆς Θεολογικῆς Στοιχειώσεως Πρόκλου Πλατωνικοῦ Φιλοσόφου», αναλύει την πλατωνική θεολογία όπως διασώθηκε από τον Πρόκλο. Σε αυτό ο Νικόλαος παρουσίαζε ένα φιλοσοφικό έργο που συνδυάζεται με τη χριστιανική πίστη. Σε μια προσφώνησή του στον αυτοκράτορα Μανουήλ Α΄ Κομνηνό το 1160, μετά τη νίκη του κατά των αιρετικών στις Συνόδους του 1156 και 1157, συγχαίρει τον Μανουήλ και ανάμεσα στα άλλα περιγράφει και τη Μεθώνη του καιρού του:
« …και ταύτης άκρον έσχατον η Μεθώνη, ην εγώ δυστυχώς οικείνκατεκρίθην μετά των προφητικώςπροηγορευμένων˙ εισελεύσεται εις τα κατώτατα της γης.Μεθώνη πόλις˙ αλλ’ αποκόπτει μοι το συμπλήρωμα της προτάσεως η παντελής του ψεύδους παραίτησις˙ ην γαρ ότε πόλις ην, νυν δε εστινερημόπολις, έρημη πολιτών, έρημη τειχών και της από τειχών ασφαλείας˙ λεγέσθω δ’ όμως και ούτω πόλις ελπίδι του πάλιν τούτο γενήσεσθαι δια της εν Χριστώ πάντα δυναμένης και ενεργούσης αυτοκρατορικής δεξιάς…
…πόλις το σχήμα, τρίγωνος την θέσιν, τας περί την κορυφαίανγωνίαν πλευράς αμφιθάλασσος, ως μόνον την διατείνουσαν προς ήπειρονεπανοίγουσα»…
Μέσα σε αυτό το κλίμα της παρακμής, η συνεργασία του αδύναμου βυζαντινού στόλου με τον πανίσχυρο βενετικό στο Ιόνιο ήταν πια επιβεβλημένη. Σαν ανταμοιβή της Βενετίας για την κατά καιρούς ναυτική βοήθεια και για να προλάβει την όποια δυσαρέσκεια των Βενετών, ο αυτοκράτορας Αλέξιος Γ΄, προχώρησε το 1198 στην παραχώρηση σ’ αυτούς και νέων εμπορικών προνομίων με αυτοκρατορικό χρυσόβουλλο, που τους επέτρεπε να δημιουργήσουν και στη Μεθώνη εμπορικό σταθμό. Αλλά ούτε και το νέο χρυσόβουλλο με τα «συμμαχικά» προνόμια στους Βενετούς αλλά και στους Πισάτες και τους Γενουάτες, δεν στάθηκε αρκετό για να αποτρέψει τον όλεθρο. Σε λίγο, το 1204, θα έφτανε η πρώτη άλωσή της από τους Λατίνους της τέταρτης σταυροφορίας.

(Στη φωτογραφία: Βασίλειος Α΄ο Μακεδών (867-886). Χρυσός Σόλδιος (882)
+bΑSΙLΙΟΣ ΑUGUST b', Ο Βασίλειος Α', κρατώντας στο δεξί χέρι σφαίρα με πατριαρχικό σταυρό και ακακία στο αριστερό constant S EVdΟCΙΑ, ο Κωνσταντίνος στα αριστερά, και η Ευδοκία στα δεξιά: Ο Κωνσταντίνος κρατά σταυροειδή σφαίρα, ενώ η μητριά του κρατά σταυρόσχημο σκήπτρο· ανάμεσα στα κεφάλια τους, σταυρός)