Γεννήθηκε στις 8 Ιανουαρίου του 1987 στην Τρίγλια της Βιθυνίας (επαρχία Προύσας), στην Προποντίδα της Μικράς Ασίας. Ήταν γιος του Νικολάου Καλαφάτη και της Καλλιόπης Λεμονίδου, οι οποίοι απέκτησαν συνολικά οκτώ παιδιά, τέσσερα αγόρια και τέσσερα κορίτσια. Ο πατέρας του ήταν νομομαθής και αντιπροσώπευε συμπολίτες του ενώπιον των τουρκικών δικαστηρίων. Επίσης, αναμιγνυόταν στα κοινά και εκλεγόταν δημογέροντας. Η μητέρα του ήταν ευλαβής χριστιανή και αναφέρεται ότι τον είχε τάξει στην Παναγία.
Ο Χρυσόστομος εκδήλωσε νωρίς την επιθυμία του να γίνει κληρικός. Οι γονείς του έγιναν αρωγοί στην επιθυμία του, πουλώντας ακίνητη περιουσία και στέλνοντάς τον οικότροφο στη Θεολογική σχολή της Χάλκης, όπου είχε την τύχη να έχει σπουδαίους δασκάλους. Είχε επίσης την τύχη να αναλάβει τα έξοδα των σπουδών του ο Μητροπολίτης Μυτιλήνης και μετέπειτα Οικουμενικός Πατριάρχης Κωνσταντίνος Βαλιάδης, ο οποίος τον γνώρισε σε μια επίσκεψή του στη Σχολή και εκτίμησε τις επιδόσεις του. Ο Χρυσόστομος αποφοίτησε από τη Σχολή με «άριστα».
Ο Μητροπολίτης Κωνσταντίνος τον χειροτόνησε διάκονο και τον προσέλαβε ως αρχιδιάκονο στη Μητρόπολη Μυτιλήνης και κατόπιν στη Μητρόπολη Εφέσου, όπου μετατέθηκε. Στις 2 Απριλίου 1897ο Μητροπολίτης Εφέσου Κωνσταντίνος εξελέγη Οικουμενικός Πατριάρχης (Πατριάρχης Κωνσταντίνος Ε΄).
Στις 18 Μαϊου 1897 χειροτόνησε πρεσβύτερο τον Χρυσόστομο και τον χειροθέτησε Μέγα Πρωτοσύγκελλο του Οικουμενικού Πατριαρχείου.
Εκλέγεται παμψηφεί, στις 23 ΜαΪου 1902 Μητροπολίτης Δράμας.. Την ημέρα της εκλογής του, απευθυνόμενος στον Πατριάρχη, είπε τα εξής προφητικά: «Εν όλη τή καρδία και εν όλη τη διανοία θα υπηρετήσω την Εκκλησίαν και το Γένος, και η μίτρα, την οποίαν αι άγιαι χείρες σου εναπέθεσαν επί της κεφαλής μου, εάν πέπρωται να απολέση ποτέ την λαμπηδόνα των λίθων της, θα μεταβληθή εις ακάνθινον στέφανον μάρτυρος ιεράρχου», πράγμα που έγινε 20 χρόνια αργότερα.
Στις 11 Μαρτίου 1910 ο Χρυσόστομος μετετέθη στη Σμύρνη, ως Μητροπολίτης Σμύρνης.
Το πολύπλευρο έργο του επεκτάθηκε σε όλα τα επίπεδα της κοινοτικής ζωής -ποιμαντικό, εθνικό, κοινωνικό, εκπαιδευτικό, φιλανθρωπικό - με πρωτοποριακή πρωτοβουλία το μεγάλο κοινωνικό έργο δημιουργίας ευαγών ιδρυμάτων και αθλητικών εγκαταστάσεων για τη νεολαία.
Υπήρξε ο τελευταίος Επίσκοπος Σμύρνης, της μιας από τις επτά Εκκλησίες της Αποκαλύψεως.
Ήταν η κορυφαία μορφή της Μικρασιατικής Καταστροφής. Ο μαρτυρικός του θάνατος από τον τουρκικό όχλο είναι άρρηκτα δεμένος με τις τελευταίες στιγμές της Ελληνικής Σμύρνης και του Μικρασιατικού Ελληνισμού. Αν και του προσφέρθηκαν πολλές ευκαιρίες να εγκαταλείψει τη Σμύρνη αυτός προτίμησε να μείνει και να συμμεριστεί την τύχη του ποιμνίου του.
Αύγουστος 1922:
Οι χριστιανοί της Μικράς Ασίας κατευθύνονται αλλόφρονες και πανικόβλητοι προς τη Σμύρνη, το κέντρο του Μικρασιατικού Ελληνισμού. Η αποχώρηση των δυνάμεων του Ελληνικού Στρατού από τα μικρασιατικά εδάφη έχει αφήσει ελεύθερο το πεδίο δράσεως στους τσέτες, στους ζεϊμπέκους και στους ατάκτους του Κεμάλ, που προελαύνουν λεηλατώντας, βιάζοντας, καίγοντας και δολοφονώντας.
Στην ίδια τη Σμύρνη, σε απόσταση λίγων εκατοντάδων μέτρων από την προκυμαία, βρίσκονται αγκυροβολημένα τα επιβλητικά θωρηκτά και καταδρομικά των Συμμαχικών δυνάμεων.
Στις 19 Αυγούστου 1922 ο Μητροπολίτης Σμύρνης Χρυσόστομος, ο φωτισμένος ιεράρχης, απευθύνει τα τελευταία λόγια του προς τους Σμυρνιούς, στον κατάμεστο ναό της Αγίας Φωτεινής:
«Αδελφοί μου, η ώρα είναι δεινή, αλλά και ο Θεός είναι μεγάλος. Έχετε πίστιν εις Αυτόν. Δοκιμαζόμεθα, αλλά ας μην ολιγοπιστώμεν…»
Στις 25 Αυγούστου η στρατιωτική εκκένωση έχει ολοκληρωθεί και οι πρόσφυγες καταβάλλουν αγωνιώδεις προσπάθειες να επιβιβαστούν σε πλοία. Ο Γεώργιος Χατζανέστης, αντιστράτηγος και διοικητής της Στρατιάς της Μικράς Ασίας, που έχει δηλώσει πριν από τρεις μόλις ημέρες σε εφημερίδα της Σμύρνης ότι οι Τούρκοι δε θα μπορέσουν να εισέλθουν στην πρωτεύουσα της Ιωνίας ούτε ύστερα από δέκα μήνες, μεταφέρει το αρχηγείο του σε πλοίο.
Ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος, αεικίνητος και ακούραστος, τρέχει στην προκυμαία, στις γειτονιές, για να παρηγορήσει, να τονώσει το ηθικό των μικρασιατών. Επισκέπτεται τους προξένους των μεγάλων δυνάμεων. Τους παρακαλεί να δεχτούν πρόσφυγες στα καράβια τους. Καμμιά όμως ανταπόκριση στις αγωνιώδεις εκκλήσεις του.
Τον συμβουλεύουν μόνο όλοι, να εγκαταλείψει τη Σμύρνη για να σωθεί ο ίδιος. Αλλά εκείνος δεν κάμπτεται. «Αρχαία παράδοσις του Eλληνικού κλήρου, αλλά και καθήκον του καλού ποιμένος» απαντά σταθερά ο μετά από λίγο εθνομάρτυρας, «είναι να παραμένει με το ποίμνιόν του… ΄Αν φύγω, θα με καταδιώκουν αι σκιαί του Ιερού Πολυκάρπου και του Αγίου Γρηγορίου του Ε΄ως προδότην και ανάξιον διάδοχόν των … Εφ΄όσον και ένας ακόμη εκ των πιστών του ποιμνίου μου ευρίσκεται ενταύθα, είμαι υποχρεωμένος να μείνω και εγώ. Αδυνατώ να σας ακολουθήσω».
Την ίδια ημέρα ο Χρυσόστομος, που συνεχίζει τις άοκνες προσπάθειές του για τη διάσωση του Mικρασιατικού Eλληνισμού, επισκέπτεται τον αμερικανό πρεσβευτή Χόρτον και συντάσσει την τελευταία επιστολή του, που έχει ως αποδέκτη τον Ελευθέριο Βενιζέλο:
Αγαπητέ φίλε και αδελφέ κ. Ελευθέριε Βενιζέλε.
Επέστη η μεγάλη ώρα της μεγάλης εκ μέρους σας χειρονομίας.
Ο Ελληνισμός της Μικράς Ασίας, το Ελληνικόν Κράτος αλλά και σύμπαν το Ελληνικόν Έθνος καταβαίνει πλέον εις τον Άδην από του οποίου καμμία πλέον δύναμις δεν θα δυνηθή να το αναβιβάση και το σώση……….και συνεχίζει η επιστολή, που μέσα από αυτή βλέπει κάποιος τον πόνο και την αγωνία του ποιμενάρχη για τα παιδιά του…
Στις 26 Αυγούστου, τελευταία ημέρα της ελληνικής ζωής της Σμύρνης, όλες οι λεωφόροι, οι δρόμοι και τα σοκάκια της πόλης κατακλύζονται από χιλιάδες ελληνορθόδοξους πρόσφυγες, που καταφθάνουν με κάθε συγκοινωνιακό μέσο και με όσα πράγματα μπορούν να κουβαλήσουν μαζί τους, ξεκληρισμένοι και ξεριζωμένοι από τις εστίες τους.
Οι περισσότερες πρεσβείες κλείνουν, ενώ κλειστό είναι και το Ελληνικό Προξενείο.
Γύρω στις 6 το απόγευμα, κι ενώ χιλιάδες πρόσφυγες περιφέρονται στην προκυμαία, τα Ελληνικά πολεμικά σκάφη, με αναπεπταμένη τη σημαία, στρέφουν την πλώρη τους προς την έξοδο του κόλπου. Λίγο αργότερα το μόνο που διακρίνεται είναι ο καπνός τους, που βυθίζει την πόλη στο πένθος και στο σπαραγμό.
Στις 7 το απόγευμα ο διαβόητος Αριστείδης Στεργιάδης, ο ύπατος αρμοστής της Σμύρνης, εγκαταλείπει την πόλη, καθώς μεταφέρεται από μια αγγλική ατμάκατο στη ναυαρχίδα των βρετανικών ναυτικών δυνάμεων που ναυλοχούσαν εκεί, στο θωρηκτό «Σιδηρούς Δουξ».
Στις 27 Αυγούστου, ημέρα Σάββατο, αρχίζουν οι επιθέσεις των Τούρκων εναντίον μεμονωμένων ατόμων, ενώ εισέρχεται στην πόλη ένα έφιππο απόσπασμα, οι πρώτοι τσέτες.
Το βράδυ φθάνει στην πόλη και αναλαμβάνει τη διοίκησή της ο Νουρεντίν πασάς, ορκισμένος εχθρός του Χρυσοστόμου και μεγάλος διώκτης του Ελληνισμού.
Ο Χρυσόστομος, μολονότι έχει όλες αυτές τις ημέρες τη δυνατότητα ασφαλούς διαφυγής από την πόλη με τη βοήθεια των Μεγάλων Δυνάμεων, αρνείται πεισματικά να εγκαταλείψει το ποίμνιό του.
Ο Νουρεντίν τον συλλαμβάνει μαζί με δύο δημογέροντες στη μητρόπολη και τον οδηγεί στο φρουραρχείο.
Το μήνυμα του Χρυσοστόμου προς τον αδελφό του εκείνες τις κρίσιμες ώρες είναι το εξής: «Αγαπητέ αδελφέ, μας κράτησαν απόψε εμέ ως πρόεδρον της Μικρασιατικής Αμύνης, τους άλλους ως μέλη. Μην ανησυχείτε».
Δυστυχώς, ο Μητροπολίτης Σμύρνης οδηγείται λίγο αργότερα στο θάνατο υπό φρικιαστικές συνθήκες. Σύμφωνα με περιγραφές αυτοπτών μαρτύρων, τον οδηγούν σε ένα κουρείο, στις παρυφές των ευρωπαϊκών συνοικιών. Του φορούν μια άσπρη μπλούζα κι έπειτα του ξεριζώνουν τα γένια, του κόβουν τη μύτη και τα αυτιά.
Ναύτες των Συμμαχικών δυνάμεων παρακολουθούν τα βασανιστήρια, στα οποία συμμετέχουν και γυναίκες. Μερικοί, αγανακτισμένοι, θέλουν να επέμβουν. Όμως, οι διαταγές που λαμβάνουν από τους επικεφαλής τους είναι ξεκάθαρες: ουδετερότητα.
Έτσι, Τούρκοι και Τουρκάλες μεταφέρουν ανεμπόδιστα τον ιεράρχη στις τουρκικές συνοικίες, όπου τον διαμελίζουν και τον κατακρεουργούν.
Σύμφωνα με τον Νουρεντίν, ο Χρυσόστομος είχε προδώσει ως τούρκος υπήκοος την πατρίδα του, κι έπρεπε να δικαστεί για τις ενέργειές του εναντίον του τουρκικού έθνους. Αυτός, σαν άλλος Πόντιος Πιλάτος, προτίμησε να αφήσει τον εξαγριωμένο και φανατισμένο τουρκικό όχλο να τον δικάσει, σαν ένα νέο Χριστό, χωρίς αγκάθινο στεφάνι, αλλά με το στεφάνι του εθνομάρτυρα.
Η Εκκλησία μας έδωσε Ιεράρχες που όχι μόνο αποδείχθηκαν αντάξιοι της αποστολής τους, αλλά έδειξαν και το μεγαλείο της ψυχής τους, την γενναιότητα και την πίστη τους στα ύψιστα ιδανικά της Πατρίδος και της Πίστεως.
Ήταν σωστοί ποιμένες του λαού.
Αγωνίστηκαν για την Πατρίδα και δεν δίστασαν να δώσουν και αυτήν ακόμα την ζωή τους, όπως ο Μητροπολίτης Σμύρνης Χρυσόστομος Καλαφάτης.
Το 1992 η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος προχώρησε στην αγιοκατάταξη του Χρυσοστόμου και των ιεραρχών Γρηγορίου Κυδωνιών, Αμβροσίου Μοσχονησίων, Προκοπίου Ικονίου, Ευθυμίου Ζήλων και των κληρικών και λαϊκών, που σφαγιάσθηκαν κατά τη Μικρασιατική Καταστροφή. Επίσης, όρισε να τιμάται η μνήμη του Χρυσοστόμου Σμύρνης και των «συν αυτώ Ιεραρχών» την Κυριακή προ της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού, η οποία φέτος συμπίπτει με τη σημερινή.
