Στα βορειοανατολικά του νησιού της Αίγινας, διαμετρικά του λιμανιού, πάνω σε πευκόφυτο λόφο στέκονται τα ερείπια ενός από τους καλύτερα σωζόμενους, ναούς της αρχαιότητας. Ο ναός που ήταν αφιερωμένος στην Αφαία (δηλαδή άφαντη), είναι περίπτερος και το κύριο δομικό στοιχείο του είναι ο τοπικός πωρόλιθος. Οι δώδεκα κίονές του είναι κυρίως μονοκόμματοι (μονολιθικοί). Χτίστηκε πάνω στα αποκαΐδια παλιότερου ναού αφιερωμένου σε γυναικεία θεότητα της γονιμότητας, γύρω στο 500-490 π.Χ., την ίδια εποχή με τη ναυμαχία της Σαλαμίνας, από άγνωστο αρχιτέκτονα. Ενώ η αρχική θεότητα στην οποία αφιερώθηκε ο ναός ήταν η Βριτόμαρτη που σχετιζόταν με την Άρτεμη, αργότερα ο ναός ταυτίστηκε με την Αθηνά. Η αρχαϊκή επιγραφή «Άφα», που βρέθηκε εκεί έδωσε το όνομα στον ναό της Αφαίας. Ο Παυσανίας, περιηγητής και γεωγράφος του 2ου μ.Χ. αιώνα της εποχής του Αδριανού και του Μάρκου Αυρήλιου, αναφέρει το ιερό της Αφαίας στην Αίγινα σε παρακμή. Πριν την ανεύρεση των επιγραφικών στοιχείων, πίστευαν ότι επρόκειτο για ιερό του Ηρακλή ή της Αθηνάς.
Λόγω και της θέσης της, η Αίγινα είχε αποκτήσει ναυτική υπεροχή ανάμεσα στις άλλες ελληνικές πόλεις. Αυτό ήταν όμως ένα σοβαρό εμπόδιο στις επιδιώξεις της Αθήνας. Μετά την αντιπαλότητα περίπου δύο αιώνων, τελικά η Αίγινα πέρασε στην αθηναϊκή κυριαρχία το 458 π.Χ. Τότε γκρεμίστηκαν τα τείχη της πόλης, παραδόθηκε ο στόλος της και επιβλήθηκε φόρος υποτέλειας. Το νησί έχασε τη δύναμή του και κατέληξε διαδοχικά στην κυριαρχία των Αιτωλών, της Περγάμου και της Ρώμης. Η παρακμή και η εγκατάλειψη αφορούσε το λιμάνι που είχε παραχωθεί αλλά και τον αρχαίο ναό που μέχρι το τέλος του 2ου αιώνα π.Χ. είχε πια εγκαταλειφθεί.
Μετά την παρακμή της ρωμαϊκής εποχής, η Αίγινα γνώρισε και πάλι ημέρες ευημερίας μετά το τέλος του 4ου μ.Χ. αιώνα. Τότε, κυρίως η κάθοδος των Βησιγότθων του Αλάριχου στη νότια Ελλάδα και την Πελοπόννησο και οι βανδαλισμοί που προκάλεσαν έδιωξαν μεγάλο πλήθος των κατοίκων τους και πολλοί από αυτούς μετανάστευσαν τότε στην Αίγινα. Αυτός ο εποικισμός οδήγησε σε νέα ακμή το νησί.
Όπως όλα τα νησιά στη βυζαντινή εποχή έτσι και η Αίγινα βίωσε τις συνέπειες της πειρατείας και στο τέλος του 12ου αιώνα ήταν άντρο πειρατών. Στη συνέχεια, στη Φραγκοκρατία, το νησί καταλήφθηκε από Φράγκους, Καταλανούς, Βενετούς και τελικά μετά την επιδρομή και λεηλασία του Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα, στους Τούρκους.
Η διαφθορά της τουρκικής διοίκησης και το «μπαξίσι», η δωροδοκία για την εξασφάλιση φιρμανιών, άνοιξαν την όρεξη αλλά και τις πόρτες σε επιφανείς και γνωστούς ευρωπαίους που είχαν ντυθεί «φιλέλληνες» αλλά πρακτικά ήταν αρχαιοθήρες και έμποροι αρχαιοτήτων. Αφού είχαν «τελειώσει» με τις ρωμαϊκές αρχαιότητες και την ιταλική χερσόνησο, είδαν στον σκλαβωμένο ελληνικό τόπο μια λαμπρή ευκαιρία εκμετάλλευσης και κέρδους με πρόχειρες «ανασκαφές» για την αναζήτηση υλικού για την εμπορία των ευρημάτων τους. Το 1807 έφτιαξαν μια πολυεθνική εταιρεία αρχαιοκαπήλων στην Ιταλία και από εκεί κατάστρωναν τα σχέδιά τους για τις ληστρικές επιδρομές τους στις ελληνικές αρχαιότητες. Φιλόλογοι, καλλιτέχνες, αρχιτέκτονες, κριτικοί τέχνης, ζωγράφοι, βαρόνοι και διπλωμάτες ήταν τα μέλη αυτής της εγκληματικής οργάνωσης.
Ο νεαρός Άγγλος αρχιτέκτονας Charles Robert Cockerell, που έφτασε στην Ελλάδα την άνοιξη του 1810, για τη διευκόλυνση της επίδειξης των κλεμμένων στους υποψήφιους αγοραστές, είχε αναλάβει τη λεπτομερή αποτύπωση, με σκίτσα των γλυπτών σε χαρτί, κρατώντας μάλιστα και ημερολόγιο. Από εκεί ανιχνεύουμε εκτός των άλλων και το χρονολόγιο του αίσχους στην Αίγινα.
Τον Απρίλιο του 1811 οι αρχαιοκάπηλοι πρωτοπήγαν στην Αίγινα και κατευθύνθηκαν φυσικά στον ναό της Αφαίας. Από τη δεύτερη ημέρα των «ανασκαφών» ήρθαν στο φως τα πρώτα γλυπτά των αετωμάτων.
Τελικά κάτω από τα αετώματα βρήκαν 16 αγάλματα και 13 μέλη αγαλμάτων και όπλων. Παρά τον ξεσηκωμό στο νησί, οι «εκλεκτοί» ξένοι αρχαιοθήρες έσπευσαν να μεταφέρουν τη λεία τους στην Αθήνα. Αφού αποθήκευσαν τα κλεμμένα ξαναγύρισαν στην Αίγινα και δωροδοκώντας συνέχισαν τη χοντροκομμένη δουλειά τους, που προκάλεσε σημαντικές ζημιές στα αρχαία, για 16 ημέρες.
Γύρισαν στην Αθήνα, συγκόλλησαν τα σπασμένα κομμάτια και υπέγραψαν συμβόλαιο τιμής ότι η συλλογή θα πουληθεί ενιαία. Μετά από διεθνή δημοπρασία, με τη μεσολάβηση του Αυστριακού Gropius, τα γλυπτά έφτασαν προσωρινά στη Ζάκυνθο. Όρισαν διεθνή δημοπρασία για την 1η Νοέμβρη 1812 και βάλθηκαν να συνεχίσουν τις «ανασκαφές» τους στην Ολυμπία.
Τα γλυπτά της Αίγινας τελικά έφτασαν στη Μάλτα και στη δημοπρασία πλειοδότησαν οι Βαυαροί. Με την εύνοια του Gropius, τα αγόρασαν το 1814 με 10.000 τσεκίνια και σήμερα κοσμούν τη Γλυπτοθήκη του Μονάχου. Και η Αίγινα εξακολουθεί να μένει ορφανή…
