Πρόεδρος (εξ οφίτσιο) η αντιπεριφερειάρχης Μεσσηνίας Ελένη Αλειφέρη, συμπρόεδρος (εξ οφίτσιο) ο δήμαρχος Πύλου - Νέστορος Δημήτρης Καφαντάρης, εκπρόσωπος των 6 δημάρχων του νομού, α' αντιπρόεδρος Γιώργος Κωνσταντόπουλος (Σύλλογος “Ναβαρίνο” του Σαν Φρανσίσκο), εκπρόσωπος της Αμφικτιονίας στις ΗΠΑ Γιώργος Δημόπουλος (Σύλλογος “Υπαπαντή Καλαμάτας” της Βοστόνης), εκπρόσωπος της Αμφικτιονίας στον Καναδά Δημήτρης Καραμπάτσος (ιδρυτικό μέλος, Μόντρεαλ), εκπρόσωπος της Αμφικτιονίας στην Ευρώπη Θανάσης Ψαρούλης (Σύλλογος “Φίλοι του Ελαιώνα” Σκανδιναβίας), γραμματέας Παναγιώτης Μπαζίγος (Σύλλογος Μανιατών), ταμίας Γιάννης Πράνταλος (ιδρυτικό μέλος, Σύλλογος Δρακονερίου).

Στη διοίκηση μετέχουν επίσης, ως μέλη, οι: Αντωνία Οικονόμου (Σύλλογος “Αριστομένης” Αγίας Παρασκευής) αρμόδια για τον χειρισμό της ιστοσελίδας της Αμφικτιονίας και τη διοργάνωση συνεδρίου για τους νέους το καλοκαίρι του 2018, Μαρία Λιακάκη (Σύλλογος Σιδηροκαστριτών) ως εκπρόσωπος της Αυστραλίας και με αρμοδιότητα στον πολιτισμό (ιδιαιτέρως στα θέματα που αφορούν την ιστορία και την αρχαιολογία στη Μεσσηνία) και Παναγιώτης Λούτος (Ομοσπονδία Συλλόγων Τριφυλίας) αρμόδιος επικοινωνίας με τους συλλόγους της Αττικής.

Τέλος, ως αναπληρωματικά μέλη, μετέχουν η Πηνελόπη Λαμπούση (Σύλλογος Μεσσηνίων Αχαΐας “Ο Παπαφλέσσας”) με αρμοδιότητες στον πολιτιστικό και ανθρωπιστικό τομέα και ο Κωνσταντίνος Γαλάνης (Σύλλογος Αραπολακαίων) με αρμοδιότητες οργανωτικών θεμάτων.