Χτίστηκε πάνω στα θεμέλια μιας παλιότερης οχύρωσης με πολυγωνική λιθοδομή που ανάγεται στην αρχαιότητα. Στη γύρω περιοχή υπάρχουν ενδείξεις ακόμα και για προϊστορική κατοίκηση. Σύμφωνα με τον Παυσανία (Λακωνικά ΙΙΙ, 28, 8), εδώ ήταν η περιοχή της Ενόπης. Η πόλη δίπλα στον χαμηλό λόφο ήταν η Γερηνία ή Γέρηνα. Εδώ είχε περάσει τα παιδικά του χρόνια και ο Νέστορας, ο σοφός Αχαιός βασιλιάς της Πύλου, που είχε και το προσωνύμιο "Γερήνιος". Λέγεται μάλιστα ότι όταν ο Ηρακλής άλωσε το βασίλειο των Νηλεϊδών στην Πύλο, ο Νέστορας γλίτωσε γιατί ακριβώς τότε βρισκόταν στη Γερηνία. Στη θέση του σημερινού κάστρου εικάζεται ότι βρισκόταν η ακρόπολη της αρχαίας πόλης.
Λίγο μετά τον Κάμπο και δίπλα από το "κάστρο της Γαρμπελιάς", το πυργόσπιτο των Κουμουνδούρων, υπάρχουν τα ερείπια ενός σημαντικού θολωτού μυκηναϊκού τάφου που αποδίδεται στο γιο του Ασκληπιού, Μαχάονα. Αυτός ήταν γιατρός και μαζί με τον επίσης γιατρό αδελφό του, τον Ποδαλείριο, πήραν μέρος στη μυκηναϊκή εκστρατεία στην Τροία.
«Οι δ' είχον Τρίκκην και Ιθώμην κλωμακόεσσαν,
οι τ' έχον Οιχαλίην, πόλιν Ευρύτου Οιχαλιήος,
των αυθ' ηγείσθην Ασκληπιού δύο παίδε,
ιητήρ' αγαθώ, Ποδαλείριος ηδέ Μαχάων
τοις δε τριήκοντα γλαφυραί νέες εστιχόωντο».
(Αυτοί είχαν την Τρίκκη και την πετρώδη Ιθώμη
κι οι άλλοι είχαν την Οιχαλία, την πόλη του Οιχαλίου Ευρύτου,
σ' αυτούς ηγούνταν τα δυο παιδιά του Ασκληπιού
άξιοι γιατροί, ο Ποδαλείριος και ο Μαχάων
αυτούς δε ακολουθούσαν με σειρά τριάντα κοίλα καράβια.)
[Ομήρου Ιλιάδα, ραψωδία Β, στίχοι 729-733]
Ο Μαχάων θεράπευε στο ιερό της πόλης, που όπως αναφέρει ο Παυσανίας ονομαζόταν "Ρόδον" και βέβαια το όνομά του συνδέθηκε άρρηκτα με την περιοχή. Σαν εκδήλωση σεβασμού και λατρείας, όπως αναφέρει ο Παυσανίας, είχε στηθεί στο χώρο του ιερού και χάλκινο άγαλμα του στεφανωμένου γιατρού που συνέχιζε να λατρεύεται στην περιοχή για πολλούς αιώνες μετά το θάνατό του. Ο Μαχάων σκοτώθηκε στην Τροία και τα οστά του μεταφέρθηκαν στη Γερηνία από το γηραιό βασιλιά της Πύλου, Νέστορα.
Ο χρόνος της κατασκευής του μεσαιωνικού οχυρού στην κορυφή του λόφου, δεν είναι απόλυτα γνωστός. Από τις γραπτές μαρτυρίες όμως φαίνεται ότι το 1278 το κάστρο υπήρχε, αφού ένα έγγραφο της Δημοκρατίας του Αγίου Μάρκου αναφέρει ότι τότε βρισκόταν στα χέρια των βυζαντινών. Το 1428 το κάστρο παραχωρήθηκε από το δεσπότη του Μυστρά Θεόδωρο Β' Παλαιολόγο στο διάδοχό του Κωνσταντίνο Παλαιολόγο, τον κατοπινό τελευταίο βυζαντινό αυτοκράτορα.
Στα κείμενα από το πέρασμα του Τούρκου αξιωματούχου και περιηγητή Evliya Çelebî το 1670 υπάρχει σαφής περιγραφή της ανακατασκευής του οχυρού από το μεγάλο βεζίρη Ahmed Kiouprouli. Μετά την κατάκτηση της Κρήτης το 1669, οι Τούρκοι με τη συνεργασία του τυχοδιώκτη Μανιάτη πειρατή Λυμπεράκη Γερακάρη, πρώτου "ηγεμόνα" της Μάνης (1667-70), έβαλαν στόχο την υποταγή της Μάνης. Αρχικά παραχώρησαν προνόμια ημιαυτονομίας στους Μανιάτες. Αυτά ήταν: α) η απαλλαγή της Μάνης από το παιδομάζωμα, β) η καταβολή του μισού φόρου (χαράτσι), γ) η δέσμευση ότι κανένας Τούρκος δεν θα κατοικήσει στον τόπο τους και δ) η ελεύθερη χρήση της καμπάνας και η σταυροπηγία στις εκκλησίες.
Εκτός όμως από τα λόγια, που συνοδεύονταν και από τουρκικό χρυσάφι, ακολούθησε και το έργο της στρατιωτικής υποταγής. Ετσι το 1670, ο βεζίρης Kiouprouli προχώρησε στο χτίσιμο τριών κάστρων σε τρία καίρια σημεία της τραχιάς χερσονήσου. Αυτά ήταν το κάστρο της Κελεφάς, το κάστρο πάνω από το λιμανάκι του Πορτοκάγιο και το κάστρο της Ζαρνάτας. Εστειλε τότε τον Khaze Ali-pasha με 6.000 άνδρες και αρκετό πυροβολικό στη Μάνη. Οι Τούρκοι αποβιβάστηκαν στις Κιτριές και από εκεί, χωρίς να μπαίνουν σε χωριά για να μην ερεθίσουν τον πληθυσμό, κατέλαβαν όλους τους στρατηγικής σημασίας λόφους. Ο Khaze Ali-pasha ανοικοδόμησε από τα θεμέλια το κάστρο της Κελεφάς και του Πορτοκάγιο και πάνω στο παλιότερο αρχαίο και βυζαντινό οχυρό το κάστρο της Ζαρνάτας. Η δικαιολογία που δινόταν από τους Τούρκους και το Λυμπεράκη Γερακάρη για την ανοικοδόμηση των κάστρων και την παρουσία τουρκικού στρατού στη Μάνη ήταν ότι ήταν τάχα αναγκαία για την αποτροπή επίθεσης από εχθρικά πλοία. Έτσι αν και οι Τούρκοι δεν κατέβαιναν στα μανιάτικα χωριά, η Μάνη ουσιαστικά απομονώθηκε από τη Δύση.
Στην ανέγερση του κάστρου της Ζαρνάτας και στην επάνδρωσή του με στρατιώτες ήταν παρών και ο Evliya Çelebî (1611-1679). Ο Τούρκος αξιωματούχος ταξίδεψε στην τουρκική επικράτεια για σαράντα χρόνια ακολουθώντας εκστρατείες διαφόρων τουρκικών στρατευμάτων. Αλλοτε συμμετείχε σαν απλός πολεμιστής, άλλοτε σαν σύμβουλος, άλλοτε σαν μουεζίνης ή και σαν επίσημος ιστοριογράφος. Οι πηγές του είναι Τούρκοι ή και Ελληνες, και οι καταγραφές του πολλές φορές περιέχουν ανακρίβειες ή και λάθη. Ομως στο κάστρο της Ζαρνάτας ήταν παρών και έτσι η περιγραφή του πρέπει να θεωρείται ακριβής. Αφού περιγράφει την πολιορκία και την άλωση του φρουρίου από τον αρχιστράτηγο Khaze Ali-pasha, αναφέρει:
«Εγώ που είχα εφοδιαστεί με σπαθί, με τη βοήθεια του Θεού έψαλλα για πρώτη φορά, πάνω από την πύλη, το κάλεσμα για προσευχή. Το κάστρο γέμισε με γαζήδες, ενώ οι κάτοικοί του έφυγαν στα γύρω χωριά. Αυτό είναι το δίστιχο της άλωσης του κάστρου:
"Ο Evliya βρέθηκε στην άλωση του μανιάτικου κάστρου που ονομάστηκε Ζαρνάτα και προσευχήθηκε".
(…) Μέσα σε δυο μήνες και το έτος 1081 φτιάχτηκε ένα κάστρο πανέμορφο και σίγουρο. Μοιάζει με το κάστρο από τους πολύτιμους λίθους και τα μαργαριτάρια της παράδοσής μας ... είναι το κάστρο των πετραδιών.
(...) Χτισμένο πάνω στον ψηλό βράχο μοιάζει πραγματικά με πετράδι. Εχει σχήμα αμυγδάλου με κατεύθυνση από τα νοτιοανατολικά προς τα βόρεια. Είναι ένα ακατανίκητο οχυρό με θεμέλια τέσσερις αρχιτεκτονικούς πήχες πλατιά και δώδεκα ψηλά. Η περίμετρός του είναι χίλια εβδομήντα βήματα. Δεν υπάρχει τάφρος, γιατί προστατεύεται από τον απότομο βράχο. Οι πύλες του είναι διπλές. Σ' αυτήν που βρίσκεται στα βόρεια έκανα εγώ, ο φτωχός, για πρώτη φορά το κάλεσμα για την προσευχή κι έτσι ονομάστηκε Εζάν. Ονομάζεται ακόμη και πύλη της άλωσης, γιατί από δω μπήκαν για πρώτη φορά οι στρατιώτες του Ισλάμ στην πόλη.
(…) Το τείχος ενισχύθηκε με εννιά γερές ντάπιες… Υπάρχει ακόμα μια μικρή πύλη.
(...) Πολύ κοντά στο κάστρο βρίσκεται το χωριό Κάμπος με τριακόσια κεραμοσκέπαστα σπίτια».
[Τα κείμενα και τα στοιχεία του Çelebî προέρχονται από το "Οδοιπορικό στην Ελλάδα (1668-1671) του Evliya Çelebî - εκδ. Εκάτη, σε απόδοση από τα τουρκικά από τον κ. Δημ. Λούπη].
Ο Çelebî αναφέρει ακόμα ότι το εξωτερικό τείχος του κάστρου χτίστηκε περίπου εκατό χρόνια πριν την ανακατασκευή του κάστρου από το Khaze Ali-pasha, από τον Kilinc Ali. Αυτός ήταν ο Σικελός εξωμότης που πέρασε στον τουρκικό στόλο, ο πειρατής Ülüc Ali, βεηλέρμπεης της Αλγερίας, που μετά από τη ναυμαχία στη Ναύπακτο τον Οκτώβριο του 1571 ανδραγάθησε αφού κατάφερε να ξεφύγει από τους Χριστιανούς διώκτες του. Τότε ο σουλτάνος Selim II, απένειμε λόγω ανδρείας στον Ülüc Ali το αξίωμα του καπουδάν-πασά και μετέτρεψε το επίθετό του σε Kilinc Ali. Μετά τη συντριβή στη Ναύπακτο και τον αποκλεισμό του Ülüc (Kilinc) Ali στο Ναβαρίνο, με την προτροπή του οι Τούρκοι προχώρησαν στην ενίσχυση των οχυρών τους. Τότε, το 1573, χτίστηκε το Νιόκαστρο και έγιναν και πολλά άλλα αμυντικά έργα. Ένα από αυτά ήταν και το εξωτερικό τείχος της Ζαρνάτας.
Το καλοκαίρι του 1673 και αφού οι Μανιάτες άρχισαν να συνειδητοποιούν ότι βρίσκονταν σε στρατιωτική κατοχή, ξεσηκώθηκαν. Πολιόρκησαν το φρούριο της Ζαρνάτας και έστειλαν το Μανιάτη πρόκριτο Κοσμά Γερακάρη, με ένα διερχόμενο πλοίο του πειρατή Monsù H. Crevilliers, στη Μάλτα. Εκεί ο Κοσμάς Γερακάρης ζήτησε τη βοήθεια των ιπποτών του τάγματος του Αγίου Ιωάννη για την ενίσχυση της πολιορκίας του κάστρου της Ζαρνάτας. Για να τους πείσει μάλιστα υποσχέθηκε ότι οι 5.000-6.000 Μανιάτες θα κυριεύσουν το φρούριο σε τρεις ημέρες. Ετσι, όπως αναφέρει σε έκθεσή του προς το δόγη της Βενετίας ο provveditor της Ζακύνθου A. Barbaro, απέπλευσαν από τη Μάλτα επτά γαλέρες και τέσσερα πειρατικά ιστιοφόρα του Crevilliers και έφθασαν στη Μάνη τις πρώτες ημέρες του Σεπτέμβρη. Εκεί αποβίβασαν 500 ένοπλους άνδρες και 40 τηλεβόλα και πήραν μέρος στην πολιορκία.
Ομως στην πολιορκία, αντί για 5.000-6.000 Μανιάτες που είχε υποσχεθεί ο Κοσμάς Γερακάρης, έπαιρναν μέρος μόνο 800! Παρ' όλα αυτά ο αποκλεισμός του φρουρίου συνεχίστηκε αλλά μετά από 15 ημέρες, στις 17 Σεπτέμβρη, λόγω του καιρού οι γαλέρες της Μάλτας έπρεπε να φύγουν. Αποχωρώντας άφησαν σαν εφόδια στους Μανιάτες μόνο μερικές συναρμολογούμενες σκάλες που θα χρησίμευαν στη μελλοντική άλωση του κάστρου. Συνέχισαν όμως να παραμένουν στις Κιτριές τα τέσσερα πειρατικά ιστιοφόρα και οι άνδρες του H. Crevilliers. Οι Μανιάτες μαζί με τους πειρατές συνέχισαν την πολιορκία για δυο ακόμα μήνες. Ομως με τα λιγοστά, για ένα τέτοιο εγχείρημα, όπλα και πυρομαχικά που μπορούσαν να διαθέσουν οι πειρατές και τις σκάλες των ιπποτών δεν θα μπορούσαν να περιμένουν ότι θα καταλάβουν το νεόδμητο τότε και ισχυρό φρούριο της Ζαρνάτας. Ετσι μετά από δυο μήνες έλυσαν την πολιορκία αφού 8.000 Τούρκοι στρατιώτες απελευθέρωσαν τους πολιορκημένους και υπέταξαν τους Μανιάτες. Πολλοί από αυτούς έφυγαν με τα πειρατικά καράβια του H. Crevilliers. Αυτή ήταν η και πρώτη μαζική αποχώρηση πληθυσμού από τη Μάνη προς τη Δύση. Κάποιοι από τους Μανιάτες έγιναν ξακουστοί πειρατές με τη σημαία της Μάλτας. Ενας από αυτούς ήταν και Μιχάλης (Μιχελής) Μανιάτης που έγινε αργότερα γνωστός σαν πρωτοπαλίκαρο του Crevilliers και φόβητρο των νησιών της Νάξου και της Σαντορίνης.
Ενα σοβαρό ερώτημα είναι το γιατί αυτός ο σκληρός πειρατής, ο H. Crevilliers βοήθησε τους Μανιάτες στην πολιορκία της Ζαρνάτας; Φαίνεται ότι ο Crevilliers φιλοδοξούσε να κάνει ορμητήριό του τις απόκρημνες ακτές της Μάνης και ήθελε να έχει στο πλευρό του και τους ετοιμοπόλεμους, σκληροτράχηλους κατοίκους της. Οι φιλοδοξίες όμως του H. Crevilliers πήγαιναν ακόμα μακρύτερα από την απλή δημιουργία ενός πειρατικού κρησφύγετου. Σκόπευε να ξεκινήσει από τη Μάνη και να προχωρήσει στην κατάκτηση ενός μέρους του Μοριά. Αυτό ήταν που ξεσήκωσε ακόμα περισσότερο τους φιλοπόλεμους Μανιάτες ώστε να στείλουν τον Κοσμά Γερακάρη με τα πλοία του Crevilliers για να ζητήσει βοήθεια από το Τάγμα των Ιπποτών στη Μάλτα.
