Η λατόμευση των υλικών έγινε από το νότιο τμήμα της Ποδαρίνας, στην περιοχή του Αγιονούφρη. Το κάστρο βέβαια ολοκληρώθηκε τους επόμενους αιώνες αφού ανάλογα με τις ανάγκες και τους κυρίους του, προστέθηκαν σ’ αυτό οι προμαχώνες του Bembo και του Lauretano στο βόρειο τμήμα του αλλά και το πολύπαθο, οκταγωνικό “μπούρτζι” στην πύλη της θάλασσας.
Και ενώ φαινόταν ότι η Δημοκρατία του Αγίου Μάρκου ήταν πανίσχυρη και θαλασσοκράτειρα, ο ανταγωνισμός με τις άλλες εμπορικές ιταλικές πόλεις και κυρίως με τη Genova έφερε γι’ αυτήν δυο ταπεινωτικές ήττες στα νερά της Σαπιέντζας. Πρώτα το 1295 και μετά το 1354 ο βενετικός στόλος νικήθηκε, στα ανοικτά της Modon, από τον αντίπαλο γενοβέζικο.
Το 1480, η ανησυχία που εκφράζει ο περιηγητής Felix Faber για μια ενδεχόμενη κάθοδο των Τούρκων στη Μεθώνη ήταν διάχυτη στην περιοχή και βέβαια στους διοικούντες. Τα οχυρωματικά έργα του Bembo, δηλαδή ο προμαχώνας στα δεξιά της κύριας εισόδου αλλά και η διπλή τάφρος στο βόρειο τμήμα του δεν στάθηκαν αρκετά για να αντέξουν στην πολιορκία των Τούρκων. Η εκπόρθηση του κάστρου χρειάστηκε την παρουσία του σουλτάνου Bayezit II.
Ακολούθησε η Α΄ τουρκοκρατία (1500-1686). Μια παρακμιακή εποχή που το σκοτάδι της έπεσε βαρύ πάνω και στη Μεθώνη. Οι Τούρκοι, μετά την κατάκτηση της ελληνικής χερσονήσου, έπρεπε να ενισχύσουν τις οχυρώσεις τους. Μετά την ανακάλυψη της Αμερικής από το Χριστόφορο Κολόμβο το 1492 και την αλλαγή της στρατηγικής σημασίας του θαλάσσιου δρόμου για την Ανατολή η αναπροσαρμογή των οχυρώσεων από τους νέους κατόχους τους ήταν αναγκαία. Ετσι, όπως και αλλού, έπρεπε να ενισχύσουν την άμυνα και στο κάστρο της Μεθώνης. Ενα οχυρωματικό έργο αυτής της περιόδου για τη Μεθώνη ήταν το μπούρτζι, μπροστά από την πύλη της θάλασσας. Βέβαια η κατασκευή του οχυρού πύργου έχει περάσει από τρεις φάσεις: Οι δυο πρώτες, δηλαδή η θεμελίωση αλλά και η αρχική ανέγερση ενός μικρού οχυρού, έγιναν στην απεγνωσμένη προσπάθεια οχύρωσης της Μεθώνης από τους Βενετούς, λίγο πριν την κατάληψή της από τους Τούρκους. Η τρίτη και τελική φάση της κατασκευής έγινε όμως από τους Τούρκους. Το μπούρτζι έμελλε να γίνει το χαρακτηριστικό γνώρισμα της Μεθώνης και στέκει εκεί θυμίζοντας την παντοδυναμία των Οθωμανών στη σαρανταεξάχρονη βασιλεία του σουλτάνου Suleyman I του Μεγαλοπρεπούς (1520-1566).
Ενα μικρό, σχεδόν στιγμιαίο, διάλειμμα στην τουρκική κατοχή έγινε για μια μόνο μέρα στη Μεθώνη το 1531. Τότε, λόγω της ισχυρής οχύρωσης και της εξαιρετικής θέσης της, έγινε στόχος του στόλου των ιπποτών της Ρόδου. Οι ιππότες με τον ενωμένο χριστιανικό στόλο και αρχηγό τους τον διορισμένο από το συμβούλιο ναύαρχο-ηγούμενο της Ρώμης, Bernardo Salviati, μετά από μεγάλες περιπέτειες, μεταμφιέσεις, κατασκοπικά παιγνίδια και συνωμοσίες, κατόρθωσαν να την καταλάβουν πρόσκαιρα, για λίγες μόνο ώρες, από το πρωί μέχρι το βράδυ της 3ης Σεπτεμβρίου του 1531. Οι τυχοδιώκτες του στόλου του Salviati αποχώρησαν με 1600 ομήρους αλλά και φορτωμένοι με πλούσια λάφυρα, αφήνοντας τη Μεθώνη στη μανία των Τούρκων.
Μετά την απώλεια της βενετοκρατούμενης για 465 χρόνια Κρήτης, το 1669, η καταρρακωμένη Δημοκρατία της Βενετίας, με τις ευλογίες και τη βοήθεια του πάπα Innocentio Odeschalchi XI, αποφασίζει μια τελευταία προσπάθεια αναστήλωσης του κύρους της αλλά και ουσιαστικού ελέγχου των δρόμων της Ανατολής. Ετσι ξέσπασε ο έκτος και τελευταίος βενετοτουρκικός πόλεμος που οδήγησε με την κάθοδο της Αρμάδας του Morosini, σε μεγαλειώδη αλλά και βραχύβια ανακατάληψη του Μοριά.
Η ανακατάληψη του Μοριά από τον αρχιστράτηγο Francesco Morosini και το Σουηδό κόμη στρατηγό Wilhelm Königsmark, συνοδεύτηκε από αέρα δημιουργίας και για τη Μεθώνη. Οι διοικητικές ρυθμίσεις αρχικά έδωσαν νέα πνοή στην οικονομία και κυρίως τα οχυρωματικά έργα αυτής της περιόδου από τον Antonio Lauretano, στη βόρεια πλευρά του κάστρου στέκουν και σήμερα αγέρωχα θυμίζοντας το δεύτερο βραχύβιο πέρασμα των Βενετών.
Μετά την εγκατάλειψη των κτήσεων από τη Βενετία ήρθαν και για τη Μεθώνη ξανά τα σκοτάδια της Β΄ τουρκοκρατίας αφού και πάλι οι Τούρκοι έγιναν κύριοι του κάστρου της Μεθώνης. Η συνθήκη του Passarowitz (1718) ήταν η ταφόπλακα στις όποιες μελλοντικές βλέψεις της Βενετίας στο Μοριά. Η παρακμή συνεχίστηκε. Το πασίγνωστο λιμάνι του Mandrachio έγινε ξέβαθο και άσημο. Η πόλη πέρασε στην αφάνεια. Η απογοήτευση των Ελλήνων, που αργά αλλά σταθερά άρχιζαν να αποκτούν εθνική συνείδηση, από τη στάση των Λατίνων, τους έκανε να βλέπουν σαν μοναδική ελπίδα λύτρωσης το ξανθό έθνος των Ρώσων.
Μετά τη δυσμενή κατάληξη των Ορλωφικών τον Ιούνιο του 1770 και τη λαίλαπα των Αλβανών που ακολούθησε και κατακρεούργησε, βίασε, κατέκαψε και διέλυσε την περιοχή, η απογοήτευση έγινε μεγαλύτερη. Η Δρουγούτενα, μια μικρή κωμόπολη της περιφέρειας της Μεθώνης που σημειώνεται στους χάρτες της εποχής, στο πέρασμά τους εξαφανίστηκε και σήμερα υπάρχει μόνο σαν τοπωνύμιο με λιγοστά ίχνη της παλιότερης κατοίκησής της. Τα ερείπια του μικρού βυζαντινού ναού του Αγίου Ιωάννη καθώς και θεμέλια οικιών είναι εκεί και σήμερα ευδιάκριτα.
Τελευταίος εχθρός που κυβέρνησε τη Μεθώνη ήταν ο Ιμπραήμ, ο θετός γιος του σουλτάνου Μεχμέτ-Αλή της Αιγύπτου. Ο Ιμπραήμ καταγόταν από την περιοχή της Καβάλας και έγινε ο πρώτος πασάς της αυτοκρατορίας αλλά και φόβητρο των πάντων. Εφθασε στη Μεθώνη τον Απρίλιο του 1825 και εγκαταστάθηκε εδώ με στόχο να καταπνίξει τους επαναστατημένους Ελληνες του Μοριά. Πέρασαν δυο χρόνια συμφοράς για τη Μεσσηνία και την Πελοπόννησο. Μετά τη ναυμαχία του Ναβαρίνου και την άφιξη του εκστρατευτικού σώματος του Γάλλου στρατηγού N. J. Maison, αφού εκδιώχθηκε από εδώ ο Ιμπραήμ στις 23 Σεπτεμβρίου του 1828, το κάστρο έγινε έδρα του στρατηγού και αργότερα παραδόθηκε στους Ελληνες. Αυτή την εποχή το κάστρο εκκενώθηκε και ένα μεγάλο μέρος των σπιτιών του κατεδαφίστηκε, αφού η πόλη της Μεθώνης χτίστηκε έξω από αυτό με ρυμοτομικά σχέδια του Γάλλου λοχαγού του εκστρατευτικού σώματος, Adubart.
Σήμερα περνώντας πάνω από την πέτρινη γέφυρα με τα δεκατέσσερα τόξα, που κατασκεύασαν οι Γάλλοι στρατιώτες του εκστρατευτικού σώματος του στρατηγού N.J. Maison από το 1828 μέχρι το 1833, φθάνουμε στην επιβλητική και μνημειακή αψίδα της κυρίας εισόδου του κάστρου (Porta di Terra Ferma). Αυτή η αψίδα με τα κορινθιακού τύπου κιονόκρανα και τους θυρεούς κατασκευάστηκε στη Β΄ βενετοκρατία, στα πλαίσια της ενίσχυσης των οχυρώσεων του βορειοανατολικού τμήματος του κάστρου από τον Antonio Lauretano το 1714. Η παλιότερη ‘”πύλη της ξηράς” ήταν περίπου τριάντα μέτρα νοτιότερα. Σε αυτή την παλιότερη θέση της, που είναι και σήμερα ευδιάκριτη, υπήρχε μια ξύλινη γέφυρα με μήκος 40 βήματα, που ανέβαινε και κατέβαινε πάνω από την τάφρο που ήταν βέβαια πολύ πιο στενή. Ετσι η πρόσβαση στο κάστρο ήταν πάντα ελεγχόμενη. Η μνημειακή πύλη που κατασκευάστηκε από τον Lauretano είναι αυτή που ένα μεγάλο μέρος της βλέπουμε και σήμερα. Η γέφυρα που ένωνε την καινούργια πύλη με την ξηρά απέναντι από την τάφρο ήταν μια σειρά από ξύλινα βάθρα με ξύλινη και τη φέρουσα κατασκευή. Η σημερινή πέτρινη γέφυρα απλά αντικατέστησε την παλιότερη ξύλινη της Β΄ βενετοκρατίας. Αυτή η μνημειακή πύλη όταν κατασκευάστηκε είχε σαν μετώπη της τη μεγάλη μαρμάρινη επιγραφή που σήμερα κείτεται στην πλατεία των όπλων.
Στα αριστερά και στα δεξιά της κύριας εισόδου βρίσκονται οι προμαχώνες του Lauretano (Loredan) και του Bembo αντίστοιχα. Ο προμαχώνας του Bembo χτίστηκε γύρω στο 1480 στα βορειοδυτικά και αποτελεί μαζί με το άνοιγμα της βαθιάς τάφρου το ύστατο οχυρωματικό έργο της Α΄ βενετοκρατίας πριν από την κάθοδο του ”Πορθητή”. Ο προμαχώνας του στρατηγού Antonio Lauretano χτίστηκε στο τέλος της Β΄ βενετοκρατίας το 1714 και δεσπόζει πάνω από την τάφρο. Τότε ολοκληρώθηκε μελετημένα και η διάνοιξη της τάφρου. Ο Antonio Lauretano ήταν τότε γενικός στρατιωτικός διοικητής της Πελοποννήσου και προσπάθησε να ενισχύσει το βορειοανατολικό τμήμα του κάστρου αφού οι Τούρκοι ήταν και πάλι σχεδόν προ των πυλών.
Η τάφρος είχε αρχίσει να κατασκευάζεται από τον Bembo το 1480. Οπως γίνεται εύκολα αντιληπτό, αυτή γινόταν ένα σημαντικό φυσικό εμπόδιο για κάθε επιτιθέμενο από την ξηρά. Από ό,τι φαίνεται δεν γέμιζε με νερό της θάλασσας αφού η αποστολή της ήταν διαφορετική. Κάθε μέτρο μέσα στην τάφρο ήταν σταθερός στόχος από τους δυο προμαχώνες Bembo ή Lauretano καθώς και από τις χαμηλότερες οχυρωματικές ταράτσες B, D και E. Η νεότερη χάραξη της τάφρου το 1714 την έκανε λίγο βαθύτερη ώστε το θαλασσινό νερό να καλύπτει ένα τμήμα της, αλλά οι χαράξεις τις γραμμής πυρός από τους αμυνόμενους ήταν τέτοιες που κάθε επίθεση από την τάφρο ισοδυναμούσε με αυτοκτονία.
Στην κατασκευή του προμαχώνα Lauretano ενσωματώθηκε σ’ αυτόν ο παλιότερος μικρός βορειοανατολικός προμαχώνας. Η οξεία γωνία του νέου προμαχώνα στα βορειοανατολικά, στην αρχή της τάφρου, είναι χτισμένη με μεγάλες ορθογώνιες πέτρες από λαξευμένο πωρόλιθο. Στη μέση της βόρειας πλευράς του προμαχώνα εντοιχίστηκε τότε μια λίθινη ανάγλυφη πλάκα με το φτερωτό λιοντάρι του Αγίου Μάρκου και κάτω από αυτή μια άλλη, μικρότερη, μαρμάρινη αναθηματική πλάκα για τον κατασκευαστή του προμαχώνα, τον provveditor Antonio Lauretano:
ANTONIO LAVRETANI
PROV. GNLIS ARMI IN PELOPONESO
REGIMI… ET CVRAM
ANNO MDCCXIV