Το 1185 τα νησιά χωρίστηκαν. Η Κέρκυρα και η Λευκάδα (Αγία Μαύρα) παρέμειναν υπό βυζαντινό έλεγχο ενώ η Κεφαλονιά κι η Ζάκυνθος πέρασαν στο βασίλειο της Σικελίας, υπό τον ναύαρχο Margarito di Brindisi. Αυτός ήταν ο πρώτος κόμης της «παλατινής κομητείας της Κεφαλονιάς και της Ζακύνθου», σύζυγος της νόθας κόρης του Γουλιέλμου Α’ του «κακού», ετεροθαλούς αδελφής του Γουλιέλμου Β’ του «καλού». Η Βενετία, από το 1204 κατείχε την Κέρκυρα, τους Παξούς και τα Κύθηρα (Τσιρίγο). Μετά τον Margarito, η παλατινή κομητεία πέρασε στους Orsini της Ρώμης μέχρι το 1325. Στη συνέχεια την κατέλαβαν οι Capétiens-Anjou του Giovanni di Gravina ενώ το 1357 παραχωρήθηκε στους Tocchi και συγχωνεύθηκε με την Ιθάκη και τη Λευκάδα, συγκροτώντας το «δουκάτο της Λευκάδας». Το 1479 η Κεφαλονιά και η Ζάκυνθος κατακτήθηκαν από τους Οθωμανούς και τη Βενετία, που τις μοιράστηκαν με την συνθήκη της Κωνσταντινούπολης (1484). Η Βενετία πήρε τη Ζάκυνθο και ένα τμήμα της Κεφαλονιάς ενώ οι Οθωμανοί πήραν το υπόλοιπο αλλά και την Λευκάδα, που λόγω της θέσης της παρέμεινε στην κυριαρχία τους για περίπου διακόσια χρόνια, μέχρι την κάθοδο της Αρμάδας του Morosini (1684). Από το 1500 η Βενετία είχε πάρει και το υπόλοιπο τμήμα της Κεφαλονιάς.
Στη Βενετοκρατία, που κράτησε περισσότερο από τριακόσια χρόνια, στα Επτάνησα αναδείχθηκε μια ιδιαίτερη κοινωνική τάξη, μια τοπική αριστοκρατία, που με την πάροδο των χρόνων απέκτησε τίτλους ευγενείας (Libro d’ oro). Αυτό το μητρώο ευγενείας, που απέκλειε τους εμπόρους αλλά και όσους είχαν ακόμα και προγόνους χειρώνακτες, επισφράγισε το κοινωνικό χάσμα που οδήγησε σιγά-σιγά σε μεγάλες κοινωνικές εξεγέρσεις.
Το 1797, με τη συνθήκη του Κάμπο Φόρμιο, τα Επτάνησα πέρασαν σε γαλλική κατοχή. Οι Γάλλοι κατάργησαν την «αριστοκρατική διοίκηση» και σχημάτισαν κοινοτικά συμβούλια και ένα συμβούλιο, με τριάντα εκπροσώπους όλων των κοινωνικών τάξεων υπό την προεδρία του κόμη Σπυρίδωνα-Γεώργιου Θεοτόκη. Μετά την ήττα των Γάλλων στην Αίγυπτο, η οθωμανική αυτοκρατορία και η Ρωσία, με τη σύμπραξη της Αγγλίας, συμμάχησαν και ο ρωσο-τουρκικός στόλος από τον Οκτώβριο του 1798 μέχρι τον Φεβρουάριο του 1799 κατέλαβε όλα τα νησιά. Μετά τη ρωσο-τουρκική κατάκτηση υπογράφτηκε στην Κωνσταντινούπολη συνθήκη μεταξύ Ρωσίας και οθωμανικής αυτοκρατορίας. Με αυτήν αποφασίστηκε η αυτονόμηση της «Επτανήσου Πολιτείας», υπό την επικυριαρχία του σουλτάνου και την προστασία των θρησκευτικών δικαιωμάτων από τον τσάρο. Η συμφωνία απέφερε ένα συνταγματικό κείμενο, το «Βυζαντινό Πολίτευμα», που καθιέρωνε ειδικό καθεστώς για καθένα από τα νησιά καθώς και τη σημαία του πρώτου ελληνικού, ημιαυτόνομου, κρατιδίου. Όμως, κυρίως λόγω των κοινωνικών ανισοτήτων, συνεχίστηκαν οι αντιδράσεις και οι ταραχές. Η Ζάκυνθος κηρύχθηκε ανεξάρτητη και το 1801 ύψωσε αγγλική σημαία. Στην Κεφαλονιά ξέσπασε εμφύλιος ενώ στην Κέρκυρα τον Μάιο του 1801 οι κάτοικοι στασίασαν στην τουρκική φρουρά και ο κόμης Θεοτόκης ανέθεσε τη στρατιωτική διοίκηση στους Ρώσους. Τότε άρχισε να λάμπει το άστρο του Ιωάννη Καποδίστρια. Τον Απρίλιο του 1801, κλήθηκε μαζί με τον Νικόλαο Σιγούρο να αποκαταστήσουν την τάξη στην Κεφαλονιά. Στις 27 Απριλίου 1801 αποβιβάστηκαν στο νησί και ως αυτοκρατορικοί επίτροποι έπαυσαν τις τοπικές αρχές και ανέλαβαν τη διοίκησή του. Μέχρι τον Σεπτέμβριο η τάξη αποκαταστάθηκε.
Σε πρώτη φάση το κοινωνικό χάσμα γεφυρώθηκε πρόχειρα και τα νησιά απέκτησαν «Σχέδιο Συντάγματος της Έντιμης Αντιπροσωπείας». Σε μια μυστική συμφωνία, που έγινε στο Παρίσι μεταξύ της Ρωσίας και της Γαλλίας, αποφασίστηκε η αποστρατικοποίηση των Επτανήσων. Η συμφωνία όμως δεν βοήθησε αφού ο κίνδυνος της τουρκικής κατοχής των νησιών γινόταν πια μεγάλος. Για την αποτελεσματική αντιμετώπιση της κατάστασης που είχε διαμορφωθεί στην Επτάνησο Πολιτεία, τον Αύγουστο του 1802 έφτασε στην Κέρκυρα ο απεσταλμένος του τσάρου, Ζακυνθινός κόμης Γεώργιος Μοτσενίγος και πρότεινε την εκπόνηση νέου συντάγματος. Το «Σύνταγμα της Επτανήσου Πολιτείας» ομαλοποιούσε τις κοινωνικές σχέσεις και με πραγματικά δημοκρατικές διαδικασίες ψηφίστηκε τον Οκτώβριο του 1803. Ήταν το πρώτο ελληνικό σύνταγμα.
Το 1806, με την εισήγηση του κόμη Μοτσενίγου και τη σύμφωνη γνώμη του Ιωάννη Καποδίστρια, συντάχθηκε νέο «Σχέδιο Αναθεώρησης της Συνταγματικής Πράξης της Επτανήσου Πολιτείας». Τον Μάιο του 1807, ο Αλή-πασάς άρχισε να ελπίζει ότι με τη βοήθεια των Γάλλων θα μπορούσε να καταλάβει τη Λευκάδα (Αγία Μαύρα). Μπροστά στον κίνδυνο, στις 2 Ιουνίου, η Γερουσία της Επτανήσου Πολιτείας για να οργανώσει την άμυνα της Λευκάδας, κάλεσε τον Ιωάννη Καποδίστρια να υπηρετήσει εκεί ως έκτακτος επίτροπος υπό τις διαταγές Ρώσου στρατηγού. Μαζί με τον Καποδίστρια έφτασαν στη Λευκάδα τριακόσιοι Ρώσοι στρατιώτες και ο μητροπολίτης Άρτας Ιγνάτιος. Η απάντησή του Καποδίστρια είναι χαρακτηριστική του ήθους του:
Πρὸς τὸν Ἐκλαμπρότατον κύριον Γραμματέα τῆς Ἐπικρατείας ἐπὶ τῶν Οἰκονομικῶν καὶ τῶν Ἐνόπλων Δυνάμεων
Ὁ Ἐκτακτος Ἐπίτροπος Κόμης Καποδίστριας
Ἐκλαμπρότατε, λίαν σεβαστέ Κύριε, Κύριε,
Θὰ ὑπηρετήσω εἰς Ἁγίαν Μαύραν, ἀφοῦ οὕτως εἶναι ἀρεστὸν εἰς τὴν Ἐξοχωτάτην Γερουσίαν. Αἰσθάνομαι ὅτι αἱ δυνάμεις μου εἶναι ἀπεριορίστως κατώτεραι τῆς ὑπηρεσίας εἰς τὴν ὁποίαν ἐκλήθην. Δὲν θὰ παραλείψω ἐν τούτοις νὰ ἀσχοληθῶ μετ’ ἀκραιφνοῦς ζήλου καὶ μετὰ δραστηριότητος εἰς τὸ νὰ ἀνταποκριθῶ, τοὐλάχιστον κατὰ τὴν πρόθεσιν, ἐάν ὄχι διὰ τοῦ ἔργου, εἰς τὴν ἐμπιστοσύνην δι’ ἤς μὲ τιμᾷ ἡ Ἐξοχωτάτη Γερουσία μετὰ γενναιοφροσύνης.
Προσφέρω ἐμαυτὸν εἰς τὴν δημοσίαν ὑπηρεσίαν ἐν Ἀγία Μαύρα καὶ ὡς ἐθελονταὶ προσφέρονται ὁ ἀδελφός μου Αὐγουστῖνος, ὁ νεαρὸς Σπυρίδων Καβάσιλας, ὁ νεώτερος Καραντινός, ὁ νεώτερος Βάρθης· καὶ γνωστοποιῶ ὅτι παρόμοιον αἴσθημα ἀγνῆς φιλοπατρίας ὑπάρχει, διὰ νὰ ὠθῇ περισσοτέρους τοῦ ἐνὸς Κερκυραίους νὰ προσφέρωνται ἐθελοντικῶς ὡς στρατιωτικοὶ ἐκεῖ ὅπου βεβαίως ὁ κίνδυνος καὶ ἡ σπουδαιότης τῆς δημοσίας ἀσφαλείας καθιστοῦν εὐγενεστέραν καὶ ἀξίαν μεγαλυτέρου σεβασμοῦ τὴν ἔντιμον ταύτην πρόθεσιν.
Διὰ τὸν λόγον τοῦτον θὰ παραστήσω εἰς τὴν Ἐξοχωτάτην Γερουσίαν διὰ μέσου τῆς Ὑ. Ἐκλαμπροτάτης Αὐθεντίας ὅπως εἰς τὴν ἀποστολὴν τῆς τακτικῆς δυνάμεως περιληφθοῦν προηγουμένως οἱ ὑπερέχοντες τῶν ἄλλων εἰς τὸ νὰ προσφερθοῦν ἐθελοντικῶς καὶ ὅπως αὐξηθῇ ὁ ἀριθμὸς τῶν ἐθελοντῶν πυροβολητῶν, ὅσον θὰ εἶναι δυνατόν, χωρὶς νὰ παραμελήσῃ τὴν ἀρίστην ἐκλογήν.
Εἰς τὴν λίαν τολμηρὰν προσπάθειαν νὰ δώσωμεν ὑπόστασιν εἰς τὴν συγκέντρωσιν τῆς Ἰονίου στρατιωτικῆς δυνάμεως τὰ πρῶτα ταῦτα μέτρα δύνανται νὰ εῖναι τῆς μεγαλυτέρας σημασίας.
Ἐλπίζω ὅτι δύναμαι νὰ γνωστοποιήσω εἰς τὴν Ἐξοχωτάτην Γερουσίαν ὅτι καὶ εἰς ταύτην εἰσέτι τὴν περίστασιν ἀπὸ τῆς ἰδικῆς μου πλευρᾶς θὰ ἐπιζητηθῇ τὸ ἀνώτατον βραβεῖον τῆς δημοσίας εὐνοίας καὶ τῆς ὑψίστης ἐπιδοκιμασίας της. Ἐκ τούτου προέρχεται ὅτι θὰ θεωρήσω ὡς μεγίστην μου καλοτυχίαν, ἐάν διαρκούσης τῆς ἀποστολῆς μου ταύτης δυνηθῶ νὰ ὑπηρετήσω, χωρὶς νὰ καταφύγω διὰ τὴν παραμονήν μου εἰς τὴν βοήθειαν τῶν δημοσίων οἱκονομικῶν, τὰ ὁποία ἡ Ἐξοχωτάτη Γερουσία μοῦ ἐμπιστεύεται γενναιοφρόνως.
Ἔχω τὴν τιμὴν να διαβεβαιώσω τὴν Ὑ. Ἐκλαμπροτάτην Αὐθ. περὶ τῆς ὑψηλῆς μου ἐκτιμήσεως καὶ ὑπολήψεως.
Ὁ Ἔκτ. Ἐπίτρ. Κόμης ΚΑΠΟΔΙΣΤΡΙΑΣ
Αρχείο Ιωάννου Καποδίστρια, τόμ. Β’
Με την ρωσική κάλυψη και προστασία ο Καποδίστριας οργάνωσε στη Λευκάδα μυστική συνέλευση των κλεφτών και των αρματολών που είχαν καταφύγει εκεί. Ο Κατσαντώνης αναγνωρίστηκε ως γενικός αρχηγός των κλεφτών της Δυτικής Ελλάδας. Τα Επτάνησα έγιναν λίκνο για τον σχεδιαζόμενο ξεσηκωμό. Οι Έλληνες που είχαν καταφύγει εκεί διδάχθηκαν στρατιωτικές αρχές και έμαθαν να κινούνται συνωμοτικά και μυστικά. Οι μυστικές εταιρείες που αναπτύσσονταν τότε στην Ευρώπη είχαν σαφείς επιδράσεις από τον τεκτονισμό με εθνικιστικούς αλλά και φιλελεύθερους προσανατολισμούς. Τότε, στην Κέρκυρα υπήρχαν δύο ελληνικές τεκτονικές στοές και το 1810 ο κόμης Διονύσιος Ρώμας κατάφερε να τις ενώσει σε μία. Την ίδια εποχή «μπήκαν» σε αυτήν πολλοί αγωνιστές που αξιοποίησαν τα διδάγματα και τους τύπους της στην οργάνωση μυστικών εταιρειών και κυρίως στη συνωμοτική δράση τους στη Φιλική Εταιρεία.
Το καλοκαίρι του 1807, μετά τις «συνθήκες στο Τιλσίτ (Tilsit)» και τη δεύτερη γαλλική κατοχή, η κυριαρχία του Ναπολέοντα ουσιαστικά κατάργησε το καθεστώς της Επτανήσου Πολιτείας κι ο Καποδίστριας ανακλήθηκε.
Το 1808 μέχρι το 1814, γενικός διοικητής των Ιονίων νήσων με έδρα την Κέρκυρα, ανέλαβε ο Γάλλος στρατηγός Φρανσουά-Ξαβιέ Ντονζελό (François- Xavier Donzelot). Αυτή την εποχή πολλοί Έλληνες οπλαρχηγοί και αγωνιστές που είχαν καταφύγει κυρίως στη Ζάκυνθο, πίστεψαν ότι θα μπορούσαν να ξεσηκωθούν κατά του σουλτάνου, προσδοκώντας στη βοήθεια των Γάλλων του Ναπολέοντα αλλά ακόμα και των δυσαρεστημένων Οθωμανών. Γράφει γι’ αυτή την εποχή ο Κολοκοτρώνης:
« […] Απεφασίσαμεν να υπάγωμε εις το Παρίσι δια να εύρωμε τον Βοναπάρτε, και επήγαμε εις τους Κορφούς· και ο τότε γενικός διοικητής Δονζελότ μας εμπόδισε λέγωντάς μας, ότι μείνετε εδώ και εγώ γράφω και θέλετε έχει απόκρισιν, μόνον ημείς να κάμωμε το σχέδιο, έως ότου να έλθη η απάντησις του αυτοκράτορος. Το σχέδιο οπού εκάμαμε με τον Δονζελότ ήτον το ακόλουθο· να μας δώση 500 κανονιέρους με φουστανέλαις ενδυμένους, 5.000 Έλληνες οπού ευρίσκοντο εις την γαλλικήν δούλευσι. Και μας έδωσε γρόσια δια να στρατολογήσωμεν εις την Τσαμουριά, οπού ήσαν εχθροί του Αλή πασά. Επεράσαμεν εις την Τσαμουριά, και εκάμαμε 3.000 μισθωτούς Τσάμιδες, και ήλθαμεν εις την Πράγα, και τους εμβαρκάραμε δια την Αγία Μαύρα και Ζάκυνθο. Επέρασαμε 600 εις την Αγία Μαύρα. Τον αυτόν καιρόν εις τα 9 (σημ. 1809) ήλθανε οι Άγγλοι εις την Ζάκυνθο, τους δε Φραντζέζους τους έστειλαν εις τους Κορφούς, τους δε Έλληνας έως 400 τους έβαλαν εις τα καράβια πριζονιέριδες (σημ. αιχμαλώτους). Επήραν και την Κεφαλλονιά, Θιάκι, και Τσιρίγο, και έκαμαν το ίδιο. Έλαβε από τον αρχιστράτηγο των Άγγλων, όπου ήτον εις το Παλέρμο, ο γκενεράλ Οσβάλ διαταγή να λάβει εις δούλευσιν όλους τους Έλληνας και επί κεφαλής ο Τζούρτζ, όστις ήτον τότε ταγματάρχης. Ημείς αφού είδαμεν ότι ήλθαν οι Άγγλοι εις τα νησιά, εγράψαμεν ‘ς την Πράγα να μην έλθουν πλέον στρατεύματα, διατί το σχέδιο εχάλασε με την παρησία των Άγγλων. Το σχέδιον ήτον, ότι όλα τα κάστρα της Μεσσηνίας, της Πάτρας, της Μονεμβασίας, άμα εβγούμε να κηρυχθούν υπέρ ημών· και ήλθαν όλοι οι Τούρκοι και Ρωμαίοι οι σημαντικοί και ωμίλησαν εις την Ζάκυνθο, να κάμωμε μία κυβέρνησι συνθεμένη από 12 Τούρκους και 12 Έλληνας να κυβερνούν τον λαόν. Οι Τούρκοι επίσης να καταδικάζωνται καθώς και οι Έλληνες· τους νόμους τους είχαμε εγγράφους εις τους Κορφούς από τον Δονζελότ. Η σημαία μας από το ένα μέρος το φεγγάρι, και από το άλλο το σταυρό· και το σχέδιό μας ήταν, άμα επατούσαμε τον Μωρέα να κάμωμε αναφοραίς εις τον σουλτάνο και να του λέγωμεν, ότι ημείς δεν αποστατήσαμεν εναντίον σου, πλήν εναντίον του τυράννου του Βελή πασά. Και ο Δονζελότ ηκούετο με τον Σεμπαστιάνη πρέσβυν εις την Κωνσταντινούπολιν, ώστε να εμποδίσουν τον σουλτάνο δια κάθε κίνημα. Ο μυστικός μου σκοπός, αφού εμβαίναμε και επιάναμε όλα τα φρούρια, τότε εκάμναμε εθνικώτερο, και εχαλούσαμε τους Τούρκους. Αι περιστάσεις ήθελαν με οδηγήσει τι έμελλα να κάμω. Εις το σχέδιόν μας ήτον, ότι αν μας κάμει χρεία να εβγάνωμε έως 15.000 Επτανησίους. Δια τρεις ημέραις και νύκταις εγώ, ο Αλή Φαρμάκης, και ο Δονζελότ με ένα γραμματικό εκάμαμε το σχέδιο αυτό, και προετοιμάσαμεν όσα έμελλαν να γείνουν[…]»
Θ. Κολοκοτρώνη: Διήγησις συμβάντων της Ελληνικής Φυλής, σελ. 37-38.
Το 1809, η προοδευτική εκδίωξη των Γάλλων και η κατάληψη των νησιών από την Αγγλία απέφεραν ένα «Προσωρινό Σχέδιο της Κυβερνήσεως των Κυθήρων». Τότε ο Κολοκοτρώνης μπήκε στον αγγλικό στρατό και πολέμησε εναντίον των Γάλλων για την κατάληψη της Λευκάδας. Οι υπηρεσίες του ανταμείφθηκαν και του απονεμήθηκε ο βαθμός του ταγματάρχη. Εκεί γνώρισε την στρατιωτική οργάνωση και την διοίκηση στρατιωτών. Έμεινε στη Ζάκυνθο υπηρετώντας στον αγγλικό στρατό μέχρι το 1817 και στη συνέχεια ασχολήθηκε με το ζωεμπόριο. Το καλοκαίρι του 1820 διορίστηκε από την ηγεσία της Φιλικής Εταιρείας, αρχηγός των πελοποννησιακών στρατευμάτων. Αφού διεκπεραίωσε τις εκκρεμότητές του στα Επτάνησα, στις 06 Ιανουαρίου 1821 πέρασε στη Μάνη.
Μετά την επιβολή από το «σύμφωνο των Παρισίων» (1815) της βρετανικής προστασίας στα Επτάνησα, το 1817 επιβλήθηκε από τον «Λόρδο Ύπατο Αρμοστή των Ιονίων Νήσων» Thomas Maitland, το «Σύνταγμα των Ηνωμένων Κρατών των Ιονίων Νήσων». Το σύνταγμα του εγκατεστημένου στην Κέρκυρα «King Tom», όπως αποκαλούσαν σκωπτικά οι ντόπιοι τον Maitland, αποσκοπούσε στην καταπολέμηση της εθνικής συνείδησης των Επτανησίων, ήταν ανελεύθερο και δημιούργησε πλήθος αντιδράσεων. Η στάση του με τη δήμευση των περιουσιών, τον διωγμό των κατοίκων και το ξεπούλημα της Πάργας στον Αλή-πασά ήταν ανθελληνική και σαφώς εχθρική στην Ελληνική Επανάσταση. Μετά τον θάνατο του Maitland το 1824, τον διαδέχθηκε ο sir Frederick Adam, ο οποίος σε αυτή την κρίσιμη καμπή του ξεσηκωμού, εξυπηρετώντας φυσικά τα αγγλικά συμφέροντα και μετά την «πράξη υποτέλειας – έκκληση προστασίας» της Ελλάδας προς τη Βρετανία το καλοκαίρι του 1824, έδειξε φιλελληνική στάση. Ουσιαστικά όμως ο Adam ήταν το φερέφωνο της βρετανικής κυβέρνησης και ασκούσε σημαντική επιρροή στην επιτροπή της Ζακύνθου αλλά και στους επαναστατημένους αγγλόφιλους.
