Το 1823 ο εθνικοαπελευθερωτικός Αγώνας των Ελλήνων εναντίον των Τούρκων προχωρούσε, και οι ανάγκες για χρήματα αυξάνονταν. Η τότε κυβέρνηση για την εξεύρεση χρημάτων, προέβη και στην εφαρμογή της φορολογίας, της λεγομένης δεκάτης. Οι κάτοικοι των νήσων των Κυκλάδων, Καθολικοί πολλοί στο θρήσκευμα, αντιδρούσαν στην πληρωμή των φόρων και μάλιστα το καλοκαίρι του 1823 δημιουργήθηκαν στις Κυκλάδες επεισόδια με την ανάμιξη των ξένων προξένων.
Ως Υπουργός των Εσωτερικών ο Παπαφλέσσας αποστέλλει εγκύκλιο-διαταγή στους Έλληνες πιστούς της Δυτικής Χριστιανικής Εκκλησίας δίνοντάς τους συμβουλές και εντολές ονομάζοντάς τους: «Έλληνας της Δυτικής Εκκλησίας».
Έχει βαρύνουσα σημασία ο λόγος του γιατί ο Γρηγόριος Δικαίος-Φλέσσας είναι μοναχός της Ορθοδόξου Ανατολικής Εκκλησίας και Αρχιμανδρίτης, μάλιστα είχε επαφές με πολλούς άλλους κληρικούς του Οικουμενικού Πατριαρχείου, επηρεαζόμενος και επηρεάζον διάφορα εκκλησιαστικά θέματα. Εύστροφος διάνοια, οξύς χαρακτήρας, φύση αγέρωγη, δεν ήταν δυνατόν να δεχτεί καμιά καταπίεση, τόσο για τον ίδιο, όσο και για τον κάθε συνάνθρωπό του.
Ο Αρχιμανδρίτης Γρηγόριος θεωρεί τους πολίτες ισοτίμους έναντι στον νόμο ανεξαρτήτως των δογματικών τους πεποιθήσεων και επιθυμεί ένα έθνος, «το οποίον να διοικήται από νόμους επιτάττοντας την ισονομίαν και να θεωρή όλους τους εις την Ελλάδα γεννηθέντας Έλληνας, και τους της Ανατολικής και τους της Δυτικής Εκκλησίας, και εν γένει όλους τους πιστεύοντας εις Χριστόν, ως ίδια του μέλη».
Σε πρακτικό επίπεδο ο Παπαφλέσσας, ως Υπουργός Εσωτερικών βεβαιώνει τους Έλληνες καθολικούς χριστιανούς, ότι έχουν τα ίδια δικαιώματα και φυσικά υποχρεώσεις με τους Έλληνες ορθοδόξους, έναντι στο κράτος
Η ενότητα στο Έθνος προκύπτει για τον Παπαφλέσσα, όταν δεν υπάρχουν θρησκευτικές αντιπαλότητες. Όταν, υπάρχουν οι όποιες αντιπαλότητες τότε, υπάρχει διχασμός και δεν μπορεί να υπάρξει ευνομούμενη πολιτεία, «δεν συγχωρούσι ποτέ εις κανέν Έθνος μόνον δια θρησκευτικάς διαφοράς να είναι διηρημένον».
Τα πολιτισμένα κράτη δεν ταυτίζουν τη θρησκεία με το Έθνος, ούτε με το κράτος, σε αντίθεση με τα λεγόμενα βάρβαρα, τα οποία εξαιτίας και των μικρών θρησκευτικών διαφορών είναι διαιρεμένα. «Μόνα τα βάρβαρα έθνη ταυτίζουν την θρησκείαν με τον εθνισμόν, και δια τούτο μικρά μόνη διαφορά θρησκευτική είναι ικανή να διαιρέση έν Έθνος».
Για τον Παπαφλέσσα η ύπαρξη ενός Έθνους δεν έχει θεμέλιο τις θρησκευτικές πεποιθήσεις, αλλά έχει στηρίγματα τα κοινά συμφέροντα όλων των πολιτών, συμφέροντα, «τα όποια άλλοι δεσμοί συνέχουσι και κρατούσιν εις έν όλον το Έθνος».
Το κείμενο του Παπαφλέσσα αποτελεί κήρυγμα ενότητος, αλλά και μάθημα σε όσους πιστεύουν ότι πατριώτες πρέπει να είναι μόνο οι πιστοί της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Για τον μπουρλοτιέρη των ψυχών πατριώτες είναι, όλοι οι κατοικούντες στον ελληνικό χώρο, ανεξαρτήτως δογμάτων και το κράτος οφείλει να διαλέγεται με όλους.
Ο Παπαφλέσσας δεν διακατέχεται από το φοβικό σύνδρομο, το οποίο χαρακτηρίζει πολλούς σήμερα, αυτό της άρνησης του διαλόγου με τους χριστιανούς Καθολικούς.
Σήμερα, που πολλοί ορθόδοξοι πιστοί θεωρούν, κάθε δυτικό ως κάτι κακό και ως πηγή όλων των δεινών, ο Παπαφλέσσας δίνει το παράδειγμα της ενότητος και της συνεργασίας μεταξύ των δύο Εκκλησιών και αυτή η ενότητα θα πρέπει να ξεκινήσει από την Ελλάδα.
