Η τεκτονική πίεση στο ρήγμα της Βόρειας Ανατολίας, που περνά κάτω και από την περιοχή της Κωνσταντινούπολης, συνεχώς αυξάνεται. Οι σεισμοί, που και στο παρελθόν ήταν πολλοί και με μεγάλη ένταση, ήταν ο κύριος εχθρός της βυζαντινής αυτοκρατορίας.
Στη Μεσσηνία, το 356, η Μεθώνη, λόγω πολλών φυσικών καταστροφών και κυρίως ενός ισχυρού σεισμού, εγκαταλείφθηκε. Στην Κωνσταντινούπολη, το 438, καταγράφηκε ένας επίσης καταστροφικός σεισμός. Το μέγεθός του υπολογίζεται σήμερα σε 6,8 Ρίχτερ. Φυσικά, οι σεισμοί αλλά και οι λεηλασίες στη βυζαντινή αυτοκρατορία συνεχίστηκαν στη διαδρομή των αιώνων. Το 467 και το 474 η Μεσσηνία λεηλατήθηκε από τους Βάνδαλους που έφτασαν εκεί από τα παράλια της Αφρικής. Το 526, ακόμα ένας ισχυρότατος σεισμός ισοπέδωσε την Αντιόχεια και άφησε πίσω του διακόσιες πενήντα χιλιάδες νεκρούς. Τον ίδιο χρόνο, ένας νέος σεισμός προκάλεσε την κατάρρευση πολλών κτηρίων και εκκλησιών και στην Κωνσταντινούπολη.
Το 527, ο Ιουστινιανός στέφθηκε αυτοκράτορας και μέχρι το 534 είχε καταφέρει να ανακτήσει μεγάλο μέρος της δυτικής αυτοκρατορίας, μαζί με την ιταλική χερσόνησο και τη Βόρεια Αφρική, έχοντας ταυτόχρονα εξασφαλίσει τα ανατολικά σύνορα του κράτους του. Στη Μεσσηνία, εκτιμώντας τη θέση της Κυπαρισσίας, ενίσχυσε την άμυνά της και φρόντισε το κάστρο της. Ο ανατολικός πύργος του κάστρου, αν και ενισχύθηκε αργότερα από τους Φράγκους, είναι σήμερα γνωστός ως «πύργος του Ιουστινιανού».
Την ίδια εποχή, ακραία καιρικά φαινόμενα και πανδημίες έπληξαν την ανατολική ρωμαϊκή αυτοκρατορία. Από το 535 μέχρι το 536, σοβαρές αλλαγές του καιρού διατάραξαν το κλίμα και οδήγησαν σε ψύξη σχεδόν ολόκληρο το βόρειο ημισφαίριο της γης. Το φαινόμενο περιγράφεται σε πολλά γραπτά αρχεία της εποχής, από τη Δύση μέχρι την Κίνα. Αναφέρονται απόκοσμοι ουρανοί, ισχυρές καλοκαιρινές χιονοπτώσεις και μαζικοί λιμοί. Η κλιματική διαταραχή προκλήθηκε από ένα ηφαιστειακό πέπλο σκόνης στην ατμόσφαιρα, που «σκοτείνιασε» τον ουρανό και ψύχρανε τις εποχές. Το αποτέλεσμα ήταν δραματικό, αφού τον ηφαιστειακό χειμώνα, με την περιορισμένη ηλιοφάνεια, καταστράφηκαν οι καλλιέργειες και ακολούθησαν λιμοί σε όλον τον κόσμο.   
Σήμερα θεωρείται ότι μια ηφαιστειακή έκρηξη σε μεγάλο γεωγραφικό πλάτος, ενδεχομένως στην Ισλανδία ή την Αλάσκα, ήταν αιτία για αυτήν την κλιματική καταστροφή. Αυτή η θεωρία στηρίζεται σε μια μελέτη που δημοσιεύθηκε στο επιστημονικό περιοδικό Geophysical Research Letters, το 2008. Η μελέτη αναφέρει ότι βρέθηκαν τεράστια αποθέματα θειικών αλάτων σε δείγματα πάγου αυτής της περιόδου, στη Γροιλανδία αλλά και την Ανταρκτική. Επίσης το 539 ή 540 εξερράγη και το ηφαίστειο Ilopango, κοντά στο σημερινό Σαν Αντρές, στο Ελ Σαλβαδόρ. Αυτό ήταν το μεγαλύτερο ηφαιστειακό γεγονός στην Κεντρική Αμερική τα τελευταία 10.000 χρόνια, γνωστό ως η έκρηξη Tierra Blanca Joven (TBJ), κάτι που έφερε και δεύτερο πλήγμα στο κλίμα, παρατείνοντας το φαινόμενο της παγκόσμιας ψύξης. Υπολογίζεται ότι τότε η παγκόσμια θερμοκρασία «έπεσε» κατά ακόμα δυο βαθμούς Κελσίου.
Και δεν έφτανε όλη αυτή η συμφορά. Η εξασθένηση των οικοσυστημάτων ενδεχομένως συνέβαλε στην εξάπλωση μιας από τις φονικότερες πανδημίες στην Ιστορία. Ήταν η πανώλη.
«Ὑπὸ δὲ τοὺς χρόνους τούτους λοιμὸς γέγονεν, ἐξ οὗ δὴ ἅπαντα ὀλίγου ἐδέησε τὰ ἀνθρώπεια ἐξίτηλα εἶναι. ἅπασι μὲν οὖν τοῖς ἐξ οὐρανοῦ ἐπισκήπτουσιν ἴσως ἂν καὶ λέγοιτό τις ὑπ' ἀνδρῶν τολμηρῶν αἰτίου λόγος, οἷα πολλὰ φιλοῦσιν οἱ ταῦτα δεινοὶ αἰτίας τερατεύεσθαι οὐδαμῆ ἀνθρώπῳ καταληπτὰς οὔσας, φυσιολογίας τε ἀναπλάσσειν ὑπερορίους, ἐξεπιστάμενοι μὲν ὡς λέγουσιν οὐδὲν ὑγιὲς, ἀποχρῆν δὲ ἡγούμενοι σφίσιν, ἤν γε τῶν ἐντυγχανόντων τινὰς τῷ λόγῳ    ἐξαπατήσαντες πείσωσι»
Αυτό είναι το προοίμιο της περιγραφής της «Ιουστινιάνειας πανώλης» από τον ιστορικό Προκόπιο. Μιας πανδημίας, που αποδεκάτισε τον πληθυσμό τουλάχιστον της ανατολικής Μεσογείου αλλά και της νότιας Ευρώπης. Κατά την περίοδο της βασιλείας του Ιουστινιανού (527–565) αυτή η πανδημία της πανώλης έπληξε και την αυτοκρατορία. Έμεινε γνωστή στην Ιστορία ως «ο λοιμός του Ιουστινιανού» (541–542). Η πανώλη εκδηλώθηκε σε διαδοχικά κύματα μεταξύ του έκτου και του όγδοου αιώνα. Η τελευταία εμφάνισή της έγινε το 750, ενώ δεν ξαναεμφανίστηκε στην Ευρώπη μέχρι την πανδημία του 1347.
Σύμφωνα με τον Προκόπιο, η πανώλη εμφανίστηκε αρχικά στο Πηλούσιο της Αιγύπτου, μια πόλη ανατολικά του σημερινού Πόρτ Σάιντ:
«…Ἤρξατο µὲν ἐξ Αἰγυπτίων οἳ ᾤκηνται ἐν Πηλουσίῳ…»
και από εκεί, πολύ σύντομα, επεκτάθηκε σε όλον τον τότε γνωστό κόσμο, όπως στην αυτοκρατορία των Σασσανιδών στα ανατολικά και τις παραθαλάσσιες πόλεις της Μεσογείου. Η πανδημία ήταν μια από τις μεγαλύτερες «πληγές» στην Ιστορία, αφού στην πρώτη εμφάνισή της προκάλεσε τον θάνατο περίπου είκοσι πέντε εκατομμυρίων ανθρώπων. Τους επόμενους δύο αιώνες, οι απώλειες διπλασιάστηκαν:
«…πᾶσαν γῆν ἐπινεµηθήσης…. …ἀλλὰ περιεβάλλετο µὲν τὴν γῆν ξύµπασαν….    …πάσαν δέ τήν οικουµένην διέδραµε…. …βίους δὲ ἀνθρώπων ἅπαντας ἔβλαψε….    …πόλεις ἐπί τοσούτον κατεσχέθησαν ἄχρι καί τοῦ παντάπασι κενάς οἰκητόρων γενέσθαι….    …κεναί τῶν οἰκητόρων ἐγένοντο….      …τούτῳ µέντοι τῷ κακῷ πρόφασίν τινα ἢ λόγῳ εἰπεῖν ἢ διανοίᾳ λογίσασθαι µηχανή τις οὐδεµία ἐστὶ…».
Μετά από έναν χρόνο, τον Απρίλιο του 542, η πανδημία έφτασε και στην Κωνσταντινούπολη και παρέμεινε για τέσσερις μήνες, μέχρι τον Αύγουστο:
«….Ἡ μὲν οὖν νόσος ἐν Βυζαντίῳ ἐς τέσσαρας διῆλθε μῆνας, ἤκμασε δὲ ἐν τρισὶ μάλιστα. καὶ κατ’ ἀρχὰς μὲν ἔθνησκον τῶν εἰωθότων ὀλίγῳ πλείους, εἶτα ἔτι μᾶλλον τὸ κακὸν ᾔρετο, μετὰ δὲ ἐς πεντακισχιλίους ἡμέρᾳ ἑκάστῃ ἐξικνεῖτο τὸ τῶν νεκρῶν μέτρον, καὶ αὖ πάλιν ἐς μυρίους τε καὶ τούτων ἔτι πλείους ἦλθε.…»
Έπληξε δε και τον αυτοκράτορα:
«…καὶ αὐτῷ γὰρ ξυνέπεσε βουβῶνα ἐπῆρθαι…. …βασιλεί δέ Ιουστινιανώ χαλεπώτατα νοσήσαι ξυνέβη…»
Ο φόβος του θανάτου του Ιουστινιανού απλώθηκε παντού και ξεκίνησε το θέμα της διαδοχής του.
«…ώστε ἐλέγετο ότι ἀπολώλει…»
Τόσο βαρειά ήταν ο αυτοκράτορας, ώστε και οι γιατροί στο «Μέγα Παλάτιον» τον εγκατέλειψαν, πιστεύοντας ότι σύντομα θα είναι νεκρός:
«…ὅτι δή ἀποθάνοι, πρός τέ τῶν ἰατρῶν ἀπολελειµµένον ἀτέ δέ ἐν νεκροῖς κείµενον…».
Τελικά ο αυτοκράτορας απέφυγε το μοιραίο και ανάρρωσε.
Σήμερα πιστεύεται ότι εκείνη η πανδημία ξεκίνησε από την Κίνα, έφτασε στην περσική αυτοκρατορία, την Αίγυπτο κι από εκεί, με πλοία που μετέφεραν σιτηρά, έφτασε στην Κωνσταντινούπολη για να εξαπλωθεί σχεδόν αμέσως σε ολόκληρη τη Μεσόγειο και την Ευρώπη.
Ακολούθησαν πολλοί σεισμοί, συνηθισμένοι για την ανατολική Μεσόγειο. Τον Δεκαπενταύγουστο του 553 μεγάλος σεισμός έπληξε την Κωνσταντινούπολη και κατέστρεψε και πολλές άλλες ελληνικές πόλεις. Ο Θεοφάνης στη «Χρονογραφία» του αναφέρει:
«Τούτῳ τῷ ἔτει μηνὶ Αὐγούστῳ ιεʹ, ἰνδικτιῶνος βʹ, ὥρᾳ μεσονυκτίου, διαφαυούσης κυριακῆς, ἐγένετο σεισμὸς φοβερός, ὥστε παθεῖν οἴκους πολλοὺς καὶ λουτρὰ καὶ ἐκκλησίας καὶ μέρος τῶν τειχῶν Κωνσταντινουπόλεως, μάλιστα τὸ τῆς Χρυσῆς πόρτης· καὶ πολλοὶ ἀπέθανον. Πέπτωκε δὲ καὶ Νικομηδείας μέρος πολύ. ’Επεκράτησε δὲ ὁ αὐτὸς σεισμὸς ἡμέρας μʹ. Καὶ πρὸς ὀλίγον οἱ ἄνθρωποι κατενύγησαν λιτανεύοντες καὶ προσεδρεύοντες καὶ εἰς τὰς ἐκκλησίας μένοντες, καὶ πάλιν φιλανθρωπίας θεοῦ γενομένης ἐπὶ τὸ χεῖρον γεγόνασιν. Γίνεται δὲ ἡ μνήμη τοῦ σεισμοῦ τούτου κατ' ἔτος ἐν τῷ Κάμπῳ, λιτανεύοντος τοῦ λαοῦ. Οἱ δὲ Λαζοὶ ἀθετήσαντες Ῥωμαίους διὰ τὰς Ἰωάννου τοῦ ἄρχοντος αὐτῶν φιλαργυρίας καὶ ἀδικίας καὶ πρὸς Πέρσας αὐτομολήσαντες πάλιν τῷ χρόνῳ τούτῳ τοῖς Ῥωμαίοις προσερρύησαν, καὶ τὴν Πέτραν τὸ φρούριον παρέλαβον οἱ Ῥωμαῖοι καὶ τοὺς Πέρσας ἀπήλασαν».
Ο χρονογράφος Θεοφάνης γεννήθηκε το 760. Συμμετείχε στις εργασίες της έβδομης Οικουμενικής Συνόδου, στην Νίκαια. Ήταν εικονόφιλος μοναχός και παράλληλα με τα καθήκοντα του ασχολήθηκε με τη συγγραφή. Από το 811 μέχρι το 814 έγραψε τη «Χρονογραφία», ένα έργο που αποτελεί την κύρια ιστορική πηγή για μια περίοδο πεντακοσίων είκοσι οκτώ ετών, όπου τα σπουδαιότερα γεγονότα παρατίθενται ανά έτος. Ο Θεοφάνης πέθανε το 817 στη Σαμοθράκη.
Και ο Βυζαντινός χρονογράφος από την Αντιόχεια, Ιωάννης Μαλάλας ή Μαλέλας (περ. 491 - 578) στη δική του «Χρονογραφία», περιγράφει:
«….Τὴν 15η Αὐγούστου 553 σεισμὸς διαρκέσας ἐπὶ τεσσαράκοντα ἡμέρας ἐπήνεγκε πολλὰς ζημίας ἐν Κωνσταντινουπόλει καὶ Κῷ καὶ κατηφάνισε πολλὰς πόλεις τῆς Ἑλλάδος. Πολλὰ σημεῖα ἐν τῷ οὐρανῷ...».
(Μαλάλας 486, 26.)
Ο δὲ Προκόπιος περιγράφει τις καταστροφές:
«Ἐν τούτῳ δὲ τῷ χρόνῳ σεισμοὶ κατὰ τὴν Ἑλλάδα ἐπιπεσόντες ἐξαίσιοι τήν τε Βοιωτίαν καὶ Ἀχαΐαν καὶ τὰ περὶ κόλπον τὸν Κρισσαῖον κατέσεισαν, καὶ χωρία μὲν ἀνάριθμα, πόλεις δὲ ὀκτὼ ἐς ἔδαφος καθεῖλον, ἐν ταῖς Χαιρώνειά τε καὶ Κορώνεια, καὶ Πάτραι, καὶ Ναύπακτος ὅλη, ἔνθα δὴ καὶ φόνος γέγονεν ἀνθρώπων πολύς, καὶ χάος δὲ τῆς γῆς πολλαχῇ ἀποσχεσθείσης γεγένηται· τὰ δὲ διαιρεθέντα ἔνια σχίσματα μὲν αὖθις ἐς ταὐτὸ ξενιόντα τὸ πρότερον τῇ γῆ σχίσμα τε καὶ εἶδος ἀπέδωκεν, ἔστι δὲ οὗ καὶ διεστηκότα μεμένηκεν· ὥστε οὐδὲ ἀλλήλοις ἐπιμίγνυσθαι οἱ τῇδε ἄνθρωποι εἰσὶ δυνατοί, ὅτι μὴ περιόδοις πολλαῖς χρώμενοι· ἐν δέ γε τῷ πορθμῶ, ὅνπερ μεταξὺ Θεσσαλίας καὶ Βοιωτίας ξυμβαίνει εἶναι…»
(Προκόπιος, Γοτθ. IV, 25)
Αφού από το τέλος του 4ου αιώνα, ο πληθυσμός της Πελοποννήσου είχε μειωθεί κατά το ένα τρίτο του, ήταν φυσική η εγκατάσταση ξένων πληθυσμών στις άδειες από κατοίκους περιοχές. Σε πολλές περιπτώσεις οι νεοφερμένοι έφτασαν μέχρι και στον εκτοπισμό των γηγενών. Κάτι τέτοιο έγινε και στην Κορώνη, που είχε θεμελιωθεί από τους Θηβαίους το 365 π.Χ. στη θέση της αρχαίας Αίπειας, στο σημερινό Πεταλίδι. Τον 5ο – 6ο αιώνα, μετά τη μαζική κάθοδο σλαβικών φυλών στην Πελοπόννησο, οι κάτοικοι της Κορώνης εκτοπίσθηκαν στο πλάτωμα της αρχαίας Ασίνης που, μετά τον εποικισμό, μετονομάστηκε σε Κορώνη.
Μετά το 565 η Μεσσηνία ήταν τμήμα της επαρχίας του Ιλλυρικού. Αυτή η βυζαντινή επαρχία κάλυπτε την περιοχή από τη Δαλματία μέχρι την Κρήτη και περιλάμβανε τη σημερινή Σερβία, την Αλβανία και την Ελλάδα. Στο τέλος του 6ου αιώνα, την εποχή της βασιλείας του Ηράκλειου, η Μεσσηνία ήταν τμήμα της επαρχίας Αχαΐας, με πρωτεύουσα την Κόρινθο.
Η επίλυση των πολλών και σύνθετων προβλημάτων, που απέρρεαν από τις φυσικές καταστροφές και την πανδημία, στην τεράστια έκταση της αυτοκρατορίας δεν επέτρεψε στους βυζαντινούς να αντιληφθούν τις φυλετικές και εθνολογικές μεταβολές που είχαν συμβεί πέρα από τον Δούναβη. Μετά τον θάνατο του Αττίλα το 453, το «κράτος» των Ούννων έδωσε τη θέση του στους βαρβαρικούς λαούς που μπήκαν υπό την καθοδήγηση των Οστρογότθων και άλλων γερμανικών φύλων, όπως των Λογγοβάρδων και των Έρουλων. Δίπλα σε αυτούς ζούσαν ασύντακτα πολυπληθή σλαβικά φύλα, οι Σκλαβηνοί ή Σλάβοι που η έλλειψη οργάνωσης δεν τους επέτρεψε όμως να σχηματίσουν κάποιο κράτος.   
Την πρώιμη υποτυπώδη οργάνωσή τους περιγράφει ο Προκόπιος:
«Τα γαρ έθνη ταύτα, Σκλαβηνοί τε και Άνται, ουκ άρχονται προς ανδρός ενός, αλλ’ εν δημοκρατία βιοτεύουσι και δια τούτο αυτοίς των πραγμάτων αεί τα τε ξύμφορα και τα δύσκολα ες κοινόν άγεται».
Τον 6ο και τον 7ο αιώνα, η εισβολή και εγκατάσταση προσφυγικών πληθυσμών στα εδάφη της αυτοκρατορίας άλλαξαν την πληθυσμιακή σύστασή της. Στα βόρεια της ιταλικής χερσονήσου, το 568, εγκαταστάθηκαν οι Λογγοβάρδοι, ένας Γερμανικός λαός που επιβλήθηκε και κυβέρνησε την περιοχή μέχρι το 774. Περίπου την ίδια εποχή, στις αρχές του έβδομου αιώνα, οι Σκλαβηνοί ή Σλάβοι, μετά την κάθοδό τους στην ελληνική χερσόνησο, απέσπασαν και προσάρτησαν και τη βορειοδυτική και βόρεια βαλκανική. Το 642 οι Άραβες απέσπασαν κι αυτοί από την ανατολική Ρωμαϊκή αυτοκρατορία τη Συρία, την Παλαιστίνη την Αίγυπτο και όλες τις κτήσεις της στη βόρεια Αφρική. Στα μέσα του έβδομου αιώνα, γύρω στο 668, εγκαταστάθηκαν νότια του Δούναβη και οι Βούλγαροι του Χαν Ασπαρούχ (ή Ισπερίχ) που το 680 ίδρυσαν το πρώτο «Βουλγάρικο Βασίλειο».
Παράλληλα στην περιοχή είχε αναπτυχθεί ακόμα η βορειοανατολική, καυκάσια εθνοτική ομάδα, οι    Άβαροι, που ενώ είχαν συγκροτήσει κράτος, οι Γαλάζιοι Τούρκοι θεωρούσαν ότι ήταν υποτελείς τους. Οι Άβαροι επιτέθηκαν στο Βυζάντιο το 570, αλλά ο στρατηγός Τιβέριος Β΄ τους    νίκησε στην Θράκη. Το 574 όμως, η βυζαντινή αυτοκρατορία αναγκάστηκε να συνθηκολογήσει. Οι Σλάβοι υποτάχθηκαν από τους Άβαρους το 576 μ.Χ. και οι επιδρομές τους στον ελλαδικό χώρο ήταν πλέον κοινές. Στα τέλη του 583, Άβαροι και Σλάβοι πέρασαν τις Θερμοπύλες, λεηλάτησαν τη Βοιωτία και τα Χριστούγεννα της επόμενης χρονιάς, αφού παρέκαμψαν τον Ακροκόρινθο, μπήκαν στην Πελοπόννησο. Είχαν προηγηθεί λεηλασίες και εξανδραποδισμοί στην Κόρινθο και ακολούθησαν τα ίδια στην Πάτρα, την Ηλεία, την Αργολίδα, την Αρκαδία και τη Λακωνία. Οι Άβαροι τελικά έφτασαν μέχρι το Ναβαρίνο, επί αυτοκράτορα Μαυρικίου (582-602) και παρέμειναν στην περιοχή μέχρι την κάθοδο του Λέοντα του Σκληρού στην Πελοπόννησο το 811 μ.Χ., επί αυτοκράτορα Μιχαήλ A' Ραγκαβέ, όταν και καθυποτάχθηκαν:
«συμβαλών τω Σθλαβιανών έθνει πολεμικώς είλε τε και ηφάνισε εις τέλος και τοις αρχήθεν οικήτορσιν αποκαταστήναι τα οικεία παρέσχεν»
(Χρονικό: «Περί της κτίσεως της Μονεμβασίας»).
Η ονομασία Ναβαρίνο θα πρέπει να αποδοθεί στους Άβαρους που ως μια αυτόνομη ομάδα, το κρατίδιο του όρμου του Κορυφασίου, παρέμειναν στην περιοχή, για δυόμισι περίπου αιώνες. Ο Γερμανός ιστορικός Ernst Curtius (‎‎1814 – 1896) αναφέρει:
«Σύμφωνα με σαφέστατη μαρτυρία, διακόσια δέκα οκτώ χρόνια, από το 589 ως 807, υπήρχε και διατηρήθηκε στην Πελοπόννησο κράτος Αβαρικό, ανεξάρτητο από το βυζαντινό κράτος και απρόσιτο σε κάθε Έλληνα Χριστιανό».
(Πελοπόννησος, τ. Α΄, 91)