Μετά την κατάληψη της Μεθώνης και της Κορώνης από τους Φράγκους, η Βενετία για να μην εγκαταλείψει τα δικαιώματα των εδαφών που είχε αποκτήσει με την partitio, έστειλε το στόλο της το 1207 στη Μεθώνη και στην Κορώνη. Επικεφαλής του στόλου ήταν ο Ruggerio Premarin και ο Renier Dandolo, γιος του υπέργηρου δόγη της Βενετίας Enrico Dandolo που μετά την κατάκτηση, το 1205 πέθανε στην Κωνσταντινούπολη και τάφηκε στον εξώστη της Αγίας Σοφίας. Στόχος των Βενετών ήταν πάντα η εδραίωση της κυριαρχίας τους στα δυο πολύτιμα για εμπορικούς λόγους λιμάνια, που θα τους επέτρεπαν και τον έλεγχο των δρόμων της Ανατολής. O Renier Dandolo μάλιστα, ανέλαβε τα έξοδα για τη συντήρησή τους. Τελικά στη Σαπιέντζα, τον Ιούνιο του 1209, με την ομώνυμη συμφωνία στη Φραγκόβιλα, αναγνωρίστηκε η κυριαρχία της Βενετίας στα ‘Μοθοκόρωνα’, αφού πρώτα παραχωρήθηκε όλος ο υπόλοιπος Μοριάς στους Φράγκους και αυτοί έγιναν υποτελείς του δόγη της Βενετίας.
Όμως σ’ αυτή τη συμφωνία Βενετών και Φράγκων, τον Ιούνιο του 1209, δεν ξεκαθαρίζονται τα όρια των Ενετικών κτήσεων στη Μεσσηνία. Η Βενετία δεν είχε κανένα συμφέρον από την ενδοχώρα, αφού και μόνο η συντήρησή της θα αποτελούσε πρόβλημα γι’ αυτήν. Έτσι κράτησε ‘τις περιοχές’ των δυο πόλεων χωρίς μάλιστα τη χερσαία επικοινωνία τους. Τουλάχιστον στην αρχική φάση, με όρο μάλιστα της συμφωνίας, η επίσημη επικοινωνία Μεθώνης και Κορώνης γινόταν μόνο από τη θάλασσα και οι Φράγκικες κτήσεις μέχρι και το νοτιότερο άκρο της χερσονήσου, στο οχυρό χωριό Γρίζι (το σημερινό Ακριτοχώρι), απαγόρευαν τη μετάβαση από την ξηρά των Καστελλάνων από τη μια πόλη στην άλλη. Και ενώ γενικά είναι αποδεκτό ότι οι Βενετικές κτήσεις στη Μεσσηνία ορίζονταν από μια νοητή γραμμή από τα ανατολικά προς τα δυτικά και από την ‘περιοχή’ της Κορώνης στην ‘περιοχή’ της Μεθώνης, το μόνο σίγουρο σύνορο ήταν στα βορειοδυτικά ο μικρός ποταμός Ξεριάς, που εκβάλλει στη μέση του όρμου του Ναβαρίνου και το νησάκι που βρίσκεται στο κέντρο του (Χελωνάκι). Από εκεί, νοτιοδυτικά, κατευθείαν στο Portus Simari ορίζονταν τα όρια της περιοχής της Μεθώνης ενώ νοτιοανατολικά από το ποτάμι της Λογγάς μέχρι το Portus Sinati ή Sinaci ορίζονταν τα όρια της περιοχής της Κορώνης.
Όμως ποια ήταν τα Portus Simari και Portus Sinati; Το Portus Simari πρέπει να αντιστοιχεί με το Porto Thymari του Γαλλικού χάρτη του 1833, της“Expedition Scientifique de Morée” στην περιοχή της Φοινικούντας. Η υπόθεση ότι το Portus Sinati ήταν ο κόλπος βόρεια της Κορώνης, στη θέση της αρχαίας Ασίνης, δηλαδή ο ‘Ασιναίος κόλπος’, πολύ θα βόλευε την ερμηνεία ότι τα σύνορα των Ενετικών κτήσεων ήταν μια ευθεία γραμμή ανάμεσα στο Ναβαρίνο και σ’ αυτόν, αλλά όμως ‘δυστυχώς’ δεν είναι έτσι. Κι αυτό γιατί απλά τον 13ο αιώνα κανείς δεν ήξερε και φυσικά δεν μπορούσε να αναφέρει τη θέση της αρχαίας Ασίνης και βέβαια του κόλπου της. Η διαδοχική αναφορά στο κείμενο της συνθήκης, των περιοχών των δυο πόλεων, ενισχύει την άποψη ότι οι Βενετικές κτήσεις στη Μεσσηνία δεν ήταν ενιαίες και συνεπώς δεν συνδέονταν από την ξηρά αλλά μόνο από τη θάλασσα.
Αρχικά, επικράτησε η σκέψη της άμεσης κατεδάφισης των οχυρώσεων των δυο πόλεων αλλά τελικά αυτές διατηρήθηκαν αφού οι πόλεις πέρασαν σαν φέουδο στο Renier Dandolo. Αργότερα μεταξύ 1220-30 η Δημοκρατία παραχώρησε τις Πελοποννησιακές κτήσεις της σε ενοικιαστές (affictatores) και τελικά αυτές πέρασαν αργότερα στον άμεσο έλεγχό της. Ο χαρακτηρισμός και η σημασία των οχυρών θέσεων διατυπώθηκε σε αποφάσεις της Συγκλήτου της Βενετίας (1365 και 1375): «τα μάτια της Γαληνοτάτης στην Ανατολή», «oculi comunis capitales», «castra que dici possunt oculus dexter status nostri», «pupila oculi» …
Το 1269, η Σύγκλητος αποφάσισε την οχύρωση του ερειπωμένου κάστρου της Κορώνης και την ανέγερση των οχυρωματικών πύργων το 1283. Το 1292 άρχισε η ανέγερση του οχυρού της Μεθώνης. Μέχρι τότε, είχαν αναπτυχθεί οι φραγκικές κτήσεις στην ενδοχώρα, με μικρά χωριά που διέθεταν τουλάχιστον έναν οχυρό πύργο (casalia cum fortalicio), από την Ίκλαινα και τον Αη-Λιά μέχρι τις Λαχανάδες και το Γρίζι. Έτσι ουσιαστικά τα μικρά φράγκικα οχυρά χωριά χώριζαν τις δυο Βενετικές καστροπολιτείες αφού δεν επέτρεπαν τη χερσαία επικοινωνία τους.
Μετά την ολοκλήρωση των οχυρώσεων, η ευνομία και η καλή διοίκηση (Statuto di Corone e Modone) ανέδειξαν τις δυο μεσσηνιακές Ενετικές κτήσεις σε σημαντικούς εμπορικούς εξαγωγικούς σταθμούς που γνώρισαν μεγάλη ακμή, αφού έγιναν ναυτικοί σταθμοί ανεφοδιασμού και επισκευής των διερχόμενων πλοίων. Εδώ συγκεντρώθηκαν σαν άποικοι ξυλουργοί, σιδεράδες, οπλουργοί, ράφτες, τυχοδιώκτες, εγκληματίες, μισθοφόροι, λιθοτόμοι, αρτοποιοί, έμποροι, μεταξουργοί κ.ά. Όμως μέσα στην ακμή τους τα Μοθοκόρωνα έγιναν γνωστά και για το απάνθρωπο σκλαβοπάζαρο που λειτουργούσε μάλιστα με πιστοποιητικά, συμβόλαια και αποδείξεις από τους νοταρίους του παρεκκλησίου του Castellano.
Μέσα σ’ αυτό το γενικότερο κλίμα ακμής και ευημερίας ωφελήθηκαν και οι Έλληνες κάτοικοι της Μεθώνης που είχαν καταφέρει να συστήσουν και αδελφότητα (fratalea) με αρκετή μάλιστα δύναμη, ενώ στο τέλος της Ενετοκρατίας οι φρουροί του κάστρου ήταν σχεδόν αποκλειστικά Έλληνες. Ανάλογα και στην Κορώνη, ο ορθόδοξος Έλληνας Επίσκοπος κατοικούσε μέσα στο κάστρο της και κοντά σ’ αυτόν καθημερινά υπήρχε συγκεντρωμένο ένα πλήθος Ελλήνων.
Το σύνολο των Ελλήνων ανήκε στην τάξη των villani και ήταν υποχρεωμένοι να καταβάλουν τρεις κύριους φόρους: το ‘καπνικό’, ‘το αερικό’ και το ‘zovatico’. Το κυριότερο όμως στοιχείο που επέτρεψε τη διατήρηση της ηρεμίας στα Μοθοκόρωνα ήταν και η διατήρηση των Ελλήνων Ορθοδόξων Επισκόπων μαζί με τους Καθολικούς. Έτσι δεν οξύνθηκαν οι θρησκευτικές διαφορές και τα πάθη και η ανοχή έφερε ένα ικανοποιητικό επίπεδο συνεργασίας.
Σχεδόν δύο αιώνες μετά τη συμφωνία στη Σαπιέντζα, μετά τις δραματικές μεταβολές που έφερε ο 14ος αιώνας με την παρακμή του Πριγκιπάτου και την είσοδο διαφόρων άλλων ξένων μειονοτήτων στο Μοριά, η Βενετία αναγκάστηκε να προσαρτήσει και άλλη μια περιοχή του Μοριά στις κτήσεις της, μια περιοχή της Αργολίδας με το Άργος και το Ναύπλιο. Αυτή η περιοχή πουλήθηκε από τη Maria d’ Enghien, χήρα του Βενετού Petro Cornaro, στη Βενετία το 1388. Μετά την αγορά της περιοχής από τη Maria d’ Enghien που την κατείχε σαν φέουδό της αφού ήταν κληρονόμος των la Roche και των Enghien του Δουκάτου των Αθηνών, η Βενετία το 1389 κατέλαβε το Ναύπλιο. Το Άργος που ήδη ανήκε στη Δημοκρατία της Βενετίας, ξαναπαραχωρήθηκε αργότερα σ’ αυτήν, το 1394, από το Δεσπότη Θεόδωρο Α΄ Παλαιολόγο και τους κατοίκους του, που έτσι επεδίωκαν να αποφύγουν τις συνέπειες των αυξανομένων Τουρκικών επιδρομών.
Ένα κομβικό χρονικό σημείο για την οχύρωση πολλών θέσεων κοντά στις μεσσηνιακές κτήσεις της Βενετίας, ήταν ο χειμώνας του 1400-1401. Μέχρι τότε, οι πειρατικές επιδρομές των Τούρκων στα μεσσηνιακά παράλια είχαν προβληματίσει ιδιαίτερα τους καστελλάνους της Μεθώνης και της Κορώνης που ζητούσαν επίμονα βελτίωση των οχυρώσεων. Όμως προηγήθηκε η οχύρωση του Ναυπλίου και του Άργους που βρίσκονταν σε μεγαλύτερο κίνδυνο. Το 1400 ο φιλόδοξος βαρόνος της Αρκαδιάς Centurione II Zaccaria, πήρε Τούρκους μισθοφόρους που όμως συνέχισαν τις πειρατικές επιδρομές στα μεσσηνιακά παράλια. Έτσι η Βενετία έπρεπε να πάρει γρήγορα και δραστικά μέτρα για να προστατέψει τους χωρικούς των μεσσηνιακών κτήσεών της και βέβαια και την περιουσία τους. Διόρισε λοιπόν αξιωματούχους που πήγαν στις δυο αποικίες για να δώσουν άμεση λύση και να τις προστατέψουν από μεγαλύτερες απώλειες ανθρώπινου δυναμικού αλλά και προϊόντων. Έτσι είχαν την εξουσιοδότηση να ξοδέψουν μέχρι 8.000 piccoli για τη βελτίωση της οχύρωσης της Μεθώνης αλλά και για την εξαρχής οχύρωση μερικών παράλιων θέσεων που θα υποδείκνυαν οι τοπικοί φορείς. Προφανώς η περιοχή της Κορώνης ήταν η περισσότερο ευπρόσβλητη και έτσι αποφασίστηκε να ενισχυθούν και εκεί οι οχυρώσεις του κάστρου. Εκτός από αυτά όμως αποφασίστηκε να προστατευθούν και οι αγροτικοί πληθυσμοί με την κατασκευή μικρών οχυρωσεων. Tο καλοκαίρι του 1410, σε λιγότερο από δέκα χρόνια, η Βενετία είχε καταφέρει να ασφαλίσει τους αγρότες της και τα πρϊόντα τους, με ένα δίκτυο μικρών οχυρών στη δυτική ακτή του Μεσσηνιακού.
Ο φόβος από την κάθοδο των Τούρκων, οδήγησε τότε πολλούς τοπικούς Φράγκους ηγεμόνες σε προτάσεις πώλησης των περιοχών τους στη Βενετία. Έτσι αποκτήθηκε η κυριαρχία της Πάτρας από το 1408 μέχρι το 1419, καθώς και των μικρών οχυρών χωριών (casalia cum fortalicio) Γρίζι (Grisi), Μανιατοχώρι (Manticori) και Λαχανάδες (Canatia ή Lacanatia) της επαρχίας Μεθώνης το 1422, μετά από διαπραγματεύσεις με το δεσπότη Θ. Παλαιολόγο. Τότε πρακτικά καταργήθηκε και η απαγόρευση της χερσαίας μετάβασης για του Καστελλάνους από την μια πόλη στην άλλη. Το 1423 αγόρασε το (Παλιο)ναβαρίνο και πήρε μετά από διαπραγματεύσεις με το Φράγκο τοπικό ηγεμόνα Adam de Melpignano και τα κάστρα των Μύλων (Molini ή Molendini), της Ίκλαινας (Nicline ή Nichline) και του Αγίου Ηλία (Sancta Elia ή Helia) στου Χανδρινού.
Οι νέες κτήσεις της Δημοκρατίας απαιτούσαν κυρίως σεβασμό στους αυτόχθονες και διατήρηση των ίδιων κανόνων που ίσχυαν και στη Φραγκική κυριαρχία. Το κύριο πρόβλημα ήταν ότι μετά από τις Τουρκικές επιδρομές και το φόβο που προκάλεσαν, ο πληθυσμός είχε ελαττωθεί σημαντικά. Έτσι, το 1398, ο ποτεστάτος του Ναυπλίου προχώρησε σε μαζική εγκατάσταση Αλβανών στο Άργος και έδωσε κίνητρα και φορολογικές απαλλαγές στους Αργείους που είχαν εγκαταλείψει την περιοχή τους. Ανάλογες απαλλαγές και κίνητρα δόθηκαν σε όλες της κτήσεις της Βενετίας, για την ανάσχεση του Τουρκικού επεκτατισμού στο Μοριά. Ένα επιπλέον πρόβλημα ήταν για την απομακρυσμένη από τις Πελοποννησιακές κτήσεις της Βενετία, η υποχρέωση για ισχυροποίηση των οχυρώσεων των κυρίων πόλεων και βέβαια η έλλειψη ικανού αριθμού στρατιωτών. Η γειτνίαση στο Μοριά των πολυάριθμων Τούρκων, των Βυζαντινών του Δεσποτάτου και των Ενετών κατέληξε σε διαδοχικές υποτέλειες που τελικά οδήγησαν και στην ολοκληρωτική κατάληψη του Μοριά από τους Οθωμανούς. Σίγουρα αυτή η διάσπαση των δυνάμεων της σαφώς εμπορικής ναυτικής Δημοκρατίας αλλά και η πειρατεία ήταν οι κυριότεροι παράγοντες της ήττας της. Η διεθνής κατάσταση που επικρατούσε στη Δύση στο τέλος του 15ου αιώνα περιγράφεται γλαφυρά σε ένα κείμενο του Enea Silvio Piccolomini, του γνωστού Πάπα Πίου (1405-1464):

…« Ο Χριστιανισμός δεν έχει πια μια κεφαλή. Κάθε πόλη και το δικό της βασιλέα. Κι υπάρχουν τόσοι πρίγκιπες όσα και σπίτια. Ποιος θα μπορούσε να πείσει τους αμέτρητους χριστιανούς άρχοντες ν’ αντιμετωπίσουν τον Τούρκο με τα όπλα; Τι συμβαίνει στην Ιταλία; Υπάρχουν ακόμα τα υπολείμματα του πολέμου της Γένοβας και του βασιλιά της Αραγώνος. Οι Γενοβέζοι δεν θα πολεμήσουν τον Τούρκο. Λένε πως θα προτιμήσουν να πληρώνουν φόρο στο σουλτάνο. Στην Ισπανία υπάρχουν πολλοί ηγεμόνες. Στη Γαλλία ο βασιλιάς κατόρθωσε να εκδιώξει τους εχθρούς από τη χώρα του. Αλλά δεν θα τολμήσει να στείλει τους ιππότες του πέρα από τα σύνορα του βασιλείου γιατί φοβάται απόβαση των Άγγλων. Και οι Άγγλοι, το μόνο που σκέπτονται είναι πως θα εκδικηθούν ύστερα από την εκδίωξή τους από το γαλλικό έδαφος. Οι Σκώτοι, οι Δανοί, οι Σουηδοί, οι Νορβηγοί ζουν στην άκρη του κόσμου και είναι απασχολημένοι με τα εσωτερικά τους προβλήματα. Η Γερμανία είναι κατακερματισμένη και καμιά ελπίδα δεν υπάρχει να ενωθεί»…

(Το κείμενο προέρχεται από τον Α΄ τόμο : Ξένοι Ταξιδιώτες στην Ελλάδα του Κυριάκου Σιμόπουλου)

Με την παρουσία του στην κατάληψη της Μεθώνης, στις 9 Αυγούστου του 1500, ο σουλτάνος Bayezit II, σφράγισε το τέλος της βενετικής κυριαρχίας στις πελοποννησιακές κτήσεις της και έκλεισε την Α΄ βενετοκρατία.