Από το 1463 που είχε αρχίσει ο πρώτος βενετοτουρκικός πόλεμος μέχρι τη λήξη του το 1479, οι Οθωμανοί, εκτός από το μεγαλύτερο μέρος της Πελοποννήσου, είχαν καταλάβεικαι τη Λήμνο, την Εύβοια και την Αλβανία.Το 1503, στο τέλος του δεύτερου βενετοτουρκικού πολέμου που είχε αρχίσει το 1499, οι Βενετοί έχασαν τις μεσσηνιακές κτήσεις τους αλλά και κάποια οχυρά στην υπόλοιπη Πελοπόννησο.Η πρώτη τουρκοκρατία αφορούσε πια, μεγάλο μέρος της ελληνικής χερσονήσου.
Την 1η Ιανουαρίου του 1523, το τάγμα των ιπποτών του Αγίου Ιωάννηεγκατέλειψε τη Ρόδο παίρνοντας μαζί του και τέσσερις χιλιάδες, Λατίνους κατοίκους. Τότε ξεκίνησε μια διεθνής προσπάθεια για την ανεύρεση νέας έδρας του τάγματος με τη βοήθεια του πάπα Clement VII και του τότε κυρίαρχου της Ευρώπης, Ισπανού αυτοκράτορα της Γερμανίας, Ιταλιών, Ισπανίας, Σικελιών, Κροατίας κλπ, Karl V Quint (Κάρολου Ε΄). Μετά από μια ανεπιτυχή προσπάθεια για εγκατάσταση των περιπλανώμενων ιπποτών στην Κρήτη και τα Κύθηρα, λόγω της άρνησης της Δημοκρατίας της Βενετίαςαφού ήταν βενετικές κτήσειςκαι μετά τις διαπραγματεύσεις για την οριστική εγκατάσταση του τάγματος στη Μάλτα, έγιναν απέλπιδες προσπάθειες για την ανακατάληψη της Ρόδου. Οι προσπάθειες αυτές οδηγήθηκαν σε οριστικό ναυάγιο τον Αύγουστο του 1529.
Μετά την παραχώρηση, από τον Karl V Quint, της Μάλτας στους ιππότες στις 24 Μαρτίου 1530 και πριν αποφασίσει ο μέγας μάγιστρος την εγκατάσταση του τάγματος εκεί, στο μάτι των ανέστιων ακόμη ιπποτών «μπήκαν» τα μεσσηνιακά παράλια και ειδικότερα οι πρώην βενετικές αποικίες της Μεθώνης και της Κορώνης,τα Μοθοκόρωνα, που κατείχαν πια οι Οθωμανοί. Πρώτος στόχοςτου στόλου των ιπποτών,λόγω της ισχυρής οχύρωσης και της εξαιρετικής θέσης της, έγινεη Μεθώνη. Την αρχηγία της επιχείρησης για την κατάληψή τηςανέλαβε ο διορισμένος από το συμβούλιο των ιπποτών, ναύαρχος-ηγούμενος της Ρώμης, Bernardo Salviati.
Μετά από μεγάλες περιπέτειες, μεταμφιέσεις, κατασκοπικά παιγνίδια και συνωμοσίες, η Μεθώνη καταλήφθηκε από τον ενωμένο χριστιανικό στόλο, για λίγες μόνο ώρες, από το πρωί μέχρι το βράδυ της 3ης Σεπτέμβρη του 1531. Οι τυχοδιώκτες του στόλου του Salviati αποχώρησαναπό τη Μεθώνη φορτωμένοι με πλούσια λάφυρα αφήνοντας τους Έλληνες της Μεθώνης που συνεργάστηκαν μαζί τους, στην εκδικητική μανία των Τούρκων.
Τον επόμενο χρόνο (1532), ο σουλτάνος Suleyman I ο Μεγαλοπρεπής, αφού πρώτα ανακήρυξε τον εαυτό του: «κύριο του κόσμου και σκιά του Θεού επί της γης», εισέβαλε στη Γερμανία και προκάλεσε σε μάχη τον αυτοκράτορα Karl V Quint, τότε κυρίαρχο της Ευρώπης. Τότε, με μια κίνηση αντιπερισπασμού, ο πόλεμος μεταφέρθηκε στον ελληνικό χώρο κι αυτό έγινε αφορμή της γενικότερης ευρωπαϊκής σύρραξης που ακολούθησε.
Ο διορισμένος από τον Karl V Quint, Γενουάτης ναύαρχος Andrea Doria, πρίγκηπας της Melfi της νότιας Ιταλίας, επικεφαλής μεγάλου συμμαχικού στόλου με τη σύμπραξη του Πάπα και του βασιλιά της Αγγλίας Henry VIII (Ερρίκου VIII), κατέπλευσε στα μεσσηνιακά παράλια. Εκεί, μετά από πολεμικό συμβούλιο και την απόρριψη της πρότασης του Bernardo Salviati για νέα προσπάθεια άλωσης της Μεθώνης, αποφασίστηκε η πολιορκία και εκπόρθηση της Κορώνης.
Πράγματι, ο ενωμένος χριστιανικός στόλος απόκλεισε την Κορώνη και αφού αποβίβασε στρατό και πυροβόλα, ξεκίνησεεφόδους κατά του κάστρου.Εκατόν πενήντα πυροβόλα από τη θάλασσα και δεκατέσσερα από την ξηρά προκάλεσαν μεγάλα ρήγματα στα τείχη. Τα βέλη, οι σφαίρες, το βραστό νερό, η φωτιά και η λιωμένη άσφαλτος των πολιορκημένων Τούρκων, δεν κατάφεραν να ανακόψουν την τέταρτη έφοδο των Χριστιανών πολιορκητών. Στις 22 Σεπτεμβρίου του 1532 οι Τούρκοι σήκωσαν λευκή σημαία και ο Andrea Doria έγινε κυρίαρχος του κάστρου της Κορώνης. Η αποχώρηση των τουρκικών οικογενειών έγινε ταυτόχρονα με τη δοξολογία στα τζαμιά που μετατράπηκαν και πάλι σε χριστιανικούς ναούς. Στην κατάληψη της Κορώνης συνέβαλλαν και οι Έλληνες με επικεφαλής τους Θεόδωρο Αγιαποστολίτη, Μιχαήλ Καλόφωνο και Νικόλαο Μαμουνά. Σε αναγνώριση της προσφοράς του Θ. Αγιαποστολίτη, ο αυτοκράτορας Karl V Quint τον ανακήρυξε ιππότη.
Το 1533 μια δραματική σελίδα γράφεται στην Ανδρούσα και το κάστρο της. Μετά την κατάκτηση της Κορώνης, ο Doria εγκατέστησε εκεί φρουρά από δυο χιλιάδες Ισπανούς με διοικητή τον Mentosa και συνέχισε την προσπάθεια για την κατάληψη κι άλλων παραλιακών πόλεων. Οι Τούρκοι όμως πολιόρκησαν την Κορώνη και έτσι ο Doria αναγκάστηκε να επιστρέψει και να τους καταδιώξει μέχρι το Πεταλίδι. Αντικατέστησε τον διοικητή της Κορώνης Mentosa, με τον στρατηγό Rondrigo Maccicao και συνέχισε τις ναυτικές του προσπάθειες στα παράλια του Μοριά. Οι Τούρκοι όμως ξαναπολιόρκησαν την Κορώνη. Ορμητήριό τους ήταν το φρούριο της Ανδρούσας. Ο στρατηγός Maccicao σε μια κίνηση αντιπερισπασμού, άφησε στηνΚορώνη την απαραίτητη φρουρά, με ικανό αριθμό ανδρών κατευθύνθηκε στην Ανδρούσα. Εκεί, οι Τούρκοι είχαν χίλιους γενίτσαρους, χίλιους ιππείς και πολλούς αζάπηδες. Αζάπης (azap) ήταν ο ανύπαντρος αλλά και γηγενής Οθωμανός στρατιώτης. Το στρατιωτικό σώμα των αζάπηδων προϋπήρχε αυτού των γενιτσάρων. Επικεφαλής κάθε επτά ή οκτώ αζάπηδων ήταν ο ρεΐσης (reîs).
Στη μάχη που ακολούθησε έπεσε και ο γενναίος στρατηγός Maccicao, αφού μια σφαίρα τον πέτυχε στο κεφάλι. Οι Ισπανοί,με την καθοδήγηση του Ermosilia, υποχώρησαν. Στην καταδίωξη των Ισπανών από τους Τούρκους, σκοτώθηκε και ο αρχηγός των Τούρκων ιππέων Acomate. Παράδοξα όμως, αυτό και μόνο ήταν ικανό να αναγκάσει τους Τούρκους να εγκαταλείψουν την Ανδρούσα και να μεταφερθούν στο Λεοντάρι. Οι πριν από λίγο καταδιωκόμενοι Ισπανοί επέστρεψαν στην Ανδρούσα, όπου βρήκαν και το κεφάλι του Maccicao μπηγμένο σ’ ένα μακρύ κοντάρι.
Παρά τις προσδοκίες των Ελλήνων, οι Ισπανοί εγκατέλειψαν το έρημο κάστρο της Ανδρούσας, αφού πήραν μαζί τους το κεφάλι του στρατηγού τους. Μετά την αποχώρηση των Ισπανών, οι Ελληνες κάτοικοι της περιοχής υπέστησαν τα πάνδεινα από τους Τούρκους που ξαναγύρισαν στην Ανδρούσα. Η κατοχή έγινε σκληρή και άρχισε η παρακμή. Διώξεις, φόροι, κατατρεγμοί και μαρασμός στην άλλοτε εύρωστη Ανδρούσα.
Η επιθετική πολιτική του σουλτάνου Suleyman I και οι διεθνείς σχέσεις, έφθασαν την Κορώνη το 1534, και πάλι στα χέρια των Τούρκων, παρά τις ως τότε ανδρείες προσπάθειες των Ισπανών υπερασπιστών της καθώς και του Γενουάτη ναυάρχου Andrea Doria. Η πολιορκία των Τούρκων στην Κορώνη τον Αύγουστο του 1533 ήταν τόσο στενή, ώστε οι πολιορκημένοιέφτασαν, από την πείνα, να τρώνεακόμακαι τα υποζύγιά τους.Ο διορισμός του τρομερού πειρατή Barbarossa, βεηλέρμπεη του τουρκικού στόλου και η έξοδός του στη Μεσόγειο το 1534, είχε ως αποτέλεσμα την εγκατάλειψη της Κορώνης, από τον τρομοκρατημένο, αυτοκρατορικό στόλο.
Στην απροστάτευτη πια πόλη, που και το θανατικό από την πανώλη είχε αρχίσει το τρομερό έργο του, ήρθαν και οι Τούρκοι του Suleyman I να ολοκληρώσουν την καταστροφή. Περίπου πέντε χιλιάδες Κορωναίοι κατάφεραν να διαφύγουν με τον χριστιανικό στόλο και να φτάςουν με σικελικά πλοία στο λοιμοκαθαρτήριο της Μεσσήνης,στη νότια Ιταλία.
Την 1η Απριλίου του 1534, οι Τούρκοι έγιναν και πάλι κύριοι του κάστρου της Κορώνηςκαι επέβαλαν αυστηρά μέτρα και περιορισμούςστους Κορωναίους που συνεργάστηκαν με τους Χριστιανούς της Ευρώπης. Η Κορώνη έγινε έδρα πειρατών και αγορά δουλεμπορίου.
Το 1540, περίπου στο τέλος του τρίτου βενετοτουρκικού πολέμου που είχε ξεσπάσει το 1537, τα υπόλοιπα βενετικά οχυρά στην Πελοπόννησο, οι Κυκλάδες εκτός από την Τήνο και οι Σποράδες κατακτήθηκαν από τους Οθωμανούς. Το κάστρο της Καλαμάτας πυρπολήθηκε από τους Βενετούς, για να μην πέσει λειτουργικό στα χέρια των Τούρκων.
Στις 7 Οκτωβρίου του 1571, η φονική πεντάωρη ναυμαχία στη Ναύπακτο (Lepanto), τάραξε το θρυλούμενο αήττητο της αυτοκρατορίας των Οσμανιδών. Ο ιερός αντιτουρκικός συνασπισμός (Sacra Liga Antiturca) Βενετών και Ισπανών με την προτροπή του Πάπα Πίου V, κατάφερε αυτό που φάνταζε ακατόρθωτο. Η χριστιανική αρμάδα υπό το φιλόδοξο Ισπανό πρίγκιπα Don Juan τον Αυστριακό, αφού απέκλεισε τα ευκίνητα πλοία του τουρκικού στόλου στη Ναύπακτο, κατάφερε να τον καταστρέψει σχεδόν ολοκληρωτικά.
Τα όνειρα για τη μετατροπή της Μεσογείου σε τουρκική θάλασσα πνίγηκαν οριστικά στα δυτικά των Εχινάδων νήσων. Μετά τη ναυμαχία στην οποία χάθηκαν περισσότερες από διακόσιες τουρκικές γαλέρες και πολλά μικρότερα πλοία, ο διάσημος Σικελός εξωμότης που πέρασε στον τουρκικό στόλο, ο πειρατής Ülüc Ali, βεηλέρμπεης της Αλγερίας, κατάφερε να ξεφύγει στην Πρέβεζα, με δεκατρείς γαλέρες του και 27 μικρότερα πλοία. Οδέκατος τρίτος σουλτάνος, ο Selim II, απένειμελόγω ανδρείας στον Ülüc Ali, το αξίωμα του καπουδάν-πασά και άλλαξε το επίθετό του σε Kilinc Ali, που στα τουρκικά σημαίνει σπαθί ή ρομφαία.
Μετά την ανασύνταξη του τουρκικού στόλου, στο τέλος της άνοιξης του 1572, ο Ülüc (Kilinc) Ali εμφανίζεται παντοδύναμος στο Αιγαίο με νέο στόλο από 250 γαλέρες, οκτώ γαλεάσσες και πολλά μικρότερα ευκίνητα πλοία. Τον ίδιο χρόνο ο χριστιανικός συνασπισμός εμφανίζεται αποδυναμωμένος αφού την 1η Μαΐου, πέθανε ο εμπνευστής της συμμαχίας Ισπανών και Βενετών, Πάπας Πίος V.
Μετά από παραινέσεις, κυρίως από τους επαναστατημένους Μανιάτες, ο Don Juan κατέβηκε στο νότιο Ιόνιο και στις 16 Σεπτεμβρίου προκάλεσε σε ναυμαχία τον τουρκικό στόλο. Μετά από επίμονο θαλάσσιο κυνηγητό, ο Ülüc Ali κατέφυγε στο Παλιοναβαρίνο. Στην προσπάθειά του μάλιστα να επιτύχει μεγαλύτερη ασφάλεια για τον νεότευκτο τουρκικό στόλο στον όρμο του Ναβαρίνου, έκλεισε με παλιά ξύλινα σκαριά, ογκόλιθους, πέτρες, χώματα και άλλα άχρηστα υλικά το βόρειο πέρασμα του λιμανιού, στο στενό της Συκιάς ή Φάλτσα-Μπούκα κι έτσι αυτό έγινε αδιάβατο για μεγάλα πλοία.
Ο χριστιανικός στόλος, αν και μικρότερος και αποδυναμωμένος, υπό τον Don Juan, αφού πέρασε από τη Μεθώνη, μπήκε στο λιμάνι του Ναβαρίνου και απέκλεισε το στόλο του Ülüc Ali για περισσότερο από ένα μήνα. Έγιναν μάλιστα και ανεπιτυχείς προσπάθειες κατάληψης του Παλιοναβαρίνου. Κυρίως λόγω της έλλειψης συνοχής Ισπανών και Βενετών, ο Don Juan αποχώρησε, αφήνοντας στο Ναβαρίνο, άκαπνο και ντροπιασμένο τον Ülüc Ali και τον στόλο του. Οι οικονομικές συγκυρίες της εποχής, αφού ανοίχθηκαν νέοι δρόμοι εμπορίου για τον πλούσιο Νέο Κόσμο και τις Ινδίες αλλά και η σχετική εγκατάλειψη της Ανατολικής Μεσογείου από τους εμπορικούς στόλους της Βενετίας και της Γένοβας, οδήγησαν την Οθωμανική αυτοκρατορία και τον σουλτάνο Selim II σε αναθεώρηση της αμυντικής στρατηγικής στα σύνορα της αχανούς επικράτειάς της. Για το Ναβαρίνο, αυτή η κατάληψητου λιμανιού από τον ενωμένο χριστιανικό στόλο, στην καταδίωξη του Ülüc Ali, έγινε η αφορμή για την άμεση αναδιάταξη των οχυρωματικών έργων στην περιοχή και το χτίσιμο του Νιόκαστρου, το 1573. Αφού πρώτα γκρεμίστηκαν κάποια φραγκικά κτήρια στο Ντιβάρι αλλά και το κοντινό μοναστήρι της Σγράπας, στο τέλος του 1572, ξεκίνησε το χτίσιμο ενός μικρού τετράγωνου κάστρου στο νότιο πέρασμα του λιμανιού, στα δυτικά πάνω στα βράχια της ακτής, απέναντι από τη νησίδα Τσιχλή-μπαμπά.
Αυτό το καστράκι είναι ο γνωστός «έβδομος» προμαχώνας ή καστράκι του πυροβολικού της Αγίας Βαρβάρας ή ντάπια της θάλασσας (Castello da Mare). Το όνομά του πήρε από τα επτά διαμερίσματα και τις ισάριθμες θέσεις κανονιών προς τη θάλασσα. Η είσοδός του είναι τοξωτή και είναι κατασκευασμένη από πωρόλιθο. Όλη η κατασκευή είχε στηθαίο πλάτους τριών μέτρων περιμετρικά και ήταν ενισχυμένη με επάλξεις. Στο εσωτερικό της κατασκευής υπήρχε η πυριτιδαποθήκη που σώζεται μέχρι σήμερα. Μετά τον θάνατο του σουλτάνου Selim II το 1574, ο γιος του Murat IIIσυνέχισε το αμυντικό πρόγραμμα του πατέρα του και ολοκλήρωσε την κατασκευή του Νιόκαστρου, το 1578.
Για την Καλαμάτα η πρώτη περίοδος της τουρκοκρατίας δεν διακόπηκε παρά μόλις το 1659 από τον Βενετό FrancescoMorosini. Κατά τη διάρκεια του βενετοτουρκικού πολέμου στην Κρήτη, οι Μανιάτες και οι Αρβανίτες της Μεσσηνίας επαναστάτησαν.Για να εκμεταλλευτεί την επαναστατική κίνηση των Μανιατών,ως αντιπερισπασμό στον πόλεμο στην Κρήτη,οFrancescoMorosini, αρχιστράτηγος της εκστρατείας στην Ελλάδα, στηρίχθηκε και στο θρησκευτικό αίσθημα των επαναστατημένων και έφτασε στις Κιτριές με δέκα γαλέρες και 8.000 μαχητές φέρνοντας μαζί του καιτον εξόριστο Οικουμενικό Πατριάρχη Ιωαννίκιο Β’.
Οι 3.000 Μανιάτες και Αρβανίτες τους υποδέχτηκαν με ενθουσιασμό. Ο Morosini πρότεινε στους επαναστατημένους να βαδίσουν κατά των πρώην βενετικών φρουρίων της Κορώνης και της Μεθώνης αλλά αυτοί επέμεναν στην κατάληψη της Καλαμάτας. ΟMorosini δέχθηκε και έτσι οργανώθηκε έφοδος για την κατάληψη της πόλης. Μετά και από την έφοδο του ιππικού οι κάτοικοι τράπηκαν σε φυγή και η πόλη παραδόθηκε σε λεηλασία και πυρπόληση. Οι Ελληνες της Καλαμάτας ζούσαν ειρηνικά με τους Τούρκους και αντιμετώπιζαν εχθρικά τους Μανιάτες. Γι’ αυτό, στην εισβολή των Βενετών και των Μανιατών, εγκατέλειψαν την πόλη μαζί με τους Τούρκους, κάτι που έγινε αιτία για τη λεηλασία όλων των οικιών:
«... Κ’ οι Τούρκοι τότες κι ο αγάς κι’ όλοι καβαλικεύγου,
τη Καλαμάτα όφκαιρη αφίνουσι και φεύγου…
…Τότες επαραδόθησαν στη Καλαμάτα μέσαν,
κ’ οι Τούρκοι όλοι εφύγανε κ’ εις άλλη χώρα επέσαν.
Οι πόροι ανοικτήκανε, κ’ οι Φράγκοι μέσα πήκαν
κι’ ανοίξανε τα μαγαζά και τα κρασά ευρήκαν,
κ’ ήπιανε όσοι θέλασι, και χύνα’ κ’ ετσακίσαν
ταις πόρταις όλων των σπιτιών κι όλα ’δεκεί τα γδύσαν…».
[Διήγησις διά στίχων του Κρητικού πολέμου -1681- Μαρίνος Τζάνες (Μπουνιαλής)].
Μετά την άλωση της Καλαμάτας και την αποχώρηση των Μανιατών και των Αρβανιτών, κατάφορτων με λάφυρα, ο FrancescoMorosini εγκατέλειψε την πόλη με την υπόσχεση της επανόδου.