Η συμμετοχή του Οικουμενικού Πατριαρχείου στον Αγώνα ομολογείται από εκείνους που την έζησαν σ’ όλη τη διάρκεια του Αγώνα και ήταν σε θέση να την επιβεβαιώσουν. “Πλησίον εις τον Ιερέα'' – έλεγε ο Θ. Κολοκοτρώνης– ''ήτον ο λαϊκός, καθήμενοι εις ένα σκαμνί, Πατριάρχης καί τζομπάνης, ναύτης καί γραμματισμένος, ιατροί, κλεφτοκαπεταναίοι, προεστοί και έμποροι”. Ο εθνικός ιστορικός μας Κ. Παπαρρηγόπουλος ομολογεί: “…Οσαδήποτε και αν υπήρξαν τα αμαρτήματα πολλών εκ των Πατριαρχών, ουδείς όμως εξ αυτών, ουδείς ωλίσθησεν περί την ακριβή του πατρίου δόγματος και των υπάτων εθνικών συμφερόντων τήρησιν”.

Ο πατριάρχης Γρηγόριος Ε’ όχι μόνο γνώριζε τα σχέδια της Φιλικής Εταιρείας, αλλά έκανε οτιδήποτε για να τα βοηθήσει. Το γεγονός αυτό δεν υποστηρίχθηκε μόνο από τον ιστορικό της Φιλικής Εταιρείας Ι. Φιλήμωνα, αλλά και τον Εμμανουήλ Ξάνθο. Το ίδιο συμπέρασμα υποστήριξαν οι Δυτικοί ιστορικοί T. Gordon, G.G. Gervinus, G. Finlay, ενώ ο Κ. Mendelson Bartholdy θεωρεί «ότι είχε δώσει στους Φιλικούς συστατικά γράμματα και κρυφά πολλές φιλικές νουθεσίες». Το πιστοποίησε ο ίδιος ο σουλτάνος με έγγραφο που είχε κρεμαστεί στον λαιμό του απαγχονισθέντα πατριάρχη. Ο σουλτάνος, επίσης, ισχυρίστηκε σε όλους τους ξένους πρέσβεις ότι υπήρχαν αδιάσειστα στοιχεία που πιστοποιούσαν τη συμμετοχή του στην επανάσταση και τα οποία έθετε στη διάθεσή τους. Ο αφορισμός ήταν πράξη ανάγκης και στάχτη στα μάτια του Σουλτάνου. Αυτή ακριβώς ήταν και η ερμηνεία του άμεσα θιγομένου από τον αφορισμό, Αλ. Υψηλάντη: “Ο Πατριάρχης, βιαζόμενος υπό της Πόρτας, σας στέλλει αφοριστικά και Εξάρχους, παρακινώντας σας να ενωθήτε με την Πόρταν. Εσείς όμως να τα θεωρήτε αυτά ως άκυρα, καθότι γίνονται με βίαν και δυναστείαν και άνευ της θελήσεως του Πατριάρχου."