Τότε η διοίκηση από τον εκάστοτε διορισμένο από τη Σύγκλητο castellano τις έκανε σημαντικά εμπορικά κέντρα και σταθμούς ανεφοδιασμού για τους ταξιδιώτες, προς και από τους Αγίους Τόπους. Στο Μεσαίωνα, με τις ευλογίες και την παρότρυνση του πάπα, η επίσκεψη στην Ιερουσαλήμ ήταν στόχος ζωής για πολλούς Ευρωπαίους πιστούς. Μοναχοί, ιερείς, ευγενείς και απλοί άνθρωποι από τη Γαλλία, την Αγγλία, τη Σκωτία, τη Γερμανία, τις Κάτω Χώρες αλλά και την Ισπανία, κυρίως άνδρες, συνωστίζονταν για να σαλπάρουν από το λιμάνι της Βενετίας για το ταξίδι στην Ανατολή. Μεγάλες γαλέρες φορτωμένες με κασέλες, βαρέλια, πιθάρια, κλουβιά με πουλερικά, στρώματα, κρεβάτια εκστρατείας, όνειρα κι ανθρώπους, σαλπάριζαν, κυρίως την άνοιξη, από το λιμάνι της Βενετίας για τη Zaffo, τη σημερινή Γιάφα του Ισραήλ, περνώντας μέσα από τις ελληνικές θάλασσες. Το δρομολόγιο ήταν συνηθισμένο: Βενετία, Ζάρα ή Ραγκούσα, Κέρκυρα, Μεθώνη ή Κορώνη, Κρήτη, Ρόδος, Γιάφα.
Ετσι η θέση της Κορώνης και της Μεθώνης ήταν πραγματικά σημαντική, τόσο για τον ανεφοδιασμό όσο και για τις επισκευές των πλοίων. Είναι άλλωστε γνωστοί οι καραβομαραγκοί και οι ταρσανάδες της Μεθώνης και κυρίως της Κορώνης.
Η σημερινή Κορώνη είναι χτισμένη πάνω σε μια αρχαία οικιστική θέση. Εδώ τοποθετείται η μεσσηνιακή Ασίνη, που ήταν ο τόπος που δέχτηκε τους διωγμένους από τους Αργείους, φιλολάκωνες κατοίκους της αργολικής Ασίνης γύρω στο 490 π.Χ. Τότε και στη γειτονική αρχαία Πήδασο εγκαταστάθηκαν οι φιλολάκωνες Ναυπλιείς, διωγμένοι κι αυτοί από τους Αργείους και τη μετονόμασαν Μοθώνη.
Η ακρόπολη της αρχαίας Ασίνης βρισκόταν στο ψηλότερο σημείο της μικρής χερσονήσου, εκεί που σήμερα δεσπόζει το κάστρο. Αυτή η θέση, ήταν φυσικό να είναι ζηλευτή και να γίνεται κατά καιρούς στόχος κουρσάρων και πειρατών. Αυτό το ψηλό πλάτωμα πάνω στη χερσόνησο είναι ιδανικό για ασφαλή οχύρωση. Από εδώ, λόγω της μορφολογίας του εδάφους, είναι δυνατός ο έλεγχος της θάλασσας περιμετρικά. Ετσι φυσικά οχυρώθηκε εδώ η ακρόπολη της αρχαίας Ασίνης.
Στη θέση περίπου που βρίσκεται σήμερα το Πεταλίδι, υπήρχε η αρχαία πόλη Αίπεια, που αναφέρεται από τον Ομηρο στην Ιλιάδα ( Ι, 150) σαν μια από τις επτά πόλεις που θα έδινε ο Αγαμέμνονας σαν προίκα, στον οργισμένο από τη στάση του, Αχιλλέα. Οταν το 369 π.Χ. έγινε η απελευθέρωση της Μεσσηνίας από το σπαρτιατικό ζυγό, ο Θηβαίος απελευθερωτής, στρατηγός Επαμεινώνδας, κάλεσε τους κατά καιρούς εκπατρισθέντες Μεσσηνίους να επιστρέψουν στα πάτρια εδάφη. Ταυτόχρονα έχτισε την αρχαία Μεσσήνη και αξίωσε από τους Σπαρτιάτες να αναγνωρίσουν τη μεσσηνιακή ανεξαρτησία. Μετά την άρνηση της Σπάρτης και των συμμάχων της, οι Θηβαίοι εισέβαλαν στην Πελοπόννησο και υποχρέωσαν τους συμμάχους των Σπαρτιατών να αναγνωρίσουν την ανεξάρτητη Μεσσηνία. Η οριστική λύση στη ρήξη Θήβας - Σπάρτης δόθηκε το 362 π.Χ., στη μάχη της Μαντινείας. Σ’ αυτή την κάθοδο των Θηβαίων, από το 370 μέχρι το 362 π.Χ., κλήθηκαν πολλοί από αυτούς να χτίσουν και να εποικίσουν κατεστραμμένες μεσσηνιακές πόλεις.
Ετσι το 365 π.Χ., πάνω στα ερείπια της ομηρικής Αίπειας, θεμελιώθηκε από τον Επιμελίδη, που καταγόταν από την Κορώνεια της Βοιωτίας, η Κορώνεια της Μεσσηνίας. Με τα χρόνια η παραφθορά του ονόματος μετέτρεψε τη νέα Κορώνεια σε Κορώνη. Αναφέρεται επίσης ότι το όνομα Κορώνη, μπορεί να προέρχεται και από ένα χάλκινο νόμισμα που έφερε ανάγλυφη κορώνη (= κουρούνα) και βρέθηκε στη θεμελίωση της νέας πόλης από τους Βοιωτούς.
«Κορώνη δε εστί πόλις εν δεξιά του Παμίσου προς τη θαλάσση και υπό το όρος Μαθία» (Το όρος Μαθίας είναι ο σημερινός Λυκόδημος).
[Παυσανίας, Μεσσηνιακά - IV,12]
Ομως η μοίρα της Κορώνης ήταν να μεταφερθεί και πάλι νοτιότερα, στη θέση της αρχαίας Ασίνης μετά τη φυγή των κατοίκων της τον 5ο-6ο μ.Χ. αιώνα. Τότε μετά τη μαζική κάθοδο σλαβικών φυλών στην Πελοπόννησο, πολλοί αυτόχθονες εκτοπίσθηκαν από τους νεοφερμένους και αναγκάστηκαν να αναζητήσουν αλλού ασφαλείς τόπους οικισμού. Ενας τέτοιος τόπος ήταν και το πλάτωμα στην αρχαία Ασίνη. Ετσι το όνομα της σημερινής Κορώνης δόθηκε στην αρχαία Ασίνη μετά το μαζικό εποικισμό της από τούς εκτοπισθέντες κατοίκους της Κορώνης που μέχρι τότε βρισκόταν στο σημερινό Πεταλίδι.
Μετά από αυτές τις μετακινήσεις πληθυσμών τη βυζαντινή εποχή στην Κορώνη, στην οχυρή θέση της αρχαίας ακρόπολης της Ασίνης, χτίστηκε φρούριο και στη θέση του αρχαίου ναού του Απόλλωνα χτίστηκε, σύμφωνα με την πάγια τακτική των βυζαντινών από την εποχή του Μεγάλου Κωνσταντίνου, Ιερός Ναός της Αγίας Σοφίας. Το 1133, ο Αραβας γεωγράφος Endrisi (Dreses, 1099-1166) αναφέρει την Κορώνη σαν μια μικρή αλλά οχυρή πόλη της Πελοποννήσου.
Το 1205, το βυζαντινό κάστρο πέρασε στα χέρια του Φράγκου Geoffroy I, de Villehardouin. Το 1207, για να διασφαλίσουν τα δικαιώματα που είχε αποκομίσει το 1204 η Βενετία με την partitio terrarum imperii Romaniæ, δηλαδή τη διανομή των κτήσεων της Δ’ Σταυροφορίας, κατέλαβαν την Κορώνη και τη Μεθώνη οι Βενετοί Rufferio Premarin και Renier Dandolo. Μετά και τη συμφωνία της Σαπιέντζας, τον Ιούνιο του 1209, την κράτησαν μαζί με τη Μεθώνη. Η Βενετία δεν ήθελε καλλιεργήσιμη γη, αλλά εμπορικούς ναυτικούς σταθμούς για τον έλεγχο του εμπορίου αλλά και την ασφάλεια της ναυσιπλοΐας στη Μεσόγειο. Ετσι η Κορώνη και η Μεθώνη, που στρατηγικά εξυπηρετούσαν αυτό το σκοπό, έγιναν τα μάτια της «Γαληνοτάτης Δημοκρατίας» στη Μεσόγειο (oculi capitales communis), όπως και επίσημα χαρακτηρίστηκαν αργότερα σε αποφάσεις της Συγκλήτου της Βενετίας (1365 και 1375).
Αρχικά η πόλη μαζί με τη Μεθώνη πέρασε σαν φέουδο στο Renier Dandolo μέχρι το 1220. Τότε η Σύγκλητος έθεσε με απόφασή της τις κτήσεις της στον άμεσο έλεγχό της και το 1269 ο δόγης Lorenzo Tiepolo αποφάσισε την οχύρωση του ερειπωμένου βυζαντινού κάστρου της Κορώνης. Το 1283, με νέα απόφαση της Συγκλήτου και του δόγη Giovanni Dandolo για την ισχυροποίηση του κάστρου της, ανεγέρθηκαν και οι οχυρωματικοί πύργοι του.
Οι δυο επόμενοι αιώνες ήταν η εποχή της μεγάλης δόξας και για την Κορώνη, αφού η βενετοκρατία έφερε μεγάλο πλούτο στην περιοχή. Αριστοκρατία, Εβραίοι μεγαλέμποροι, ανώτεροι Βενετοί, καθολικοί ιερείς, ιππότες, προσκυνητές και πολλοί άλλοι υπήρχαν πάντα στο λιμάνι της. Και εδώ, όπως και στις άλλες βενετικές κτήσεις, υπήρχε προάστιο εκτός των τειχών, που κατοικούσαν κυρίως Ελληνες. Στη βόρεια πλευρά του κάστρου, στα Ταμπάκικα ή Ταμπακαριά, βρίσκονταν οι εγκαταστάσεις κατεργασίας του δέρματος που γινόταν κυρίως από τους Εβραίους κατοίκους της.
Η πόλη είχε ναύσταθμο, πιθανότατα στη σημερινή παραλία Αμμούδι κάτω από το Βασιλίτσι, στην περιοχή της Φανερωμένης, που λειτούργησε εκεί σε δυο τουλάχιστον ιστορικές περιόδους: στον Πελοποννησιακό πόλεμο αλλά και στην Α’ Βενετοκρατία. Το Μαυροβούνι έδωσε άφθονη ξυλεία για τα σκαριά και τους ταρσανάδες. Οι καραβομαραγκοί της Κορώνης ήταν περιζήτητοι και για τις πολιορκητικές μηχανές τους. Τα λιγοστά ερείπια, από θεμέλια κυρίως κτηρίων, με το χαρακτηριστικό χτίσιμο με πέτρες και «πλακάρες», που συναντάμε σήμερα στο μικρό πλάτωμα πάνω από την παραλία, ίσως ανήκουν στις κτηριακές εγκαταστάσεις διαμονής των καραβομαραγκών του βενετσιάνικου ταρσανά.
Κάθε πλοίο που περνούσε από την Κορώνη, εθιμικά, εφοδιαζόταν για ένα μήνα. Τα εξαγώγιμα προϊόντα που ήταν κυρίως το μετάξι, τα φορτώματα σταριού, τα μαλλιά (18 πιάστρα το καντάρι), τα τυριά (12 πιάστρα το καντάρι), τα φορτώματα με τα λεμόνια (1 φόρτωμα= 800 λεμόνια), ο πρινόκοκκος και πάνω από όλα τα φορτώματα με το λάδι (20 πιάστρα η βαρέλα) έδωσαν μεγάλη ευημερία στους κατοίκους της.
Διοικητικά, την εξουσία την είχε ο φρούραρχος (castellano), που τουλάχιστον για τον 14ο και 15ο αιώνα, εποχή παρακμής του γειτονικού Πριγκιπάτου, ήταν κοινός για την Κορώνη και τη Μεθώνη (regimen) και διοριζόταν από τη Σύγκλητο στη Βενετία. Οι υποψήφιοι φυσικά ήταν πάντα υπήκοοι της Δημοκρατίας του Αγίου Μάρκου. Δυο σύμβουλοι (consiglieri) βοηθούσαν το διοικητικό έργο του castellano που οι διαταγές του ισοδυναμούσαν με νόμο. Οι βάιλοι ήταν κυρίως κρατικοί λειτουργοί, σε ειδικές αποστολές ή μερικές φορές αντιπρόσωποι του δόγη στις κτήσεις της Βενετίας.
Μετά την κάθοδο των Τούρκων στο Μοριά το 1463, οι Βενετοί κάλεσαν και τους Ελληνες σε συστράτευση με ανταλλάγματα (stradioti= μισθοφόροι με ελαφρύ οπλισμό). Το 1500, μετά τη σφαγή στη Μεθώνη από το σουλτάνο Bayezit II, στις 15 Αυγούστου η Κορώνη παραδόθηκε χωρίς αντίσταση. Ο Ναός της Αγίας Σοφίας έγινε τζαμί. Η κυκλική βάση του μιναρέ με τα πρώτα σκαλοπάτια του, διακρίνεται και σήμερα στο προαύλιο του μικρού ναού, λίγο πιο πέρα από τις σειρές με τις σπασμένες μαρμάρινες κολόνες και μπροστά από τη δεξαμενή. Αυτές οι κολόνες ανήκουν στον πρώτο βυζαντινό ναό, μια τρίκλιτη βασιλική με κιονοστοιχίες, που χτίστηκε πάνω στον αρχαίο ναό του Απόλλωνα. Ο μικρός ναός, που συναντάμε εδώ σήμερα και αφιερώθηκε κι αυτός στην Αγία Σοφία, έχει χτιστεί στην πρόθεση της τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής και ανακαινίστηκε μετά το 1935.
