Αν και η Κρήτη δεν είχε συνέλθει ακόμα από την εξέγερση του Δασκαλογιάννη το 1770, αρκετοί Κρητικοί στη μεγαλόνησο ή στις παροικίες που ήταν μυημένοι στη Φιλική Εταιρεία προετοιμάζονταν για την Επανάσταση. Η Κρήτη είχε τότε περίπου διακόσιες πενήντα χιλιάδες κατοίκους. Από αυτούς περίπου οι μισοί ήταν Έλληνες. Από τον Απρίλιο του 1821 ο ελληνικός πληθυσμός του νησιού βρισκόταν σε αναβρασμό. Φυσικά το κυριότερο πρόβλημα που είχε να αντιμετωπίσει ήταν η ανομοιογένεια του πληθυσμού αφού οι υπόλοιποι μισοί κάτοικοι της μεγαλονήσου ήταν μουσουλμάνοι Τούρκοι ή και Τουρκοκρητικοί εξισλαμισθέντες τους αιώνες της τουρκοκρατίας. Αυτοί φυσικά υποστηρίζονταν από τον τοπικό ισχυρό τουρκικό στρατό κατοχής, που διέθετε τρεις στρατιωτικές διοικήσεις (Χανιά, Ρέθυμνο και Μεγάλο Κάστρο) καθώς και δυο σώματα γενιτσάρων. Ένα ακόμα πρόβλημα για τη σχεδιαζόμενη εξέγερση ήταν η έλλειψη στόλου για την επικοινωνία με τον επαναστατημένο Μοριά, την Ύδρα και τις Σπέτσες καθώς και η σοβαρή έλλειψη πολεμοφοδίων. Από τα χίλια διακόσια ελληνικά όπλα του νησιού τα οκτακόσια βρίσκονταν στα Σφακιά.
Παρά τις αντίξοες συνθήκες και μια αποτυχημένη απόπειρα επανάστασης στην Μονή Πρέβελη τον Μάρτιο, η Επανάσταση ξεκίνησε από τα Σφακιά μετά από συσκέψεις οπλαρχηγών και προκρίτων απ’ όλη την Κρήτη, που έγιναν στα Γλυκά Νερά την Μεγάλη Πέμπτη 7 Απριλίου και στο μοναστήρι της Παναγίας της Θυμιανής στις 15 Απριλίου. Παρά τον αφορισμό της Επανάστασης από τον πατριάρχη Γρηγόριο Ε´, οι Κρητικοί δεν πτοήθηκαν. Οι φυλακίσεις και κακοποιήσεις των χριστιανών των Χανίων στις 19 Μαΐου, οδήγησαν σε μια τρίτη σύσκεψη στο Λουτρό στις 21 Μαΐου. Εκεί συγκροτήθηκε η «Καγκελλαρία», μια τοπική εφορεία η οποία κήρυξε την Επανάσταση στην Κρήτη.
Οι αιματηρές συγκρούσεις με τους Τούρκους, που είχαν αποθρασυνθεί λόγω της διαφαινόμενης επαναστατικής κινητικότητας του ελληνικού πληθυσμού, άρχισαν στις 11 Ιουνίου με σφαγές Ελλήνων στα Χανιά οι οποίες επεκτάθηκαν στην επαρχία Σελίνου. Μετά από αψιμαχίες, στις 14 Ιουνίου έγινε η πρώτη μάχη στον Λούλο. Η μάχη ήταν νικηφόρα για τους Έλληνες που υπό την αρχηγία του Γεώργιου Δασκαλάκη-Τσελεπή και του οπλαρχηγού του Αποκορώνου Σήφακα, κατάφεραν να εξοντώσουν ένα τμήμα από το σώμα γενιτσάρων των Χανίων. Αμέσως όμως ακολούθησαν αντίποινα από τους Τούρκους με σφαγές αμάχων στα Χανιά και στο Ρέθυμνο. Οι Έλληνες συνέχισαν όμως να νικούν σε μάχες στις Καλύβες Αποκορώνου, στη Μαλάξα στον Άη Γιάννη τον Καϋμένο κ.α. Εκεί και πάλι πρωτοστάτησε ο Γεώργιος Δασκαλάκης-Τσελεπής με τους οπλαρχηγούς Βασίλειο Χάλη, Αναγνώστη Παναγιωτάκη ή Παναγιώτου, και Αντώνη Φασούλη. Στο τέλος του μήνα, στις 28 και 29 Ιουνίου, σε μια σφοδρότατη σύγκρουση στο Βαθειακό της Ίδης, η νίκη ήταν και πάλι ελληνική. Εκεί φάνηκε η αρχηγική ικανότητα των οπλαρχηγών Ρούσσου Βουρδουμπά, Γεώργιου Τσουδερού, Πωλογεωργάκη Μεληδόνη και του εξισλαμισμένου κρυπτοχριστιανού Μιχάλη Κουρμούλη ή Χουσεΐν-αγά από τη Μεσσαρά. Ακολούθησαν και πάλι σφαγές αμάχων από τους Τούρκους, στα χωριά του Ακρωτηρίου αλλά και λεηλασίες στα μοναστήρια της Αγίας Τριάδας και του Γουβερνέτου στα Χανιά. Από τον όλεθρο της σφαγής γλύτωσαν πολλά γυναικόπαιδα που κατάφεραν να κρυφτούν σε σπηλιές ή κατέφυγαν σε διερχόμενα πλοία από την Κάσο και κατάφεραν να φτάσουν στη Μαλάξα, πάνω από τον κόλπο της Σούδας.
Παρά τις διώξεις των αμάχων οι ελληνικές επιτυχίες συνεχίζονταν. Ενώ την 1η Ιουλίου ένα στρατιωτικό σώμα χιλίων πεντακοσίων Τούρκων ξεκίνησε από το Ρέθυμνο για να χτυπήσει τα Σφακιά, στην πορεία του, στο χωριό Γάλλου, βρήκε οργανωμένη ελληνική αντίσταση. Παρά τις ενισχύσεις η τετραήμερη μάχη έληξε με επικράτηση των Ελλήνων. Στις 4 Ιουλίου ένα μεγαλύτερο στρατιωτικό σώμα πέντε χιλιάδων Τούρκων, υπό τον Λατίφ πασά των Χανίων, ξεκίνησε από τα Χανιά με στόχο τον Θέρισο.. Όμως και αυτό ηττήθηκε στις 15 του μήνα σε σκληρή μάχη στους Λάκκους πριν προλάβει να φτάσει στον Θέρισο και αναγκάστηκε να επιστρέψει στα Χανιά. Τις ίδιες ημέρες, στις 14 Ιουλίου, στο Ηράκλειο οι Τούρκοι σχημάτισαν ένα ακόμα ισχυρότερο στρατιωτικό σώμα από οκτώ χιλιάδες στρατιώτες με στόχο τα Σφακιά. Αφού πέρασαν το Ρέθυμνο, απ´ όπου πήραν ενισχύσεις έφτασαν στο οροπέδιο του Ασκύφου και κατέλαβαν το ομώνυμο χωριό. Οι Σφακιανοί κατάφεραν να τους απωθήσουν. Οι Τούρκοι οπισθοχωρώντας, στις 17 Ιουλίου μπήκαν στη στενή κοιλάδα του Κατρέως, ανάμεσα στο Ασκύφου και την Κράπη, όπου τους περίμενε ο Γεώργιος Δασκαλάκης-Τσελεπής. Οι απώλειές τους ήταν βαρύτατες. Γυρνώντας στο Ρέθυμνο και το Ηράκλειο προχώρησαν και πάλι σε σφαγές αμάχων. Δυο μέρες αργότερα ακόμα ένα τουρκικό σώμα χιλίων στρατιωτών από τη Σητεία, είχε την ίδια τύχη στο οροπέδιο του Ασκύφου, όπως και στις 25 Ιουλίου ένα σώμα Τούρκων από τα Χανιά στη Γαρίπα. Χρειάστηκε ο σερασκέρης της Κρήτης, Σερίφ πασάς του Ηρακλείου, να οργανώσει μια ισχυρότερη ακόμα εκστρατεία, με τη σύμπραξη των πασάδων του Ρεθύμνου και των Χανίων, για να καταφέρει να καταλάβει τα Σφακιά.
Οι αποτυχία των Κρητικών στην Επισκοπή και οι σφαγές τριών χιλιάδων αμάχων στην επαρχία Αποκορώνου ανάγκασε τους Σφακιανούς στις 13 Αυγούστου, να στείλουν έκκληση βοήθειας στις Σπέτσες:

«…Παρακαλούμεν λοιπόν πάλιν την ευγένίαν σας να μας βοηθήσετε και τώρα ως και άλλοτε, ευσπλαγχνιζόμενοι τους δυστυχείς ενταύθα χριστιανούς, οι οποίοι κινδυνεύουν να χαθούν κατά κράτος. Στενοχωρημένοι είμεθα από όλα, δύναμης πλέον δεν μας έμεινε, καθ’ ότι ο εχθρός μας πολεμάει και δια ξηράς και διά θαλάσσης και βέβαια η έλλειψις ελληνικών πλοίων από την Κρήτης είνε ο αφανισμός των χριστιανών….».

Η κατάσταση ήταν τόσο κρίσιμη ώστε την επόμενη ημέρα ακολούθησε νέα επιστολή από τους προύχοντες των Σφακίων και τους παρευρεθέντες από τα τρία Κάστρα:

«…Οι εχθροί εβγήκαν και από τας τρεις χώρας έως εικοσιπέντε χιλιάδες ομού με τρεις βεζύρηδες της Κρήτης και περιεκύκλωσαν από την στεριάν και ώρα τη ώρα ορμούσι και εις το καστέλιόν μας…».

Η βοήθεια όμως δεν έφτασε ποτέ και οι Τούρκοι πήραν το Ασκύφου στις 29 Αυγούστου. Πολλοί άμαχοι και γυναικόπαιδα θανατώθηκαν ή αιχμαλωτίστηκαν. Κάποιοι γλύτωσαν αφού κατάφεραν και πέρασαν στη Γαύδο. Οι ένοπλοι Σφακιανοί είχαν καταφύγει στα ορεινά. Όμως και μετά την επιτυχία τους, τα τουρκικά στρατεύματα δεν μπορούσαν να παραμείνουν στις «σφακιανές μαδάρες». Σε λίγες ημέρες αποσύρθηκαν και οι επαναστάτες ξαναγύρισαν στις θέσεις τους. Και όχι μόνον επανήλθαν αλλά ξανασυστάθηκε ο επαναστατικός πυρήνας στα Σφακιά και οι Τούρκοι των Χανίων και του Ρεθύμνου αναγκάστηκαν να κλειστούν στα κάστρα.
Όμως, όπως σχεδόν σε κάθε επαναστατικό αγώνα σε όλες τις περιόδους και σε όλο τον κόσμο, έτσι και στην Κρήτη μεταξύ των ξεσηκωμένων επικράτησε η διχόνοια, οι αντιζηλίες, οι διχογνωμίες και ο διχασμός. Οι Σφακιανοί θεωρούσαν ότι ήταν οι επικεφαλής του ξεσηκωμού. Αυτό δεν έγινε αποδεκτό από τους οπλαρχηγούς των άλλων περιοχών της Κρήτης. Κάποιοι μάλιστα, με επικεφαλής τον Μιχάλη Κουρμούλη, έφυγαν από την Κρήτη και πέρασαν στην Κάσο. Από εκεί ζήτησαν τη μεσολάβηση του Δημήτριου Υψηλάντη και τον διορισμό του Κουρμούλη επικεφαλής της εξέγερσης:

«Υψηλότατε Πρίγκηψ και πληρεξούσιε του Έθνους.

Μήτε δικαιότερον, μήτε πρεπωδέστερον να εκτραγωδήσωμεν εις κανέναν άλλον την κατάστασιν εις ην ευρισκόμεθα, ειμή εις την Υψηλότητά της, την ούσαν ικανήν να ελευθερώση εκ των σκληρών τυράννων τους εναπολειφθέντας Κρήτας. Αφού οι τύραννοι εθανάτωσαν αρχιερείς, ιερείς, νέους, γυναίκας και βρέφη ανήλικα, αφού κατέκαυσαν μοναστήρια, πόλεις, χωρία και κατέσκαψαν εκ θεμελίων τας ιεράς εκκλησίας, αφού με συντομίαν λόγου σχεδόν κατηφάνισαν το εν τρίτον της Κρήτης, επαπειλούσιν ήδη και το λειπόμενον και δεν θέλουσιν αποτύχει εάν μας αφήσετε υστερημένους της προστασίας και βοηθείας σας…..
[……]
…..Έρχεται δε προς την Υψηλότητά της ο καπετάν Μιχαήλ Κουρμούλης, όστις θέλει σας ειπή άπαντα δια ζώσης φωνής. Αυτός είναι περιβόητος εις την Κρήτην. Εφαίνετο Τούρκος, ήτον όμως χριστιανός εκ προγόνων και πολλά βοηθός των τυραννουμένων. Χάριν των χριστιανών εθανάτωσε πρότερον πολλούς Τούρκους. Λυπούμενος ούτος καθ’ εκάστην εις την κεκρυμμένην πίστιν, εις την παρούσαν εποχήν της ελευθερίας λαβών άνδρας και γυναίκας του χωρίου του έφυγαν εις Σφακιά, αφήσας ευχαρίστως ουσίαν, δόξαν και τιμάς. Εκστρατεύσας δε κατά των τυράννων, εθανάτωσε πολλούς, δ’ ην αιτίαν ου μόνον κατέκαυσαν το χωρίον του, αλλά και τα πράγματά του εδήμευσαν. Αυτόν φοβούνται πολλά οι Τούρκοι της Κρήτης. Και εάν τω δοθή στρατεύματος μέρος, ομού δε και ο καπετάν Νικόλαος Πελοποννήσιος μετά των συστρατιωτών του, όστις έρχεται ήδη εκείσε, υπόσχεται και είνε άξιος να κατορθώση νίκας πολλάς και να κλείση το Μεγάλο Κάστρον (σημ. Ηράκλειο) εις τρόπον ώστε να μη τολμά τις να εξέρχεται…..
[……]
[……]

Μένομεν δούλοί σας ταπεινοί
1821 Σεπτεμβρίου 20, Κάσσος.

Γ. Κορδάτου, Μεγάλη Ιστορία της Ελλάδας, τόμος Χ, σελ 282-283.

Την ίδια στιγμή η άλλη πλευρά, οι Σφακιανοί, ζητούσε από τον Υψηλάντη να ορίσει αρχηγό της εξέγερσης στην Κρήτη, τον πρίγκηπα Αλέξανδρο Καντακουζηνό. Ο Υψηλάντης όμως έστειλε στην Κρήτη, γενικό αρχηγό της εκεί επαναστατικής κίνησης, τον έμπιστό του Έλληνα από τη Ρωσία, Μιχαήλ Κομνηνό Αφεντούλιεφ (Αφεντούλη). Αυτός έφτασε στην Κρήτη στις αρχές Νοέμβρη με σχετικά λίγα πολεμοφόδια, δέκα τόνους σιτάρι και σημαίες με τον αναγεννώμενο φοίνικα, εγκαταστάθηκε στον Λουτρό και υπέγραφε ως Μιχαήλ Κομνηνός Αφεντούλιεφ - «Γενικός Έπαρχος της Κρήτης».
Οι αντιθέσεις όμως ήταν μεγάλες και ο Αφεντούλιεφ δεν μπορούσε να επιβληθεί. Η Καγκελλαρία συνέχισε να διαδραματίζει σοβαρό ρόλο, ενώ από τις πρώτες κινήσεις του Γενικού Επάρχου ήταν ένα έγγραφό του στις 6 Νοεμβρίου, το οποίο αναφέρεται στο διορισμό «εφόρων και επιστατών της Καντζιλλερίας εις την Χώραν των Σφακίων». Αυτοί ανελάμβαναν τη συγκέντρωση χρηματικού ποσού για «την Κοινήν Κάσσαν του Γένους δια τα γενικά έξοδα». Δηλαδή, ενώ οι Κρητικοί ζητούσαν βοήθεια από τον Υψηλάντη και τους Σπετσιώτες, βρέθηκαν να κάνουν εράνους για να ενισχύσουν τον αγώνα! Από την πρώτη στιγμή φάνηκε ότι η αποστολή του γενικού αρχηγού Μιχάηλ Αφεντούλιεφ στην Κρήτη, λόγω και της άγνοιας της νοοτροπίας των Κρητικών, δεν θα είχε επιτυχή αποτελέσματα.
Οι Τούρκοι των Χανίων συνέχιζαν τις επιθέσεις τους. Στις αρχές Δεκεμβρίου επιτέθηκαν και κατέλαβαν το Βαρύπετρο αλλά πάντοτε είχαν στον στόχο τους τους Λάκκους. Οι επαναστατημένοι Κρητικοί αντέδρασαν και τους απώθησαν. Οι Τούρκοι προσπάθησαν και πάλι να υποτάξουν τη Μαλάξα όπου έδρευε ο Γεώργιος Δασκαλάκης-Τσελεπής. Και πάλι απωθήθηκαν. Ο Αφεντούλιεφ έδωσε εντολή στους τοπικούς οπλαρχηγούς να εμποδίσουν την άφιξη των τουρκικών ενισχύσεων. Οι Τούρκοι μαζεύτηκαν στην πρωτεύουσα της επαρχίας, την Κάνδανο. Εκεί, στις 6 Δεκεμβρίου, τους «έκλεισε» ξανά ο Δασκαλάκης. Στη σφοδρή μάχη που ακολούθησε, σκοτώθηκε ο γενναίος Κρητικός οπλαρχηγός.
Το αίμα του Γεώργιου Δασκαλάκη-Τσελεπή «πήραν» πίσω οι Έλληνες την παραμονή των Χριστουγέννων έξω από τα Χανιά και την παραμονή της Πρωτοχρονιάς του 1822 στο Βαθύπετρο, σε δυο σημαντικές νίκες για την εξέλιξη της Επανάστασης στην Κρήτη.