Αφού ο προϋπολογισμός του 1823 δεν «έβγαινε», με τα προβλεπόμενα έξοδα του πρώτου εξαμήνου να φθάνουν τα 38 εκατομμύρια γρόσια ενώ τα αντίστοιχα έσοδα να είναι μόλις 12 εκατομμύρια, αλλά και τον στόλο να μην μπορεί να αποπλεύσει, η ανάγκη του εξωτερικού δανεισμού ήταν πλέον επιτακτική. Δεν υπήρχαν όμως ούτε τα έξοδα του απαιτούμενου ταξιδιού της επιτροπής για τη διαπραγμάτευση του δανείου στην Αγγλία. Με εντολή του Βουλευτικού οι τρεις επίτροποι πήγαν στην Κεφαλονιά για να συναντήσουν τον λόρδο Byron και αφ’ ενός να πάρουν από αυτόν οδηγίες και συστατικές επιστολές για τη σύναψη του δανείου στην Αγγλία και αφ’ ετέρου δανεικά για να αποπλεύσει και ο στόλος.
Εκείνη την κρίσιμη στιγμή, ο λόρδος Byron στην Κεφαλονιά, έδωσε οδηγίες στην επιτροπή καθώς και δάνειο 4.000 λιρών. Έτσι ο Ιωάννης Ορλάνδος ο Ιωάννης Ζαΐμης και ο Ανδρέας Λουριώτης μετά από δίμηνο ταξίδι, μέσω Ζακύνθου και Κέρκυρας, έφθασαν στο Λονδίνο στις 14 Ιανουαρίου του 1824. Στις 9 Φεβρουαρίου 1824, με τη βοήθεια και του φιλελληνικού κομιτάτου του Λονδίνου, υπέγραψαν τη σύμβαση δανεισμού. Μέλος του φιλελληνικού κομιτάτου ήταν και ο Byron από τον Μάρτιο του 1823. Στις 25 Απριλίου 1823 το κομιτάτο με ψήφισμα τον είχε προτείνει αντιπρόσωπό του στην Ελλάδα, κάτι που ευχαρίστως δέχθηκε ο Byron. Η πρώτη δόση του αγγλικού δανείου ανέτρεψε την κατάσταση στην Ελλάδα και έδωσε σαφές προβάδισμα στην αποδοχή και στήριξη των «κυβερνητικών» του Γεωργίου Κουντουριώτη που αποκτούσε έτσι, έστω και ανεπίσημα, τη στήριξη των Άγγλων.
Το πρώτο δάνειο, ονομαστικής αξίας 800.000 λιρών στερλινών χορηγήθηκε από τον οίκο Loughnan, Son and O’brien, Ellice and Co, εκπροσωπούμενο από την τράπεζα J. & S. Ricardo και με υποθήκη τα «εθνικά κτήματα» για το κεφάλαιο και τα «δημόσια έσοδα» για τους τόκους. Το δάνειο «έκλεισε» με τη μεσολάβηση του «φιλελληνικού κομιτάτου». Η υπογραφή του δανείου έγινε στην κατοικία του δημάρχου του Λονδίνου (Lord Mayor of London) John Garratt. Aπό τις 800.000 λίρες θα δίδονταν στην Ελλάδα μόνο το 59%, δηλαδή οι 472.000 λίρες και από αυτές οι δανειστές θα παρακρατούσαν ακόμα ένα σεβαστό ποσό αφού η συμφωνία προέβλεπε ότι θα προπληρώνονταν οι τόκοι (80.000 λίρες) και τα χρεολύσια δύο ετών (16.000 λίρες), οι προμήθειες (προς 2,5% δηλ. 3.200 λίρες), οι μεσιτείες αλλά και τα διάφορα έξοδα αυτών που πήγαν για να υπογράψουν το δανεισμό. Έτσι από τις 800.000 λίρες του δανείου μόλις 348.800 λίρες στερλίνες θα δίνονταν στους Έλληνες. Τα χρήματα θα αποστέλλονταν στις Τράπεζες Καίσαρα Λογοθέτη και Samuel Barff, που έδρευσαν στην αγγλοκρατούμενη Ζάκυνθο και θα παραδίδονταν τμηματικά στην ελληνική κυβέρνηση, ύστερα από έγκριση μιας επιτροπής που την αποτελούσαν ο λόρδος Byron, ο συνταγματάρχης Stanhope και ο Λάζαρος Κουντουριώτης.
Τελικά τα χρήματα έφθασαν στη Ζάκυνθο στις 20 Ιουλίου 1824. Παρ’ όλα αυτά το ληστρικό δάνειο που είχε περίοδο αποπληρωμής 36 χρόνια, χαρακτηρίστηκε πολιτική επιτυχία και έμμεση αναγνώριση του ελληνικού κράτους. Το τελικό ποσό που έφθανε με δόσεις, με αγγλικά πλοία από τη Ζάκυνθο, ήταν 298.700 λίρες στερλίνες…
Το δανεικό χρήμα όμως έφερε και τη διαφθορά. Αντί για την ενίσχυση του ένοπλου απελευθερωτικού Αγώνα η κυβέρνηση προχώρησε σε προαγωγές και διορισμούς «άκαπνων» στρατιωτικών. Τότε, πολλοί στρατιώτες του Πάνου Κολοκοτρώνη και του Γιωργάκη Χελιώτη, από το Ναύπλιο και την Κόρινθο αντίστοιχα, προσχώρησαν στο κυβερνητικό στρατόπεδο, λόγω του διαφαινόμενου διορισμού τους σε κρατικές θέσεις. Και δεν ήταν μόνον αυτοί. Σημαντικοί οπλαρχηγοί των στρατιωτικών, όπως ο Νικόλαος Πονηρόπουλος από την Κυπαρισσίας, ο εκ των πρωτεργατών της κατάληψης της Τριπολιτσάς, Παναγιώτης Κεφάλας, ο Παπαφλέσσας μετά από μυστικές διαβουλεύσεις, οι οικογένειες των Γιατράκων και των Πετμεζαίων προσχώρησαν και αυτοί στους κυβερνητικούς. Η κυβέρνηση του Κρανιδίου, του Γεωργίου Κουντουριώτη, βρήκε στήριξη και από δυο υδραίικες εφημερίδες που εδραίωσαν τη θέση του νέου Εκτελεστικού. Από την άλλη πλευρά το παλιό Εκτελεστικό στην Τριπολιτσά, αιφνιδιασμένο και προσπαθώντας να περισωθεί, επέβαλε δυσβάστακτα μέτρα στο λαό της πόλης. Η αντίδραση, με τη βοήθεια και του Παπαφλέσσα που είχε ασαφή διπλό ρόλο, ήταν η σύσταση μιας μυστικής οργάνωσης της «Αδελφότητας» που είχε στόχο την εξέγερση του λαού εναντίον του παλιού Εκτελεστικού και των στρατιωτικών. Η εξέγερση έγινε τις πρώτες ημέρες του Φεβρουαρίου του 1824, κράτησε μία ημέρα και κατεστάλη εύκολα από τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη. Όμως οι βάσεις του διχασμού είχαν τεθεί.
Η ισχυροποίηση των κυβερνητικών ανάγκασε τον Κολοκοτρώνη να αναζητήσει συμβιβασμό. Όμως και παρά τη μεσολάβηση του Υψηλάντη και του Πλαπούτα η κυβέρνηση ήταν αδιάλλακτη. Έτσι το Μάρτιο του 1824 έστειλε στον Ακροκόρινθο τον Νοταρά με σκοπό να τον καταλάβει, διώχνοντας από εκεί τον Χελιώτη. Ο Κολοκοτρώνης έστειλε για βοήθεια των υπερασπιστών του Ακροκόρινθου ένα σώμα 500 ανδρών με επικεφαλής το γιο του Γενναίο. Όμως, λίγο πριν την εμπλοκή του σώματος στην προσπάθεια για τη λύση της πολιορκίας, ο Μακρυγιάννης που βρισκόταν με τους άνδρες του στο πλευρό του Γενναίου, μετά από μυστικές συμφωνίες, αυτομόλησε στους κυβερνητικούς αφήνοντας το Γενναίο ανίσχυρο, με δύναμη μόλις 80 ανδρών. Έτσι, ο Ακροκόρινθος παραδόθηκε από το Χελιώτη στους κυβερνητικούς. Ταυτόχρονα αυτοί προσπάθησαν ανεπιτυχώς να πάρουν πολιορκώντας το Ναύπλιο από τον Πάνο Κολοκοτρώνη, αλλά και την Τριπολιτσά όπου έδρευε το παλιό Εκτελεστικό και οι Θεόδωρος και Γενναίος Κολοκοτρώνης, ο Νικήτας Σταματελόπουλος, ο Κανέλλος Δεληγιάννης, ο Θοδωρής Γρίβας, ο Δημήτριος Τσώκρης κ.α. Οι τρεις χιλιάδες κυβερνητικοί στρατιώτες, πολιορκητές της Τριπολιτσάς, στάθηκαν απέναντι στους χίλιους στρατιώτες του παλιού Εκτελεστικού.
Εμφύλιος!
Τελικά μετά από συμβιβασμό για ουδετεροποίηση, η Τριπολιτσά πέρασε, σχεδόν αναίμακτα, στους κυβερνητικούς. Η συμφωνία δεν τηρήθηκε και ο Ζαΐμης με τον Λόντο εγκατέστησαν φρουρά τριακοσίων στρατιωτών στην πόλη. Τότε, σκηνές εκδίκησης και μισαλλοδοξίας επικράτησαν στην Τριπολιτσά.
Ταυτόχρονα τον Μάρτιο του 1824, ο Οδυσσέας Ανδρούτσος με ένα σώμα του Καραϊσκάκη κινήθηκε προς το Άργος με σκοπό να συλλάβει την κυβέρνηση στο Κρανίδι. Όταν όμως πληροφορήθηκε την παράδοση της Τριπολιτσάς στους κυβερνητικούς, επέστρεψε στους τόπους του περιμένοντας τις εξελίξεις. Το ίδιο έκαναν και οι λοιποί αντικυβερνητικοί που γύρισαν στα μέρη τους για να ανασυνταχθούν. Το ίδιο και ο Κολοκοτρώνης.
Τον Μάιο του 1824, ο Κολοκοτρώνης επιτέθηκε από την Καρύταινα με σφοδρότητα στην Τριπολιτσά. Την πολιόρκησε και απέκλεισε σε αυτήν τρεις χιλιάδες κυβερνητικούς στρατιώτες υπό τον Ανδρέα Λόντο. Οι μάχες ήταν σκληρές και οι εμφύλιες συγκρούσεις έγιναν αιματηρές με πολλούς νεκρούς εκατέρωθεν. Την ίδια στιγμή ο Κολοκοτρώνης, έστειλε ένα σώμα πεντακοσίων ανταρτών υπό τον Γενναίο, τον Τσώκρη, τον Πλαπούτα και τον Νικήτα Σταματελόπουλο στο Ναύπλιο για τον ανεφοδιασμό των δυνάμεων του Πάνου Κολοκοτρώνη που είχαν αποκλειστεί εκεί. Την πρώτη ημέρα, καθ’ οδόν, εξουδετέρωσαν τις δυνάμεις του Ιωάννη Νοταρά στην Κανδύλα, ενώ την επόμενη συγκρούστηκαν με τις δυνάμεις του Χατζηχρήστου και του Μακρυγιάννη που είχαν περάσει στο στρατόπεδο των Κυβερνητικών. Σκληρές οι μάχες στους Μύλους, στη Δαλαμανάρα και στο Κούτσι και τελικά ο Γενναίος, αν και άρρωστος, με εκατόν πενήντα άνδρες κατάφερε να σπάσει την πολιορκία και να μπει στο Ναύπλιο για να ενισχύσει τον αδελφό του Πάνο.
Παρά τις όποιες επιτυχίες τους, οι αντικυβερνητικοί αντάρτες δεν έπαυαν να είναι στην πλειονότητά τους απειροπόλεμοι χωρικοί. Μετά το Ναύπλιο ο Νικήτας Σταματελόπουλος και ο Χατζηστεφανής με το βουλγαρικό σώμα του κινήθηκαν για να καταλάβουν τους Μύλους και ταυτόχρονα να συλλάβουν το Βουλευτικό στο Άργος. Απέτυχαν όμως οικτρά. Στους Μύλους, οι κυβερνητικοί υπό τον Κυριάκο Σκούρτη και με την ενίσχυση των κανονιών από τα πλοία του Μιαούλη συνέλαβαν εύκολα τους επιτιθέμενους. Στο ΄Άργος ο Μακρυγιάννης με τον Νοταρά κατεδίωξαν τους επίδοξους καταδρομείς του Νικήτα Σταματελόπουλου, που έφυγαν άτακτα, αφήνοντας πολλά λάφυρα στους αντιπάλους τους. Ανάλογες συγκρούσεις με ήττες των αντικυβερνητικών έγιναν και στη Μάνη μεταξύ των Μαυρομιχαλαίων και των κυβερνητικών Γιατράκου και Μούρτζινου.
Ο Κολοκοτρώνης συνέχιζε να πολιορκεί την Τριπολιτσά. Μετά τις πληροφορίες όμως για αυτές τις ήττες αλλά και για τα κυβερνητικά στρατεύματα που βάδιζαν εναντίον του, προχώρησε σε διαπραγματεύσεις με τον Ανδρέα Ζαΐμη και τον Ανδρέα Λόντο. Κατάφερε να αμνηστευθούν όλοι οι αντικυβερνητικοί. Ταυτόχρονα έγραψε στον γιο του Πάνο να παραδώσει το Ναύπλιο υπό δύο όρους:
α. την πληρωμή των μισθών των στρατιωτών της φρουράς του Ναυπλίου και
β. ο έλεγχος των κάστρων να μείνει τουλάχιστον στα μωραΐτικα χέρια του Ζαΐμη και του Λόντου, κάτι που ήταν αντίθετο από τις οδηγίες της κυβέρνησης του Κρανιδίου. Ο σημαντικός αυτός όρος δεν τηρήθηκε.
Διοικητής του Ναυπλίου ορίστηκε ο Χατζηχρήστος με τους Βουλγάρους του. Η αποζημίωση των στρατιωτών της φρουράς ορίστηκε στις 25.000 γρόσια. Αυτά καλύφθηκαν ως εξής: 10.000 γρόσια έδωσε το Εκτελεστικό, 10.000 γρόσια το Βουλευτικό και 5.000 γρόσια ο Γεώργιος Κουντουριώτης. Στις 12 Ιουνίου 1824, μετά την αναχώρηση της Μπουμπουλίνας (πεθεράς του Πάνου Κολοκοτρώνη), η κυβέρνηση εγκαταστάθηκε στο Ναύπλιο. Λίγες ημέρες αργότερα απέπεμψε τους Ζαΐμη και Λόντο στις επαρχίες τους, αφού δεν τους χρειαζόταν πλέον.
Αυτές οι επιτυχίες των κυβερνητικών επί των αντιπάλων τους, έδωσαν άλλο ύφος και χαρακτήρα στην διοίκηση. Τώρα πια, η αγγλόφιλη διοίκηση των Υδραίων εφοπλιστών, με τη συνδρομή του Μαυροκορδάτου ως εγγυητή του δανείου και τη στήριξη των Ρουμελιωτών, μπορούσε να προχωρήσει στο ξεκαθάρισμα του τοπίου. Έτσι, από τη μια πλευρά ήταν οι Μωραΐτες συνολικά και από την άλλη οι Υδραίοι με τους Ρουμελιώτες. Τότε, στην πολιτική σκηνή εμφανίζεται ο Ιωάννης Κωλέττης, εγγυητής της συμμαχίας Υδραίων και Ρουμελιωτών αφού έφερε σε επαφή τον Γκούρα και τον Καραϊσκάκη με τους κυβερνητικούς της Ύδρας. Ο Γκούρας αναβαθμίστηκε και από πρωτοπαλίκαρο του Οδυσσέα Ανδρούτσου, έγινε φρούραρχος της Αθήνας. Οι νησιώτες αφού προσεταιρίστηκαν τους Ρουμελιώτες παραμέρισαν τους προκρίτους της Πελοποννήσου. Οι τελευταίοι αποχώρησαν από τον κυβερνητικό συνασπισμό και πήγαν με το μέρος του Κολοκοτρώνη.
Στην κυβερνητική παράταξη ήταν ο Γεώργιος Κουντουριώτης, ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ο Ιωάννης Κωλέττης, ο Παπαφλέσσας, ο Γιάννης Γκούρας, ο Καραϊσκάκης, ο αρματολός του Βάλτου Ανδρέας Ίσκος, ο Κίτσος Τζαβέλας, ο Μακρυγιάννης, ο έπαρχος Λιδωρικίου και Μαλανδρίνου Γιώργος Βαλτινός, ο Γιώργης Δράκος, ο Τσάμης Καρατάσος και πολλοί άλλοι Ρουμελιώτες, Σουλιώτες και Υδραίοι. Στην αντικυβερνητική παράταξη ήταν ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, οι Δεληγιανναίοι, ο Νικηταράς, ο Ανδρέας Ζαΐμης, ο Ανδρέας Λόντος, η Λασκαρίνα Μπουμπουλίνα, ο Θεόδωρος Γρίβας, ο Οδυσσέας Ανδρούτσος, οι Γεώργιος και Χρύσανθος Σισίνης, ο Βάσος Μαυροβουνιώτης, οι Σωτηράκης και Ιωάννης Νοταράς, κ.α.
Οι κυβερνητικοί, κυρίως οι Υδραίοι, είχαν πλέον ξεκάθαρο στόχο την πώληση ή καλύτερα τη διανομή των εθνικών κτημάτων αλλά και των προσόδων του Μοριά στους εφοπλιστές υποστηρικτές τους ή και σε όσους επιθυμούσαν να τοποθετήσουν τα κεφάλαιά τους σε ιδιοκτησία γης. Αυτή βέβαια ήταν και η ρίζα του διχασμού. Χαρακτηριστικά τότε ο Γεώργιος Κουντουριώτης γράφει στον μεγαλύτερο αδελφό του Λάζαρο, πολιτικό εγκέφαλο των κυβερνητικών:
…«Οι Πελοποννήσιοι, αδελφέ, δεν επιθυμούσι να ενδυναμώσωσι την διοίκησιν διά να ημπορέσει να πωλήση τα εθνικά εισοδήματα, επειδή εσυνήθισαν να τα φάγωσιν οι ίδιοι και όχι να καταναλίσκωνται εις τας ανάγκας της πατρίδος»…
Από τις αρχές του 1824 ήταν σαφές ότι ο σουλτάνος δεν μπορούσε να αντιμετωπίσει τον ξεσηκωμό στον Μοριά. Έτσι ζήτησε βοήθεια από τον υποτελή του Πασά της Αιγύπτου, Μοχάμεντ Αλή (Muhammad Ali). Το Μάρτιο του 1824 συμφώνησαν και σύμφωνα με αυτήν ο Μοχάμεντ Αλή θα είχε σαν αντάλλαγμα της βοήθειάς του την Κρήτη, την Κύπρο και το διορισμό του γιου του και αντιβασιλέα της Αιγύπτου Ιμπραήμ, στη θέση του διοικητή του Μοριά. Υλοποιώντας τη συμφωνία, στις 27 με 30 Μαΐου 1824 ο περιβόητος Αιγύπτιος Χουσεΐν-μπέης με 45 πλοία και 4.000 στρατιώτες κατέστρεψε την Κάσο ενώ στις 21 και 22 Ιουνίου 1824 ο Τούρκος Χοσρέφ πασάς, με 176 πλοία και 12.000 στρατιώτες, κατέστρεψε και κατέλαβε τα ελευθερωμένα από τις 10 Απριλίου 1821, Ψαρά. Η προσπάθεια ανακατάληψής τους που έγινε με πρωτοβουλία του Λάζαρου Κουντουριώτη από τους Σαχτούρη και Μιαούλη, παρά την μεγάλη νίκη στη ναυμαχία της Χίου, τελικά δεν απέδωσε.
Στις 4 Ιουλίου 1824 απέπλευσε ο στόλος του Ιμπραήμ με 17.000 άνδρες και προορισμό την Κρήτη. Στο επιτελείο του ο Ιμπραήμ είχε κυρίως Γάλλους αξιωματικούς, με επικεφαλής τον εξωμότη συνταγματάρχη Ντε Σεβ (De Sève) που πήρε τον τίτλο Σολεϊμάν πασάς (Soliman Pasha al-Faransawi). Το σχέδιο του Ιμπραήμ ήταν απλό. Μια συνδυασμένη επίθεση του τουρκικού και αιγυπτιακού στόλου στα επαναστατημένα νησιά του Αιγαίου, θα έκανε εφικτή την απόβαση στην Πελοπόννησο.
Κι ενώ η Επανάσταση βρισκόταν σε κρίσιμη φάση, περίπου ένα μήνα μετά το ολοκαύτωμα στα Ψαρά και μόλις δέκα ημέρες από την άφιξη των χρημάτων του πρώτου δανείου, στις 31 Ιουλίου 1824, το Βουλευτικό, με τον νόμο 35, αποφασίζει τη σύναψη και νέου δανείου από την Αγγλία. Με τα χρήματα του πρώτου δανείου, οι κυβερνητικοί είχαν αποκτήσει σημαντική υπεροχή, αφού μπορούσαν να εξαγοράζουν μικρούς καπετάνιους μαζί με τους στρατιώτες τους. Έτσι όχι μόνον ενίσχυαν το κυβερνητικό στρατόπεδο αλλά ταυτόχρονα αποδυνάμωναν κι αυτό των αντιπάλων τους αντικυβερνητικών Μωραϊτών. Επόμενη κυβερνητική κίνηση ήταν η προκήρυξη βουλευτικών εκλογών και η σύγκληση του νέου Βουλευτικού την 1η Οκτωβρίου 1824. Αυτή η Βουλή απαρτιζόταν κυρίως από νησιώτες και συμμάχους των Υδραίων. Στις 3 Οκτωβρίου εκλέχθηκε το νέο Εκτελεστικό. Πρόεδρος της κυβέρνησης ήταν ο Γεώργιος Κουντουριώτης και μέλη της οι Παναγιώτης Μπότασης (πρόκριτος των Σπετσών), Αναγνώστης Σπηλιωτάκης (πληρεξούσιος της Λακεδαίμονος και πρώην υπουργός Οικονομικών), Ιωάννης Κωλέττης (πρώην υπουργός Εσωτερικών & για λίγο Στρατιωτικών) και Ασημάκης Φωτήλας (πρόκριτος των Καλαβρύτων).
Η άμεση αντίδραση των Μωραϊτών ήταν ο συνασπισμός τους, ανεξάρτητα από τις διαφορές τους, σε μία παράταξη και η άρνηση της πληρωμής των φόρων. Ταυτόχρονα έδωσαν εντολή στον Ασημάκη Φωτήλα να παραιτηθεί από την κυβέρνηση Κουντουριώτη. Πράγματι ο Ασημάκης Φωτήλας παραιτήθηκε μετά από ένα μήνα, στις 8 Νοεμβρίου 1824 και ενώ οι κυβερνητικοί τον προόριζαν για αντιπρόεδρο του Εκτελεστικού μετά το θάνατο του αντιπροέδρου Παναγιώτη Μπόταση στο Ναύπλιο στις 29 Οκτωβρίου 1824.
Το καλοκαίρι του 1824 εκτός από τη ναυμαχία στα ανοικτά της Χίου, υπήρξε ακόμα μια σημαντική επιτυχία στις 29 Αυγούστου 1824, στη ναυμαχία του Γέροντα απέναντι από τη Λέρο. Εκεί 75 ελληνικά εμπορικά εξοπλισμένα πλοία υπό τον Ανδρέα Μιαούλη κατάφεραν να νικήσουν 100 πολεμικά πλοία του τουρκο-αιγυπτιακού στόλου υπό τον Ιμπραήμ και τον Χοσρέφ πασά. Η νίκη ήταν μεγάλη και εξασφάλισε τη Σάμο, που όμως έμεινε ανεξάρτητη και μετά την Επανάσταση. Στη συνέχεια ο Ιμπραήμ αποφάσισε να ξεχειμωνιάσει στη Σούδα και να επαναλάβει τις στρατιωτικές επιχειρήσεις την άνοιξη του 1825. Ο ελληνικός στόλος, μετά την απόκρουση των Τουρκο-αιγυπτίων στο Γέροντα έπεσε σε αδράνεια λόγω έλλειψης χρημάτων αλλά κυρίως λόγω του εμφύλιου διχασμού. Το ίδιο διάστημα, από τους Ρουμελιώτες οπλαρχηγούς, υπήρξαν νίκες και στη Στερεά Ελλάδα.
Μέσα σε αυτό το κλίμα, ο Κουντουριώτης που είχε μεγάλο πρόβλημα στην εξεύρεση πόρων μετά την κατασπατάληση των δανείων, επέβαλε νέους φόρους και διέσπειρε τα στρατεύματα στα χωριά, έτσι ώστε εκτός των άλλων, τελικά να σιτίζονται από τα φτωχά χωριά της Πελοποννήσου. Οι κάτοικοι της επαρχίας Αρκαδιάς (Τριφυλίας) αρνήθηκαν να πληρώσουν τους νέους φόρους και να αναλάβουν τη διατροφή των στρατευμάτων. Αυτή η άρνηση από τους Μωραΐτες, αποτέλεσε την αρχή του δεύτερου εμφυλίου πολέμου.
Όπως εξελίσσονταν τα πράγματα ήταν σαφές ότι η ένοπλη εμφύλια σύγκρουση πλησίαζε και πάλι. Είχε ήδη ξεκινήσει η δίωξη των αντικαθεστωτικών. Ο Παπαφλέσσας και ο Κωλέττης επιθυμούσαν τη χρήση βίας για την εξόντωση των αντικυβερνητικών. Στις 22 Οκτωβρίου 1824 ο Παπαφλέσσας με ισχυρό αλλά ετερόκλητο στρατιωτικό σώμα Θεσσαλο-μακεδόνων, Βουλγάρων, Ρουμελιωτών κ.ά. κινήθηκε κατά της Κυπαρισσίας, πρωτεύουσας της επαρχίας Αρκαδιάς (Τριφυλίας) που είχε αρνηθεί την καταβολή φόρων και το σιτισμό των κυβερνητικών στρατευμάτων για να επιβάλουν τη θέληση της κυβέρνησης με τη βία. Οι αντικυβερνητικοί όμως, με επικεφαλής τους Γενναίο Κολοκοτρώνη και Κανέλλο Δεληγιάννη έτρεψαν σε φυγή τον Παπαφλέσσα και τους πεντακόσιους κυβερνητικούς στρατιώτες. Έτσι οι συγκρούσεις γενικεύτηκαν. Ο Κολοκοτρώνης στρατοπέδευσε στη Σιλίμνα και ετοιμαζόταν για πολιορκία της Τριπολιτσάς, ο Νικήτας Σταματελόπουλος πολιορκούσε το Ναύπλιο και ο Λόντος με το Νοταρά τον Ακροκόρινθο. Όμως, ένα απρόσμενο γεγονός αποσταθεροποίησε το αντικυβερνητικό στρατόπεδο. Στις 13 Νοεμβρίου 1824, μεταξύ των χωριών Θάνα και Μπεσίρι (σημερινό Παλλάντιο) Αρκαδίας πηγαίνοντας στη Σιλίμνα όπου τον περίμενε ο πατέρας του, σκοτώθηκε σε ενέδρα ο Πάνος Κολοκοτρώνης. Επικεφαλής της φονικής ενέδρας ήταν ο Βούλγαρος Κότζιο. Αυτός μαζί με τον Χατζηχρήστο και άλλους διακόσιους Βούλγαρους σεΐζηδες, μετά τη μάχη στη γράνα, στις 10 Αυγούστου 1821 και αφού η κατάληψη της Τριπολιτσάς ήταν σχεδόν βέβαιη, είχαν αυτομολήσει και παραδόθηκαν στον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη. Αυτός τότε τους δέχθηκε και οι Βούλγαροι ανέλαβαν την οργάνωση του ελληνικού ιππικού. Όμως, σχεδόν τρία χρόνια αργότερα, η αχαριστία θριάμβευσε. Ο θάνατος του Πάνου βύθισε στο πένθος τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη που αδιαφόρησε πλέον για τα εμφυλιοπολεμικά τεκταινόμενα και αποσύρθηκε στη Βυτίνα. Τελικά στην Τριπολιτσά έφτασε ο Ζαΐμης με χίλιους άνδρες, όπου τον περίμεναν οι Δεληγιανναίοι κ.α.
Η κυβέρνηση έδωσε εντολή στα ρουμελιώτικα στρατεύματα να εισβάλουν στην Πελοπόννησο. Παρά τις προσπάθειες συμβιβασμού και τερματισμού των διενέξεων από το Δημήτριο Πλαπούτα, οι Ρουμελιώτες με επικεφαλής τους Γκούρα και Καραϊσκάκη κατέβηκαν στον Μοριά και προέβησαν σε καταστροφές και λεηλασίες. Αυτή η εισβολή και το αίμα που χύθηκε έδωσαν την τελική νίκη στους κυβερνητικούς. Τραυμάτισαν όμως βαριά τον απελευθερωτικό αγώνα. Για αυτά τα γεγονότα γράφει ο Φωτάκος:
«ηρκεί μόνον ότι όλοι ήσαν Μοραΐται και όλους τους εγύμνωναν και τους εκαταφρόνουν»
ενώ και ο Σπυρίδων Τρικούπης αναφέρει:
«η εισβολή των πέραν του Ισθμού στρατευμάτων δοθέντων εις αρπαγήν ανακάλεσεν εις την μνήμην των παθόντων όσα κακά έπαθαν επί της εισβολής των Αλβανών οι πατέρες αυτών».
Στις 23 Ιανουαρίου 1825 η κυβέρνηση του Γεωργίου Κουντουριώτη, με τη σύμφωνη γνώμη του Παπαφλέσσα που ήταν ο υπουργός Εσωτερικών, συνέλαβε και φυλάκισε με συνοπτικές διαδικασίες, τους αντιπάλους της. Συνέλαβαν και φυλάκισαν στο μοναστήρι του Προφήτη Ηλία της Ύδρας τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη, τον Θεόδωρο Γρίβα, τους Γεώργιο και Χρύσανθο Σισίνη, τον Μητροπέτροβα, τον Γιαννάκη Γκρίτζαλη, το Δημήτρη Παπατσώρη, τον Μήτρο Αναστασόπουλο, τους Σωτηράκη και Ιωάννη Νοταρά, τους Δεληγιανναίους, τον πρωτοσύγκελο Αμβρόσιο Φραντζή και τον Αναστάσιο Κατσαρό. Ο Ασημάκης Φωτήλας διέφυγε τη σύλληψη ενώ εξαπολύθηκε ανθρωποκυνηγητό για τη σύλληψη και του Οδυσσέα Ανδρούτσου.
Το δεύτερο δάνειο που είχε ζητήσει το Βουλευτικό τον προηγούμενο Ιούλιο εγκρίθηκε στο Λονδίνο στις 7 Φεβρουαρίου 1825. Το δάνειο «έκλεισαν» απ’ ευθείας οι Έλληνες απεσταλμένοι. Στην επιτροπή μετείχαν πάλι ο Ιωάννης Ορλάνδος και ο Ανδρέας Λουριώτης. Ο Ιωάννης Ζαΐμης δεν συμμετείχε επειδή στις επερχόμενες εκλογές ήταν υποψήφιος ο αδελφός του. Στη θέση του είχε τοποθετηθεί ο Γεώργιος Σπανιολάκης. Οι όροι του δεύτερου δανείου ήταν δυσμενέστεροι από αυτούς του πρώτου, αφού από την ονομαστική αξία των 2.000.000 λιρών στερλινών θα δινόταν στην Ελλάδα μόνο το 51,5%. Το δεύτερο δάνειο ανέλαβε ο τραπεζικός οίκος των αδελφών Jacob & Samson Israel Ricardo. Αυτή τη φορά όμως τη διαχείριση του δανείου ανέλαβαν οι Έλληνες αντιπρόσωποι σε συνεργασία με τους Άγγλους τραπεζίτες αλλά και κάποια μέλη του «Φιλελληνικού Κομιτάτου». Παράγγειλαν πλοία, φυσικά από την Αγγλία και φρεγάτες από τις Η.Π.Α., ενώ προσέλαβαν με παχυλές αμοιβές ξένους στρατιωτικούς, όπως ο ναύαρχος Thomas Alexander Cochrane, για να κατέβουν μισθοφορικά στην Ελλάδα. Κάποια ποσά κατασπαταλήθηκαν από τους απεσταλμένους στο χρηματιστήριο. Ήταν τόσο μεγάλη η διαφθορά ώστε ο Γεώργιος Σπανιολάκης επιστρέφοντας στην Ελλάδα κατηγόρησε ευθέως τον Ιωάννη Ορλάνδο και τον Ανδρέα Λουριώτη για «κακίστη διαχείρισιν» και «σπατάλη» του δεύτερου δανείου ήδη από την περίοδο των διαπραγματεύσεων στο Λονδίνο απορρίπτοντας ανάλογες κατηγορίες για την ελληνική κυβέρνηση. Σύμφωνα με τον Σπανιολάκη το «άηθες» θέμα των δανείων, ταλάνισε τον ελληνικό πολιτικό κόσμο επί μία δεκαετία και έγινε αφορμή για διχασμούς και πολιτικές δολοφονίες, όπως αυτή του Οδυσσέα Ανδρούτσου. Το 1835 υπήρξε καταδικαστική απόφαση για τον Ιωάννη Ορλάνδο και τον Ανδρέα Λουριώτη, η οποία όμως ποτέ δεν εκτελέστηκε.
Από το αναμενόμενο ποσό των 1.030.000 λιρών, 212.000 λίρες διατέθηκαν για την αναχρηματοδότηση του πρώτου δανείου, 77.000 λίρες για την αγορά όπλων και πυροβόλων, από τα οποία όμως λίγα έφθασαν τελικά στην Ελλάδα, 160.000 λίρες για την παραγγελία έξι σύγχρονων ατμοκίνητων πλοίων, από τα οποία όμως μόνο τρία έφθασαν στην Ελλάδα, δηλαδή τα "Καρτερία", ‘Επιχείρηση’, και ‘Ερμής’. Ακόμα 155.000 λίρες δόθηκαν για τη ναυπήγηση δύο φρεγατών σε ναυπηγεία της Νέας Υόρκης, από τις οποίες μόνο η μία, η "Ελλάς", έφθασε στην Ελλάδα. Η δεύτερη πουλήθηκε για να χρηματοδοτηθεί η πρώτη! Τα μεσιτικά ήταν 64.000 λίρες και η προκαταβολή των τόκων των δύο πρώτων ετών του δανείου με επιτόκιο 5% έφθασε τις 200.000 λίρες. Παρακρατήθηκαν ακόμα 20.000 λίρες για χρεολυτικό κεφάλαιο 1%!
Τελικά, μετά από όλα αυτά τα μεσιτικά, την κερδοσκοπία, τις καταχρήσεις, τις προμήθειες και τα έξοδα, από το δεύτερο δάνειο έφθασαν στην Ελλάδα μόνο 232.558 λίρες στερλίνες, δηλαδή ποσό πολύ λιγότερο από αυτό του πρώτου δανείου, αν και το δεύτερο είχε συναφθεί σε υπερδιπλάσιο ύψος.
Όμως η κυβέρνηση Κουντουριώτη τυφλωμένη από το μίσος της για τους πολιτικούς αντιπάλους της αφού επικράτησε ολοκληρωτικά και αφού τους συνέλαβε και τους φυλάκισε σχεδόν όλους, ήταν πλέον ελεύθερη να κυβερνήσει χωρίς αντιπάλους και να ηγηθεί της Επανάστασης. Δεν υπολόγισε όμως την τουρκο-αιγυπτιακή συμφωνία. Ενώ οι Ρουμελιώτες κατεδίωκαν τους Μωραΐτες, ο Ιμπραήμ ξεχειμώνιαζε στη Σούδα.
