Η κρίση του 3ου αιώνα ή στρατιωτική αναρχία ή αυτοκρατορική κρίση (235–284) τελείωσε με τις νίκες του Αυρηλιανού στη Γαλατία, την οχύρωση της Ρώμης, αλλά κυρίως με την ανάληψη της αυτοκρατορίας από τον Διοκλητιανό. Μετά τον θάνατο των συναυτοκρατόρων, πατέρα και γιου, Κάρου και Νουμεριανού, σε εκστρατεία στην Περσία το 284, ο Διοκλητιανός ανακηρύχτηκε αυτοκράτορας από τα στρατεύματά του. Ο Γάιος Αυρήλιος Βαλέριος Διοκλητιανός (Gaius Avrelius Valerius Diocletianus, 242/245 - 311/312) ή και Ιόβιος έμεινε στον θρόνο από το 284 έως το 305. Δαλματός στην καταγωγή, εξελίχθηκε στον στρατό και έφτασε να γίνει αρχηγός του ιππικού. Τον τίτλο του αυτοκράτορα πήρε ολοκληρωτικά ο Διοκλητιανός τον Ιούλιο του 285, όταν νίκησε στη μάχη του ποταμού Μάργου και τον Καρίνο που κι αυτός ήταν συναυτοκράτορας με τον πατέρα του Κάρο και τον αδελφό του Νουμεριανό. Έβλεπε όμως ότι η τεράστια έκταση της αυτοκρατορίας δεν μπορούσε να διοικηθεί από έναν άνθρωπο. Το 286 χώρισε την αυτοκρατορία σε δυτική και ανατολική και όρισε συναυτοκράτορα τον φίλο του Μαξιμιανό. Αυτός ανέλαβε το δυτικό τμήμα της αυτοκρατορίας, με έδρα τα Μεδιόλανα, δηλαδή το σημερινό Μιλάνο. Ο ίδιος πήρε το ανατολικό, με έδρα του τη Νικομήδεια, το σημερινό Ιζμίτ. Μετά από τα πρώτα επτά χρόνια της δυαρχίας και με στόχο τη βελτίωση του συστήματος εξουσίας, οι μεταρρυθμίσεις του προχώρησαν λίγο αργότερα, το 293, με την εφαρμογή της τετραρχίας, ενός διαφορετικού συστήματος διακυβέρνησης και έδωσαν ελπίδες για την επιβίωση της κραταιάς αυτοκρατορίας. Διακυβέρνηση με τετραρχία είχε εφαρμοστεί πολύ παλιότερα, με την Ηρώδεια τετραρχία στη Γαλιλαία, το 4 π.Χ., υπό τον Ηρώδη Αντύπα. Ο Διοκλητιανός διόρισε κάτω από κάθε αυτοκράτορα ή αύγουστο, από έναν καίσαρα ή υφιστάμενο αυτοκράτορα, που θα μπορούσε να τον αντικαταστήσει ή και να τον διαδεχθεί. Η τετραρχία στη Ρωμαϊκή αυτοκρατορία, θα προσπαθούσε να λύσει τα σοβαρά στρατιωτικά και πολιτικά προβλήματα που την ταλάνιζαν. Η τετραρχία άντεξε μέχρι το 324 μ.Χ.
Την πρώτη τετραρχία αποτελούσαν στην Ανατολή: ο Διοκλητιανός αύγουστος με καίσαρα τον Γαλέριο. Στη Δύση: ο Μαξιμιανός αύγουστος με καίσαρα τον Κωνστάντιο Α' τον Χλωρό. Όταν διορίστηκαν οι καίσαρες και σχηματίστηκε η τετραρχία, πρακτικά ο κάθε συναυτοκράτορας κατείχε το ένα τέταρτο της παλιάς Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας. Ουσιαστικά με αυτή τη διοικητική μεταρρύθμιση, ο Διοκλητιανός προχώρησε στη διχοτόμηση της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας. Η ανατολική ήταν η μετέπειτα Βυζαντινή αυτοκρατορία. Για να γίνουν αυτές οι αλλαγές στο εσωτερικό, έπρεπε να διασφαλιστούν τα σύνορα του κράτους. Αυτό ακριβώς πέτυχε ο Διοκλητιανός. Από το 285 μέχρι το 299, νίκησε τους εξωτερικούς εχθρούς της αυτοκρατορίας. Μαζί με τον Γαλέριο εκστράτευσαν και νίκησαν την αυτοκρατορία των Σασσανιδών και έκλεισαν μαζί τους ειρήνη, με ευνοϊκούς όρους. Οι διοικητικές αλλαγές απαιτούσαν ευέλικτη διοίκηση κάτι που το πέτυχαν με τη δημιουργία νέων διοικητικών κέντρων. Αυτά ήταν η Νικομήδεια, τα Μεδιόλανα (σημ. Μιλάνο), το Σίρμιο (Sirmium, σημ. η Σρέμσκα Μιτρόβιτσα στη βόρεια Σερβία) και το Τριρ (Augusta Treverorum, σημ. πόλη Trier στο κρατίδιο Ρηνανία-Παλατινάτο της Γερμανίας). Έτσι οι αποφάσεις δεν παίρνονταν πια μόνο στη Ρώμη. Η πολιτική του Διοκλητιανού στηρίχτηκε στην απολυταρχία. Σε αυτή ο αυτοκράτορας έχει απεριόριστη δύναμη, χωρίς κανένα χωρισμό των εξουσιών αφού ο ίδιος έλεγχε και τις τρεις εξουσίες: τη νομοθετική, την εκτελεστική και τη δικαστική. Για να εδραιωθεί όμως το πολιτικό σύστημα θα έπρεπε να είναι πιο δίκαιο και να διαθέτει περισσότερα κυβερνητικά κτήρια αλλά και αξιόμαχο στράτευμα. Οι μεταρρυθμίσεις ολοκληρώθηκαν το 297, με την κατά το δυνατό, δίκαιη κατανομή των φορολογικών βαρών. Παρά τις σοβαρές προσπάθειες του Διοκλητιανού, η εσωτερική οικονομία δεν βελτιώθηκε.
Μετά την προσπάθεια για την επίλυση της οικονομικής κρίσης, ο Διοκλητιανός προχώρησε το 301 και σε νομισματική μεταρρύθμιση. Αντικατέστησε το χρυσό νόμισμα της αυτοκρατορίας (aureus) με τον σόλιδο (solidus). Το νόμισμα αντιπροσώπευε πάντοτε έναν μισθό στρατιώτη. Η κοπή όμως δεν ήταν επαρκής αφού κυκλοφόρησαν λίγα κέρματα και ουσιαστικά δεν είχαν επίπτωση στην πραγματική οικονομία. Οι διωγμοί των Χριστιανών, που ξεκίνησαν το 303 από τον Διοκλητιανό και συνεχίστηκαν για εννέα χρόνια, μέχρι το 312, ήταν οι μεγαλύτεροι που έγιναν μέχρι τότε στην αυτοκρατορία. Στόχος τους ήταν να σταματήσουν την εξάπλωση του Χριστιανισμού.
Οι δύο αύγουστοι, ο Διοκλητιανός και ο Μαξιμιανός, μετά από συνεννόηση, παραιτήθηκαν υπέρ των δύο καισάρων και αποσύρθηκαν ταυτόχρονα το 305. Ο Γαλέριος διαδέχθηκε τον Διοκλητιανό και τοποθέτησε καίσαρα τον ανιψιό του Μαξιμίνο Δάια ή Δάζα. Ο Κωνστάντιος Α' ο Χλωρός διαδέχθηκε τον Μαξιμιανό και διόρισε καίσαρα τον Φλάβιο Βαλέριο Σεβήρο ή Σεβήρο Β΄. Ο Διοκλητιανός αποσύρθηκε στο παλάτι του στις Δαλματικές ακτές, που σήμερα βρίσκεται στο κέντρο του Σπλιτ, και ασχολήθηκε με την καλλιέργεια κηπευτικών. Πέθανε το 311 σε ηλικία 66 ετών.
Ενώ στην αρχή της διακυβέρνησης του Διοκλητιανού, η αυτοκρατορία ήταν έτοιμη να καταρρεύσει, οι μεταρρυθμίσεις του της έδωσαν πνοή και εξακολούθησε να είναι πανίσχυρη και τους επόμενους δύο αιώνες. Ο πληθωρισμός και η αστάθεια στην αγορά δεν αντιμετωπίστηκαν όμως και διατάραξαν την κοινωνική γαλήνη και ξεκίνησαν έριδες που οδήγησαν στους «εμφύλιους πολέμους της τετραρχίας».
Ο Φλάβιος Βαλέριος Κωνστάντιος ή Κωνστάντιος Α΄, (Gaius Flavius Valerius Constantius, 250 - 306) γνωστός και ως Κωνστάντιος ο Χλωρός λόγω του χλωμού του προσώπου του, καταγόταν από την περιοχή της Δαρδανίας. Ήταν Ρωμαίος καίσαρας από το 293 μέχρι το 305. Τότε, μετά την παραίτηση του Μαξιμιανού, έγινε αύγουστος της Δύσης για έναν χρόνο (305-306). Ήταν ο πατέρας του Κωνσταντίνου Α΄ του Μεγάλου. Το 306 ο Κωνστάντιος Α΄ Χλωρός πέθανε από φυσικά αίτια στο York της Αγγλίας σε εκστρατεία εναντίον μιας συνομοσπονδίας κελτικών φυλών, των Πίκτων (Picts).
Ο Κωνσταντίνος Α΄(Flavius Valerius Constantinus, 272 - 337), γνωστός ως Κωνσταντίνος ο Μέγας και ως Άγιος Κωνσταντίνος ο Μέγας, κυβέρνησε από το 306 έως το 337. Μητέρα του ήταν η Αγία Ελένη, Ελληνίδα από την Μικρά Ασία. ‘Όταν ο πατέρας του, Κωνστάντιος Α΄ Χλωρός, το 293 έγινε καίσαρας στη Δύση, τον έστειλε στα ανατολικά όπου έφτασε στον βαθμό του χιλίαρχου. Το 305 μετατέθηκε στη Δύση με σκοπό να συνεκστρατεύσει μαζί του στη Βρετανία. Μετά τον θάνατο του πατέρα του, το 306, ο Κωνσταντίνος Α΄ , στο York, αναγορεύτηκε από τον στρατό, αύγουστος.
Μετά από εμφύλιες συρράξεις με τον Μαξέντιο και τον Λικίνιο, ο Κωνσταντίνος Α΄κατάργησε την τετραρχία, το 324. Ο Βαλέριος Λικινιανός Λικίνιος (Valerius Licinianus Licinius, 265 - 325) ήταν αυτοκράτορας από το 308 έως το 324, αρχικά της Δύσης και στη συνέχεια της Ανατολής. Ήρθε σε σύγκρουση με τους άλλους δύο συνδιαδόχους για τον θρόνο της Ρώμης. Ο Μάρκος Αυρήλιος Βαλέριος Μαξέντιος, (Marcus Aurelius Valerius Maxentius - 278 - 312) ήταν ο γιος του Μαξιμιανού και είχε πάρει τη θέση του πατέρα του από το 306 μέχρι το 312. Ταυτόχρονα ήταν και γαμπρός του άλλου αύγουστου της ανατολής, του Γαλέριου. Σε μία σειρά εμφύλιων πολέμων, ο Κωνσταντίνος Α΄τον νίκησε το 312 στην Μίλβια γέφυρα. Ήδη από την παραμονή της μάχης, το περίφημο όραμα του Κωνσταντίνου, δηλαδή ο φωτεινός σταυρός, που σχηματιζόταν με τα ελληνικά γράμματα Χ-Ρ και η επιγραφή «Εν τούτω νίκα» (in hoc signo vinces) είχαν δείξει τη μεταστροφή του Κωνσταντίνου απέναντι στον Χριστιανισμό. Αν και ο ίδιος ήταν ακόμη πιστός στους θεούς της Ρώμης, το νέο έμβλημα του αυτοκράτορα, που έμεινε γνωστό ως λάβαρο (labarum), αποτελούνταν από το σύμπλεγμα των ελληνικών γραμμάτων «Χ» και «Ρ» (χριστόγραμμα) πάνω σε κόκκινο ύφασμα και μπήκε και στις ασπίδες των στρατιωτών των λεγεώνων του. Ο Μαξέντιος πνίγηκε στον Τίβερη. Στη συνέχεια, το 313, ο Κωνσταντίνος Α΄συνυπόγραψε με τον Λικίνιο, το διάταγμα των Μεδιολάνων, που παραχωρούσε επίσημα, ανοχή στους Χριστιανούς. Το 324 ο Κωνσταντίνος Α΄ τον νίκησε στη μάχη της Χρυσούπολης και τον επόμενο χρόνο διέταξε την εκτέλεσή του. Από το 324 ο Κωνσταντίνος Α΄ήταν ο μοναδικός αυτοκράτορας.
[Το δυτικό τμήμα της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας θα ξαναεμφανιζόταν και πάλι μεταξύ του 3ου και του 5ου αιώνα. Μετά τον Κωνσταντίνο Α΄και ο Θεοδόσιος Α΄ κυβέρνησε ως μοναδικός αυτοκράτορας σε ολόκληρη τη ρωμαϊκή αυτοκρατορία. Όμως το 395, πριν πεθάνει, ο Θεοδόσιος Α΄ μοίρασε την αυτοκρατορία στους δυο γιους του. Ο Ονώριος πήρε τη Δύση και ο Αρκάδιος την Ανατολή. Το 476, στη μάχη της Ραβέννας, οι Γερμανοί νίκησαν και κατέκτησαν την Ιταλία. Αυτό θεωρείται και το τέλος της ενιαίας ρωμαϊκής αυτοκρατορίας. Το 480, ο αυτοκράτορας της Ανατολής Ζήνων αυτοανακηρύχτηκε μοναδικός αυτοκράτορας της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας αλλά ουσιαστικά αυτό που κέρδισε ήταν κάποιες υποτέλειες βαρβαρικών βασιλείων στην ανατολική αυτοκρατορία. Τον 6ο αιώνα ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός Α' έχοντας εδραιώσει τον θρόνο του και έχοντας εξασφαλίσει την ειρήνη με τους Πέρσες, με ασφαλή και ήσυχα τα ανατολικά του σύνορα, αποφάσισε να θέσει σε εφαρμογή το σημαντικότερο σχέδιό του, την ανακατάληψη του δυτικού τμήματος της αυτοκρατορίας και την αποκατάσταση της ενότητας του ρωμαϊκού κράτους, χωρίς όμως τελικά να τα καταφέρει].
Ο Κωνσταντίνος Α΄προχώρησε σε άμεσες και μεγάλες διοικητικές αλλαγές. Αφού μετά το λεγόμενο «διάταγμα των Μεδιολάνων» του 313, που είχε παραχωρήσει ελευθερία πίστεως στους Χριστιανούς, το 325, αν και ο ίδιος δεν ήταν ακόμη Χριστιανός, συγκάλεσε την πρώτη εκκλησιαστική Σύνοδο στη Νίκαια της Βιθυνίας, επιδιώκοντας να επικρατήσει ειρήνη στα εκκλησιαστικά θέματα της αυτοκρατορίας. Με αυτή την κίνηση, ο Κωνσταντίνος Α΄έβαλε τη χριστιανική εκκλησία στους θεσμούς της αυτοκρατορίας και οι επόμενες οικουμενικές σύνοδοι ακολούθησαν το πρότυπο της πρώτης οικουμενικής συνόδου. Ακόμα μια μεγάλη κίνηση του νέου αυτοκράτορα για την καταπολέμηση του πληθωρισμού, ήταν η αναδιοργάνωση του κράτους και το 309, ο Κωνσταντίνος Α' καθιέρωσε τον χρυσό σόλιδο, με σταθερό βάρος 4,5 γραμμαρίων, που μαζί με τους τέσσερις χάλκινους φόλλεις που επίσης επανέκδοσε, ήταν τα νομίσματα της αυτοκρατορίας. Υποδιαιρέσεις του σόλιδου ήταν ο μισός σόλιδος (semissis) και το τρίτο του (tremissis). Τότε κόπηκε μεγάλος αριθμός σόλιδων και η νομισματική μεταρρύθμιση του ο Κωνσταντίνου Α', ίσχυσε και για τους επόμενους αιώνες, από τον 4ο μέχρι τον 11ο. Η μεταφορά της πρωτεύουσας της αυτοκρατορίας από τη Ρώμη στην αρχαία αποικία, το Βυζάντιο, ήταν έργο του Κωνσταντίνου Α' που την ονόμασε Νέα Ρώμη (Nova Roma). Η νέα πρωτεύουσα γρήγορα μετονομάστηκε προς τιμή του, Κωνσταντινούπολη. Στο τέλος της ζωής του ασπάστηκε τον χριστιανισμό και ήταν ο πρώτος χριστιανός Ρωμαίος αυτοκράτορας.
Μια σημαντική απόφαση για την εξάπλωση του Χριστιανισμού ήταν η αναγνώρισή του ως επίσημη θρησκεία της αυτοκρατορίας, στις 27 Φεβρουαρίου του 380, με το «έδικτο της Θεσσαλονίκης» γνωστό και ως «Cunctos populos», που εκδόθηκε από κοινού από τρεις αυτοκράτορες: τον Θεοδόσιο Α', τον Γρατιανό και τον Ουαλεντινιανό Β΄: «επιθυμούμε όλα τα διάφορα υπήκοα έθνη [...] να ακολουθούν τη Θρησκεία, που παραδόθηκε στους Ρωμαίους από τον άγιο απόστολο Πέτρο». Ο αυτοκράτορας Θεοδόσιος Α' έγινε σκληρός διώκτης των παλιότερων θρησκειών. Το 381 με το «έδικτο κατά των αποστατών» επέβαλε πλήρη στέρηση των δικαιωμάτων σε όποιον χριστιανό επέστρεφε στη θρησκεία των εθνικών. Τον επόμενο χρόνο, απαγόρευσε κάθε θρησκευτική εκδήλωση ακόμα και την επίσκεψη σε αρχαίους ναούς, χαρακτηρίζοντας «παράφρονες» και «ιερόσυλους» τους εθνικούς. Το 384 έδωσε εντολή να αφανιστούν όλα τα αρχαία μνημεία: «Κανείς δεν θα μολυνθεί με θυσίες και σφάγια, κανείς δεν θα πλησιάσει ή θα εισέλθει σε ναούς, ούτε θα σηκώσει τα μάτια σε ομοιώματα φτιαγμένα από ανθρώπινο χέρι, διαφορετικά θα είναι ένοχος μπροστά στους ανθρώπινους και τους θεϊκούς νόμους». Το 392 έθεσε εκτός νόμου όλες τις αρχαίες θρησκείες.
Η αρχή του τέλους για τη δυτική αυτοκρατορία έγινε με την επιδρομή των Βησιγότθων και την κατάληψη της Ρώμης το 410. Ο Αλάριχος Α΄, επίσης γνωστός και ως Αλάριχος ο Μέγας (Alaricus, 370 - 410), ήταν αρχηγός των Βησιγότθων (395-410). Το 395 ξεκίνησε εκστρατεία και λεηλασίες στην ανατολική Ρωμαϊκή αυτοκρατορία και κυρίως στη βαλκανική χερσόνησο, φτάνοντας μέχρι και την Πελοπόννησο.
Ο Ιουστινιανός Α΄(Flavius Petrus Sabbatius Iustinianus, 482 - 565) γνωστός ως Ιουστινιανός ο Μέγας, με καταγωγή από τη Δαρδανία, μιλούσε λατινικά ως μητρική γλώσσα και ήταν αυτοκράτορας από το 527 έως τον θάνατό του, το 565. Προσπάθησε να αναβιώσει τη Ρωμαϊκή αυτοκρατορία επανακτώντας τα δυτικά εδάφη της. Η διακυβέρνησή του αποτελεί μια ξεχωριστή εποχή στην ιστορία της βυζαντινής αυτοκρατορίας και θεωρείται ένας από τους σημαντικότερους ηγεμόνες της. Στην εποχή του έγινε η μετάβαση από τη ρωμαϊκή αυτοκρατορία στο ανατολικό ρωμαϊκό κράτος. Ήταν μια εποχή που χαρακτηρίστηκε από ταραχές σε θρησκευτικά και εκκλησιαστικά ζητήματα. Τελικά ο Ιουστινιανός κατάφερε να ανακτήσει τις απομακρυσμένες περιοχές των Οστρογότθων και των Βανδάλων στη δυτική αυτοκρατορία, ενώ κατάφερε να επιβάλει την «αιώνια ειρήνη» με τους Πέρσες στα ανατολικά.
Οι εξελίξεις και οι μεταρρυθμίσεις στην αυτοκρατορία, έφταναν φυσικά και στην απομακρυσμένη από την κεντρική εξουσία Μεσσηνία. Διοικητικά, όπως άλλωστε και η υπόλοιπη Πελοπόννησος, αποτελούσε τμήμα της επαρχίας Αχαΐας με πρωτεύουσα την Κόρινθο. Στην ύστερη Ρωμαϊκή αυτοκρατορία, μια ομάδα περιφερειών (provincia) αποτελούσε την κυβερνητική περιφέρεια ή ρωμαϊκή διοίκηση (diocese) που είχε επικεφαλής τον εκπρόσωπο του πραιτοριανού έπαρχου, τον βικάριο (vicarius). Αρχικά υπήρχαν δώδεκα διοικήσεις που λίγο αργότερα, στα τέλη του 4ου αιώνα, έγιναν δεκατέσσερις. Από το 327, η επαρχία Αχαΐας και φυσικά η Μεσσηνία ανήκαν στη διοίκηση της Μακεδονίας. Το 395, εντάχθηκαν σε μια ευρύτερη διοικητική περιφέρεια, αυτήν του ανατολικού Ιλλυρικού (Praefectura praetorio per Illyricum).
Η θέση της Μεσσηνίας όμως, ως σταυροδρόμι στους θαλάσσιους δρόμους, έδειχνε πάντοτε την ιδιαίτερη αξία της. Οι παράλιες πόλεις της, η Κορώνη (το σημερινό Πεταλίδι), η Μεθώνη, η Ασίνη (η σημερινή Κορώνη) και η Αρκαδιά (η σημερινή Κυπαρισσία) είχαν κομβικό ρόλο στον ελλιμενισμό και την τροφοδοσία των πλοίων που ταξίδευαν στην ανατολική Μεσόγειο. Ανάλογο ρόλο ανεφοδιασμού και έκτακτης καταφυγής των πλοίων είχαν και οι παράλιοι οικισμοί της Πύλου του Κορυφάσιου, της Αβίας, της σημερινής περιοχής της Αγίας Κυριακής των Φιλιατρών αλλά και της Φοινικούντας. Το 365, ένας καταστροφικός σεισμός κατέστρεψε πολλές πόλεις της Μεσσηνίας. Ανάμεσά τους και τη Μεθώνη που εγκαταλείφθηκε από τους κατοίκους της και κατάντησε άντρο πειρατείας.
Ο ίδιος σεισμός αλλά και ο χριστιανικός μεσαίωνας είχαν ανάλογα αποτελέσματα και στη Μεσσήνη. Τα δημόσια κτήρια και τα ιερά εγκαταλήφθηκαν. Η πόλη πέρασε στην αφάνεια αφού καταρρέοντας η ρωμαϊκή αυτοκρατορία την συμπαρέσυρε. Μαζί τους κατέρρευσαν και άλλες πόλεις σε άλλες περιοχές αλλά και γενικότερα ο ελληνορωμαϊκός πολιτισμός. Και δεν έφταναν αυτές οι φυσικές καταστροφές. Τα διατάγματα καταστροφής των μνημείων του Θεοδόσιου Α΄προκάλεσαν ανεπανόρθωτες ζημιές στα πολιτιστικά έργα και τα καλλιτεχνικά δημιουργήματα των προηγούμενων αιώνων.
Κατά την επιδρομή των Βησιγότθων του Αλάριχου στην ελληνική χερσόνησο το 395, αυτοί λεηλάτησαν την Αττική, εκτός της Αθήνας. Ο Αλάριχος ως οπαδός του Αρείου το 396, εξάλειψε τα Μυστήρια της Ελευσίνας και στη συνέχεια εισέβαλε στην Πελοπόννησο. Εκεί κατέλαβε την Κόρινθο, το Άργος, και τη Σπάρτη και πούλησε πολλούς από τους κατοίκους τους ως δούλους. Το 397 οι Βησιγότθοι παγιδεύτηκαν στα βουνά της Φολόης και αποχώρησαν από την Πελοπόννησο.
Οι πηγές για την Ιστορία αυτής της εποχής είναι λίγες. Η κυριότερη από αυτές είναι η «Εκκλησιαστική Ιστορία» του Σωκράτη του σχολαστικού, που καλύπτει την παλαιοχριστιανική περίοδο κατά τη διάρκεια των ετών 305-439.
Η ζωή στην εύφορη Μεσσηνία, αν και ακολουθούσε τις ρωμαϊκές παραδόσεις, τις διοικητικές και κοινωνικές δομές, είχε διαφοροποιηθεί στην καθημερινή ζωή. Πολλά ευρήματα από αγροτικές επαύλεις και λουτρά έχουν εντοπιστεί στην Αγία Κυριακή, στο Διαλισκάρι των Γαργαλιάνων, στη Χώρα και στα Νιχώρια. Αυτά υποδηλούν την ευμάρεια πολλών επιφανών Μεσσήνιων γαιοκτημόνων. Από τα μέσα του 4ου αιώνα όμως, για πολλούς λόγους που επέφεραν οικονομικές δυσχέρειες και ύφεση, άρχισε μια σταδιακή μείωση και φτωχοποίηση του πληθυσμού που ζούσε πια ταπεινά. Σε αυτή την αλλαγή του τρόπου ζωής έπαιξε σημαντικό ρόλο και η χριστιανική θρησκεία που είχε πια εξαπλωθεί, χωρίς όμως να μπορεί να προσδιοριστεί ο ρυθμός της εξάπλωσης αλλά και της εμβέλειάς της. Η επίδραση της νέας θρησκείας και στη Μεσσηνία αποτυπώθηκε σε πολλές επιτύμβιες πλάκες που ανάγονται σε αυτή την εποχή. Κυρίως τα επίθετα: φιλάδελφος, φιλοπάτωρ, φιλομήτωρ που εντοπίζονται σε πολλές από αυτές, δείχνουν ακριβώς αυτό το πέρασμα σε μια νέα χριστιανική εποχή.
Με βεβαιότητα όμως μπορούμε να επισημάνουμε τη διάδοση του χριστιανισμού στη βυζαντινή Μοθώνη. Εκεί, στην ανατολική πλαγιά της Ποδαρίνας, της νότιας απόληξης του βουνού του Άγιο-Νικόλα, υπάρχει το λαξευτό κοιμητήριο του Αγίου Ονούφριου, όπου έχουν εντοπιστεί ταφές του δεύτερου μισού του 4ου και των αρχών του 5ου αιώνα. Από την ίδια εποχή εντοπίζονται και χριστιανικές ταφές στο υπόγειου ρωμαϊκού υπόκαυστου στη Χώρα καθώς και άλλες ταφές, στη Μεσσήνη.
Η βυζαντινή Μοθώνη πρωτοεμφανίζεται στα κείμενα του Προκόπιου («Ιστορία των πολέμων») το 533 μ.Χ., δηλαδή ένα χρόνο μετά τη στάση του «Νίκα» και την «αιώνια ειρήνη» με τους Πέρσες, όταν ο βυζαντινός στόλος έδεσε για λίγο στο λιμάνι της. Τότε, ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός έχοντας εξασφαλίσει την άμυνά του, προχώρησε στην προσπάθεια για ανακατάληψη του δυτικού τμήματος της αυτοκρατορίας. Ο πρώτος στόχος του Ιουστινιανού ήταν το βασίλειο των Βανδάλων στη βόρεια Αφρική, επειδή αυτοί, ως οπαδοί του Άρειου, ήταν διώκτες των Ορθόδοξων Χριστιανών, ξεκίνησε πολέμους στη βόρεια Αφρική εναντίον των Βανδάλων. Έστειλε τον στρατηγό Βελισσάριο, επικεφαλής του βυζαντινού στόλου, για να τους επιτεθεί. Πλέοντας για τη Σικελία και τη βόρεια Αφρική, λίγο έξω από τη Μοθώνη, έπεσε ο αέρας και ο στόλος αναγκάστηκε να δέσει στο λιμάνι της. Ακολούθησε αποβίβαση των ανδρών στην ακτή και επιθεώρηση από τους βυζαντινούς αξιωματικούς μετά την τακτοποίηση του στόλου.

[Φωτογραφία: Χρυσός σόλιδος Μεγάλου Κωνσταντίνου. Κεφαλή Μεγάλου Κωνσταντίνου, με την επιγραφή «CONSTANTI NVSPFAVG», Constantinus P(ius) F(elix) Aug(ustus). Δηλαδή: «Κωνσταντίνος, Ευσεβής και Ευλογημένος Αύγουστος»].