Το 1790, στο Σούλι, γεννήθηκε ο Μάρκος, το δεύτερο παιδί του Κίτσου Μπότσαρη (1754–1813). Ο Κίτσος, δυό χρόνια αργότερα, ανέλαβε αρχηγός της φάρας των Μποτσαραίων.
Ο Αλή πασάς, το 1803, μετά από πολυετή πολιορκία, υπέταξε το Σούλι. Οι Σουλιώτες καταδιωκόμενοι, κατέληξαν στα Επτάνησα. Ο Κίτσος Μπότσαρης δεν δέχτηκε να συνθηκολογήσει και μαζί με τον Νότη Μπότσαρη, επικεφαλής περίπου χιλίων τετρακοσίων Σουλιωτών κατέφυγαν στην Ιερά Μονή Σέλτσου, στην Άρτα. Εκεί όμως αποκλείστηκαν, για τέσσερις μήνες, από τα στρατεύματα του Αλή πασά. Τον Απρίλιο του 1804, μετά από προδοσία, ακολούθησε τρομερή σφαγή. Γλύτωσαν εξήντα πέντε Σουλιώτες. Κατέφυγαν στην Πάργα και από εκεί πέρασαν στην Κέρκυρα που βρισκόταν υπό γαλλική κατοχή. Ο δεκατετράχρονος Μάρκος Μπότσαρης κατατάχθηκε στο «αλβανικό σύνταγμα» που είχαν συγκροτήσει οι Γάλλοι, ακολουθώντας στρατιωτική καριέρα. Έφτασε στον βαθμό του εκατόνταρχου και παράλληλα, ενώ, λόγω των συνθηκών δεν είχε ιδιαίτερη σχολική παιδεία, το 1809, σε ηλικία δέκα εννέα ετών, με την προτροπή του Γάλλου πρόξενου στα Γιάννενα, στην αυλή του Αλή πασά, François Pouqueville, συνέγραψε το «Λεξικό της Ρομαϊκοίς και Αρβανιτικοίς Απλής».
Αυτή την εποχή οι Μποτσαραίοι επέστρεψαν στην Ήπειρο. Το ίδιο και ο Μάρκος με τη δεύτερη γυναίκα του. Κρατήθηκε για ένα διάστημα, όμηρος στην αυλή του Αλή πασά. Ήταν ο εγγυητής της πίστης της φάρας του στον Αλή Πασά. Εκεί φοίτησε στο «πολεμικό σχολείο» της αυλής και διδάχτηκε την στρατιωτική τακτική των Οθωμανών.
Το 1813, ο Κίτσος Μπότσαρης δολοφονήθηκε στην Άρτα, από τον Γώγο Μπακόλα. Η δολοφονία του έγινε μετά από μυστική εντολή του Αλή Πασά, που σχεδίαζε να εξοντώσει έτσι όλους τους ηγέτες των Σουλιωτών. Ο Μάρκος τον επόμενο χρόνο, διαδέχθηκε τον πατέρα του στην αρχηγία των Μποτσαραίων και εγκαταστάθηκε στον Κακόλακκο, στην περιοχή του Πωγωνίου. Εκεί γεννήθηκε και ο γιος του Δημήτριος (1814-1871). Λίγο αργότερα ο Μάρκος μυήθηκε στη Φιλική Εταιρεία. Το 1820, ο Αλή Πασάς στράφηκε εναντίον του σουλτάνου. Αυτός κήρυξε τον Αλή πασά αποστάτη και έστειλε ισχυρά στρατεύματα να τον εξοντώσουν. Οι Σουλιώτες είδαν τη μοναδική ευκαιρία. Ο Μάρκος Μπότσαρης ήρθε σε μυστική συμφωνία με τον Αλή πασά και δέχτηκε να πολεμήσει στο πλευρό του, εναντίον των Τούρκων. Ως αντάλλαγμα ο Αλή θα τους έδινε πίσω το Σούλι. Για να ισχύσει η συμφωνία αντάλλαξαν ομήρους. Ο Μάρκος Μπότσαρης έστειλε στα Γιάννενα την οικογένειά του ενώ ο Αλή έστειλε στο Σούλι τα εγγόνια του.
Η συμμαχία με τον Αλή κράτησε ετοιμοπόλεμους τους Σουλιώτες. Έτσι στο ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης του 1821, λειτούργησαν ως αντιπερισπασμός αφού στο πλευρό του Αλή, απασχολούσαν ισχυρές τουρκικές δυνάμεις στην ´Ήπειρο. Ο Αλή πασάς εξοντώθηκε τελικά από τον Χουρσίτ Πασά τον Ιανουάριο του 1822 και οι Τούρκοι στράφηκαν εναντίον του Σουλίου. Τότε ο Μάρκος Μπότσαρης αναδείχθηκε σε έναν από τους κορυφαίους στρατηγούς της Ελληνικής Επανάστασης. Τον Ιούλιο του 1822, μαζί με το τάγμα των Φιλελλήνων, υπό τον Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο, κινήθηκαν προς την Άρτα και το Πέτα για να βοηθήσουν τους Σουλιώτες, που ήταν αποκλεισμένοι στο Σούλι από τις δυνάμεις του Χουρσίτ Πασά.
Η μάχη του Πέτα στις 4 Ιουλίου 1822, κατέληξε όμως σε καταστροφική ήττα για τις ελληνικές δυνάμεις και τους Φιλέλληνες. Τον Σεπτέμβριο χάθηκε οριστικά το Σούλι. Ο Μάρκος Μπότσαρης κατέβηκε στο Μεσολόγγι. Εκεί αμέσως ξεκίνησε πολιορκία από τους Τούρκους του Κιουταχή και του Ομέρ Βρυώνη. Ο Μπότσαρης μαζί με τον Μαυροκορδάτο, οργάνωσαν την άμυνα της πόλης. Χρησιμοποιώντας τα «καπάκια», δηλαδή μυστικές, προσωρινές συμφωνίες ή ανακωχές που έκαναν με τους Τούρκους, για να τους καθυστερήσουν, περιμένοντας να φτάσουν οι ελληνικές ενισχύσεις από τη θάλασσα. Και τα κατάφεραν αφού τα Χριστούγεννα οι Τούρκοι έλυσαν την πολιορκία και αποχώρησαν.
Το καλοκαίρι του 1823, η Προσωρινή Κυβέρνηση διόρισε τον Μπότσαρη, Στρατηγό της Δυτικής Ελλάδας. Παρά την άρνησή του, ο Μπότσαρης μπήκε επικεφαλής τετρακοσίων πενήντα Σουλιωτών και με έφοδο, τη νύχτα της 8ης προς την 9η Αυγούστου 1823, στο Κεφαλόβρυσο του Καρπενησίου επιτέθηκε στο στρατόπεδο των δεκαπέντε χιλιάδων Αλβανών του Μουσταή πασά, που κατέβαινε για να χτυπήσει το Μεσολόγγι. Ο Μάρκος Μπότσαρης, μόλις 33 ετών, σκοτώθηκε στη μάχη. Ο θάνατός του αποτέλεσε πηγή έμπνευσης σε όλη την Ευρώπη.
Ο τάφος του, στον Κήπο των Ηρώων στο Μεσολόγγι, φιλοτεχνημένος το 1837 από τον Γάλλο γλύπτη David d’Angers έπεσε πολλές φορές θύμα βεβηλωτικής μανίας. Επειδή ο γιος του Μάρκου Μπότσαρη, Δημήτριος, ήταν υπασπιστής του Όθωνα οι αντιφρονούντες στοχοποιούσαν τον τάφο του Ήρωα για να εκδικηθούν. Όταν ο Γάλλος γλύπτης David d'Angers, επισκέφθηκε την Ελλάδα το 1852 και είδε το έργο του ακρωτηριασμένο από τους βανδαλισμούς, ζήτησε να μεταφερθεί πίσω στη χώρα του για αποκατάσταση. Μετά τον θάνατό του, τον Ιανουάριο του 1856, οι μαθητές του ολοκλήρωσαν την αποκατάσταση στο Παρίσι. Το έργο παρέμεινε για δύο χρόνια στο Λούβρο και ξαναγύρισε στην Ελλάδα. Δεν τοποθετήθηκε όμως στην αρχική θέση του. Αρχικά φυλάχτηκε σε κρατικούς χώρους. Εκτέθηκε για πρώτη φορά το 1884 στη μεγάλη Έκθεση των Κειμηλίων του Ιερού Αγώνα στο Πολυτεχνείο. Η έκθεση αυτή διοργανώθηκε από την Ιστορική και Εθνολογική Εταιρεία της Ελλάδος (ΙΕΕΕ) και αποτέλεσε τον πυρήνα για τη δημιουργία του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου στην Αθήνα. Για πολλές δεκαετίες οι συλλογές στεγάζονταν σε αίθουσες του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου. Το 1960, παραχωρήθηκε στην ΙΕΕΕ το Μέγαρο της Παλαιάς Βουλής στην οδό Σταδίου, όπου και μεταφέρθηκαν οι συλλογές.. Τα επίσημα εγκαίνια του Μουσείου έγιναν στις 21 Ιουνίου 1962.
Στη θέση του τάφου, στον Κήπο των Ηρώων, στο Μεσολόγγι, το 1915-1916 τοποθετήθηκε αντίγραφο του αρχικού έργου του David d'Angers, που φιλοτέχνησε ο Έλληνας γλύπτης Γεώργιος Μπονάνος.
(Στη φωτογραφία: Λαϊκή λιθογραφία του Μάρκου Μπότσαρη)
