Η Κορώνη, όπως και η γειτονική Μεθώνη έζησαν δύο περιόδους βενετικής κυριαρχίας που λόγω της σπουδαιότητας των λιμανιών τους, τους αποδόθηκε ο χαρακτηρισμός οφθαλμοί της Δημοκρατίας. Όταν για δεύτερη φορά οι Βενετοί κατέλαβαν την Κορώνη, το καλοκαίρι του 1685, εντυπωσιάστηκαν από τα εμπορεύματα και τα λάφυρα που συνέλεξαν. Παρατήρησαν ότι επρόκειτο για μια πόλη πλούσια, με ευρύχωρη και εύφορη ενδοχώρα, κατοικημένη από ευκατάστατους μουσουλμάνους που κατοικούσαν μέσα στο κάστρο, ενώ οι χριστιανοί (ορθόδοξοι) με τον επίσκοπό τους κατοικούσαν έξω από αυτό. Στο προάστιο (Μπούργος) κατοικούσαν επίσης, σύμφωνα με τον ανώνυμο συντάκτη της Βιβλιοθήκης Querini Stampalia (1687-88), «Εβραίοι πλούσιοι και έμποροι περιωπής». Αργότερα, στην ευρύτερη περιοχή της Κορώνης κατέφυγαν πρόσφυγες ρωμαιοκαθολικοί Χιώτες, οι οποίοι δημιούργησαν βιοτεχνία μεταξιού και ενίσχυσαν το λατινικό δόγμα. Οι νέοι κυρίαρχοι εγκαταστάθηκαν στο φρούριο, διόρισαν τοπικό διοικητή τον προνοητή και σύστησαν αστική κοινότητα (1686).
Η δοξολογία για την «απελευθέρωση» της πόλης από τις οθωμανικές δυνάμεις τελέστηκε στο κεντρικό τζαμί, που αποτυπώνεται ως Chiesa de la Madona delle Gratie στο βενετικό σχέδιο αρ. Ι της συλλογής Grimani της Γενναδείου Βιβλιοθήκης (περ. 1700), στα δυτικά του δρόμου της αγοράς, και σε άμεση σχέση με την εσωτερική πύλη της ακρόπολης, έχοντας στη βορεινή πλευρά του ένα μεγάλο υπαίθριο χώρο. Συναμα, η Κοινότητα της Κορώνης ζήτησε την άδεια για την ανοικοδόμηση ορθόδοξου ναού μέσα στο κάστρο, αίτημα το οποίο απορρίφθηκε. Σε αντιστάθμισμα αυτής της απόφασης, οι Βενετοί ενίσχυσαν τον ορθόδοξο μητροπολιτικό ναό του Αγίου Δημητρίου με εκτάσεις εκτός της πόλης (7 Απριλίου 1686), καθώς και με 1.500 ελαιόδεντρα και 2 γεωτεμάχια. Στοιχεία τα οποία καταγράφονται στην απογραφή της ορθόδοξης εκκλησιαστικής περιουσίας του 1700, στην οποία όμως δεν συμπεριλαμβάνεται ο ρωμαιοκαθολικός ναός του San Rocco.
Η εκκλησία του San Rocco, με αρκετή ασφάλεια, μπορεί να τεκμηριωθεί ότι ανοικοδομήθηκε το 1689, και αυτό διότι στην δυτική πλευρά (εσωτερικά) υπάρχει εντοιχισμένη μαρμάρινη λατινική επιγραφή, που συνδέει τον άγιο με την επιδημία πανώλης που ενέσκηψε στην πόλη το 1688-1689. Πρόκειται για τον ρωμαιοκαθολικό Άγιο Ρόκκο, προστάτη από τους λοιμούς, η αδελφότητα του οποίου εντοπίζεται στη Βενετία ήδη από 1478, όταν η πανώλη ξέσπασε στην ομώνυμη πόλη. Στις βενετοκρατούμενες περιοχές του ελλαδικού χώρου, και πιο συγκεκριμένα στη Νάξο, στην Κέρκυρα, στον Χάνδακα (Ηράκλειο), στα Χανιά, στα Κύθηρα και στην Κορώνη, ανοικοδομήθηκαν ναοί προς τιμήν του σε ανάμνηση τέτοιων επιδημιών. Αξίζει να σημειώσουμε ότι ο πρώτος που είδε και δημοσίευσε την επιγραφή του San Rocco - Αγίου Χαραλάμπους, «MDCLXXXIX [=1689] DIVO ROCHO, OB VRBEM A PESTE LIBERATAM, MILITIAE VOTVM, MDCLXXXXVIII [= 1698], ADEMPTVM», (1689 ΣΤΟΝ ΑΓΙΟ ΡΟΚΟ ΓΙΑ ΤΗΝ ΣΩΤΗΡΙΑ ΑΠΟ ΘΑΝΑΤΗΦΟΡΟ ΛΟΙΜΟ ΕΥΧΗ ΤΩΝ ΣΤΡΑΤΙΩΤΩΝ 1687 ΛΗΦΘΕΙΣΑ) ήταν ο Γεώργιος Λαμπάκης, στο Δελτίο της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρείας.
Η σημασία της επιγραφής είναι ότι οι βενετοί στρατιώτες, το 1698, ευχαριστούσαν τον Άγιο Ρόκκο για τη σωτηρία της πόλης από την πανώλη του 1689, γεγονός που αποτελεί σαφή ένδειξη για το χρόνο ανέγερσης του ναού. Ο ναός θα λειτουργήσει στο βραχύ διάστημα της δεύτερης βενετοκρατίας ως ρωμαιοκαθολική μητρόπολη, ενώ στην τρίτη οθωμανική περίοδο (1715-1821), ως μουσουλμανικό τέμενος. Θα μετατραπεί εκ νέου σε χριστιανικό ναό, μετά την παράδοση της πόλης και του φρουρίου, στις γαλλικές δυνάμεις του ταξίαρχου Tiburce-Sebastiani, του Γαλλικού Εκστρατευτικού Σώματος του Μοριά, στις 7 Οκτωβρίου 1828. Πιο συγκεκριμένα, στις 21 Οκτωβρίου του ίδιου έτους, ο ναός καθαγιάστηκε σε ορθόδοξο από τον επίσκοπο Ανδρούσης Ιωσήφ και αφιερώθηκε στον Άγιο Χαράλαμπο, αντίστοιχα ορθόδοξο προστάτη από την πανώλη, όπως άλλωστε μαρτυρεί και το συναξάρι του, «… εἰς ὅποιον τόπον εὑρεθῇ τεμάχιον ἀπὸ τὸ λείψανόν μου καὶ εἰς ὅποιαν χώραν θέλουν ἑορτάζει τὴν μνήμην τοῦ Μαρτυρίου μου, νὰ μὴ γίνει ποτὲ πείνα εἰς αὐτόν, οὔτε πανώλης νὰ θανατώνη τοὺς ἀνθρώπους ἄωρα …».
Από το 1828 έως και το 1858, ο ναός του Αγ. Χαραλάμπους αποτέλεσε τη δεύτερη κατά σειρά ενορία της Κορώνης, μετά από αυτή του Αγ. Δημητρίου, στην οποία εκκλησιάζονταν τα παραδοσιακά στρώματα τη πόλης, που κατοικούσαν εντός του κάστρου. Έχοντας υπόψη μας, μια σειρά διαθηκών, της οθωνικής περιόδου (1833-1862), που ανήκει στα συμβολαιογραφικά αρχεία της περιφέρειας του τέως ειρηνοδικείου Κορώνης, νυν Παμίσου (έδρα: Κορώνη), και καλύπτει την περίοδο 1836-1936, είμαστε σε θέση να γνωρίζουμε αρκετές πληροφορίες που συνδέονται με την πορεία της εκκλησίας έως και το 1859.
Αναλογιζόμενοι τα παραπάνω αρχειακά τεκμήρια, μπορούμε να υποθέσουμε ότι ο παλαιότερος γνωστός εφημέριος του ναού, σε άγνωστη όμως χρονική περίοδο, υπήρξε ο ιερέας Κωνσταντίνος Οικονόμου-Ιεροψάλτης, ο οποίος συνέταξε τη διαθήκη του στις 12 Απριλίου 1849, και μεταξύ άλλων κατέλειπε μέρος της περιουσίας του και στην εκκλησία του Αγ. Χαραλάμπους. Όμως, η πρώτη αναφορά σε μετά θάνατον ευεργεσίες για τη λύτρωση και τη σωτηρία της ψυχής του αποθνήσκοντος (ψυχικά) σημειώνεται στη διαθήκη της Χριστίνας Μπουλιγαρίτζας από τη Κορώνη, που συντάχθηκε στις 18 Απριλίου 1838.
Προχωρώντας, αξίζει να επισημάνουμε ότι πλησίον του ναού λειτουργούσε και κοιμητήριο, όπως και παραπλεύρως του Αγ. Δημητρίου. Η χρήση των δύο κοιμητηρίων θα τερματιζόταν με απόφαση του δημοτικού συμβουλίου Κολωνίδων, μέσω τη δημιουργίας ενός ενιαίου κοιμητηρίου με βάση το μέχρι πρότινος κοιμητήριο του Αγ. Χαραλάμπους. Έτσι, από το 1857 ορίστηκε ένα «τακτικό» κοιμητήριο, που όμως διαιρέθηκε σε δύο τμήματα, στο νότιο, που θα κάλυπτε τις ανάγκες των χαμηλών και μεσαίων στρωμάτων της πόλης, και στο βόρειο, που απευθυνόταν στην τοπική ελίτ, τη γαιοκτητική τάξη και τα ανερχόμενα αστικά στρώματα. Με τον τρόπο αυτό, ο ναός έπαψε να
χρησιμοποιείται ως ενοριακός και μετατράπηκε στον κύριο κοιμητηριακό ναό της πόλης, 18 λειτουργία που ανακόπηκε βίαια με την πυρκαγιά της 25ης Νοεμβρίου 2012.
Το 2017, πέντε χρόνια μετά την καταστροφική πυρκαγιά, το Δίκτυο Φίλων Κάστρου Κορώνης με αίτημά του προς την Εφορεία Αρχαιοτήτων Μεσσηνίας και την έγκριση και τις ευχές του Σεβασμιώτατου μητροπολίτη Μεσσηνίας κ.κ. Χρυσοστόμου ανέλαβε την άδεια αποκατάστασης του ναού στην αρχική του μορφή. Έτσι, σε διάστημα περίπου εννέα ετών, 2017-2026, αποκαταστάθηκε η στέγη, εμβαδού 220 τ.μ., η εσωτερική και εξωτερική τοιχοποιία, η σοβαρή επισκευή των ακρογωνιαίων λίθων της Δυτικής και Νότιας Γωνίας από ενέματα κλπ. Η ηλεκτρολογική εγκατάσταση, η βάση του μιναρέ και το υψηλότερο σημείο αυτού, όπου είναι τοποθετημένο το καμπαναριό, τοποθετήθηκαν θύρες και παράθυρα από συμπαγές σίδηρο, αποκαταστάθηκε η Αγία Τράπεζα και το τέμπλο, ενώ ολοκληρώθηκε και η εσωτερική επίστρωση του ναού με πλακίδια κ.α.
Οι εργασίες για την πλήρη αποπεράτωση του Αγ. Χαραλάμπους, ώστε να καταστεί εκ νέου λειτουργικός, προχωρούν με ιδιαίτερα εντατικούς ρυθμούς, ενώ έχει ξεκινήσει και η αποκατάσταση των λίθινων εξωτερικών πεζουλιών της βόρειας και της δυτικής πλευράς καθώς και η αγιογράφηση των εξ (6) δεσποτικών εικόνων του τέμπλου. Η αποκατάσταση του ναού πραγματοποιείται υπό την επίβλεψη του επιστημονικού προσωπικού της οικείας Εφορείας Αρχαιοτήτων, με το μεγαλύτερο μέρος των εξόδων να έχει καλυφθεί από την γενναιόδωρη χορηγία του Φιλάρετου Καλτσίδη, δωρεές πιστών σε τραπεζικό λογαριασμό, καθώς και από την εθελοντική εργασία αρκετών τεχνιτών.
