Επίσης υπάρχει και μια σειρά από παρατηρήσεις σε αρκετά σημεία τα οποία αναφέρει το σχέδιο του ΠΔ, που έχει κατατεθεί για έγκριση νομιμότητας από το Συμβούλιο της Επικρατείας.
Συγκεκριμένα, σύμφωνα με πληροφορίες που υπάρχουν -και αφορούν την απόφαση του ΣτΕ για το σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος «Χαρακτηρισμός των χερσαίων και θαλάσσιων περιοχών των «GR2330005: Θίνες και παραλιακό δάσος Ζαχάρως, Λίμνη Καϊάφα, Στροφυλιά, Κακόβατος», «GR2330008: Θαλάσσια περιοχή Κόλπου Κυπαρισσίας: Ακρ. Κατάκολο - Κυπαρισσία» και «GR2550005: Θίνες Κυπαρισσίας (Νεοχώρι - Κυπαρισσία)» ως «περιφερειακό πάρκο Κόλπου Κυπαρισσίας», καθορισμός ζωνών προστασίας, καθορισμός χρήσεων, όρων και περιορισμών δόμησης-, τα βασικά σημεία των παρατηρήσεων που γίνονται έχουν να κάνουν με το γεγονός ότι η ειδική περιβαλλοντική μελέτη προτείνει περιφερειακό πάρκο και όχι εθνικό, πράγμα που όπως σημειώνεται στην απόφαση έρχεται σε αντίθεση με τις ειδικότερες περιγραφές και παραδοχές της μελέτης.
Αναφορά γίνεται και για την περιοχή της Ελαίας, σχετικά με την δόμηση μεταξύ των δύο ζωνών προστασίας της φύσης, όπου είχε προταθεί μια περιοχή οικιστικής ανάπτυξης. Σημειώνεται πως ανεξάρτητα από το γεγονός ότι σε κάθε περίπτωση στα εθνικά πάρκα δεν προβλέπονται περιοχές οικοανάπτυξης, από την ΕΠΜ δεν εξετάσθηκε εάν η οικοδομική δραστηριότητα στις περιοχές που προτείνεται να χαρακτηρισθούν ως ΠΟΙΚ συνάδει με τον σκοπό προστασίας και αποκαταστάσεως των ευαίσθητων οικοσυστημάτων, τα οποία αποτελούν αντικείμενο της μελέτης αυτής.
Για τους οικισμούς που εμπίπτουν στις περιοχές "Natura", επισημαίνεται ότι πρέπει να οριοθετηθούν προσηκόντως, με διάταγμα. Για εγκαταστάσεις και έργα εκτός οικισμών, εφόσον είναι νομίμως αδειοδοτημένα και κρίνεται αιτιολογημένα ότι συνάδουν με τους στόχους προστασίας, τονίζεται ότι θα μπορούσε να ορισθεί στο διάταγμα ότι επιτρέπεται η διατήρηση, η συντήρηση, καθώς και ο ήπιος εκσυγχρονισμός τους.
Τέλος η απόφαση σημειώνει πως το Τμήμα του ΣτΕ δεν προέβη στο παρόν στάδιο σε πλήρη επεξεργασία, από άποψη νομιμότητας και νομοτεχνική, όλων των προτεινόμενων ρυθμίσεων, καθόσον το σχέδιο κρίνεται, προεχόντως, μη νόμιμο για παράβαση ουσιώδους τύπου της διαδικασίας. Συνεπώς, οι διατάξεις του σχεδίου για τις οποίες δεν διατυπώνονται παρατηρήσεις δεν έχουν τύχει επεξεργασίας ούτε ως προς την ουσιαστική τους νομιμότητα ούτε ως προς τη νομοτεχνική τους αρτιότητα.
