Αμέσως αποφασίστηκε η αναβολή της αναχώρησης και άρχισαν οι εργασίες αποκατάστασης, ώστε το Νιόκαστρο να παραδοθεί σε καλή κατάσταση από τους Γάλλους του Maison. Για τις επισκευές στο Νιόκαστρο αλλά και την αναμόρφωση της ευρύτερης περιοχής από το γαλλικό εκστρατευτικό σώμα του N.J. Maison ο J. Buchon το 1843 στο βιβλίο του: « La Gréce Continentale et la Morée » αναφέρει ότι:

…«ποτέ χρήμα δεν τοποθετήθηκε καλύτερα από εκείνο που δαπανήσαμε για την Ελλάδα. Αφήσαμε εκεί ευγενικές αναμνήσεις»…

Την ίδια περίοδο κατασκευάστηκε, από το γαλλικό εκστρατευτικό σώμα, στα αριστερά της σημερινής εισόδου, το επιβλητικό κτήριο στρατωνισμού των Γάλλων στρατιωτών, το κτήριο ή καζάρμα ή στρατώνες του Maison. Εκεί από τον Αύγουστο του 2018, μετά την ανακαίνιση του κτηρίου στεγάζεται το Αρχαιολογικό Μουσείο της Πύλου. Παλιότερα ο όροφος του κτηρίου είχε φιλοξενήσει τη “Μεσσηνιακή Βιβλιοθήκη”, δωρεά του Πύλιου εκδότη Νότη Καραβία.

Στον περίβολο του φρουρίου, στο ανακαινισμένο κτήριο του πασά, το οποίο αποδίδεται στον Ιμπραήμ και κατά την γερμανοιταλική κατοχή χρησιμοποιήθηκε ως φυλακή, μετά το 2010 λειτουργεί η Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων.

Η ακρόπολη, ο Ιτσκαλές των απομνημονευμάτων του Μακρυγιάννη, μετά την απελευθέρωση κατά την Οθωνική περίοδο και για περισσότερο από εκατό χρόνια, χρησιμοποιήθηκε ως φυλακή κυρίως βαρυποινιτών κρατουμένων. Το Νιόκαστρο αντικατέστησε το Παλαμήδι. Ο περίβολός της χωρίστηκε με ψηλούς τοίχους, ακτινωτά γύρω από την κεντρική παλιά δεξαμενή, σε πέντε τομείς. Στους τέσσερις από αυτούς υπήρχαν τα άθλια κελιά των κρατουμένων. Ο πέμπτος περιέκλειε την ανηφορική λιθόστρωτη είσοδο στις επάλξεις, τα μαγειρεία και βέβαια την κεντρική είσοδο της ακρόπολης. Οι δύο σκάλες, που οδηγούν από τον περίβολο στις επάλξεις, είχαν σφραγιστεί. Η είσοδος των κρατουμένων στους τομείς γινόταν με κινητή σιδερένια σκάλα σαν να ήταν ο κάθε τομέας “λάκκος λεόντων”. Οι διακόσιοι και περισσότεροι βαρυποινίτες, μέσα σ’ αυτό το νεκροταφείο των ψυχών, απλά περίμεναν. Αλλος το χρόνο για την αποφυλάκιση κι άλλος το πρωινό της εκτέλεσης από κάποιο απόσπασμα χωροφυλάκων σ’ έναν από τους γύρω λόφους. Οι δεσμοφύλακες διέμεναν στο κτήριο των στρατώνων του Maison. Η απόγνωση, η θλίψη, η δυστυχία, ο τρόμος αλλά και η ανάγκη για τη διαιώνιση του ονόματος, είναι αποτυπωμένη και σήμερα πάνω στους πωρόλιθους, όπου “αυτόγραφα” αρχικά ή πλήρη ονόματα μαζί με ημερομηνίες θυμίζουν το πέρασμα κάποιου δυστυχισμένου κρατουμένου ή δεσμοφύλακα από εδώ, αλλά και τον ανθρώπινο πόνο που στοιβάχτηκε σ’ αυτήν την όμορφη ακρόπολη. Σήμερα ο περίβολος της παλιότερης φυλακής, αφού ενοποιήθηκε και πάλι μετά το γκρέμισμα των διαχωριστικών τοίχων, έγινε κέντρο πολιτιστικής ανάπτυξης. Τα κελιά της παλιάς φυλακής μετά από τις εργασίες αποκατάστασης του φρουρίου που ξεκίνησαν την άνοιξη του 1982 και τελείωσαν το 1987, έγιναν εργαστήρια του Κέντρου Υποβρυχίων Αρχαιολογικών Ερευνών, μετά από ενέργειες του τότε εφόρου Εναλίων Αρχαιοτήτων Γεωργίου Παπαθανασόπουλου. Η κεντρική πυριτιδαποθήκη της ακρόπολης έχει μετατραπεί σε μικρή αίθουσα πολλαπλών χρήσεων για συνέδρια ή εκθέσεις. Ανάλογη άλλωστε ήταν και η αρχική χρήση της αίθουσας και τον καιρό του Evliya Çelebî, αφού αυτή η αίθουσα ήταν ο χώρος όπου συνεδρίαζαν οι αγάδες και οι άνθρωποί τους.

Μια ζοφερή περιγραφή του Νιόκαστρου και της περιοχής υπάρχει στο έργο του Edgar Quinet “Η νέα Ελλάδα και οι σχέσεις της με την αρχαιότητα” (1830). Ο νεαρός Γάλλος αρχαιολόγος Quinet (1803-1875) ήταν μέλος της επιστημονικής αποστολής του βασιλιά της Γαλλίας Καρόλου Χ, που είχε τον επίσημο τίτλο “Expedition Scientifique de Morée”. Ο προγραμματισμός της αποστολής είχε οργανωθεί από το Institute de France και είχε επιστημονικό προσωπικό δεκαεννέα ατόμων. Αρχαιολόγοι, αρχιτέκτονες, φυσικοί, γεωγράφοι, τοπογράφοι, μηχανικοί και άλλοι ακολούθησαν αυτή την μεγάλης αξίας αποστολή. Η περιγραφή του Quinet αφορά την πρώτη εντύπωση, από την άφιξη στο Ναβαρίνο, στις 3 Μαρτίου 1829:

…«Στην είσοδο του όρμου, πάνω στην πλαγιά ενός μεγάλου βράχου, τα τείχη του Ναβαρίνου, με τις πολεμίστρες, τις μικρές σκοτεινές πύλες και τα στοιβαγμένα χαλάσματα, έμοιαζαν σαν αγροτικό νεκροταφείο, που οι τάφοι του είχαν ανοιχθεί και οργωθεί. Στην κορυφή, ο λευκός μιναρές ενός γκρεμισμένου τζαμιού που το σκέπαζε ένας φοίνικας, φάνταζε σαν μισοξαπλωμένος στο πλάι πασάς, που αγναντεύει από κει τη θάλασσα και τα νησιά»…

Μια ακόμη ανάλογη περιγραφή του μετεπαναστατικού κλίματος στην περιοχή δίνεται γλαφυρά και από τον Amaury Duval σχεδιαστή του αρχαιολογικού τμήματος της γαλλικής Expédition Scientifique du Morée μετά την άφιξή του στο Νιόκαστρο το Μάρτιο του 1829:

…« Μόλις πάτησα στη στεριά βρέθηκα μπροστά στο πιο φριχτό θέαμα της ζωής μου. Ανάμεσα σε μερικά ξύλινα παραπήγματα, στημένα στην ακτή, έξω από την ερειπωμένη πόλη, κυκλοφορούσαν κάτισχνοι και ρακένδυτοι άνδρες, γυναίκες και παιδιά χωρίς τίποτα ανθρώπινο στα χαρακτηριστικά τους. Αλλοι χωρίς μύτη, άλλοι χωρίς αφτιά, όλοι με λίγο-πολύ ανοιχτές πληγές. Μα εκείνο που πιο πολύ μας αναστάτωσε ήταν ένα παιδάκι τεσσάρων ή πέντε χρόνων που το κρατούσε ο αδερφός του από το χέρι. Ζύγωσα. Τα μάτια του ήταν βγαλμένα. Οι Τούρκοι και οι Αιγύπτιοι δεν λυπήθηκαν τίποτα σ’ αυτό τον πόλεμο» (Κυριάκου Σιμόπουλου: «Πώς είδαν οι ξένοι την Ελλάδα του ’21» τομ. Ε, Αθήνα 1984).

Στο “ταξίδι στην Ελλάδα” του Henri Belle λίγο αργότερα, από το 1861 μέχρι το 1874 και από την επίσκεψή του στο Νιόκαστρο, περιγράφεται με λεπτομέρειες η εκτέλεση στη λαιμητόμο ενός θανατοποινίτη. Η λαιμητόμος ήταν στημένη στο πλάτωμα μπροστά από την κύρια είσοδο του κάστρου. Ακόμα μια περιγραφή του κάστρου το 1895, αποτυπώθηκε στο έργο του Γ. Παρασκευόπουλου «Ταξίδια ανά την Ελλάδα». Εκεί συναντάμε και πάλι την ακρόπολη-φυλακή αλλά και την παρουσία στον κάτω περίβολο του κάστρου, προφανώς στο κτήριο των στρατώνων, αποθηκών και νοσοκομείου. Αναφέρει δε ο συγγραφέας την ύπαρξη μικρού ανθόκηπου γύρω από το νοσοκομείο, που είχε γίνει με τη φροντίδα του ανθυπίατρου των φυλακών.

Η φυλακή που επίσημα έκλεισε το 1936, συνέχισε να λειτουργεί μέχρι και τα πρώτα χρόνια της δεκαετίας του 1950, κυρίως για πολιτικούς κρατουμένους. Το 1941, το κάστρο έγινε έδρα των δυνάμεων κατοχής, πρώτα των Ιταλών και αργότερα των Γερμανών κατακτητών. Εδώ μάλιστα έδρευε το 1008 Τάγμα Πεζικού Φρουρίων καθώς και τμήμα του 699 Κλιμακίου Εφοδιασμού. Στην περίοδο της αποχώρησης των Γερμανών και στην ανώμαλη εμφυλιοπολεμική εποχή που ακολούθησε, το κάστρο έγινε μετά τη μάχη στους Γαργαλιάνους, πρόσκαιρα έδρα των ταγμάτων ασφαλείας της περιοχής. Στο κάστρο της Πύλου, στις 27 Σεπτεμβρίου 1944, λίγο πριν την κατάληψή του από τον Ε.Λ.Α.Σ., στα δεξιά της εισόδου μπροστά σ’ ένα από τα μικρά ερειπωμένα κτήρια που βρίσκονταν εκεί, αυτοκτόνησε ο σκληροτράχηλος επικεφαλής των ταγματασφαλιτών, ταγματάρχης του Ελληνικού Στρατού, Παναγιώτης Στούπας.

Ο Παναγιώτης Στούπας γεννήθηκε στη Λεύκη (Μουζούστα) της Τριφυλίας. Σπούδασε στη Σχολή Ευελπίδων και σαν ταγματάρχης πολέμησε στον ελληνοϊταλικό πόλεμο. Πήρε μέρος στην Εθνική Αντίσταση από τις γραμμές του ΕΣ Τριφυλίας-Ολυμπίας και δεν αναγνώρισε το «σύμφωνο του Δυρραχίου» (28/08/1943). Αυτό το σύμφωνο τερμάτιζε τις εμφύλιες συγκρούσεις μεταξύ των ανταρτικών ομάδων του ΕΣ και του ΕΛΑΣ. Με την ίδρυση των ταγμάτων ασφαλείας της Μεσσηνίας, ανέλαβε διοικητής τους με έδρα τον Μελιγαλά (Τα στοιχεία προέρχονται από το Μεσσηνιακό Βιογραφικό Λεξικό του Νίκου Καράμπελα, εκδ. Νέστωρ, Καλαμάτα 1962).

Την ίδια μέρα λίγο μετά την αποχώρηση των κύριων δυνάμεων του ΕΛΑΣ, έγινε ένα μεγάλο εμφυλιοπολεμικό έγκλημα με την εκτέλεση εικοσιπέντε αθώων αιχμαλώτων, σ’ ένα σπίτι του λιμανιού της Πύλου. Ενας θερμοκέφαλος και εμπαθής τοπικός παράγοντας, ο Στέλιος Διακουμογιαννόπουλος ή “κουλός”, με εμπρηστικά λόγια ξεσήκωσε το πλήθος των συγκεντρωμένων στην πλατεία της Πύλου και με την κραυγή “εκεί είναι” έδωσε το σύνθημα για τη σφαγή. Σκληρές, ανώμαλες εποχές και αποτρόπαιες ιδιοτελείς πράξεις.

Το Νιόκαστρο είναι το πιο καλοδιατηρημένο μεσσηνιακό κάστρο αφού έχει κρατήσει σχεδόν ανέπαφο το ύφος της τουρκικής αρχιτεκτονικής αλλά και τη φινέτσα των βενετσιάνικων παρεμβάσεων. Εδώ βέβαια δεν βλέπουμε εμβλήματα και θυρεούς της Γαληνοτάτης Δημοκρατίας στους τοίχους και τα υπέρθυρα, ίσως από σεβασμό στους πρώτους εμπνευστές του κάστρου, τους Τούρκους αρχιτέκτονες των σουλτάνων Selim II και Murat III. Στην καλή διατήρηση του κάστρου συνέβαλε οπωσδήποτε αποφασιστικά και η σχεδόν εκατόχρονη λειτουργία της φυλακής, παλαιότερα. Η πρόσφατη λειτουργική αποκατάσταση και φροντίδα έχει ξαναδώσει λάμψη και ενδιαφέρον στο ιστορικό οχυρό. Η αξιοποίηση μάλιστα των χώρων του για επιστημονικούς σκοπούς, αλλά και ημερίδες ή συνέδρια δίνει πνοή και συνέχεια στη λειτουργία του. Η μουσική συναυλία στην ακρόπολη, που ενίοτε διοργανώνεται στην αυγουστιάτικη πανσέληνο, είναι η κορύφωση στα πολιτιστικά δρώμενα της περιοχής.