H αποσύνθεση του Οθωμανικού στρατού καθώς και του σώματος των γενιτσάρων οδήγησαν τον σουλτάνο σε αδυναμία επιβολής δίκαιης και σωστότερης διοίκησης στο εσωτερικό. Αυτή η αδυναμία επέτρεψε σε πολλούς περιφερειακούς κυβερνήτες και γαιοκτήμονες που δυσανασχετούσαν από την παρακμή, πολλές φορές και με τη σύμπραξη των γενιτσάρων, να δημιουργήσουν ημιανεξάρτητες ηγεμονίες στις επαρχίες. Αυτοί ήταν ο Μοχάμεντ Άλη στην Αίγυπτο, ο Αλή-πασάς στην Ήπειρο, οι Καραοσμάνογλου στην Ανατολία και ο Οσμάν Πασβάνογλου στην περιοχή του Βιδινίου της Βουλγαρίας.
Οι γενίτσαροι (γενί-τσερί, δηλαδή οι νέοι στρατιώτες που φρόντιζαν για την υπεράσπιση της εξουσίας και κυρίως της θρησκευτικής) ήταν ανέκαθεν ένα μεγάλο πρόβλημα για την οθωμανική αυτοκρατορία. Ξεφεύγοντας από τα στρατιωτικά τους καθήκοντα πουλούσαν προστασία στους φιλήσυχους οικογενειάρχες και εκμίσθωναν τις υπηρεσίες τους στους Ευρωπαίους πρεσβευτές και σε κάθε πλούσιο Τούρκο που μπορούσε να καλύψει τους μισθούς τους. Το κύριο μέσο πίεσης ήταν ότι αυτοί ήταν υπεύθυνοι για την κατάσβεση των πυρκαγιών. Στην πυκνοκατοικημένη Κωνσταντινούπολη, με τα κυρίως ξύλινα οικοδομήματα, η ζώνη πυρόσβεσης απαιτούσε και γκρέμισμα οικιών. Οι γενίτσαροι προκαλούσαν πυρκαγιές και στη συνέχεια γκρέμιζαν γύρω από την εστία τα σπίτια όσων δεν τους πλήρωναν για τη διατήρησή τους. Αυτή η έκρυθμη κατάσταση έφερε τον Φεβρουάριο του 1807, επτά αγγλικά πολεμικά πλοία στο λιμάνι της πρωτεύουσας. Αυτή ήταν η πρώτη ξένη απειλή για την οθωμανική κυβέρνηση. Ακολούθησαν ταραχές και χάος όπου πρωτοστάτησαν οι γενίτσαροι. Οι αλλαγές σουλτάνων έφεραν στον θρόνο τον Mahmud II. Αυτός με πολλές μεταρρυθμίσεις προσπάθησε να αντιμετωπίσει τον φεουδαρχικό κατακερματισμό της αυτοκρατορίας ενώ ταυτόχρονα την «γυάλισε» στα μάτια των Ευρωπαίων με την θέσπιση υπουργείων στα ευρωπαϊκά πρότυπα. Κύριος σκοπός του, μετά την εξασφάλιση των συνόρων της αυτοκρατορίας ήταν η κατάργηση του σώματος των γενιτσάρων και η ίδρυση στρατιωτικών σχολών. Παρά τις αλλαγές ο σουλτάνος Mahmud II δεν κατάφερε να εξαλείψει τα αίτια της παρακμής της οθωμανικής αυτοκρατορίας.
Η οικτρή αποτυχία της στρατιάς του Δράμαλη στα Δερβενάκια τον Ιούλιο του 1822, είχε τη ρίζα της στην εσωτερική κρίση και στην αναρχία που επικρατούσαν τότε στην οθωμανική αυτοκρατορία. Για την αντιμετώπιση της κρίσης, ο σουλτάνος Mahmud II αντικατέστησε στις 19 Οκτωβρίου 1822 τον επικεφαλής των γενιτσάρων Ισμαήλ αγά με τον κουλ-κεχαγιά Χασάν αγά. Η αλλαγή στην ηγεσία των γενιτσάρων σηματοδότησε την αποκοπή τους από την επιρροή των Μπεκτασιτών δερβίσηδων κάτι που προκάλεσε όμως νέα απειθαρχία στις τάξεις τους. Η απόφαση του σουλτάνου για την απαλλαγή του από το σώμα των γενιτσάρων είχε πια ληφθεί οριστικά.
Στην απόφαση του σουλτάνου ήταν όμως αντίθετος ο πανίσχυρος μυστικοσύμβουλός του και σφραγιδοφύλακας του κράτους Χαλέτ εφέντης. Ο σουλτάνος είχε ήδη αποφασίσει επίσης να αναθέσει την καταστολή της Ελληνικής Επανάστασης στον πασά της Αιγύπτου Μοχάμεντ Άλη και να διορίσει σερασκέρη της Πελοποννήσου τον γιό του Ιμπραήμ πασά. Και σε αυτή την απόφαση του σουλτάνου ο Χαλέτ ήταν αντίθετος επειδή ο Μοχάμεντ Άλη δεν του έστελνε πλούσια δώρα. Η λανθασμένη θέση του Χαλέτ και στην αντιμετώπιση του Αλή πασά, αφού υποστήριζε ότι η εξόντωση του σατράπη των Ιωαννίνων θα έφερνε και το τέλος της Ελληνικής Επανάστασης, αλλά και η αντίθεσή του στη μη αποστολή Φαναριωτών ηγεμόνων στη Μολδοβλαχία, από τους οποίους είχε σημαντικά έσοδα, οδήγησαν τον σουλτάνο στην απομάκρυνσή του αρχικά στην Προύσα και στη συνέχεια στην εξορία του στο Ικόνιο. Εκεί διέταξε και την εξόντωσή του.
Ο θάνατος του Χαλέτ έφερε μεγάλες αλλαγές στο περιβάλλον του σουλτάνου αλλά και στη δημόσια διοίκηση. Επίσης ο Χουρσίτ πασάς που βρισκόταν στη Λάρισα κατηγορούμενος για υπεξαίρεση μέρους της περιουσίας του Αλή πασά, έχασε τον προστάτη του. Αν και μετά την αποτυχία του Δράμαλη φέρεται ότι ετοιμαζόταν για νέα εκστρατεία στην Πελοπόννησο, ο Χουρσίτ αυτοκτόνησε τον Νοέμβριο του 1822. Αντικαταστάτης του ορίστηκε ο τότε βαλής της Βοσνίας Δζελάλ πασάς, ο οποίος ανέλαβε τη «λύτρωση» της Πελοποννήσου. Μετά τους αλλεπάλληλους θανάτους και των Σεγίτ-Αλή πασά και Ερίπ πασά, δηλαδή δυο πασάδων που συμμετείχαν στην εκστρατεία της Πελοποννήσου, προσωρινός σερασκέρης Πελοποννήσου ανάλαβε ο κασάπ-μπασής Χασάν αγάς.
Την ίδια στιγμή στη Βερόνα συνεδρίαζε η Ιερή συμμαχία. Η οθωμανική αυτοκρατορία δεν συμμετείχε. Τις τύχες της θα τις όριζε κυρίως ο τσάρος.
Στην επαναστατημένη ελληνική χερσόνησο, μετά την πτώση του Ναυπλίου, τα υπολείμματα του στρατού του Δράμαλη στην Κόρινθο έπρεπε να προστατευτούν καταφεύγοντας στην Πάτρα. Ο προσωρινός σερασκέρης Πελοποννήσου Χασάν αγάς, εγγυήθηκε την αποζημίωση των ανδρών και την αποστολή τους στην Πάτρα με πλοία. Η άμυνα της Κορίνθου ανατέθηκε στον Τσιρπανλή Χουσεΐν αγά, ο οποίος οχυρώθηκε στον Ακροκόρινθο και ο σερασκέρης μαζί με άλλους πασάδες αποχώρησαν από την Κόρινθο με πλοίο, αφήνοντας τους άνδρες τους στην προκυμαία να περιμένουν τα πλοία από την Πάτρα. Μετά από περίπου πενήντα ημέρες όλοι οι Τούρκοι είχαν αποχωρήσει από την Κόρινθο, ενώ οι Τούρκοι ιππείς που αποχώρησαν από την Κόρινθο από την ξηρά δέχθηκαν επίθεση στο Δερβένι από τους Ζαΐμηδες, τους Πετμεζαίους και τον Σωτήρη Χαραλάμπη. Με μεγάλες απώλειες, όσοι κατάφεραν να διασωθούν, επιβιβάστηκαν σε τουρκικά πλοία που έφτασαν εκεί από την Πάτρα.
Για την προετοιμασία μιας νέας, πιο οργανωμένης εκστρατείας στον Μοριά, ως αντικαταστάτης του Δράμαλη διορίστηκε σερασκέρης και βαλής του Μοριά την 1η Φεβρουαρίου 1823, ο Μπερκόφτσαλη- Γιουσούφ πασάς. Επίσης δόθηκε διαταγή στον διοικητή της Αδριανούπολης Σελίμ Σαλίχ-πασά να στρατολογήσει δέκα χιλιάδες άνδρες και να μεταβεί στη Λάρισα για την ενίσχυση του νέου σερασκέρη της Ρούμελης Δζελάλ πασά. Ανάλογη διαταγή έλαβε και ο φοβερός και τρομερός διοικητής της Θεσσαλονίκης Αμπού Λουμπούτ πασάς.
Τις προετοιμασίες για την εκστρατεία στο Μοριά που σχεδιαζόταν για το 1823, ανέκοψε όμως η πυρπόληση της συνοικίας του Τοπ Χανέ (=σπίτι του κανονιού) στην είσοδο του Βοσπόρου στην Κωνσταντινούπολη. Εκεί βρίσκονταν στρατιωτικές εγκαταστάσεις στρατοπέδων, οπλοστάσιο με αποθήκες στρατιωτικού υλικού, χυτήρια κανονιών και οπλοποιείο. Από την πυρκαγιά καταστράφηκαν χίλια διακόσια κανόνια του στόλου, μεγάλος αριθμός πυρομαχικών καθώς και πολλά σπίτια και τζαμιά. Η φήμες έλεγαν ότι και αυτήν τη φωτιά την έβαλαν οι γενίτσαροι που δεν ήθελαν να πολεμήσουν και προτιμούσαν την ανεξέλεγκτη παραμονή τους στην Κωνσταντινούπολη. Ο σουλτάνος Mahmud II ξεκίνησε αμέσως το έργο της ανοικοδόμησης του νέου οπλοστασίου και των εγκαταστάσεων. Οι γενίτσαροι είχαν πια προγραφεί.
Εκτός από την προετοιμασία των χερσαίων δυνάμεων για την εκστρατεία στον Μοριά, ο σουλτάνος αποφάσισε να χτυπήσει τους Έλληνες ταυτόχρονα και στη θάλασσα. Μετά τον θάνατο του καπουδάν-πασά Καρά-Αλή στη Χίο, νέος καπουδάν-πασάς διορίστηκε ο Κοτζά Μεχμέτ Χιουσρέφ πασάς ή Τοπάλ (=κουτσός). Για να αλλάξει όμως το κλίμα από τις τουρκικές βαρβαρότητες και σφαγές του προηγούμενου χρόνου, ο νέος καπουδάν-πασάς Μεχμέτ Χιουσρέφ διαβεβαίωνε τους Ευρωπαίους διπλωμάτες ότι δεν θα κατέστρεφε τα νησιά. Στόχος του σουλτάνου ήταν να καθυποτάξει τα επαναστατημένα νησιά της Ύδρας, των Σπετσών και των Ψαρών αλλά και τα υπόλοιπα νησιά του αρχιπελάγους. Στις εκκλήσεις για άμεση βοήθεια από την κυβέρνηση για την αντιμετώπιση του μεγάλου κινδύνου, τα τρία ναυτικά νησιά (Ύδρα, Σπέτσες και Ψαρά) για να κινήσουν τα πλοία τους ζήτησαν τις προσόδους του Αιγαίου αλλά και επιπλέον ένα ανάλογο ποσό από κάθε νησί. Το ζήτημα λύθηκε με την αποστολή από τα αιγαιοπελαγίτικα νησιά στην Ύδρα, συναλλαγματικών αξίας τετρακοσίων χιλιάδων γροσιών.
Για να ανταπεξέλθει σε ένα τέτοιο εγχείρημα ο σχετικά «βαρύς» τουρκικός στόλος θα έπρεπε να γίνει ευκίνητος. Ο νέος καπουδάν-πασάς εξόπλισε στόλο που περιλάμβανε πενήντα δύο ελαφρά πλοία, ένα τρίκροτο, τέσσερις φρεγάτες και είκοσι σαλούπες. Στην πρώτη του επιχείρηση, στις 11 Μαΐου 1823, ο Τοπάλ-πασάς απέπλευσε από την Κωνσταντινούπολη με προορισμό την Πελοπόννησο. Στα Μοσχονήσια και στον Τσεσμέ παρέλαβε δέκα χιλιάδες Ασιάτες στρατιώτες. Έξω από τη Χίο και τη Μυτιλήνη ο τουρκικός στόλος ενισχύθηκε με ακόμα δώδεκα αλγερινά πλοία.
Στις 25 Μαΐου, ο καπουδάν-πασάς αποβίβασε στην πολιορκούμενη Κάρυστο τέσσερις χιλιάδες γενίτσαρους, πεντακόσιους ιππείς και πολεμικό υλικό. Αυτό είχε σαν αποτέλεσμα τη διάλυση του ελληνικού στρατοπέδου των πολιορκητών. Οι γενίτσαροι τους καταδίωξαν σφάζοντας αδιακρίτως ενόπλους και αμάχους. Ο επικεφαλής της πολιορκίας και αρχηγός της Καρυστίας, Νικόλαος Κριεζώτης κατάφερε να διαφύγει στη Σκόπελο. Οι οπλαρχηγοί Ν. Τομαράς και Καμπιώτης σκοτωθήκαν αμυνόμενοι. Ακόμα δέκα τέσσερα φορτηγά πλοία εφοδίασαν με τρόφιμα και πυρομαχικά τη Χαλκίδα. Μετά από αυτά ο ελληνικός στόλος γύρισε πίσω για να υπερασπιστεί την Ύδρα.
Ο τουρκικός στόλος συνέχισε την πορεία του και εφοδίασε τα κάστρα της Κορώνης, της Μεθώνης και της Πάτρας. Μια μοίρα του έφθασε στη Σούδα. Από τις 6 Ιουνίου μέχρι τα μέσα του Νοεμβρίου ο υπόλοιπος τουρκικός στόλος, που τον αποτελούσαν σαράντα έξι πολεμικά και πολλά φορτηγά πλοία παρέμεινε στον Πατραϊκό, περιμένοντας την κάθοδο των δυνάμεων του Μουσταφά-πασά που φιλοδοξούσε να καταλάβει το Μεσολόγγι.
Ενώ ο τουρκικός στόλος κατέβηκε από το Αιγαίο, πολλά ελαφρά ελληνικά πλοία πλησίασαν στις 12 Ιουνίου τα μικρασιατικά παράλια απ’ όπου πήραν πολλά ζώα και αφού αποβιβάσαν στρατό στον κόλπο του Τσανταρλί, προχώρησαν σε καταστροφές. Κατάφεραν να απομακρυνθούν από εκεί πριν προλάβουν οι Τούρκοι να κινηθούν εναντίον τους. Ακολούθησαν καθαιρέσεις και αντικαταστάσεις των Τούρκων φρουράρχων του Κουσάντασι (Νέα Έφεσος). Ακολούθησαν και άλλες αλλαγές στη διοίκηση της Χαλκίδας και στη Ρούμελη.
Επειδή όμως ο στρατός του Μουσταφά-πασά αποτελούταν από ορεσίβιους Αλβανούς Γκέγκηδες που πολεμούσαν μόνο έξι μήνες και τον χειμώνα ξαναγύριζαν στην πατρίδα τους για τους επόμενους έξι μήνες, η πολιορκία του Μεσολογγίου δεν ξεκίνησε. Στις 26 Οκτωβρίου ο Μουσταφά-πασάς δήλωσε ότι δεν θα πολεμήσει και απομακρύνθηκε από το Μεσολόγγι. Μετά από είκοσι ημέρες, ο τουρκικός στόλος απέπλευσε για να χτυπήσει τα Ψαρά. Αλλά αφού πλησίαζε ο χειμώνας ούτε αυτό ήταν εφικτό. Έτσι ο στόλος αφού επέστρεψε στη Μικρά Ασία, το τέλος Νοεμβρίου ξαναγύρισε στην Κωνσταντινούπολη.
Την ίδια στιγμή ο ελληνικός στόλος δεν βρισκόταν στην καλύτερη κατάστασή του. Η έλλειψη χρημάτων για τη μισθοδοσία των στρατιωτών και των πληρωμάτων του στόλου έκανε δύσκολες τις προσπάθειές του. Οι νησιώτες δεν ήταν πρόθυμοι να ξανακινήσουν τα πλοία τους αν δεν αποζημιώνονταν για τις προηγούμενες επιχειρήσεις που είχαν πάρει μέρος με δικά τους έξοδα. Η κατάσταση κινδύνευε να ξεφύγει αφού αναπτύχθηκαν έριδες μεταξύ των Υδραίων και των Ψαριανών. Η επαναστατημένη Σάμος του Λυκούργου Λογοθέτη, θέλησε να αποτελέσει ανεξάρτητο κράτος και ήρθε σε ρήξη με τα Ψαρά. Υπήρχαν μάλιστα και φωνές που προτιμούσαν την υποταγή στον σουλτάνο.
Για την επίλυση του ζητήματος και την οικονομική ενίσχυση του Αγώνα οι Έλληνες άρχισαν να στρέφονται στην Αγγλία για τη σύναψη δανείου. Στο τέλος του 1823 έφθασε στην Ελλάδα ο λόρδος Byron. Ο καπουδάν-πασάς Κοτζά Μεχμέτ Χιουσρέφ ή Τοπάλ-πασάς, επιστρέφοντας με τον στόλο στη βάση του, έχασε την ευκαιρία να έχει επιτυχίες στη θάλασσα.
