Τον 15ο και 16ο αιώνα, μετά την εξάπλωση των Τούρκων και των πολεμικών συγκρούσεων που αυτή επέφερε, δημιουργήθηκε ένα κύμα προσφύγων από την ελληνική χερσόνησο και τα νησιά, προς τη Δύση και κυρίως τις παράλιες πόλεις της Μεσογείου. Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453, στην τουρκοκρατούμενη πια ελληνική χερσόνησο τα πράγματα έγιναν σκληρότερα. Δημιουργήθηκε ένα πρώτο μεταναστευτικό ρεύμα προς την ιταλική χερσόνησο. Πολλοί, κυρίως ευκατάστατοι αριστοκράτες αλλά και Έλληνες από τις πρώην βενετικές κτήσεις, κατέφυγαν ως πρόσφυγες στη Βενετία. Η ελληνική κοινότητα της Βενετίας έγινε η πολυπληθέστερη ελληνική παροικία στη Δύση κατά τους πρώτους αιώνες της τουρκοκρατίας. Το 1498, δημιουργήθηκε η Αδελφότητα της Βενετίας ενώ λίγο αργότερα, το 1524 και την ελληνική κοινότητα στην Ανκόνα.
Πριν από αυτές τις μεταναστεύσεις, σε μια αρχική φάση της, η ελληνική κοινότητα της Βενετίας είχε δεχθεί την επίσκεψη της ελληνικής αντιπροσωπείας που πήρε μέρος στην «ενωτική» σύνοδο της Φερράρας - Φλωρεντίας το 1437-1439 ενώ ακόμα, από τα βενετικά αρχεία εντοπίζεται, το 1396 να κατοικούν στη Βενετία ο Θεόδωρος Παλαιολόγος-Κατακουζηνός, ως Έλληνας πρέσβης καθώς και η οικογένεια του Αλέξιου Καλλέργη.
Στις 18 Ιουνίου 1456, η γερουσία έδωσε μια πρώτη άδεια για την ανέγερση ναού που θα λειτουργούσε κατά το ανατολικό δόγμα (greco ritu). Σε αυτή την απόφαση είχε συμβάλει ο Έλληνας καρδινάλιος Ισίδωρος, μητροπολίτης Κιέβου, με διαβήματά του προς τον Πάπα και τις βενετικές αρχές. Ένα χρόνο αργότερα ακολούθησε όμως η ανάκληση της απόφασης.
Το 1498 η ελληνική παροικία στη Βενετία, που αποτελούνταν πια κυρίως από μικρεμπόρους, με την πρότερη εμπειρία της βενετικής ανεκτικής στάσης απέναντι στους ορθοδόξους των βενετικών κτήσεων στην Ελλάδα, υπέβαλε αίτηση στις βενετικές αρχές για τη χορήγηση άδειας συγκρότησης μιας αδελφότητας εθνικής μειονότητας. Το αίτημα έγινε δεκτό με έναν όρο. Τα μέλη της αδελφότητας, οι Greci, δεν θα έπρεπε να ξεπερνούν τα 250 άτομα. Σε αυτούς δεν συμπεριλαμβάνονταν οι γυναίκες και τα παιδιά. Όπως όλα τα σωματεία, έτσι και το καταστατικό της ελληνικής αδελφότητας (Scuole-Confraternite) ήταν εναρμονισμένο και σύμφωνο με το το βενετικό σύνταγμα. Τη διοίκηση ασκούσε ένα συμβούλιο με πρόεδρο που ονομαζόταν γαστάλδος ή gurdian (στα βενετσιάνικα vardian) και αργότερα guardian grande.
Η χρηστή διοίκηση της παροικίας άρχισε να αποδίδει και τελικά το 1511 η κοινότητα απέκτησε οριστικά το δικαίωμα να προχωρήσει στην ανέγερση Ορθόδοξου Ναού σε ιδιόκτητο οικόπεδο της αδελφότητας. Η ανέγερση του ναού του Αγίου Γεωργίου ξεκίνησε το 1539 και περατώθηκε το 1573.
Το 1500, η ελληνική κοινότητα αριθμούσε 5.000 μέλη ενώ το 1580 αναφέρονται 15.000 μέλη. Σε αυτούς είχαν ενσωματωθεί, λόγω του ομοδόξου και Σέρβοι πρόσφυγες, που δεν κατάφεραν να ιδρύσουν δικό τους σωματείο. Όπως προκύπτει από τα παπικά αρχεία του 1686, η ελληνική παροικία της Βενετίας, μετά και την απώλεια της Κρήτης από τους Βενετούς το 1669 και τη μαζική εγκατάσταση Κρητών προσφύγων στη Βενετία, ανέρχεται σε 40.000 μέλη.
Η αδελφότητα των Ελλήνων ακολουθούσε φυσικά τις τύχες της βενετικής δημοκρατίας μέχρι την κατάλυσή της το 1797. Γνώρισε κι αυτή ακμή αλλά και παρακμή που προκάλεσαν κυρίως οι εκκλησιαστικές έριδες. Για να μην χάσει την αυτονομία της η αδελφότητα μετονομάστηκε σε κοινότητα αλλά μετά την Απελευθέρωση και τη δημιουργία του ελληνικού κράτους, είχε αρχίσει η αποδυνάμωσή της. Το 1909 η ιταλική κυβέρνηση προχώρησε σε διάλυση του σωματείου. Η συρρίκνωση του πληθυσμού της και οι ενδοκοινοτικές διαμάχες δημιουργούσαν σοβαρό πρόβλημα στη διαχείρηση της κοινής περιουσίας, κινητής και ακίνητης.
Ο Ιερός Ναός του Αγίου Γεωργίου, το Μουσείο και η Φλαγγίνειος Σχολή κινδύνευαν να χαθούν για τους Έλληνες. Έτσι, το 1951, ιδρύθηκε ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου, το Ινστιτούτο Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών Βενετίας. Το Ινστιτούτο υπάγεται στην γενική εποπτεία του Υπουργείου Εξωτερικών και όσον αφορά στην μορφωτική και εκπαιδευτική δραστηριότητά του στην εποπτεία του Υπουργείου Παιδείας. Τα κτήρια της κοινότητας καθώς και 300 περίπου εικόνες, μεταξύ των οποίων τρεις Παλαιολόγειες, περί τα 250 αντικείμενα και σκεύη λατρείας, το Αρχείο του Ελληνισμού Βενετίας (1498-1953) και μια συλλογή χειρογράφων πέρασαν στην κυριότητα του Ινστιτούτου. Εξαιρετικά δείγματα της αυτής της συλλογής αποτελούν η "Μυθιστορία του Μεγάλου Αλεξάνδρου", βυζαντινό χειρόγραφο με μικρογραφίες, η Συλλογή Μουσικών Βυζαντινών Χειρογράφων, καθώς και Πατριαρχικά έγγραφα του 16ου αιώνα. Σκοπός του Ινστιτούτου είναι η προαγωγή των Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών. Σε αυτό το πλαίσιο, το Ινστιτούτο, μεταξύ άλλων
αναδεικνύει τις εν γένει ιστορικές φιλολογικές και άλλες συναφείς πτυχές του Ελληνικού Πολιτισμού, κατά τους Βυζαντινούς και Μεταβυζαντινούς χρόνους,
διαχειρίζεται το χαρτώο, αναλογικό και ψηφιακό αρχειακό υλικό και
προβαίνει σε διεθνείς εκδοτικές δραστηριότητες.
Είναι ο θεματοφύλακας μιας μακραίωνης ελληνικής παρουσίας και στην πόλη των δόγηδων.
