Μετά τη συνδιάσκεψη των τριών Μεγάλων Δυνάμεων στο Λονδίνο, στις 16 Νοεμβρίου 1828, αλλά και ένα διάβημα του Έλληνα κυβερνήτη Ι. Α. Καποδίστρια, σχετικά με την ικανότητα των κατοίκων του Μοριά να υπερασπιστούν μόνοι τους το κρατίδιό τους σε περίπτωση νέων εισβολών, αποφασίστηκε η ανάκληση του γαλλικού στρατού και η παραμονή στον Μοριά, μόνο δύο έως τριών χιλιάδων Γάλλων στρατιωτών, που όμως δεν θα περνούσαν για κανένα λόγο τον Ισθμό.
Παρασκηνιακά κι αφού η αποχώρηση των γαλλικών στρατευμάτων από τον Μοριά ήταν μονόδρομος, το γαλλικό κράτος σκοπεύοντας τη συνέχεια και την εδραίωση της παρουσίας του στην μόλις απελευθερωμένη χώρα, σύστησε και οργάνωσε την γαλλική Επιστημονική Αποστολή που επίσημα θα πήγαινε στον Μοριά συμπληρώνοντας το εκστρατευτικό σώμα για να προσφέρει υπηρεσίες στην οργάνωση, την καταγραφή των πόρων αλλά και τις τέχνες και τα γράμματα του νέου κρατιδίου. Και αφού η γαλλική Επιστημονική Αποστολή έφτασε στο Ναβαρίνο στις 3 Μαρτίου 1829, ο κυβερνήτης πληροφορήθηκε για την έλευσή της στο Ναβαρίνο, από μια επιστολή του N. J. Maison:
«Στο Γενικό Επιτελείο στη Μεθώνη, 8 Μαρτίου 1829.
Κύριε Κόμη,
Πιστεύω ότι η Γαλλική Κυβέρνηση πληροφόρησε την Εξοχότητά Σας για την άφιξη στο Μοριά μιας Επιστημονικής Αποστολής, παρόμοιας μ’ αυτήν που είχε σταλεί παλαιότερα στην Αίγυπτο,    για να εξερευνήσει στη χώρα Σας ότι αφορά στη φυσική ιστορία, στην αρχαιολογία και την αρχιτεκτονική.
Έχω την τιμήν να Της αναγγείλω ότι αυτή η Αποστολή που έφτασε πριν από λίγες μέρες στο Ναβαρίνο αποτελείται από δεκαοκτώ άτομα, χωρισμένα σε τρία τμήματα, όπως τα προανέφερα, και που διευθύνονται το πρώτο τμήμα από τον κύριο συνταγματάρχη Bory de Saint-Vincent, το δεύτερο από τον κύριο Dubois και το τρίτο από τον κύριο Bluet»…
Βέβαια, όπως προκύπτει και από την απάντηση του κυβερνήτη προς N. J. Maison, κανείς δεν τον είχε ενημερώσει νωρίτερα:
«Ναυπλίω 16 Μαρτίου 1829
Η υμετέρα Εξοχότης άριστα διηρμήνευσε την διάθεσιν μεθ’ ης η ελληνική κυβέρνησις έμελλε να δεχθή τα προς αυτή διακοινωθέντα δια της επιστολής ημών της 8ης Μαρτίου (Ν), καθότι αμέσως επεγνωρίσαμεν τους γενναίους λόγους εξ ων ο χριστιανικώτατος Βασιλεύς εκινήθη να πέμψη την εις Νεόκαστρον φθάσασαν επιστημονικήν επιτροπήν προς περιήγησιν και ιστόρησιν της Πελοποννήσου……».
Και για να καθησυχάσει τους πάντες και ιδιαίτερα τους πρεσβευτές των άλλων δύο Μεγάλων Δυνάμεων στον Πόρο, συνεχίζει παρακάτω:
«……Θέλομεν λοιπόν διακοινώση προς τους εκτάκτους επιτρόπους την τε επιστολήν τῆς υμετέρας Εξοχότητος και την απόκρισιν ημών, όπως άπαντες, ότε ελληνικός λαός και αι αρχαί αυτού, συντελέσωσιν όσον το επ’ αυτοίς εις περαίωσιν των όσων η υμετέρα Εξοχότης μας αναγγέλλει.…….».
Βέβαια τις ίδιες ημέρες, στις 22 Μαρτίου, υπήρχε και η κρίσιμη για το ελληνικό ζήτημα διάσκεψη στο Λονδίνο, που καθόριζε τη συνοριακή γραμμή του Ελληνικού Κράτους από τον Βόλο μέχρι την Άρτα και η υπογραφή του Πρωτοκόλλου του Λονδίνου. Ετσι η έλευση της γαλλικής Αποστολής δεν στις προτεραιότητες της κυβέρνησης. Ο Καποδίστριας τέσσερις μήνες αργότερα, με μια ανακοίνωση που έκανε στην Δ΄Εθνοσυνέλευση, στο Άργος τον Ιούλιο του 1829, μέσω του γραμματέα της Επικρατείας Ν. Σπηλιάδη, ανέφερε ότι έφτασε από τη Γαλλία:
«Επιτροπή συγκειμένη από λογίους του Επιστημονικού Καταστήματος της Γαλλίας και από μηχανικούς, διωρίσθη να μεταλλεύση την κλασσικήν γην της Ελλάδος, και αυτοί μεν οι άνδρες θέλουσιν ενασχολείσθαι περί την έρευναν των όσα ανάγονται εις την Αρχαιολογίαν, την Γεωγραφίαν, τας Επιστήμας και τας τέχνας. Η Πατρίς μας δε θέλει απολαύσει τους καρπούς των πολυτίμων αυτών ιδρώτων».
Η Εθνική Συνέλευση επικύρωσε αμέσως την ανακοίνωση-ενημέρωση του κυβερνήτη με το υπ’ αρ. 10 ψήφισμά της, στις 2 Αυγούστου. Με αυτό το ψήφισμα απαγόρευε και την εξαγωγή αρχαιοτήτων από τη χώρα..
Η Γαλλική Αποστολή συγκροτήθηκε μετά από πρόταση του υπουργού εσωτερικών και ουσιαστικού πρωθυπουργού vicomte de Martignac προς τον βασιλιά Charles X. Αφού πήρε την έγκριση, ανέθεσε σε έξι μέλη της Γαλλικής Ακαδημίας να διορίσουν τον διευθυντή και τα μέλη κάθε τμήματος μιας επιστημονικής επιτροπής που θα συνδεόταν με το εκστρατευτικό σώμα του Μοριά, ακολουθώντας τα πρότυπα μιας άλλης προηγούμενης αποστολής από τον Ναπολέοντα Βοναπάρτη, στην Αίγυπτο το 1798. Βέβαια, ο συνταγματάρχης Jean-Baptiste Bory de Saint-Vincent που ορίστηκε διευθυντής και επικεφαλής του τμήματος φυσικών επιστημών της Αποστολής, ήταν παιδικός φίλος του de Martignac. Ο Bory διορίστηκε στις 9 Δεκεμβρίου 1828. Σχετικά με τον διορισμό και την αποστολή που του ανατέθηκε αργότερα ανέφερε:
« Οι κύριοι De Martignac και Siméon μου ζήτησαν ρητώς να μην περιορίσω τις παρατηρήσεις μου στις Μύγες και στα Βότανα, αλλά να τις επεκτείνω στους τόπους και στους ανθρώπους »
O Joseph-Jérôme Siméon ήταν διακεκριμένος νομικός και σύμβουλος επικρατείας του υπουργείου εσωτερικών.
Στα υπόλοιπα ηγετικά μέλη της Αποστολής ήταν ο ιστορικός, συγγραφέας και πολιτικός Edgar Quinet, ο αρχιτέκτονας Guillaume Abel Blouet που ανέλαβε επικεφαλής του αρχιτεκτονικού/αρχαιολογικού τμήματος και ο αξιωματικός, γεωγράφος και χαρτογράφος Pierre Peytier. Αυτοί εκπροσώπησαν τις διάφορες ειδικότητες της Αποστολής, όπως τη φυσική, την ιστορία αλλά και τις αρχαιότητες (αρχαιολογία, αρχιτεκτονική και γλυπτική).
Η επιστημονική ομάδα έφτασε στον όρμο του Ναβαρίνου στις 3 Μαρτίου 1829 κι έμεινε στον Μοριά μέχρι το 1838. Η Αποστολή στον Μοριά ήταν καλά οργανωμένη και αποτελούνταν από τρία τμήματα:
        • α. φυσικών επιστημών,
        • β. αρχαιολογίας και
        • γ. αρχιτεκτονικής και γλυπτικής.
Κατέγραψε συστηματικά τη γεωγραφία, το περιβάλλον, την αρχαιολογία αλλά και τον πληθυσμό της ελευθερωμένης Ελλάδας. Έδωσε μια λεπτομερή αποτύπωση της Πελοποννήσου αλλά και άλλων περιοχών ακριβώς μετά την Επανάσταση. Την αποτελούσαν είκοσι Γάλλοι επιστήμονες και καλλιτέχνες (φυσιοδίφες, αρχιτέκτονες, γεωγράφοι και ζωγράφοι) καθώς και είκοσι πέντε στρατιωτικοί μηχανικοί, που εξερεύνησαν κυρίως την Πελοπόννησο αλλά και αργότερα τις Κυκλάδες και την Αττική. Χαρτογράφησαν και συγκέντρωσαν στοιχεία για τις αρχαιότητες, τη δημογραφία, τη φύση, τα ορυκτά, τους φυσικούς πόρους και τις υποδομές του υπό ίδρυση Ελληνικού Κράτους. Από τις μελέτες της αναδύθηκαν οι νέες επιστημονικές και τεχνολογικές προσεγγίσεις της εποχής που χρησίμευσαν στην εκμετάλλευση των υδάτινων πόρων και βοήθησαν στη διαμόρφωση του δικτύου των δρόμων του κράτους.   
Οι Γάλλοι απεσταλμένοι κατέγραψαν την χλωρίδα και την πανίδα του Μοριά, χαρτογράφησαν με ακρίβεια την Πελοπόννησο και έκαναν σημαντικές αρχαιολογικές ανασκαφές, όπως στην Αρχαία Μεσσήνη και την Ολυμπία ενώ αποτύπωσαν και πολλά μνημεία.
Ο Bory de Saint-Vincent ήταν αξιωματικός αλλά και φυσιοδίφης βιολόγος και γεωγράφος. Το ιδιαίτερο ενδιαφέρον του ήταν η Ηφαιστειολογία, η    Συστηματική και η Βοτανική. Η Συστηματική, είναι μέρος της Βοτανικής και της Ζωολογίας και ασχολείται με την ταξινόμηση των φυτών και των ζώων σε ομάδες με βάση συγκεκριμένα χαρακτηριστικά και ομοιότητες. Έτσι καθορίζεται η φυσική συγγένεια και καταγωγή τους.
Στη Μεσσηνία η ομάδα υπό τον Bory de Saint-Vincent, μεταξύ άλλων, συνέβαλε σημαντικά στην καταγραφή του περιβάλλοντος αλλά και στη χαρτογράφηση των δρόμων της. Ειδικότερα στην Πυλία κατέγραψε με ακρίβεια και τις Κορωνόστρατες, δηλαδή τις μεσαιωνικές διαδρομές μεταξύ Μεθώνης και Κορώνης.
Η ομάδα του αρχιτέκτονα Abel Blouet πραγματοποίησε την πρώτη ανασκαφή στην Αρχαία Μεσσήνη και έφερε στο φως πολλά από τα μνημεία της. Συγκεκριμένα, στις 10 Απριλίου του 1829, ξεκίνησαν την ανασκαφή και κατάφεραν να αποτυπώσουν με εξαιρετική ακρίβεια την Αρκαδική Πύλη και τους πύργους της, τα τείχη της αρχαίας πόλης αλλά και το στάδιο και το θέατρό της.
Οι αρχαιολόγοι της Αποστολής έφτασαν και στην Ολυμπία. Ο αρχικός εντοπισμός της θέσης της είχε γίνει από τον Άγγλο περιηγητή Richard Chandler, το 1766. Ο Abel Blouet ήταν όμως αυτός που έκανε τις πρώτες συστηματικές ανασκαφές εκεί. Σκάβοντας τα ερείπια οι Γάλλοι αρχαιολόγοι κατάφεραν να αποτυπώσουν την κάτοψη του Ναού του Ολύμπιου Δία στις ακριβείς του διαστάσεις.
Ακόμα, κατά κάποιον τρόπο, η συστηματική αρχαιολογική έρευνα με επιστημονικό τρόπο βοήθησε στην πάταξη της αρχαιοκαπηλίας, αν και τα αρχικά ευρήματα της γαλλικής Αποστολής, κυρίως στην Ολυμπία, ταξίδεψαν στο Παρίσι με την άδεια του κυβερνήτη, που έβλεπε ότι αφού δεν υπήρχε νομοθετική πρόβλεψη και οργανωμένη αρχαιολογική υπηρεσία, δεν μπορούσε το Κράτος να διαφυλάξει τις αρχαιότητές του.
Και ήταν το μικρότερο αντάλλαγμα που θα μπορούσε να δοθεί από τον Καποδίστρια στους Γάλλους μετά τη γενναία οικονομική βοήθεια που έδινε η γαλλική κυβέρνηση στην Ελλάδα. Η εξήγηση της ηθικής υποχρέωσης είναι απλή. Όταν ο Καποδίστριας ανέλαβε τη διακυβέρνηση, βρήκε τα κρατικά ταμεία άδεια και τη χώρα οικονομικά κατεστραμμένη. Η Αγγλία δεν έδινε νέο δάνειο στην Ελλάδα κι έτσι ο Κυβερνήτης στράφηκε στη Γαλλία και τη Ρωσία. Η Γαλλία ανταποκρίθηκε και συμφώνησε να χορηγεί ένα σταθερό μηνιαίο επίδομα από περίπου πεντακόσιες χιλιάδες φράγκα ή και κάποιες φορές περισσότερα, ακόμα και προκαταβολικά. Και αυτά τα χρήματα δεν ήταν δανεικά. Ήταν επίδομα, βοήθεια για τη λειτουργία του κρατικού μηχανισμού αλλά και για την καταπολέμηση της πειρατείας.
Όταν όμως οι αρχαιολογικές έρευνες προχώρησαν σε βαθύτερες ανασκαφές και ο όγκος των αρχαιοτήτων στην Ολυμπία μεγάλωνε, ο Καποδίστριας διέταξε τη διακοπή των ανασκαφών, σταματώντας έτσι την περαιτέρω κλοπή αρχαιοτήτων. Για να διαφυλάξει τα ευρήματα ίδρυσε στο Ορφανοτροφείο της Αίγινας, το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο και ταυτόχρονα απαγόρευσε την εξαγωγή αρχαιοτήτων χωρίς κρατική άδεια. Η απόφαση του Καποδίστρια για τη διακοπή της εξαγωγής των αρχαιοτήτων, έσωσε το μεγαλύτερο μέρος του αρχαιολογικού πλούτου της Ολυμπίας, που ανασκάφηκε συστηματικά πολλές δεκαετίες αργότερα (το 1875) από το Γερμανικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο.
Τα κυριότερα ευρήματα που κατέληξαν στο Μουσείο του Λούβρου στην αρχική φάση των ανασκαφών το 1829, αφού ταυτοποιήθηκε ο ναός του Δία στην Ολυμπία, ήταν:
• Τμήματα από τις γλυπτές μετόπες με τους άθλους του Ηρακλή, όπως τον ταύρο της Κρήτης και τις Στυμφαλίδες όρνιθες και
• Δεκάδες μαρμάρινες αρχαίες επιγραφές, αρχιτεκτονικά μέλη, κιονόκρανα, νομίσματα και ανάγλυφα από τη Μεσσηνία, τη Σπάρτη αλλά και τα νησιά, στάλθηκαν στη Γαλλία για να μελετηθούν από τη Γαλλική Ακαδημία και χρησίμευσαν στην έκδοση του οκτάτομου, μνημειώδους έργου της γαλλικής επιστημονικής αποστολής.
Η ίδια ομάδα μελέτησε και το Νιόκαστρο, αφού οι Γάλλοι επιστήμονες είχαν εγκατασταθεί εκεί και σχεδίασαν τις επισκευές στις οχυρώσεις του. Το ίδιο έκαναν και για τα άλλα δύο μεσσηνιακά φρούρια της Μεθώνης και της Κορώνης αφού μελέτησαν τις φάσεις του χτισίματός τους και αποτύπωσαν τις πύλες, τα τείχη τους αλλά και το Μπούρτζι της Μεθώνης.
Περιόδευσαν και κατέγραψαν την Καλαμάτα, το Νησί (σημερινή Μεσσήνη) και την Ανδρούσα. Στην Καλαμάτα αποτύπωσαν τα ερείπια του κάστρου και τον Ναό των Αγίων Αποστόλων. Μελέτησαν ακόμα την τοπική παραγωγή μεταξιού. Στην Ανδρούσα και στην Αρκαδιά (σημερινή Κυπαρισσία) μελέτησαν τα κάστρα. Στο Πεταλίδι, εξετάζοντας τη γεωλογική διαμόρφωση των ακτών του Μεσσηνιακού κόλπου, αποτύπωσαν με λεπτομέρειες τον όρμο του. Η Χώρα, που την κατέγραψαν ως Ligoudista και Chores, ήταν σημαντικός σταθμός για τη Γαλλική Επιστημονική Αποστολή. Ενδιαφέροντες είναι οι τοπογραφικοί χάρτες, αφού οι Γάλλοι γεωγράφοι και μηχανικοί, όπως ο Pierre Peytier, σχεδίασαν με ακρίβεια τις διαδρομές από τη Λιγούδιστα για το Νιόκαστρο, αλλά και την Κυπαρισσία.   
Εκτός από τα μνημεία και τις αρχαιολογικές έρευνες η γαλλική Επιστημονική Αποστολή προχώρησε σε μια απογραφή του πληθυσμού αλλά και καταγραφή των ονομάτων εκατοντάδων μεσσηνιακών χωριών, σημειώνοντας ακόμα και τον αριθμό των οικογενειών που τα κατοικούσαν.
Θεωρητικά η γαλλική Αποστολή θεμελίωσε την επιστημονική αρχαιολογία και γεωγραφία του νέου ελληνικού κράτους. Όμως η κύρια σκοπιμότητά της ήταν πολυδιάστατη, αφού εξυπηρετούσε πολλούς γεωπολιτικούς στόχους ελέγχου της περιοχής, την εποχή της γέννησης του νεοελληνικού κράτους. Η παραμονή της Αποστολής στην Ελλάδα εδραίωνε τη Γαλλία ως προστάτιδα Δύναμη ενώ της πρόσφερε και την αίγλη της πολιτιστικής αλλά και πολιτικής υπεροχής. Για την Ελλάδα ήταν μια καλή βοήθεια στην προσπάθεια του Καποδίστρια να δημιουργήσει ένα καινούργιο κράτος. Οι δημογραφικές μετρήσεις αλλά και η χαρτογράφηση έδωσαν στοιχεία για τον ορισμό των συνόρων αλλά και την καταγραφή του πληθυσμού.
Το έργο της Επιστημονικής Αποστολής, εκτός από την σοβαρότατη ενίσχυση στην θεμελίωση των υποδομών του νέου ελληνικού κράτους, εξυπηρέτησε και τα      γαλλικά συμφέροντα που ήταν κυρίως γεωπολιτικά, στρατηγικά και διπλωματικά. Απώτερος στόχος της γαλλικής πολιτικής ήταν η αποκατάσταση της διεθνούς της θέσης της Γαλλίας, ώστε αυτή να κυριαρχήσει στην Ανατολική Μεσόγειο και να εμφανιστεί ως η μοναδική προστάτιδα του ευρωπαϊκού πολιτισμού. Με την Επιστημονική Αποστολή στον Μοριά, η Γαλλία εμφάνιζε αναμφισβήτητα ανθρωπιστικό και πολιτισμικό έργο ικανοποιώντας και το φιλελληνικό ρεύμα που διαπερνούσε τότε την Ευρώπη.

(Στη φωτογραφία: O χάρτης του Μοριά - Peytier Eugène - 1832)