Σύμφωνα με τις ιστορικές πηγές, η κατάσταση στην Πελοπόννησο φαίνεται να σταθεροποιείται μετά τα μέσα του 10ου αιώνα, όταν σταματούν οι επιδρομές των Σαρακηνών πειρατών. Την ίδια περίοδο οι βυζαντινοί με βάσεις τη Μεσσήνη-Βουλκάνο και το κάστρο Φαρών-Καλαμάτα, απώθησαν τους Σλάβους στα βουνά. Ετσι εδραιώνεται η βυζαντινή κυριαρχία στην περιοχή του μεσσηνιακού κάμπου. Το 1082 με χρυσόβουλο του αυτοκράτορα Αλέξιου Κομνηνού εγκαθίσταται στην Πελοπόννησο η οικογένεια των Μελισσηνών στους οποίους παραχωρείται και η περιοχή του κάμπου. Είναι η περίοδος κατά την οποία σχεδόν εξαφανίζεται η μικρή ιδιοκτησία και οι μικροϊδιοκτήτες πληθαίνουν τις τάξεις των δουλοπάροικων. Εξαιρετικά εύφορη η περιοχή, συγκέντρωσε το ενδιαφέρον για καλλιέργεια, αλλά ο βάλτος και οι αρρώστιες αποτελούσαν ανασταλτικούς παράγοντες για την ανάπτυξη οικισμών.

Οι καλλιεργητές της γης κατοικούσαν μέσα στα κτήματα, σε καλύβες αρχικά απομονωμένες μεταξύ τους. Η εντατικοποίηση της καλλιέργειας από τους φεουδάρχες ιδιοκτήτες πολλαπλασίασε τις καλύβες. Οταν οι καλύβες πλήθαιναν συγκροτούσαν οικισμό, και κάπως έτσι αρχίζει η ιστορία του Νησιού. 

Στην περιοχή άρχισε να πυκνώνει η κατοίκηση και να εντατικοποιείται η εκμετάλλευση. Η σπανιότητα τοπωνυμίων με γενική πτώση ονομάτων ιδιοκτητών είναι ενδεικτική του ιδιοκτησιακού καθεστώτος στην περιοχή και της φεουδαρχικού τρόπου εκμετάλλευσής της. Ετσι μπορούμε να υποθέσουμε ότι την περίοδο αυτή εμφανίζονται τοπωνύμια που γεφυρώνουν τις ιστορικές εποχές, προσδιορίζουν τα χαρακτηριστικά της περιοχής και αποκαλύπτουν πτυχές της ιστορίας της. Στους λειμώνες (λιβάδια), μακριά από τα έλη του βάλτου, συγκεντρώνονται οι καλλιεργητές και συγκροτούν το "Λιμοχώρι". Σύμφωνα με παλαιότερες μαρτυρίες, κατά τη διάρκεια εκσκαφών σε αυτή τη συνοικία έχουν βρεθεί μικρά πηγάδια που παραπέμπουν σε εγκαταστάσεις της βυζαντινής εποχής. Την περιοχή δίπλα στο ποτάμι οι κάτοικοι την αποκαλούν "Νησί" και έμελλε να είναι το όνομα της μεσαιωνικής πόλης. Στη νότια πλευρά και προς την παραλία δεσπόζουν οι "Φυλακές", που υποδηλώνουν τα μέτρα προστασίας των κατοίκων από τους θαλάσσιους επιδρομείς. Περιοχή σε λοφοσειρά, δεσπόζει του Μεσσηνιακού Κόλπου και κατά την αρχαία ελληνική το όνομα υποδηλώνει την παρουσία πύργων (ή οχυρών εν γένει θέσεων) από τους οποίους γινόταν η φρούρηση της περιοχής. Ο αινιγματικός "Κομός" παραπέμπει ενδεχομένως σε λιμενική εγκατάσταση, καθώς μάλιστα μέχρι την περιοχή αυτή ήταν πλωτός ο Πάμισος σύμφωνα με όλες τις ενδείξεις.

Το Λιμοχώρι στην περιοχή του Αγίου Δημητρίου παρουσιάζει ξεχωριστό ενδιαφέρον γιατί κατά πάσα πιθανότητα αποτελεί τον πρώτο οικισμό στην περιοχή. Σε γραπτές πηγές, το Λιμοχώρι μαρτυρείται ιστορικά για πρώτη φορά στα τέλη του 17ου αιώνα στην απογραφή των Ενετών. Στις αρχές του 20ού αιώνα στην τοπική ιστοριογραφία εμφανίζεται ένα κείμενο του Θεόδ. Γούνα όπου για πρώτη φορά υποστηρίζεται ότι το όνομα Λιμοχώρι προέρχεται εκ παραφθοράς από το "Λιμνοχώρι" το οποίο είχε ονομασθεί έτσι λόγω «των τότε πολλών τελμάτων». Από τότε επαναλαμβάνεται διαρκώς χωρίς να υπάρχει η ελάχιστη τεκμηρίωση. Θεωρούμε απίθανη την παραφθορά, καθώς δεν υπάρχει κανένας λόγος, ενώ σε όλη τη χώρα συναντούμε ένα πλήθος από Λιμνοχώρια, συνήθως δίπλα σε λίμνες. Αντίθετα, βάσιμα μπορούμε να υποθέσουμε ότι το όνομα προέρχεται από παραφθορά του "λειμων-χώρι", το οποίο πράγματι δύσκολα προφέρεται. Και σημαίνει περιοχή με λιβάδια, κάτι το οποίο πρωτίστως την χαρακτηρίζει σε όλη την ιστορική διαδρομή μέχρι τους νεότερους χρόνους. Η εκδοχή αυτή ενισχύεται από το γεγονός ότι η περιοχή γύρω από το Λιμοχώρι μέσα και έξω από το σχέδιο πόλης (δεξιά και αριστερά του εθνικού δρόμου) ονομάζεται Παλιολίβαδα όπως προκύπτει από ένα πλήθος συμβολαίων. Από την αναζήτηση τοπωνυμίων σε όλη την Ελλάδα, συναντήσαμε άλλο ένα που είναι ταυτόσημο. Είναι το τοπωνύμιο "Λειμούρια" που εντοπίσαμε σε τοπικό λεξικό της Αγιάσου Λέσβου. Πρόκειται για λιόφυτη περιοχή της περιφέρειας αυτής σε μια κατηφορική πλαγιά. Σύμφωνα με την ερμηνεία «από τα πολλά νερά η πλαγιά λασπώνεται και μετατρέπεται σε ένα χλοερό λιβάδι (λειμώνας) εξ ου και η ονομασία της περιοχής [λειμών > λειμ + ουρί (κατάληξη όπως στήθος > στηθούρι) > λειμούρια]». 

Μια τέτοια παραδοχή οδηγεί και σε χρονολόγηση της ηλικίας του οικισμού. Γιατί η λέξη "λειμών" μπορεί να προέρχεται από την αρχαία και να εμφανίζεται ως λόγια σήμερα, ως "λειμώνας" όμως ήταν στοιχείο της δημοτικής μεσαιωνικής γλώσσας. Μπορούμε συνεπώς να συμπεράνουμε ότι το Λιμοχώρι ήταν μεσαιωνικό χωριό και έχει μεγάλο ενδιαφέρον η προσπάθεια να τοποθετηθεί ακριβέστερα στο χρόνο. Τη λύση ενδεχομένως θα μπορούσε να δώσει η εκκλησία του Αγίου Δημητρίου, που φαίνεται ότι είναι ο πυρήνας γύρω από τον οποίο αναπτύχθηκε το χωριό. Σε ανύποπτο χρόνο έχουμε καταγραφές οι οποίες χρονολογούν την εκκλησία από το 12ο αιώνα. Κατ’ αρχήν υπάρχει η καταγραφή της επιστημονικής αποστολής των Γάλλων στην Πελοπόννησο το 1829, με επικεφαλής τον Μπορί ντε Σεν-Βενσάν, η οποία εντοπίζει την εκκλησία και στη σχετική έκδοση σημειώνονται τα εξής: «Η εκκλησία, πιο σημαντική από όσες είχαμε ακόμη δει στο Μοριά, ήταν ολόκληρη κτισμένη από πέτρες κλεμμένες από κάποιες αρχαίες πόλεις των περιχώρων, πιθανόν τη Θουρία ακόμη και τη Μεσσήνη». 

Η συνέχεια είναι αποκαλυπτική για μια σειρά ζητήματα που αφορούν στην τοπική ιστορία: «Με αυτόν τον τρόπο στην Ελλάδα τα υλικά των κτηρίων περνούν από τον έναν τόπο στον άλλο. Κανένας δεν κοπιάζει εδώ και καιρό πια να λαξεύσει ένα κομμάτι μάρμαρο ή το παραμικρό κομμάτι οποιασδήποτε οικοδομής, αλλά θα ψάξει να βρει τις απαραίτητες μάζες έτοιμες εκεί που η αρχαιότητα τις είχε πρωταρχικά τοποθετήσει, και οι ναοί που είχε κτίσει, για τόσο καιρό αντικείμενο λατρείας των παλιών, δεν είναι πια για τους σύγχρονους παρά ένα είδος λατομείου». 

Υπάρχει όμως και μια ακόμη αναφορά του σπουδαίου αρχιτέκτονα Αμπελ Μπλουέ που ήταν ο διευθυντής Αρχαιολογίας και Αρχιτεκτονικής της αποστολής, στην οποία σημειώνονται τα εξής: «Παρατηρούμε στην πόλη μια μεσαιωνική εκκλησία, αρκετά αξιόλογη αλλά και άλλες εκκλησίες μικρότερης σημασίας». Οπως φαίνεται η εκκλησία κάνει εντύπωση σε ειδικούς αλλά και στρατιωτικούς που επισκέπτονται την περιοχή συμμετέχοντας στην επιστημονική αποστολή.

Θα περάσουν κάποια χρόνια για να συναντήσουμε την επόμενη και πολύ συγκεκριμένη αναφορά για την εκκλησία. Ο σπουδαίος Γάλλος συγγραφέας και ιστορικός Ιωάννης-Αλέξανδρος Μπισόν που ερεύνησε τα μνημεία της περιοχής την περίοδο 1840-1841 γράφει: Επισκεφθήκαμε την εκκλησία του Νησιού, η οποία είναι βυζαντινής κατασκευής, του 12ου αιώνα, αλλά δεν παρουσιάζει κανένα ιδιαίτερο ενδιαφέρον». Μετά από πολλά χρόνια ο Αθαν. Πετρίδης συνεχίζει να παρατηρεί ότι το μοναδικό μνημείο της πόλης είναι «ο ναός του Αγίου Δημητρίου φέρων τύπον βυζαντινόν». Ο βυζαντινολόγος Μπον που πέρασε από την περιοχή τη δεκαετία του 1950, αναφέρεται στην εκτίμηση του Μπισόν και τονίζει ότι δεν είδε «καμία αρχαία εκκλησία». Το παράδοξο έχει τη δική του ερμηνεία: Ο Μπον δεν γνωρίζει ότι η εκκλησία που αντικρίζει είναι κτισμένη σε δύο φάσεις. Η ανατολική πλευρά είναι αυτή στην οποία αναφέρονται όλοι οι ερευνητές του 19ου αιώνα, ενώ η δυτική που είναι και υψηλότερη, αποτελεί επέκταση της εκκλησίας τη δεκαετία του 1920.

Σύμφωνα με όλες τις ενδείξεις, η εκκλησία που κινεί το ενδιαφέρον όλων είναι αυτή του Αγίου Δημητρίου. Οι μαρτυρίες συγκλίνουν σε αυτό και αποτυπώνονται ευκρινώς στο σχέδιο πόλης του 1875, στο οποίο φαίνεται ο Αγ. Δημήτριος ως η μοναδική εκκλησία που υπήρχε στην πόλη και μάλιστα στις διαστάσεις της βυζαντινής της μορφής.

Η χρονολόγηση της εκκλησίας το 12ο αιώνα (με όση ακρίβεια θα μπορούσε να γίνει αυτή), υποδηλώνει ότι στην περιοχή υπήρχε έντονη ανθρώπινη δραστηριότητα εκείνη την εποχή. Με δεδομένο το γεγονός ότι ήδη η κατάληξη "-χώρι" χρησιμοποιείται ευρέως το 13ο-14ο αιώνα μπορούμε να υποθέσουμε πως το Λιμοχώρι εμφανίζεται σχεδόν παράλληλα με το Νησί και τελικά ενσωματώνεται σε αυτό. Ενδεχομένως επειδή το Νησί ήταν και το σημείο αναφοράς των Φράγκων λόγω του Κάστρου στο οποίο έμενε κατά καιρούς η Ιζαμπώ. Και άφησαν τη δική τους κληρονομιά στα τοπωνύμια της Μεσσήνης, με τα "Γαρδέλια" δίπλα στην περιοχή όπου σύμφωνα με όλες τις ενδείξεις υπήρχε το περίφημο Κάστρο. Γαρδέλια είναι οι καρδερίνες στα ιταλικά, οι οποίες προφανώς αφθονούσαν στους κήπους και τα δέντρα που περιέβαλλαν τον τόπο αναψυχής των Φράγκων ηγεμόνων.